Aspera工具安装与使用

在进行高通量分析的过程中，经常需要从NCBI或EBI下载动辄几十G的高通量数据，这东西，就算是神如迅雷，也是应付不了了，这个时候，为了加快传输速度，我们需要使用Aspera来高速传输了。

概览

1. 下载安装文件
2. 准备工作
3. 使用方法

下载安装文件

首先到官网选择对应系统版本，并下载

> wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
>tar -xvf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz

解压之后，得到一个脚本，运行之

>sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh

运行完了之后，整个安装过程就完成了，其会在~目录下生成.aspera目录，其所有文件均在这个文件夹下。

准备工作

为了方便使用，我们需要进行一些准备工作，首先，需要将脚本位置加入环境变量以方便使用（不加入环境变量也可以，每次拷贝~/.aspera/connect/bin/ascp文件到需要下载的目录）

>sudo vim /etc/profile

在文件的末尾加入

export PATH="/home/andy/.aspera/connect/bin:$PATH"

注意替换你的用户名，保存之后为了使其生效

>source /etc/profile

然后，我们需要拷贝密匙文件，以方便我们使用

>cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/

最后拷贝一个协议文件

>sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

至此，准备工作完成

使用方法

一般在NCBI中下载数据，我们能够得到类似的链接

ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX189/SRX189773/SRR576933/SRR576933.sra

在使用Aspera下载时，我们需要去除前面的域名，使用如下命令下载

>ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX189/SRX189773/SRR576933/SRR576933.sra .

一定要注意最后的.，表示下载到当前目录！-i指向我们刚刚复制的密匙文件！
同理，在EBI中下载，我们得到如下的下载链接

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR576/SRR576933/SRR576933.fastq.gz

同样去除其域名，使用如下的命令下载

>ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/vol1/fastq/SRR576/SRR576933/SRR576933.fastq.gz .

其次，还可以使用批量下载方法，首先我们需要创建一个记录了下载链接的文件file-list,其内容如下

/vol1/fastq/SRR576/SRR576933/SRR576933.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR576/SRR576934/SRR576934.fastq.gz

然后使用命令

>ascp -QT -k1 -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list file-list

这其中，还有-QT参数，表示开启断点续传，-l带宽限制，启用该设置能够再次加快速度，从原来的10M/s到达20+M/s。