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转录组测序
推荐一份生物信息学入门很好的参考材料
这个是康涅狄格大学(UniversityofConnecticut)提供的一份教程,主要的内容包括1、生物信息学中经常用到的文件格式image.png2、linux操作系统和R语言的基础知识image.png3、
转录组
数据的处理流程
小明的数据分析笔记本
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2024-09-08 09:58
seurat提取表达矩阵_10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程
刘小泽写于19.10.15笔记目的:根据生信技能树的单细胞
转录组
课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html
幸福的小酒瓶
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2024-09-07 18:25
seurat提取表达矩阵
scRNA-data中的R值
愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们
测序
拿得到各个样本中基因的表达值,就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下:#样本间相似性:R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000
武艺晴小朋友你好
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2024-09-07 17:17
r语言
数据可视化
单细胞DNA
测序
方法比较及应用
Lorenz曲线:越接近对角线,
测序
覆盖越均一Bulk大量细胞
测序
MDA直接使用DNA聚合酶Phi29扩增均一度:Bulk>MALBAC>MDA3种方法测肿瘤细胞CNV:横轴-染色体序列;纵轴-
测序
的覆盖深度
6102
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2024-09-07 06:26
慌张
最近在拼
转录组
的文章了,兴趣还是没有的,只有迫使自己必须去做。而文学书对于我,就是水对鱼的必须,几日不读闲书,我就抽抽成鱼干,整个人就没有活力,没有兴致。
品2020
·
2024-09-06 22:57
Trimmomatic 数据过滤
支持SE和PE
测序
数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对fastq进行修剪。
生信编程日常
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2024-09-06 06:52
单细胞
转录组
和表观组学图谱揭示效应、记忆和耗竭CD8 T细胞在不同细胞命运分化中的共享生物学特征(下篇)
文章信息文章题目:Longitudinalsinglecelltranscriptionalandepigeneticmappingofeffector,memory,andexhaustedCD8Tcellsrevealssharedbiologicalcircuitsacrossdistinctcellfates期刊:bioRxiv链接:https://www.biorxiv.org/cont
Davey1220
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2024-09-04 23:15
Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程
它显示了特定基因组区域内
测序
读取的覆盖度,即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag
倪桦
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2024-09-04 12:23
r语言
Signac
coverageplot
2022-01-14
Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组
测序
数据可视化,微生物组
测序
分析领域博主(一)不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组
测序
中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平
Tree_microbiome
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2024-09-03 21:24
2022《Nature Plants》通过基因组组装揭示模式蕨类植物的动态基因组进化
本研究对水蕨(Ceratopterisrichardii)进行了染色体水平的基因组组装,以及相关的甲基组、
转录组
和代谢组分析。
iBioinformatics
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2024-09-02 07:21
解惑深度学习中的困惑度Perplexity
语言模型(languagemodel)可以预
测序
列(比如一个句子)中每个时间步词元(比如一个句子中的逐个单词)的概率分布,继而计算一个序列的概率。
Axlsss
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2024-09-01 20:11
深度学习
统计知识
深度学习
人工智能
数学建模
使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析(有参情况)
寻找差异表达的基因并识别它们的功能,是我们进行RNA
测序
的最主要目的。
纪伟讲测序
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2024-08-31 14:42
1区9+非肿瘤纯生信,逻辑清晰易懂,机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊,抓紧上车!
3两种相关疾病联合分析,包括非肿瘤结合非肿瘤,非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析4基于分型的非肿瘤生信分析5单细胞结合普通
转录组
生信分析目前非肿瘤生信发文的门槛较低,有需要的朋友欢迎交流研究概述:本研究首先使用
生信小课堂
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2024-08-30 17:58
论文阅读瞎记(四) Cascade R-CNN: Delving into High Quality Object Detection 2017
网络由一个检
测序
列组成,这些序列训练时会伴随IOU增长从而对FP样本更加有选择性地判别。检测器一个
码大哥
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2024-08-30 15:58
深度学习
人工智能
肿瘤免疫微环境/免疫浸润分析
2.计算免疫微环境的常用方法:“实测法”,高精度的单细胞
测序
,SinglecellRNA-seq等手段。即一
期待未来
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2024-08-30 15:02
7+非肿瘤纯生信,内容不多但思路值得借鉴!
