转录组测序

Cell Insight | 单细胞测序技术又一新发现，可用于HIV-1和Mtb共感染个体诊断

国家感染性疾病临床医学研究中心/深圳市第三人民医院张国良团队携手深圳华大生命科学研究院吴靓团队，共同研究得出单细胞测序

尐尐呅·2024-09-16 10:28

用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

本文启发于上周开的单细胞转录组课程，本次课程由资深单细胞算法研究者戴老师主讲，深入浅出，各部分分析原理从理论到应用层面解释透彻，最新流程，最新代码，绝对值得学习。

生信宝典·2024-09-15 14:27

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇

博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。

lantary·2024-09-14 12:52

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

生信人应该这样来装软件(未完待续)

P1优先选择二进制可执行软件来安装不同组学任务模块比对重要全基因组测序/外显子测序找差异和变异转录组相关计数软件安装规律：二进制，下载解压，全路径调用#C语言查看在还是不在whichmakewhichcmakewhichjavawhichperlwhichpython

dandanwu90·2024-09-12 15:50

时空组专辑数据库文献详解 | 拟南芥叶片单细胞空间转录组图谱

深圳华大生命科学研究院等在自主研发的时空组学技术Stereo-seq基础上，针对植物样本具有细胞壁这一特性，建立了一套适用于植物的、单细胞化的空间转录组技术scStereo-seq（single-cellSpaTialEnhancedREsolutionOmics-sequencing

尐尐呅·2024-09-12 12:04

2020-01-28

01-2814:05西医除了追溯疾病症状与体征之外，更多借助于各种化验、检测手段和影像学，尤其是血常规和胸部高清CT影像加以诊断，还必须做咽拭子或下呼吸道分泌物寻找出病原体，例如有针对病毒核酸检测或培养测序和抗体滴度测试等

ab96a7f92f71·2024-09-12 08:56

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。

生信小课堂·2024-09-11 14:08

大模型日报2024-06-07

大模型日报2024-06-07大模型资讯大规模单细胞转录组学基础模型研究摘要:大型预训练模型已成为基础模型，在自然语言处理及相关领域取得突破。

赛博 AI·2024-09-10 14:16

seurat提取表达矩阵_10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程

刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html

幸福的小酒瓶·2024-09-07 18:25

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下：#样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000

武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:17

单细胞DNA测序方法比较及应用

Lorenz曲线：越接近对角线，测序覆盖越均一Bulk大量细胞测序MDA直接使用DNA聚合酶Phi29扩增均一度：Bulk>MALBAC>MDA3种方法测肿瘤细胞CNV：横轴-染色体序列；纵轴-测序的覆盖深度

6102·2024-09-07 06:26

慌张

最近在拼转录组的文章了，兴趣还是没有的，只有迫使自己必须去做。而文学书对于我，就是水对鱼的必须，几日不读闲书，我就抽抽成鱼干，整个人就没有活力，没有兴致。

品2020·2024-09-06 22:57

Trimmomatic 数据过滤

支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对fastq进行修剪。

生信编程日常·2024-09-06 06:52

单细胞转录组和表观组学图谱揭示效应、记忆和耗竭CD8 T细胞在不同细胞命运分化中的共享生物学特征（下篇）

文章信息文章题目：Longitudinalsinglecelltranscriptionalandepigeneticmappingofeffector,memory,andexhaustedCD8Tcellsrevealssharedbiologicalcircuitsacrossdistinctcellfates期刊：bioRxiv链接：https://www.biorxiv.org/cont

Davey1220·2024-09-04 23:15

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

它显示了特定基因组区域内测序读取的覆盖度，即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag

倪桦·2024-09-04 12:23

2022-01-14

Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组测序数据可视化,微生物组测序分析领域博主（一）不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组测序中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平

Tree_microbiome·2024-09-03 21:24

2022《Nature Plants》通过基因组组装揭示模式蕨类植物的动态基因组进化

本研究对水蕨（Ceratopterisrichardii）进行了染色体水平的基因组组装，以及相关的甲基组、转录组和代谢组分析。

iBioinformatics·2024-09-02 07:21

解惑深度学习中的困惑度Perplexity

语言模型(languagemodel)可以预测序列(比如一个句子)中每个时间步词元(比如一个句子中的逐个单词)的概率分布，继而计算一个序列的概率。

Axlsss·2024-09-01 20:11

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。

纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

1区9+非肿瘤纯生信，逻辑清晰易懂，机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊，抓紧上车！

生信小课堂·2024-08-30 17:58

论文阅读瞎记(四) Cascade R-CNN: Delving into High Quality Object Detection 2017

网络由一个检测序列组成，这些序列训练时会伴随IOU增长从而对FP样本更加有选择性地判别。检测器一个

码大哥·2024-08-30 15:58

肿瘤免疫微环境/免疫浸润分析

2.计算免疫微环境的常用方法：“实测法”，高精度的单细胞测序，SinglecellRNA-seq等手段。即一

期待未来·2024-08-30 15:02

7+非肿瘤纯生信，内容不多但思路值得借鉴！

生信小课堂·2024-08-29 04:59

跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析

转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容，R语言分析一般采用的是SCENIC包，具体原理可参考两篇文章。

