cytoscape 3.6.1 简单操作笔记

构建网络

• 导入数据构建网络

1、 File->Import->Network-->File;或者直接点击快捷选项.

2、选择你要建立连接的两列，Source列为自身id，target列为当前id所在的簇

3、设置好之后点击 OK

• 导入Lable文件（也就是后面提到的Column选择的对象）

1、导入节点属性File->Import-> Table 选择需要导入的属性文件（如选择每个节点对应的簇）点击 import，或者直接点击快捷选项.

2、默认设置，点击OK

• 设置网络风格

  Control Panel -> Style

  
  
  

1、Style —>Network—>对整个网络风格进行设置

设置背景颜色

整体网络风格
点击 default可以选择合适的风格，一般我会用 BioPAX

2、如设置Node的颜色
Style —>Node(一般默认)—>Fill Color

备注：Column：选择要涂上颜色的对象可以是单个、几个或者一簇，多簇；Mapping Type: 主要有三种类型，Continuous、Discrete 和 Passthrough ,
如选择Continuous类型（因为这里只有两簇，所以min=1,max=2）

3、如设置Node的形状
Style —>Node(一般默认)—>Shape

4、Style —>Edge—>对边的风格进行设置（一般不需要）

注意：如果需要对整体网络风格进行设置的话，建议先进行整体网络风格的设置，因为设置完这个网络风格之后，之前选择的对Node/Edge的设置都会消失，这样的话会很忧伤。

5、Style —>自由发挥设置你喜欢的网络风格。