在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年4月12-14日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第四期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回看反复练习),"教—练—答—用"四个环节统一协调,真正实现独立分析大数据。
关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。
请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。
本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的内容,都是要带你亲自实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、扩增子分析标准流程、功能预测、统计分析以及各类高级分析(进化树、网络、环境因子、机器学习等),和CNS级图片修改排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是3年的崎岖之路,助力您真正玩转扩增子分析。
每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战操作,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。
编号 | 主题 | 简介 |
---|---|---|
11 | 分析平台搭建 | Win10:git、R、Rstudio、R包、STAMP、AI等 |
12 | Linux基础 | 简介、优势、常用操作、序列处理等 |
13 | R基础 | 发展史、生物学中应用、ggplot2绘图 |
14 | 图表解读 | 常用16种图表意义、使用场景 |
15 | 结果可视化 | 16种图表的数据整理和在线绘制 |
16 | 发表级图版制作 | Adobe Illustrator制作CNS标准图版 |
21 | 扩增子介绍 | 背景知识、分析原理、流程参数详解 |
22 | 扩增子分析流程 | vsearch+usearch跨平台分析流程 |
23 | STAMP统计分析 | 玩转样本筛选、差异比较和统计图表保存 |
24 | 多样性分析 | R语言实现多样性、物种组成和差异比较图表 |
25 | QIIME2 | Linux平台QIIME2私人定制流程 |
26 | 网络分析 | 文章解读,实战网络绘制和属性比较 |
31 | PICRUSt功能预测 | KEEG功能组成预测和统计绘图 |
32 | Faprotax,Bugbase | 细菌元素循环和表型层面功能挖掘 |
33 | 机器学习 | 随机森林分类回归,重现两篇Nature分析 |
34 | 进化分析 | 序列筛选、比对、进化树构建和美化 |
35 | 环境因子 | 文章解读,高分文章重现 |
36 | 研究热点展望 | 总结、把握研究热点、展望技术发展趋势 |
37 | 考试50题 | 自评学习效果、知识点回顾 |
41 | 答疑-线上 | 答疑、考试内容串讲 |
教程内容简介如下:
还在为没有Linux服务器而无法分析扩增子数据而苦恼吗?其实你的个人电脑就是扩增子分析的利器。易生信团队独创实现了跨平台的分析流程,在大家的Windows笔记本上可以轻松实现扩增子领域的绝大多数分析,第一节课带你轻松在自己的本本上搭建数据分析平台。
图1. 易生信首创基于Win10优化的扩增子分析流程,笔记本秒变大数据分析平台
推荐使用Windows10系统,8G及以上内存分析更流畅。 我们也会分享给大家在Linux上配置整个分析流程的代码 (Mac跟Linux类似,无须区别对待,但部分软件可能安装方式不同,未做深入测试,不建议参加培训时使用)。
同时讲解生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识,保证你高效、稳定的使用扩增子分析平台。
图2. Shell和R学习大纲,首创Rstuio中鼠标点击可完成Shell脚本和R语言分析,既打开生信的大门,又不会增加生物学家时间成本
针对很多老师缺少系统的生信背景,看不懂分析文章图表,更对绘制各式图表手足无措。
我们推出过如下两个系列,共16篇原创文章,对8种图形进行讲解和R语言绘图。
但这些只是入门,在培训上,我们将结合发表高水平文章,进一步讲解16种常用分析图型结果的原理和使用范围,让您不仅读懂图,更知道如何应用于自己的研究,并亲自轻松完成绘图。
针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题,易生团队针对常用16种图开发了免费绘图网站,一键出图,更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。
图3. 16种常用图形的绘制。可使用我们的在线绘图工具
为了让各种统计图片实现出版级的组图,特开设了一节Adobe Illustrator修图排版课,讲述基本使用技巧,轻松掌握精髓,让你文章图版档次向CNS看齐,轻松成为实验室的修图和拼图达人。
图4. AI排版本子图为CNS出版级组图示例(Science, 2016封面文章)
图5. 典型的扩增子结构模型图
之前我们发布了基于QIIME(引用13000+)+USEARCH(引用8000+)组合的史上最详细中文扩增子分析流程,累计阅读10000+。
同时在去年也推出了2018年正式接档QIIME的最新流程QIIME2的官方中文帮助文档,累计阅读5万+。
想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接点击上方链接学习。课上也会带大家用服务器操作,分享最新私人定制流程。
但上面两种分析流程仍有很多缺点,如需要Linux服务器,安装和操作复杂,学习时间成本过高等不足。
易生信团队组织宏基因组、生信宝典的一线生信专家,为广大生物学家,定制了一套安装部署简单、鼠标点击编程、支持主流操作系统、学习成本低、又灵活的扩增子分析流程,助力生物学家轻松分析数据,更专注生物学现象的挖掘。
图6. 扩增子分析流程金字塔,数据量从下向上逐渐减少
现在你可以在自己笔记本或台式机上轻松分析扩增子啦!并且支持最新的去噪生成ASV方法,想自己亲自分析的朋友,快来北京参加扩增子专题培训班吧!
