柳元景的营垒还没有建好，就被刘劭的部下詹叔儿窥视到了军中的情况，于是，他劝说刘劭赶快出兵迎战，但刘劭没有答应。
直到第二天，刘劭才派萧斌率领陆军出去作战，又命令褚湛之统领水兵，与鲁秀、王罗汉、刘简之率领精锐士兵上万人，一起进攻新亭的营垒，刘劭自己亲自登上朱雀门督战。
柳元景对军中将士说：“战鼓擂得过多，声势就容易衰退，呐喊助威时间太久，力量就容易枯竭。你们只管不动声色，竭尽全力作战，只听我的鼓声进攻。”
刘劭的将士都贪图刘劭许下的重赏，都殊死作战，如潮水般涌上阵地。柳元景虽然水路、陆路都被敌人围困，但其手下的将士却是斗志高昂，越战越强。他大旗下的勇士，全都被派出来投入战斗，左右只留下了几个人，用来传达号令。
刘劭的军队眼看就要大获全胜，鲁秀突然击鼓撤退，刘劭的将士莫名其妙地停止了作战。柳元景却趁此机会打开了营垒大门，战鼓齐鸣，乘胜进攻，刘劭的军队霎时间土崩瓦解，掉到秦淮河里被淹死的不计其数。
刘劭整顿士兵，重新率领剩下的将士，亲自前来攻打柳元景的营垒。柳元景率兵再次大破刘劭，杀死杀伤的士卒比前次更甚，刘劭手下的将士们争先恐后地投身马涧，以致于涧水都溢出了河道。
刘劭亲手诛杀后退逃命的士卒，可还是阻止不了军队的溃败。最后，刘简之战死，萧斌身受重伤，刘劭仅仅免于一死，逃回了宫内。鲁秀、褚湛之和檀和之一齐南下，投奔了声讨刘劭的军队。
四月二十四日，武陵王刘骏抵达江宁，二十五日，江夏王刘义恭单枪匹马南下投奔声讨刘劭的大军，愤怒的刘劭下令把刘义恭留在建康的十二个儿子全都处死。
京城内的刘劭和刘浚焦虑忧心，束手无策。于是，就用皇帝专用的辇车，把蒋侯庙的神像迎接到宫内供奉，向神像叩头，乞求神灵给予恩典，并拜蒋侯为大司马、中山王。刘劭又将始兴王刘浚任命为南徐州刺史，命令他和南平王刘铄一同主管尚书事务。
二十六日，武陵王刘骏驻军新亭，大将军刘义恭上表劝说刘骏登基即位。散骑侍郎徐爰在宫内骗刘劭说，自己要去追击刘义恭，于是徐爰也出城去投奔了武陵王刘骏。
这时，武陵王府内军事总部草草成立，大家都不知道朝廷的法令规章，这却是徐爰平时最熟悉的事情，正好在此大展身手，于是刘骏就让徐爰兼任太常丞，拟定安排皇帝即位时需要的礼仪。
二十七日，武陵王刘骏即皇帝位，实行大赦，文武官员赐爵一等，随从讨伐的升二等。同时，将刘劭加给父亲的谥号撤掉，改称文皇帝，庙号为太祖。
就在同一天，刘劭也来到金殿平台，封皇子刘伟之为太子，实行大赦，只有刘骏、刘义恭、刘义宣和刘诞不在赦令之列。
五月初一，臧质率领雍州将士二万人，抵达新亭，豫州刺史刘遵考派夏侯献之率领步骑五千人，驻扎在瓜步。
之前，刘骏曾经派顾彬之率领军队从东边进入，接受随王刘诞的管辖和调遣。刘诞派参军刘季之领军与顾彬之的军队一同前往建康，他自己率兵驻守西陵，作为后继部队。
刘劭派燕钦等人率兵前去抵抗这支军队，两军在曲阿奔牛塘相遇，燕钦等大败。刘劭于是沿着秦淮河竖立栅栏，以此自卫，又挖开破岗、方山埭的河堤，以断绝从东边进攻的军队。此时，京城的青壮年男子已经全部被征尽了，于是就征召妇女充当使役，建康城内处处哀嚎。
初二，鲁秀等人招募勇士去进攻大航，大获全胜。王罗汉听到讨伐大军已渡过秦淮河，就放下武器投降了，秦淮河北岸沿岸所有的守军，一个接一个奔逃离散，刀枪弓箭、战鼓仪仗，充塞了整个街道。