KS科研分享与服务·2024-08-28 18:02

python调用statsmodels模块实现整合移动平均自回归模型(ARIMA)——以预测股票收盘价为例.md

数据集下载代码分析程序简介调用statsmodels模块对上证指数的收盘价进行ARIMA模型动态建模，ARIMA适合短期预测，因此输入为15个数据，输出为1个数据程序输入：原序列，需要往后预测的个数程序输出：预测序列

爆米LiuChen·2024-08-28 14:28

【好书分享第十期】大模型应用解决方案_基于ChatGPT和GPT-4等Transformer架构的自然语言处理（文末送书）

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。

屿小夏·2024-08-28 14:56

医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读

转录组学则是一门描绘细胞内全基因转录产物（RNA）图谱的科学，其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制，从分子层面解码生命的语言。

Magigene·2024-08-27 10:28

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官，单细胞RNA测序技术可以鉴定到大多数肝细胞类型，但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况，并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生

晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

《当人工智能牵手新兴技术：安全挑战与应对之策》

一、人工智能与生物技术结合的安全挑战1.生物数据安全风险人工智能在生物技术领域的应用，如基因测序和分析，产生了大量的生物数据。这些数据包含着个人的遗传信息，一旦泄露，可能被用于非法目的，如遗传歧视

程序猿阿伟·2024-08-25 22:03

2021-11-10

NatureMethods|空间转录组学整合分析可能带来新革命原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=28.544推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：内质网(ER)中错误折叠蛋白的积累导致

图灵基因·2024-08-23 13:12

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗

felix108·2024-08-21 21:30

如何处理NGS数据中的污染？

本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题，在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染，例如，我想测序拟南芥，其中由于实验员的操作不够干净，很容易引入一些人类的DNA，又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的

lakeseafly·2024-03-18 15:46

隐马尔可夫模型(HMM) ｜前向算法｜一个简单的例子说清计算过程｜一般步骤总结

如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是：给定模型及观测序列计算其出现的概率。

漂亮_大男孩·2024-03-16 03:03

10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析

在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。处于不同状态的细胞表达的基因不同，产生蛋白质和代谢物的动态重复序列，从而完成它们的工作。当细胞在不同状态间转变时，会经历转录重组的过程，其中一些基因被沉默，而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征，因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况

Seurat_Satija·2024-03-09 16:31

高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2

博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载，示例的命令如下:wget-cftp://

lantary·2024-03-08 09:58

扩增子质控流程多，专属名词来揭晓

在高通量测序王国中，Rawreads（或rawdata）已不陌生，但在扩增子测序的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词，这些名词代表什么，分析要关注哪些数据

ee00dc6faab7·2024-02-26 16:53

生信工具 | 测序数据质控与过滤 - fqtrim

fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序，可用于去除高通量测序仪产出的测序数据接头，poly-A尾，末端未知碱基（Ns）和低质量

·2024-02-23 02:36

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

按照转录组筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致？

Seurat_·2024-02-20 20:22

二代测序原理（Illumina）

虽然三代测序现在已经商用，但是目前的主流还是二代测序，尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道。那么，下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据。

白墨石·2024-02-20 13:10

【动植物研究动态】20220501文献解读

揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重测序数据

生物信息与育种·2024-02-20 09:53

【文献分享】拟南芥叶片空间转录组

空间转录组（SpatialTranscriptomics）是测量完整组织切片的总mRNA，将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合，并绘制所有基因表达发生的位置，获得生物过程复杂而完整的基因表达图谱。

jjjscuedu·2024-02-20 09:21

一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法

上一周Immugent写了一篇一文解决单细胞亚群注释的所有问题，引出了单细胞测序技术的面临的几大未解决的技术难题，其中最主要的一个问题就是由于测序深度不足产生的"dropout"现象。

生信宝库·2024-02-20 00:23

机器学习---HMM前向、后向和维特比算法的计算

HMMimportnumpyasnp#In[15]:classHiddenMarkov:defforward(self,Q,V,A,B,O,PI):#使用前向算法N=len(Q)#状态序列的大小M=len(O)#观测序列的大小

三月七꧁ ꧂·2024-02-19 23:23

MC学公卫·2024-02-19 18:22

生信学习小组Day7笔记--苏剑请

今日收获大致了解了第一到三代的测序历史、原理和特点深入了解了二代测序的过程，虽然还没能完全看懂以上知识点总结归纳于下面两图（以下知识点均为生信星球公众号提供）：生信Day7笔记1.png生信Day7笔记

苏剑清·2024-02-19 17:29

【文献速递】-肌萎缩性侧索硬化症分子病理的时空动力学

在这里，我们使用空间转录组技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量，以及ALS患者的死后组织，以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学，区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间

六博说·2024-02-19 16:35

科研汪的日常 21 科研中的套路与反套路

中等水平的杂志期刊中收录的文章相较水刊的质量会高很多，如XinZong等人在2021年的研究中首先通过对肠上皮细胞样品进行核糖体印迹测序和m6A-seq分析，找到靶分子YTHDF1和Traf6，由后续

007木子·2024-02-19 16:40

LSTM参数详解

LSTM（长短期记忆网络）是一种特殊类型的循环神经网络（RNN），主要用于处理和预测序列数据的重要模型。

实名吃香菜·2024-02-19 14:38

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