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高通量
极客天成签署 CCLA,携手openEuler社区共拓信创AI新天地
极客天成以
高通量
分布式集群存储为先锋,围绕软件定义、智能化、安全可靠,全链RDMA构建了完全自主可控的分布式存储产品线和解决方案,主要解决用户海量数据下的高性能低时延数据读写难题,可为用户的数据中心提供
极客天成ScaleFlash
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2024-08-31 14:32
人工智能
高通量
测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
lantary
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2024-03-08 09:58
扩增子质控流程多,专属名词来揭晓
在
高通量
测序王国中,Rawreads(或rawdata)已不陌生,但在扩增子测序的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词,这些名词代表什么,分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7
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2024-02-26 16:53
生信工具 | 测序数据质控与过滤 - fqtrim
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除
高通量
测序仪产出的测序数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量
·
2024-02-23 02:36
程序员
转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
转录组测序(RNA-seq)将细胞内某一类型(或全部)的RNA逆转录成DNA,通过
高通量
测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
2022-01-03
CellReports|
高通量
可视化DNA修复细节原创图灵基因图灵基因2022-01-0318:15收录于话题#前沿分子生物学技术来自国家癌症研究中心(CNIO)和马萨诸塞州总医院的研究人员开发了包括机器学习和
高通量
显微镜在内的新方法
图灵基因
·
2024-02-20 08:08
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合
高通量
测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
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2024-02-15 04:49
Python 资源大全(七)
官网bcbio-nextgen:这个工具箱为全自动
高通量
测序分析提供符
忘了呼吸的那只猫
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2024-02-14 05:46
06
高通量
测序-RPKM,FPKM,and TPM
RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度(Million)测序越深,就有越多的read比对到基因上。基因长度(kilobase)基因越长,就有越多的read比对到基因上。现在他们想让我们使用TPM——(Trans
不到7不改名
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2024-02-13 20:56
2019-07-15
科研人员通过
高通量
药物筛选将虾青素鉴定为一种新
晓夜子谈
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2024-02-13 05:11
高通量
测序的前世今生
“
高通量
测序”这词我想大部分人都不会感到陌生,因为现如今它算得上是一个比较热门的领域,但是您又知道多少关于
高通量
的知识呢?接下来小编来聊聊它的前世以及今生,带您走进
高通量
测序的世界。
南博屹生物医学
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2024-02-11 21:53
腾讯AI大佬详解Apache Kafka实战
该项目的目标是为处理实时数据提供一个统一、
高通量
、低等待的平台。Kafka是一个分布式的、分区的、多复本的日志提交服务。它通过一种独一无二的设计提供了
笑起来真好看LQQ
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2024-02-09 08:53
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:
高通量
sunlight_yy
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2024-02-07 14:29
科技成果:AI在智慧农业中的应用科普
1.2精准投喂:采摘完毕后的放置工作2.通道式多用途智能分选机2.1简介2.2主要技术指标2.3市场前景3.
高通量
土壤成分智能检测机器人3.1原创性技术成果3.2技术亮点MyThoughtsReference
猛码Memmat
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2024-02-07 00:34
rob-agent
/
aigc
人工智能
机器视觉
机器人
图像分割
农业
14岁的男孩说想学生信,应该给予哪些指导?
