RepeatModeler

安装和使用
参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ%3D%3D&chksm=ec0dc40bdb7a4d1d7005b73d137ec1daee126d5788eced57c63e4244c608e67e8d54ead194e0&idx=1&mid=2247483777&sn=a972f8af305f2b9b6960785a092ee7e4

cd c++
./configure --with-mt --prefix=/public/home/zhenboying/biosoft/RMBlast/rmblast --without-debug
后来发现官网貌似有编译完成的版本，远离编译长命百岁啊，所以我决定去配置一下
官网http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
Prerequisites

1. perl 版本perl 5.8.0 or higher installed 。
   perl -v

我的是perl, v5.10.1满足要求。

重新做：

1. 因为rmblast编译一直报错，所以决定找找bindary 结果在ncbi官网找到了
   wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/rmblast/2.2.28/ncbi-rmblastn-2.2.28-x64-linux.tar.gz
   解压后添加环境变量直接使用。但是如果要让RepeatModeler 调用，需要在文件夹中添加另外两个程序：blastx和makeblastdb。系统中之前有装过，我直接拷过来了。
2. 然后下载trf单独存在一个文件夹里面
   3.下载perl编译的版本https://github.com/rmhubley/RepeatMasker。 我的c编译器一直有问题 ，经常报错，所以一般下载编译好的或者其他编译器做的。下载后解压
   下载Dfam.hmm数据库:
   cd RepeatMasker-master
   cd Libraries
   wget http://dfam.drg/help/tools/Dfam.hmm
   tar -xvf Dfam.hmm.tar

ok!!!!
cd RepeatMasker-master
perl ./configure
按照要求输入之前安装的东西的相应路径

image.png

至于调用哪个程序好一点我再查查。。。。。