这天夜里，刘劭下令关闭台城六门，紧紧防守，又在门口挖掘了壕沟，立起栅栏。京城内部一片混乱，丹阳尹尹弘等文武将士们都争先恐后地跳出城墙，向讨伐军队投降。
刘劭在宫中焚烧了辇车以及加冕时的冠帽衣裳，萧斌命令他所统率的部队全体将士放下武器，脱下战服，从石头城顶着白旗前来投降。
刘骏下诏，命令在军门外将萧斌斩首。城内的始兴王刘浚劝说刘劭带着金银财宝乘船逃向大海，刘劭认为人心已经离散没有希望了，所以没有听从。
初三，辅国将军朱修之攻克了刘劭所据守的东府。初四，各路大军又攻克了台城，之后，又分别从各门涌进，在殿前会师，抓获了王正见，斩了他。张超之匆匆逃到合殿皇帝御床的地方，被军中将士将他挖心掏肠，生吞活剥了他。
建平王等七王从被囚禁的地方号哭着逃了出来，刘劭挖通西墙，自己藏到了武器仓库的井里，还是被卫队队副高禽抓住。刘劭问他说：“天子在哪里？”高禽说：“就在附近的新亭。”
高禽将刘劭押送到金銮殿前，臧质看见刘劭，不禁失声恸哭，刘劭说：“我这是天地不容，老人家为何哭呢？”又对臧质说：“我刘劭能不能请求流放到远方边疆之地？”
臧质说：“主上如今就在大航的南边，他自己自会对你裁决。”于是，就把刘劭捆绑在马上，送到了军营大门。
当时，到处找不到传国玉玺，就问刘劭，刘劭说：“玉玺在严道育那里。”立即派人到严道育处，果然拿到了玉玺。随即，刘骏下令将刘劭和他的四个儿子全部斩首。
始兴王刘浚带领随从几十个人挟持着四弟南平王刘铄向南逃走，走到越城时遇到了叔叔江夏王刘义恭。刘浚翻身下马，说：“南中郎将刘骏现在在做什么？”刘义恭回答说：“皇上现在已经君临天下。”
刘浚又问：“虎头（刘浚小名）我来得不晚吧？”
刘义恭回答说：“实在遗憾的是太晚了。”
刘浚又问：“我该不会被判死罪吧？”
刘义恭回答说：“你可以回到行宫，请求皇上的处罚。”
刘浚又试探地问：“不知道皇上还能不能赐给我一个官职，让我为他效忠尽力？”
刘义恭回答说：“这个不好估计。”于是，刘义恭就带着刘浚一起从越城往京师返回，走到中途就把他斩了，同时还斩杀了他的三个儿子。
刘劭和刘浚父子的头全都被砍下来悬挂在大航，他们的尸体也被拖到市集上曝尸示众。刘劭的妃子殷氏以及刘劭、刘浚所有的女儿、姬妾也都在监狱里被命令自杀。刘骏还下令将刘劭的住处挖成了一个大坑，里面灌满了污水。
刘劭的妃子殷氏在自杀之前，曾经哭着对狱丞江恪说：“你们刘家亲骨肉之间相互残杀，为什么要杀了我这个没有罪的人？”
江恪说：“你被立为皇后，这不是罪过又是什么呢？”
殷氏说：“我为皇后不过是暂时的罢了，他马上就该封王鹦鹉为皇后了。”
早在褚湛之投降刘骏大军后，始兴王刘浚就同正室褚妃（褚湛之之女）断绝了婚姻关系，所以，这次褚妃得以不死。
严道育、王鹦鹉全都被押到街上，用皮鞭抽打至死，又焚烧了她们的尸体，烧后的骨灰被扔到长江里去。殷冲、尹弘、王罗汉以及沈璞也全部被诛杀。
初八，建康城解除戒严。初九，刘骏前往东府，文武百官纷纷请求治罪，刘骏下诏不再追究。随后，刘骏尊封母亲路淑媛为皇太后，妃子王氏为皇后，王皇后的父亲是王导的玄孙，各位追随讨伐的将领各有封赏。