学习小组Day3 笔记-Linux环境下的软件安装（徐擎昱）

今天初步学习Linux环境下的软件安装

1. 准备工作，安装bzip2

yum install -y bzip2

2. 安装Miniconda进行软件管理（作用相当于App store，90%以上软件都能搜到并一键安装--摘自生信星球）

step1. 登录服务器，进入建好的biosoft目录存放软件
cd biosoft
step2. 下载miniconda脚本

Miniconda官网截图

鼠标右键复制Python3.7+Linux 64-bit(bash installer)，因为我的服务器是64bit；
输入命令wget+复制的软件下载地址（Linux系统中，鼠标左键为复制，右键为粘贴），如下
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
step3.安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路ENTER，YES，安装结束后输入YES
step4.激活miniconda
source ~/.bashrc

命令行输入conda，出现满屏信息说明安装成功。
注意！注意！我这里是德国，属于境外地区，不需要添加国内镜像！加了国内镜像之后，后续使用conda安装软件会报错，直接导致软件安装失败！血泪史！
附：国内镜像地址，复制之后ENTER运行：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes

3. 使用conda

1. 查看当前所有软件列表
   conda list
2. 搜索软件，例如搜索质控软件fastqc
   conda search fastqc
3. 安装软件
   conda install fastqc -y（默认最新版）
   conda install fastqc=0.11.4 -y （指定版本号）
4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y
   注：加上-y是自动安装

4. conda环境

生信实战中，需要分析基因组、转录组等多个项目，每一个项目需要不同的软件，软件之间的结合也是有版本要求的，所以需要定制不同的操作环境“conda environment”，安装不同的软件，互不干扰。

step1.先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)

step2.如处理转录组数据，建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（两个一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看一下我们的conda环境
conda info --envs
（默认还是base）

step3.激活新的conda环境
source activate rna-seq
（这时默认的*会转移到rna-seq前面，在用户名root前出现了 (rna-seq) ）

step4.卸载一个环境中的软件

1. 卸载某个软件
   conda remove -n rna-seq fastqc -y
2. 全部卸载，也就是卸载这个环境
   conda remove -n rna-seq --all
   注：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，不要把自己删除

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参考和引用：生信星球训练营教程