微生物组—宏基因组分析专题培训7月开课啦！北京
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子、宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。
关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。
课程简介
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立11个月，分享专业技术原创文章近200篇，关注人数20000+，累计阅读超2百万次。
为满足广大读者进一步学习的需求，现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程，进一步学习和交流宏基因组学分析技术，手把手带您快速入门、节约宝贵的时间，助力科研成果早日产出。
课程涉及主要内容如下：
一、宏基因组学概述
- 背景：国际微生物组、中国微生物组计划
- 研究对象：人、动物、植物、环境
- 研究方法：培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组……
- 宏基因组学的研究热点：培养组、肠菌与疾病、宏基因组关联分析(MWAS)、多组学联合分析……
二、宏基因组测序原理和实验设计
- 测序发展史与原理
- 样品制备、实验重复和测序数据量的选择
- 正确设计实验组与正/负对照
- 样品制作和建库中的误区、注意事项
- 宏基因组分析SCI文章的常用套路
- 宏基因组与扩增子优缺点比较
三、宏基因组常用结果解读
- 原始数据评估、组装结果好坏的判断
- 基于基因丰度样品、组间差异展示：相关性、PCA、PCoA、CCA等结果怎么看
- 差异物种展示和功能通路结果常用图
- 圈图用场景：多层级比例、差异、基因拼接展示、分类功能基因来源分布等
- 韦恩图、三元图展示三组及多组间相同与不同
- 网络图与分组、环境因子相关的意义
四、宏基因组分析流程讲解及实战
- 实验设计的编写原则
- U/Vsearch扩增子分析流程——Windows笔记本也能轻松完成分析
- 基于PICRUST的16S预测宏基因组
- HiSeq数据的质控：fastqc, kneaddata Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 物种和功能组成量：metaphlan2, humann2
- 宏基因组拼接和评估：megahit, SPAdes、quast
- 基于kmer样品和组间差异分析：sourmash
- 基因注释：Prokka、MetaGeneMark
- 构建非冗余基因集：cd-hit
- 基因丰度估计：bowtie2, bwa, salmon等方法快速基因丰度定量，后续可进行PCA、PCoA、CCA等整体组间差异比较；也可进一步进行edgeR、metastat、Lefse进行组间差异基因分析；
- 物种注释：获得非冗余基因集物种注释信息，结合第8步丰度值可进行组间差异物种分析；
- 基因功能分类注释：代谢通路(KEGG)，同源基因簇(eggNOG)注释，结果8中丰度进行组间差异功能比较；
五、高级分析与可视化实战
- R语言统计绘图与可重复计算
- 宏基因组中鉴定单菌(分箱bin)：Maxin, metabin
- Bin结果评估及可视化：CheckM, VizBin
- 宏基因组可视化：Circos、Anvi’o
- 有参宏基因组分析：MetaPhlAn2、Humann2
- 在线绘图：Echart、METAGENassist
- 在线流程：MEGAN、MG-RAST、EBI-metagenome、
- 网络分析: igraph、WGCNA、Cytoscape
- 其它常用：Graphlan、Krona、iTol
你能得到时什么
深彻理解生物测序数据的基本思想
宏基因组分析三种模式全面的解决方案，以及结果的统计分析
- 16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
- 宏基因组数据Humann2定量物种和功能
- Denovo宏基因组拼接和binning
- 结果的差异比较和可视化
主讲教师
主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
助教团队
十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
培训时间
2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课当天课前半小时内
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
- 原价 6999 元/人，
截止 2018-06-29 4199 元/人
之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐) - 名额有限，本次课程报名满40人后自动关闭报名通道，目前己有澳大利亚、广州、广西、武汉等30余名朋友报名，仅剩不到十个名额了。
- 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
暑期促销优惠活动
在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。
- 赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
- 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
- 多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
- 零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。
*注意事项
- 需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存，Google Chrome浏览器)。课程实战练习提供云计算平台。
- 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
- 上课期间禁止录音，录像。
- 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
- 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
- 不可先延期再退款。
更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。
复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页
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宏基因组相关学习资源
自学能力强、基础好的同学，如果把我们之前分享的资料全部掌握的话，应该可以自行解决本领域的绝大多数分析问题。
教程系列
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
统计分析及可视化
- Krona绘制物种或功能组成圈图
- microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
- MMinte：预测微生物群体内代谢物互作
如果基础知识体系不完善，自学存在困难的小伙伴，急时上车也是不错的选择。
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写在后面
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