明嘉靖年间，我国东南沿海开始遭受“倭寇”的侵扰。他们先是偷鸡摸狗，继而打家劫舍，慢慢地胆子越来越大，甚至舞刀动枪，攻占城镇，搅得江苏、浙江、福建三省沿海地区鸡犬不宁，民不聊生。还有一些本地土匪与日本人狼狈为奸，沆瀣一气，所以也混同于倭寇之列。
当时南京秦淮河上有一位名妓叫王翠翘，祖籍山东临淄，因父母早逝而流落街头，不幸被人贩子拐卖到金陵的妓院中。在老鸨的悉心调教下，王翠翘成了个容貌出众而又多才多艺的双料佳人。因为她不愿意对客人一味地曲意逢迎、阿谀奉承，所以得罪了不少位高权重的达官贵人和脑满肠肥的富商。由于她不听鸨母的话，鸨母就把她卖给了一个年老的富商为妾。王翠翘表面上答应得好好的，却在夜里收拾细软和丫环绿珠溜走了。
她们两人逃到嘉兴，租了一条船作为栖身之地，终日游荡在风景秀丽的南湖上。
一日在湖畔，桐城富家子弟罗龙文在南湖边的茶楼遇到了正倚窗眺望的王翠翘，她那出色的容貌，钩人心魂的神情让他心动，他预感到这女人对他的前途可许有用，于是上前搭讪，凭着他的老练和机灵，很快获得了王翠翘的好感。不久，一心寻找依靠的王翠翘便成了罗尤文的姬妾。王翠翘不但是罗龙文的姬妾，而且也是他事业上的帮手。罗龙文在交际场上有了她帮助周璇，真是如鱼得水。
罗龙文家还有一个清客——西湖净慈寺的明山和尚，明山身高体壮，满面虬髯，相貌不凡。这和尚一副江湖豪客的气派，说话声音宏亮，语言粗犷，尤其是两只眼睛炯炯闪光，仿佛能洞穿一切。不久，罗龙文就把绿珠送给他，明山带着绿珠远走他乡，再无音信。
第二年，罗龙文在京城谋到了官职，并成了权臣严嵩的心腹。嘉靖三十三年，倭寇进犯，兵部尚书张经带兵剿寇，大破敌军，但因得罪了严嵩而遭杀害，功劳被安在严嵩的亲信赵文华头上。
嘉靖三十五年，严嵩的心腹胡宗宪奉命总督江南军务。赵文华和罗龙文则随他南下，负责清剿倭寇之事。此时的倭寇，以舟山群岛等地为巢穴，神出鬼没，凶残异常。赵文华、罗尤文统领的剿定部队作战无力，屡战屡败，不久，嘉兴城也落入了倭寇手中。城陷之日，罗龙文怆惶随军逃命，没来得及携走美妾王翠翘，王翠翘不幸落入倭寇手中。
当夜，王翠翘与许多稍有几分姿色的妇女被关到了城外一座寺庙中。第二天清晨，一个倭寇头目来寺中巡视，他一进门，王翠翘顿时大吃一惊，眼前这位魁梧剽悍的汉子，不就是当年曾寄居她家的明山和尚吗？她情不自禁地惊呼了一声，那汉子马上注意并认出了她，果然就是明山和尚。
原来明山当年走后，生活没有着落，便与盗匪结交，加入了倭寇一伙。他原先在罗龙文家就看中了王翠翘，如今真是天上掉下个林妹妹，立即娶王翠翘为妻。王翠翘此时没有别的办法，只得依命。好在明山对她恭敬有加，夫妻十分恩爱！
一段时间之后，胡宗宪主政浙江，想招降徐海。罗龙文听说这件事情之后，便通过胡宗宪的幕僚徐渭，请求见胡宗宪，主动请缨去劝降徐海。一天，罗龙文去见徐海。徐海一听是罗龙文来了，赶忙请至上座，准备了丰盛的酒宴，热情接待了罗龙文。喝到脑酣耳热之际，徐海请出王翠翘和绿珠来见罗龙文。双方叙了一些私事，罗龙文回去向胡宗宪作了汇报。胡宗宪根据罗龙文的建议，派人给王翠翘送了很多金珠宝玉，让她劝说徐海投降。
王翠翘对徐海晓以民族大义，劝他不要再为日本浪人作鹰犬，祸害自己的同胞。慢慢地，鲁莽无羁的徐海受到感化，产生了弃邪归正的念头。于是，徐海瞅准机会，擒杀了另外两股倭寇的本国首领陈东与王直，又设计活捉了日本浪人的统领麻叶。徐海和王翠翘都认为有了弃暗投明的资本，就押着麻叶，带了十几名随从，赴桐城向官兵督帅献俘并请降。
胡宗宪、赵文华等人坐在堂上，徐海由昔日故交罗龙文引入，叩见督帅并谢罪。胡宗宪离座而起，走近他安抚道：“老夫一定向朝廷请求赦免你的罪过，还将为你请赏！你要记住，以后不要再造反了。”
徐海谢过督帅，正暗自高兴时，阴险卑鄙的赵文华却一声令下，一面叫人擒住了徐海，一面又下令发兵突袭徐海的老巢。因赵文华是严嵩门下的红人，胡宗宪身为督帅，却也不敢管束他的行为。由于徐海的部众没加防备，很快就被赵文华派去的官兵一举消灭干净，赵文华便提着徐海的头颅进京请功去了。
徐海被歼灭，胡宗宪很高兴，大宴官兵，自己也喝得烂醉。席间，胡宗宪还命王翠翘来陪酒唱歌，酒醉之时，胡宗宪还调戏了王翠翘。胡宗宪醒酒之后，便将王翠翘送给降将永顺酋长。王翠翘什么话也没说，跟着永顺酋长就去了。船行到钱塘江口的时候，王翠翘越想越难过，长哭道：“明山（徐海）对我那么好，而我以国事诱杀之！是我害死了他，我还有什么面目苟活在世上呢？”于是向着放声大哭，跳海而死。
王翠翘死后，她的故事广为流传。清顺治，康熙年间，越南诗人阮攸向往中国传统文化，到南京游学，被这个悲剧故事所感动。他将余怀的《王翠翘传》及青心才人的《金云翘传》携回本国，花了一年时间，改写为越南“喃传”《金云翘传》，并搬上了越南舞台。《金云翘传》不仅享誉越南，地位极其重要，大致相当于四大名著在中国古典文学中的地位，而且被译成中、英、德、法、俄、日、捷克等多种文字，成为世界文学遗产。王翠翘，也因此而享誉东南亚，成为东南亚家喻户晓的人物。