3两种相关疾病联合分析,包括非肿瘤结合非肿瘤,非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析4基于分型的非肿瘤生信分析5单细胞结合普通
转录组
生信分析目前非肿瘤生信发文的门槛较低,有需要的朋友患者添加小编咨询生信分析咨询请关注生信小课堂研究背景
生信小课堂
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2024-08-29 04:59
跟着Cell学单细胞
转录组
分析(十二):转录因子分析
转录因子分析也是单细胞
转录组
常见的分析内容,R语言分析一般采用的是SCENIC包,具体原理可参考两篇文章。
KS科研分享与服务
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2024-08-28 18:02
python调用statsmodels模块实现整合移动平均自回归模型(ARIMA)——以预测股票收盘价为例.md
数据集下载代码分析程序简介调用statsmodels模块对上证指数的收盘价进行ARIMA模型动态建模,ARIMA适合短期预测,因此输入为15个数据,输出为1个数据程序输入:原序列,需要往后预测的个数程序输出:预
测序
列
爆米LiuChen
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2024-08-28 14:28
python
回归
开发语言
【好书分享第十期】大模型应用解决方案_基于ChatGPT和GPT-4等Transformer架构的自然语言处理(文末送书)
BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质
测序
、编码等各个领域中新应用的基础构件。
屿小夏
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2024-08-28 14:56
书籍推荐
chatgpt
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架构
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AI
医学组学1+1>2:代谢组+
转录组
/微生物组关联分析策略及案例解读
转录组
学则是一门描绘细胞内全基因转录产物(RNA)图谱的科学,其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制,从分子层面解码生命的语言。
Magigene
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2024-08-27 10:28
经验分享
科研盘点丨空间
转录组
技术在肝脏研究中的应用
哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官,单细胞RNA
测序
技术可以鉴定到大多数肝细胞类型,但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况,并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生
晶典教你玩转科研
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2024-08-26 23:34
《当人工智能牵手新兴技术:安全挑战与应对之策》
一、人工智能与生物技术结合的安全挑战1.生物数据安全风险人工智能在生物技术领域的应用,如基因
测序
和分析,产生了大量的生物数据。这些数据包含着个人的遗传信息,一旦泄露,可能被用于非法目的,如遗传歧视
程序猿阿伟
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2024-08-25 22:03
人工智能
安全
2021-11-10
NatureMethods|空间
转录组
学整合分析可能带来新革命原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:风不止步IF=28.544推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:内质网(ER)中错误折叠蛋白的积累导致
图灵基因
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2024-08-23 13:12
基因组+
转录组
助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究
派森诺与华中农业大学合作,在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗
felix108
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2024-08-21 21:30
如何处理NGS数据中的污染?
本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题,在
测序
中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染,例如,我想
测序
拟南芥,其中由于实验员的操作不够干净,很容易引入一些人类的DNA,又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的
lakeseafly
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2024-03-18 15:46
隐马尔可夫模型(HMM) |前向算法 |一个简单的例子说清计算过程 |一般步骤总结
如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是:给定模型及观
测序
列计算其出现的概率。
漂亮_大男孩
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2024-03-16 03:03
算法
隐马尔可夫模型
10X单细胞
转录组
个性化分析-拟时序分析
在发育过程中,细胞会对刺激做出反应,在整个生命过程中,从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。处于不同状态的细胞表达的基因不同,产生蛋白质和代谢物的动态重复序列,从而完成它们的工作。当细胞在不同状态间转变时,会经历转录重组的过程,其中一些基因被沉默,而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征,因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况
Seurat_Satija
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2024-03-09 16:31
高通量
测序
的数据处理与分析(二)-宏基因组2
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
lantary
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2024-03-08 09:58
扩增子质控流程多,专属名词来揭晓
在高通量
测序
王国中,Rawreads(或rawdata)已不陌生,但在扩增子
测序
的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词,这些名词代表什么,分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7
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2024-02-26 16:53
生信工具 |
测序
数据质控与过滤 - fqtrim
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除高通量
测序
仪产出的
测序
数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量
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2024-02-23 02:36
程序员
转录组
结果和qRT-PCR结果又不一致?!
按照
转录组
筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致?
