Gephi 入门使用

第一部分： Gephi 的安装与基本使用

1．安装 Gephi

下载地址： https://gephi.github.io/users/download/，下载后安装即可，如果能够正常打开 Gephi，跳过下面提示。
提示：如果安装完后出现“cannot find java 1.6 or higer”，解决方法如下，点击链接 http://www.itmop.com/soft/downinfo/7809.html，下载安装，安装jdk之后便可正常打开 Gephi。

2．基本使用

（1）文件导入

点击菜单栏中的“文件” —“打开” 后即可输入选择的文件，支持的文件类型有很多，可以在“文件类型” 中选择，输入文件后产生一个输入报告，报告中有关于节点和边的信息等。点击输入报告中的“确定” 后，产生一个初始图像。若要从数据库中导入，则选择“文件” —“输入数据” —“边名单” 。若要随机生成一个随机图，则选择“文件” —“生成” —“随机图” ，可以输入点数和连线的概率。
（2）可视化操作
可以滚动鼠标滑轮，对图像进行放大缩小，点击鼠标右键可以将图形进行拖动。
（3）布局/流程
可以选择下拉框中的 12 种布局方式，前六种是主要布局工具，后面六种是辅助布局工具。选择一种布局算法，点击运行即可看到布局效果。最常用的是力导向算法（Force Atlas 和 Forceatlas 2）、圆形布局和胡一凡布局。

（4）统计
图的特征可在统计功能模块中计算得到，其模块如左图。单击左图中标记区域，可计算相应的图的特征数值，如要查看详细内容，可单击“问号”图标 产生相应的报告。

（5）排序
排序模块如下图，基本功能在图中标示。

（6）分割
分割也是一种归类，把值相同的节点或边用不同的颜色标示出来，还可把值相同的节点组合成一个节点。
（7）过滤
在作图过程中经常需要把一些值相同的节点或边选择出来，此时需要用到过滤工具，通过过滤功能实现选择或者将符合条件的节点和边过滤出来。
（8）预览
预览是输出控制的环节，在预览界面可以对前面编辑的图形做最后的美化，包括图形外观样式的选择和显示细节的调整，之后便可导出图形。

第二部分 : Gephi 可视化步骤

1.Les Miserables 样例可视化步骤

以 Gephi 自带样例“Les Miserables” 为例， 可视化步骤如下：
（1）打开 Gephi 软件，在弹出的欢迎窗口中选择“样例——Les Miserables.gexf”，选择“Directed”，单击“确定”，可以看到如下图样式的图像， 因为网络图是随机生成的，所以每次打开看到的图形可能会有些不一样。



（2） 利用鼠标可以完成一些基本的操作。 例如，按住右键移动图形，滚动滑轮放大缩小图形视图。然后选择“流程”模块，点击“选择一个流程”，选择“ForceAtlas” ,将斥力强度由 200 调为 10000，再点击“运行”，运行结果如下图所示。

（3）选择“排序”模块，在“选择一个等级参数”中选择“度”，点“运行”，在此模块左下角有“结果列表”按钮，点击之后会显示排序结果，例如 Valjean有 36 条联系，为所有节点中联系最多的节点，运行结果如下图所示。

（4）在“统计”模块中选择“边概述”下的“平均路径长度”，点击“运行”，选择“有向”，点击“确定”之后会生成一个报表，关闭即可。返回“排序”模块，选择“Betweeness Centrality”并运行，再选择此模块工具栏中的“钻石”图标，将最小值设为 10，最大值设为 50，运行后如下图所示。

（5）此时图形中的大节点会遮挡住小节点，返回“流程”模块，在“由尺寸调整”后打勾，则图中的所有节点不会有遮挡或重叠的情况。图像的下方有工具栏，点击 T 字状的图标可以显示标签，并可以利用工具栏调节线条的粗细，字体及大小等。

（6）点击“统计”模块“模块化”后的“运行”，再选择“分割”模块，点击“刷新”按钮，并选择“Modularity Class”点击“应用”。选择“滤波”模块，点“边”前面的加号将其展开，选择“边的权重”，鼠标左键点住不放将其拖到下方的“查
询框”下，并将滑条拖至“2”处，点击“滤波”，运行结果如下图所示。

感觉很丑、很别扭
（7）点击“预览”，在预设置中的“显示标签”后打勾并刷新，显示结果如下。

此时可将可视化的结果输出，点击左下角的“SVG/PDF/PNG”，可输出此三种格式。选择菜单栏中“文件”下的“保存”则可将结果保存。

2.总结：

可视化一般要经过以下几个主要步骤：
（1）打开文档或生成一个随机图；
（2）利用“排序、流程、统计、分割、滤波”五个主要工具对图形进行可视化，可视化的顺序一般也是按照排序、流程、统计、分割、滤波的顺序进行的；
（3）对结果进行预览，输出并保存

第三部分: 用 Gephi 计算网络指标并进行可视化

以分析浏览网站间的链接关系为例，计算其网络指标，并进行可视化，实验步骤如下：
（1） 通过浏览网站获取数据首先需要安装一个 Gephi 的 Http 代理插件，通过代理 Gephi 可以自动分析浏览网站之间的链接关系。代理插件名称为 Http gragh，插件下载地址： https://gephi.org/plugins/#/plugin/http-graph，下载的文件是一个以 nbm 为后缀的 gephi 插件文件，在 gephi 的主界面的工具—插件中，选择下载好的插件，然后按照提示安装即可。
（2） 安装成功后，在文件—生成—可以看到 http gephi。然后需要配置浏览器的代理服务器设置，设置为与 http graph 的 proxylistening 端口设置的一样就可以了，默认是 8088。


以 chrome 浏览器为例。 在 chrome 浏览器的“设置” 里选择“高级设置” 中的“更改代理服务器设置”
选择“局域网（LAN 设置）”，在“为 LAN 使用代理服务器” 前打勾

点击“高级”，将端口改为 8088 后点“确定”。

注意：这时候浏览器访问使用了代理，如果没有启用gephi的HTTP Graphi插件功能，则不能访问网站

启用插件之后就会显示

（3）打开浏览器，本浏览器以 360 导航为首页， 启动 Gephi，选择文件—生成—HTTP Graph，就会有图形出现，说明配置已生效，滚动滑轮并适当调大标签字体，则会生成下图所示的图像。

（4）再打开百度首页，输入 Gephi 并查询，则会生成新的的节点和边，根据访问的网页，会生成相应的节点，访问的网页越多生成的节点也越多。

（5）可以利用“统计”模块中的功能计算所需要的网络指标，我这里使用了模块化和统计里的变得权重。
（6）在排序模块中选择“度”，调整颜色，将节点的最大尺寸调为0到 50，在点击边，可对边的颜色进行美化，点击“预览” —“刷新”，即可得到如下图所示的图像。

（7）输出并保存文件即可
可以看出我访问的网站是从本地代理发出，主要访问两个网站：百度和csdn。