图7. 常用宏基因组统计作图软件STAMP & LEfSe
引用过千次的STAMP绘制Extended barplot大家应该很常见,带你半小时速成。LEfSE引用超1700次,它的柱状图和圈图随处可见,但服务器超级难用,即上传痛苦,又要久等。我们为学员定制了国内专享服务器,随时为你服务。有服务器的伙伴还可以获得安装和使用的教程,在自己的服务器上可重复计算,不受网络和地域限制自己随时随地使用。
对于可重复计算要求比较高、对细节有进一步分析要求的学员,我们还会教大家当前最顶级的R语言统计分析框架,让你零基础轻松实现可重复计算,满足顶级文章的代码公开和网页可重复要求(这些资源在生信公司是价格几十万的绝密流程代码,一般人是没有机会见到的)。
图8. 数10种高质量图的R源代码实现可重复计算
在自己电脑上轻松修改输入文件、参数。可全程记录分析过程,保证从数据到发表级图形的可重复计算,让团队分析水平上升到大牛级别。
学习PICRUSt分析原理、常用结果展示样式及文章解读。实战进行官网、本地、在线分析,并对结果进行整理,方便STAMP、LEfSe以及R分析。下图为预测结果经STAMP快速分析的结果展示,学员可以在老师带领下35分钟内完成以上分析。
图9. 功能预测结果使用STAMP统计和可视化
对于不满足用KEGG功能预测和统计结果的小伙伴,我们还进一步讲解FAPROTAX (2016, Science)的分析,适合研究环境、元素循环的同行;此外还有BUGBASE分析,实现细菌代谢、厌氧性、革兰氏分类等表型预测,适合医学领域的同行使用。
图10. 重现两篇Nature文章机器学习分类和回归分析
上图:Wilck-2017-Nature,采用Adaboost进行分类和测试集验证准确率。
下图:Subramanian-2014-Nature,采用随机森进行回归、交叉验证、测试集检验模型准确率和热图展示特征OTUs时间序列变化。
高分文章离我们并不是遥不可及,在你的本本上,1个小时轻松重现每一个子图的分析和绘制。读懂这两类分析的结果。
图11. 两组网络比较、以及网络属性比较(Wang-2018-Gut)
还以为随便画个网络就能当文章的主图吗?这个时代早已成为历史。现在的高分文章,至少要求多网络比较,标配网络属性比较。在这里有微生物所微生物网络研究方向的博士,带你进入网络的世界,四步走实现即美观又有意义的网络分析:读懂网络——绘制单个网络——绘制多个网络——网络属性比较及可视化。这么前沿的技术,估计世界范围内只有这里会教你。
图12. 环境因子分析(Metcalf-2016-Science)
环境因子分析是很多研究的标配,常用的Vegan包引用过万次就知道它的重要性。但平时看到的图不是低分文章,就是不够美观。易生信团队精选Rob Knight团队2016年Science杂志中经典环境因子分析为例,让你的分析和可视化一步到位,向CNS看齐。
主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
陈同,博士。2015毕业于中科院遗传发育所,生物信息博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research X 2,Stem Cells and Development等高水平杂志发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》公众号,给你不一样的生信学习体验。
刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文11余篇,SCI收录8篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,分享宏基因组、扩增子原创文章500+篇,关注人数3.6万人,累计阅读超500万次。
陈亮,博士。2010年毕业于鲁东大学生物技术专业,2017年毕业于中科院微生物所微生物学博士。目前就职于中科院微生物所病原微生物与免疫学重点实验室,生物信息和计算生物学研究组,任助理研究员,主要研究内容为微生物生态学、宏基因组学等方面的数据挖掘和分析。
周欣,中科院微生物所硕博连续在读博士生(5年级),曾在加拿大农业部联合培养一年。熟悉高通量扩增子和宏基因组数据的处理及下游差异统计分析工作。目前主要研究方向为植物土传病害相关的微生物组学研究。
十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学:
2019-04-12 到 2019-01-14 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:提前一天或者当天都可以
北京市西城区鼓楼明德大厦附近 (北京会议较多,具体位置开课前1周通知)。
注意事项 *
更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。
易生信同时推出多门相关课程,连报优惠——同时选2门课,95折;三门课9折,4门及以上85折。还可与团购同时优惠!推荐扩增子(入门)+宏基因组(进阶)按顺序学习,祝你分析水平更上一层楼,成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!。
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