megahit

Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM

Megahit（宏基因组组装工具）原理基于kmer迭代的DBG算法。kmer：kmer指将reads切碎
苦中作乐613·2024-01-07 12:48

一文详解宏基因组组装工具Megahit安装及应用

要点Megahit简介Megahit的基本组装原理Megahit的安装和使用Megahit实战hello，大家好，今天为大家带来关于宏基因组组装工具Megahit的超详细安装及应用教程。
JaneMarple️·2024-01-07 12:47

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步。在考虑如此复杂的数据之前，不妨先看看单个基因组组装的常规步骤：首先，通过shotgun测序产生reads，然后利用连续reads之间的重叠信息（overlap）进行组装产生
Neptuneyut·2024-01-07 12:15

宏基因组：MEGAHIT组装拼接及quast评估

Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件：MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn
狗蛋儿张·2024-01-07 12:15

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:宏基因组装软件安装与使用

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB是目前比较主流的宏基因组组装软件metaSPAdes安装GitHub-ablab/spades:SPAdesGenomeAssembler#3.15.5
CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:43

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

基因组装配：MetaWRAP支持多种基因组装配算法，包括SPAdes和MEGAHIT等。根据用户的需求，可以选择不同的算法进行装配。基因组注释：Meta
小果运维·2023-12-24 02:01

宏基因组 - (1)基因预测与基因相对丰度的计算

仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～注明来意，请实名学校+名字-2.两组样品，目的是通过宏基因组找到两组间的差异以及差异的成因-1.原理略0.Megahit
深山夕照深秋雨OvO·2023-11-17 16:22

宏病毒组（四）|病毒注释软件介绍

在上篇推文中小编给大家详细介绍了组装软件——Megahit超详细安装及应用教程，接下来给大家介绍2款常见的病毒分类注释软件。
百易汇能生物·2023-08-03 00:49

Mac OS megahit安装

mkdirmegahitcdmegahit/gitclonehttps://github.com/voutcn/megahit[email protected]_INCLUDE_PATH
黄臻·2023-02-06 04:42

基于华为云弹性云服务器ECS（搭载openEuler的鲲鹏通用计算增强型）完成鲲鹏代码迁移工具实践【华为云至简致远】

一、目标基于华为云弹性云服务器ECS，自行部署鲲鹏代码迁移工具，完成鲲鹏代码迁移工具实践——进行Megahit源码迁移。利用
·2022-08-08 16:58

shell-for循环处理宏基因组数据 - 2021-12-27

Megahit-宏基因组组装流程foriinXH*_1.fq.gz;doI=${i%_*}_2.fq.gzbase=${i%%_*}.megahitmegahit-1$i-2$I--k-list21,29,39,59,79,99,119,141
子春零六·2021-12-27 16:23

2019-12-19 学习记录2

Megahit组装Megahitmegahit-102_removed_host/${infile}/${infile}_paired_clean1.fq-2/02_removed_host/${infile
o迷幻天使o·2021-06-15 17:26

生信 | megahit 序列拼接

MEGAHITMEGAHITisasinglenodeassemblerforlargeandcomplexmetagenomicsNGSreads,suchassoil.ComparetoSOAPdenovo,itgenerateslongercontigsandconsumeslessmemory.参考文献：anultra-fastsingle-nodesolutionforlargeandc
rojyang·2020-09-15 14:58

宏基因组分析流程

BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染:Plants,Solanum_lycopersicumMultiple_Megahit最短co
猴头菇5518·2020-08-08 01:22

宏转录组学习笔记（二）

cicese-metatranscriptomics继续前面的学习，前面已经把软件安装完成，数据库准备好，下面就是分析的过程了，基本上按照原文的命令进行的，由于教程中没有给出tara_f135_full_megahit.fasta
zd200572·2020-08-08 01:10

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

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刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

MEGAHIT组装拼接及quast评估

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer测试数据刘博士帮助把测试数据建立了一个百度云同步共享文件夹，有非常多的好处，请读完下文再决定是否下载：1.下载被墙的数据；很多数据存在go
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

宏基因组分析4-宏基因组组装(MEGAHIT,IDBA)

MegaHithttp://www.l3-bioinfo.com/products/megahit.htmlhttps://github.com/voutcn/megahit安装sudoaptinstallg
l_lightning·2020-07-06 21:16

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

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刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战4.基因注释Prokka

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刘永鑫Adam·2020-07-06 07:55

宏基因组实战4. 基因注释Prokka

建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

宏基因组分析流程

基因组组装，推荐使用megahit和metaspades软件按照样本进行宏基因组组装，第一个软件快，第二个软件组装质量更好，但是更加耗时。基因预测，使用metagenemark
超人立志做国王·2020-04-06 12:59

宏基因组分析概述

测序数据预处理——质控：Trimmomatic测序数据预处理——质控统计：FastQC序列组装与基因预测——拼接：MEGAHIT序列组装与基因预测——ORF预测：Prodigal拼接和装箱binning
小王的学习杂记·2020-03-01 11:49

宏基因组：基因组组装之MEGAHIT

image.pngimage.pngimage.pngmegahit软件安装gitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmakemegahit
基因的生物信息学分析·2019-12-06 17:48
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