临床测序(WES, WGS)分析流程（一）基本流程+过滤
从指控->比对->BAM处理->call突变->合并gvcf都可参考我之前的GATK Germline Best Practivce
假设目前得到VCF test1.vcf（包含4个样本，其中一个为CJ-258）
Task1 提取CJ-258特有的突变 :
java -Xmx15g -jar GenomeAnalysisTK.jar -R ucsc.hg19.fasta -T SelectVariants -V test1.vcf -ef -o test1-clean.vcf
-ef表示过滤低质量的点
java -Xmx5g -jar GenomeAnalysisTK.jar -R ucsc.hg19.fasta -T SelectVariants -V test1-clean.vcf -sn CJ-258 -env -o CJ-258.vcf
-sn表示选择样本，-ens表示去除对应该样本为野生型的位点
java -Xmx5g -jar GenomeAnalysisTK.jar -R ucsc.hg19.fasta -T SelectVariants -V test1-clean.vcf -xl_sn CJ-258 -env -o CJ-258-other.vcf
-xl_sn表示提取非CJ-258的样本的点
java -Xmx5g -jar GenomeAnalysisTK.jar -R ucsc.hg19.fasta -T SelectVariants -V CJ-258.vcf --discordance CJ-258-other.vcf -env -o CJ-258-candidate.vcf
--discordance表示选择与CJ-258-other.vcf不一样的点
mkdir anno
table_annovar.pl CJ-258-candidate.vcf annovar2/humandb/hg19/ -buildver hg19 -out anno/CJ-258-candidate -remove -protocol refGene,genomicSuperDups,phastConsElements46way,esp6500siv2_all,exac03,1000g2014oct_eas,1000g2014oct_all,avsnp142,clinvar_20180603,scsnv,revel,mcap,cosmic68wgs,ljb26_all -operation g,r,r,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f,f -nastring . -vcfinput
ANNOVAR筛选
对于得到的结果，筛选方式：基于ExAC、1000G MAF<0.01/0.005过滤 --> CLINSIG/CLINVAR挑选致病和可能致病的位点
–> 若CLINVAR注释上，根据ACMG评估
–> 若CLINVAR没有注释上，选择nonsynonymous SNV（这里表示错义突变，非同义还包括其他类型）+ scSNV≠0的位点（可预测可变剪切）–> genomimcsuperdups>0表示位于同源区，过滤掉
自己的想法：以上是一种筛选方式，自己在做的方法（参考）：对SNV，nonsynonymous -> exonic/splicing -> exclude MAF > 0.01 in union(1000G, ExAC, dbsnp138nonflag) -> exlude dups -> prediction tools (SIFT, PolyPhen2, metaSVM等等）留下damaging的位点。对indel，exonic/splicing -> frameshift + stop change -> exlcude variant databases -> exclude dups -> select protein damaging loci。
注：LoF (frameshift, stop gain/loss, nonsense) + missense
经筛选之后，对于得到的位点对应的gene list，可以有2个工具对疾病和表型找找关联已经基因间相互关系。这里两个工具更多是对单基因病。
工具一：panelAPP 目前包含了222个panel的基因资料
工具二：phenolyzer 输入表型/疾病 + gene list + email可得到基因间关系，基因重要性等信息。有网页和本地版本。
补充知识和一些小技巧：
tip1 计算平均深度，已经1X，10X，20X等不同深度的比例:
java -Xmx3g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T DepthOfCoverage -R ucsc.hg19.fasta -o test1 -I WJ-2338.bam -L Agilent-v6.bed --omitDepthOutputAtEachBase --omitIntervalStatistics -ct 1 -ct 10 -ct 20 -ct 50