前言随着
高通量
测序技术的发展,越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典
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2024-02-05 06:57
高通量
测序介绍
高通量
测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析
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2024-02-03 23:19
病原菌共感染研究思路
随着测序的发展,应用
高通量
转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入,今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用,希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考
爱基百客
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2024-02-02 15:43
学习
细菌
共感染
使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练)
真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练,也就是只要提供一个基因组序列即可,而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了
高通量
的
xuzhougeng
·
2024-02-01 17:40
2021-12-27
近年来,随着
高通量
测序技术的发展,人类已经可以从单碱基
图灵基因
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2024-01-31 23:49
外源赤霉素保护高粱幼苗免受精异丙甲草胺药害的机制研究
ThemechanismofexogenousgibberellinA3protectingsorghumshootsfromS-metolachlor Phytotoxicity发表期刊:PestManagementScience影响因子:4.462作者单位:河南农业科学院百趣提供服务:植物激素
高通量
靶标定量
09eb862dd2cf
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2024-01-29 15:52
[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释
后来
高通量
测序时代,又开发了GSNAP支持
高通量
数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。
巩翔宇Ibrahimovic
·
2024-01-29 14:11
RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2
在比较
高通量
测序分析中,一项基本任务是分析计数数据,如RNA-seq中每个基因的Readcount,以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离
90066456ace6
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2024-01-29 12:48
学习小组DAY7笔记--路超杰
思维导图
高通量
测序二代测序的专业名词flowcell:测序反应的载体/容器,1个flowcell有8个lanelane:测序反应的平行泳道,试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile:每次荧光扫描的位置,肉眼是看不到的双端测序
Imimp
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2024-01-27 01:24
前沿综述 | 利用机器学习进行多组学数据分析
随着
高通量
组学平台的发展,生物医学研究大多采取了多组学技术结合的方法,不同组学来源(如遗传学、蛋白质组学和代谢组学)的数据可以通过基于机器学习(MachineLearning,ML)的预测算法进行整合,
尐尐呅
·
2024-01-26 20:20
全反式维甲酸(ATAR)诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程
高通量
染色体
d5c9c866171f
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2024-01-24 11:45
第06周-
高通量
药物筛选对Rhabdoid tumors
高通量
药物筛选对Rhabdoidtumors文章是:High-ThroughputDrugScreeningIdentifiesPazopanibandClofiliumTosylateasPromisingTreatmentsforMalignantRhabdoidTumors
小梦游仙境
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2024-01-23 09:03
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
该技术利用
高通量
测序技术,对大量样本进行转录组测序,并通过对测序数据进行分析,识别与特定表型或疾病状态相关的基因和转录本。3'aT
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用
高通量
测序技术
d5c9c866171f
·
2024-01-22 22:29
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#
高通量
测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
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2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
生物信息基础:pysam读写基因组文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了
高通量
测序库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:37
python
开发语言
2021-05-17 MAGeCK
CRISPR筛选是一种在单一实验中研究多个基因功能的
高通量
技术。在筛选实验中,sgRNA被设计、合成并克隆到一个慢病毒
谢某丶
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2024-01-22 05:08
高通量
测序数据质控神器Trimmomatic
简介
高通量
测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等,为消除其对后续分析准确性产生的影响,在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。
kongxx
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2024-01-21 15:56
04
高通量
测序-R实现主成分分析
R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分(LoadingScores),以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先,让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵,在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu
不到7不改名
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2024-01-21 12:35
学习小组Day7笔记--Monomania
2020年4月20日Day7:测序知识今天学习的主题是测序的相关知识,主要是测序技术的历史、
高通量
测序的分类以及一些相关的测序基础知识。学习资料有点多,感觉一时半会儿也不能全部理解,得多看看总结总结。
Just_Monomania
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2024-01-19 18:46
文献翻译--ASpedia:人类选择性剪切的综合百科全书
通过
高通量
数据集的差异选择性剪接分析,已经鉴定出数百或数千个剪接区域。然而,很难解释每个拼接事件的功能影响。蛋白质结构域的形成和无义介导的衰退被认为是剪接的主要功能特征。
ECHO1216
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2024-01-18 03:06
小白使用GSEA的注意事项
经过不断的试错,我终于找到了目前看过最好的GSEA教程,在细节之处非常贴心,小心心送给你~传送门:ChevyXu的
高通量
测序数据处理学习记录(三):Path
墨墨如
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2024-01-17 15:26
如何从Hi-C数据中快速分析影响疾病的DNA结构?