Seurat_
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2024-02-20 20:22
二代
测序
原理(Illumina)
虽然三代
测序
现在已经商用,但是目前的主流还是二代
测序
,尤其是Illumina公司的
测序
方式更是大行其道。那么,下面我们从四个方面来说说illumina家的二代
测序
是怎么得到的生物数据。
白墨石
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2024-02-20 13:10
【动植物研究动态】20220501文献解读
揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重
测序
数据
生物信息与育种
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2024-02-20 09:53
【文献分享】拟南芥叶片空间
转录组
空间
转录组
(SpatialTranscriptomics)是测量完整组织切片的总mRNA,将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合,并绘制所有基因表达发生的位置,获得生物过程复杂而完整的基因表达图谱。
jjjscuedu
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2024-02-20 09:21
一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法
上一周Immugent写了一篇一文解决单细胞亚群注释的所有问题,引出了单细胞
测序
技术的面临的几大未解决的技术难题,其中最主要的一个问题就是由于
测序
深度不足产生的"dropout"现象。
生信宝库
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2024-02-20 00:23
机器学习---HMM前向、后向和维特比算法的计算
HMMimportnumpyasnp#In[15]:classHiddenMarkov:defforward(self,Q,V,A,B,O,PI):#使用前向算法N=len(Q)#状态序列的大小M=len(O)#观
测序
列的大小
三月七꧁ ꧂
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2024-02-19 23:23
机器学习
机器学习
算法
python
两则脐带血相关文献
[精读]一篇单细胞
转录组
测序
分析的文章:Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫
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2024-02-19 18:22
生信学习小组Day7笔记--苏剑请
今日收获大致了解了第一到三代的
测序
历史、原理和特点深入了解了二代
测序
的过程,虽然还没能完全看懂以上知识点总结归纳于下面两图(以下知识点均为生信星球公众号提供):生信Day7笔记1.png生信Day7笔记
苏剑清
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2024-02-19 17:29
【文献速递】-肌萎缩性侧索硬化症分子病理的时空动力学
在这里,我们使用空间
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技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量,以及ALS患者的死后组织,以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学,区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间
六博说
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2024-02-19 16:35
科研汪的日常 21 科研中的套路与反套路
中等水平的杂志期刊中收录的文章相较水刊的质量会高很多,如XinZong等人在2021年的研究中首先通过对肠上皮细胞样品进行核糖体印迹
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和m6A-seq分析,找到靶分子YTHDF1和Traf6,由后续
007木子
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2024-02-19 16:40
LSTM参数详解
LSTM(长短期记忆网络)是一种特殊类型的循环神经网络(RNN),主要用于处理和预
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列数据的重要模型。
实名吃香菜
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2024-02-19 14:38
深度学习
lstm
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rnn
肠道微生物研究的“法宝”
随着分子
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工具和技术的迅速发展,肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。
茗创科技
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2024-02-19 13:33
数据分析
单细胞
转录组
基础分析六:伪时间分析
本文是参考学习单细胞
转录组
基础分析六:伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
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2024-02-19 12:25
scIMC:scRNA-seq插补方法基准
在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件,它扭曲了基因表达,显著影响了单细胞
转录组
的下游分析。
tzc_fly
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2024-02-19 12:03
单细胞多组学分析
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宝藏R包:TCGA的
转录组
数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包,写包简化了芯片数据下游分析之后,我正想着写
转录组
下游分析的简化版,就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!
小洁忘了怎么分身
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2024-02-15 09:09
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量
测序
,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
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2024-02-15 04:49
利用三代转录本升级基因组注释(gff3)
因为课题需要,我们在前期组装了一个基因组并进行了注释,但是存在两个问题,一个是没有考虑可变剪切,另一个是注释的基因并不准确,三代
转录组
的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利,通过三代转录本比对到基因组,
郝永超M1racle
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2024-02-15 01:54
机器学习---概率图模型(概率计算问题)
1.直接计算法给定模型和观
测序
列,计算观
测序
列O出现的概率。
三月七꧁ ꧂
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2024-02-14 17:06
机器学习
机器学习
人工智能
2022-12-01
Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化(2)原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术,碱基特异性原位
测序
(BaSISS
图灵基因
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2024-02-14 08:35
单细胞
测序
最好的教程(一):质量控制
目前,国内对于单细胞
测序
分析的教程五花八门,百花齐放,一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
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