1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下：(1)测序得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。(5)Reads组装成contigs/scaffolds。(6)组装结果评估。file2.reads质量控制(1)认识你的数据。(read类型，read数量，其GC含量，可能的污染和其他问题)(2)数据清理。(组装前清理原始数据可以使组

https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo

K值使用满足以下公式计算的最大奇数：4^K/genome>200做kmer有几种软件：SOAPdenovo2的Kmer

下载和安装https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/GapCloser/使用GapCloser-ascaffolds.fasta-binput_library.txt-ogapcloser_scaffolds.fasta-l149

目录1、基因组组装2、基于De-BruijnGraph的组装算法3、SOAPdenovo的安装和使用说明：安装、说明、配置、运行4、SOAPdenovo案例实战：数据下载、配置、运行、输出写在前面大家好

SOAPdenovo组装结果用SO

（可能有会点问题，但是先记录一下）下载地址：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo21.gitclonehttps://github.com/aquaskyline

基因学苑Q群：32798724通哥点评velvet是最早的用于二代测序的序列拼接工具，拼接效果还可以，不过我觉得不如SOAPdenovo效果好。

这个拼接软件版本比较旧，但是相对于SOAPdenovo来说比较方便。序列的拼接与组装是基因组测序数据处理中一个至关重要的步骤，对于高通量测序的海量短序列，拼接与组装显得尤为重要。

序列前后部分的重叠来拼接，适用于一代测序的结果，而后者是将reads切割成更小的片段k-mers，k-mers的组合来完成拼接工作，适用于二代高通量测序现在可以用的软件非常之多，比如说:clc(收费的)，SOAPdenovo

目的：比较下目前常用的四款拼接软件：Velvet、SPAdes、SOAPdenovo、ABySS1.FastQC——质量评估FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，并生成网页版的报告

SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的denovo草图。

目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（CeleraAssembler、PBcR），deBruijnGraph（SOAPdenovo）和StringGraph

比较了，SOAPdenovo,VelvetandSPAdes，三种assembler。SOAPdenovo速度比较快效果比较好。Quastcommand用于评估assembly的质量。

前情回顾Metagenome组装的具体处理步骤如下：1）经过预处理后得到CleanData，使用SOAPdenovo组装软件进行组装；2）对于单个样品，首先选取一个K-mer（默认选取55）进行组装，得到该样品的组装结果

主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找2seqtk:序列处理工具3SOAPdenovo2:基因组组装工具4samtools：格式文件操作软件（二代测序测序分析必备）5bedtools:Bedtools

基因组拼接基因组Survey：基因组大小、杂合度、重复序列含量评估拼接策略制定：二代、三代、Hi-C等拼接原理拼接软件：SOAPdenovo2、canu、pilon等基因组注释重复序列注释：RepeatMasker

欢迎关注"生信修炼手册"！基因组的的大小，杂合程度等因素都影响基因组组装的难易程度，目前市场上主流的有以下两种产品细菌/真菌基因组组装动植物基因组组装细菌/真菌基因组相对较小，组装难度较低；动植物基因组很大，而且杂合度很高，特别是多倍体植物，这对于测序和分析都是很大的挑战。对于测序而言，随着三代测序价格降低，对于小型基因组组装，可以直接进行三代测序；对于大型基因组组装，会结合二代和三代测序的数据；

SOAPdenovo2下载地址:https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2使用方法分为两步:第一步:构建配置文件,最简单的配置方法如下，详细的参考"example.config

比较流行的拼接软件如Velvet、Abyss和SOAPdenovo都使用该算法。该算法将已经非常短的reads再分割成更多个kmer短序列（k小于reads序列的长度

Ubuntu18.10SOAPdenovov2.04Version2.04:releasedonJuly13th,2012CompileJul9201311:57:16安装在这下载编译后的bin包https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2

常用的短序列拼接软件有：SPAdes、Velvet、SOAPdenovo、Abyss、MasuRCA

SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的denovo草图。