Hi-C,一种衍生于染色体构象捕获技术(3C)的
高通量
技术,实现了全基因组范围内染色体片段间相互作用的捕获检测,可得到染色体三个层级的三维结构:A/Bcompartment、拓扑相关结构域(TAD)、染色质环
尐尐呅
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2024-01-17 00:25
HDMAC-不会R语言也可以用Lasso筛选高维数据了
摘要
高通量
基因组技术的最新进展培育了对统计工具的日益增长的需求,以方便分子识别作为潜在的预后生物标志物或个性化精准医学的可药用靶标的鉴定。在这项研究中,研究人员开发了一个
医科研
·
2024-01-16 22:18
AMSET快速安装教程
可在
高通量
计算工作流程中使用,以精确筛选载流子迁移率、寿命和热电功率。
DFT计算杂谈
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2024-01-15 17:18
linux
centos
运维
服务器
python
“
高通量
虚拟筛选:开启中药/天然产物的宝藏之门,引领药效分子挖掘新纪元!“
随着科技的不断进步,
高通量
虚拟筛选技术已经成为中药/天然产物药效分子挖掘的重要工具。它利用计算机模拟技术,对大量化合物进行快速、高效的筛选,大大提高了药物发现的效率和成功率。
YHJX57
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2024-01-15 16:51
学习方法
经验分享
笔记
【深度探索:
高通量
筛选技术在中药单体化合物中的创新应用及潜力”】
第一天上午1.筛选策略基本原理及流程1.运用全新筛选策略快速发现新药先导化合物1.1全新筛选策略的基本原理1.1.1基于药效团模型的虚拟筛选方法1.1.2基于分子对接的虚拟筛选方法1.1.3全新先导化合物的筛选方法1.2全新筛选策略全新方法-用于先导化合物的快速发现2.中药单体化合物数据库的构建2…1二维数据库的构建和转换2.2三维数据库的生成2.3三维数据库的加氢加电荷和能量优化2.4三维数据库
YHJX57
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2024-01-15 16:50
数据库
人工智能
经验分享
学习方法
学习
细菌16S rRNA基因测序平台比较
1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术,是基于焦磷酸测序法的
高通量
测序系统,开创了第二代测序技术的先河。
JarySun
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2024-01-14 21:48
代谢组学及网络药理学研究技术与实践
网络药理学能够通过计算机模拟算法、运用组学、
高通量
筛选及网络分析等技术揭露药物-靶点-疾病之间复杂的网络信号关系,已经成为揭示生物系统复杂功能和行为的有力工具。代谢组学数据分析及网络药理
桃子0
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2024-01-13 00:16
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848(003)
写在前边虽然现在是
高通量
测序的时代,但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据,还是会有大量的需求去处理芯片数据,并且建模或验证自己所研究基因的表达情况,芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门
恩喜玛生物
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2024-01-12 08:26
数据库
100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676(002)
写在前边虽然现在是
高通量
测序的时代,但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据,还是会有大量的需求去处理芯片数据,并且建模或验证自己所研究基因的表达情况,芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门
恩喜玛生物
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2024-01-12 08:26
数据库
2018-04-10---关于FastQ和FastA(转载)
其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示,最初由Sanger开发,目的是将FASTA序列与质量数据放到一起,目前已经成为
高通量
测序结果的事实标准。
天秤座的机器狗
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2024-01-12 08:27
二代测序基础知识
二代测序基础知识二代测序基础概念(这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的)FQ数据格式
高通量
测序(如IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling
点滴生信
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2024-01-10 05:57
宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法
介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具,它可以将
高通量
测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本,专门用于组装多样性的无参考基因组。
小果运维
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2024-01-07 12:14
生信分析-bioinfo
idba_ud
基因组装
gene
assembly
2022-07-17
NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法:实现廉价和
高通量
原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=68.164
图灵基因
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2024-01-07 07:25
植株计数-密度估计-从高分辨率RGB图像中快速实现
高通量
植物计数
TasselNetv2+TasselNetv2+亮点安装准备数据推断训练使用自己的数据集引用TasselNetv2+该存储库包含TasselNetv2+用于植物计数的官方实现,详见论文:TasselNetv2+:AFastImplementationforHigh-ThroughputPlantCountingfromHigh-ResolutionRGBImagery《植物科学前沿》,2020郝路
OverlordDuke
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2024-01-04 11:22
计数
神经网络
CNN
python
密度估计
植株计数
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