GATK

2018-01-25 linux 学习- 让程序在后台运行

有些时候你运行一个程序很长时间，但是突然你网络断了，或者不小心客户端除了问题，或者是客户端电脑要关机确实挺麻烦的，用一个命令解决nohup命令&这样程序就会在后台运行了PS：跑了30多个小时的gatk了还没跑完

小郑的学习笔记·2024-08-25 09:20

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex

Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

用conda下载安装gatk3.8并注册

现在gatk已经更新到gatk4了，但是gatk3.8还是有很多应用的场景，比如指定多线程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行浅）所以记录一下之前如何安装和注册gatk3.8的过程，以备不时之需

卖萌哥·2024-02-11 07:33

修改bam文件的染色体信息

背景在运行wes的数据流程的时候，生成marked.bam文件之后的染色体是12这样的，但是下载的gatk的人的基因组的fa文件的染色体是chr1chr2这样的信息，所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错

jiarf·2024-02-05 09:11

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。

小谷头·2024-02-05 00:49

关于sentieon的几点补充说明

准Broad研究所的GATK目前仍然是call变异软件中被业界认可度最高的，而sentieon是用的和GATK一样的数学模型，不一样的是对算法进行了改进，用sentieon的结果和GATK一样。

六六_ryx·2024-01-22 16:45

GATK4 Mutect2 call Short Variant

GATK4Mutect2callShortVariant先来看一下GATK官网对ShortVariant的定义：Shortvariantsincludesinglenucleotide(SNV)andinsertionanddeletion

JeremyL·2023-12-30 13:41

Linux中普通用户对Java JDK的配置

最近分析用到GATKHaplotypeCaller，在进行VQSR（变异检测质控和过滤）的时候，出现报错，如下：GATK运行报错现将解决方法记录分享一下~首先我对报错信息进行了谷歌，看了一堆网页以及报错信息之后迷迷糊糊觉得应该是因为

不想透明的小透明·2023-12-15 11:42

WDL语言入门

GATK首选的pipeline解决方案：WDL+cromwell****。目前，Cromwell是唯一支持WDL的全功能执行引擎。

基因组分析·2023-11-26 15:38

GATK4.0的更新

从去年开始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）进行人类基因组的SNVCalling工作。

栽生物坑里的信息汪·2023-11-23 13:07

gatk报错整理

gatk-Vgvcf报错报错内容AUSERERRORhasoccurred:Failedtocreatereaderfromfile:///...image.png报错原因：gvcf同目录下缺少idx文件解决方法

Amy_Cui·2023-10-30 18:43

一文详解GATK-HaplotypeCaller 变异检测原理和实战

要点1.GATK-HaplotypeCaller简介2.GATK-HaplotypeCaller的基本组装原理3.GATK-HaplotypeCaller的安装和使用4.GATK-HaplotypeCaller

香菇泡泡青·2023-10-28 04:15

GATK4 conda 安装

conda直接gatk并不完整，总会有问题，这里提供摸索后的conda安装解决方法#准备gatkcondaenv.yml,gatkPythonPackageArchive.zip来自下列网址压缩包https

Silver_42ac·2023-10-20 13:18

GATK3

1.要分析的序列名称中，一般不要有空格2.准备Reference文件(需为fasta格式)及比对1）Index处理：生成一个ref.fasta.fai的文件2）生成.dict文件：samtoolsfaidxreference.fasta``java-jarpicard-tools/CreateSequenceDictionary.jarR=reference.fastaO=reference.di

晓佥·2023-10-18 07:51

gatk4安装过程

配置环境SLES11PS1,anaconda3#################################$condacreate-ngatk419gatk4~/anaconda3/lib/python3.6

守望一株麦穗·2023-10-15 17:03

GATK 4.1.4.0 CreateSomaticPanelOfNormals

最近在做bloodtumorpaired外显子分析流程，看了一下GATK的论坛，在关于用对照样本作过滤的问题上，曾经的设置质量参数作硬性过滤条件的方法已经out，现在GATKbestpractice流程里是用大量正常对照样本训练一个正常模型

莎莉噢·2023-09-29 19:19

重测序分析

/sequences.fa（bwa建立索引）gatk--java-options"-Xmx8G-Djava.io.tmpdir=.

每天都想睡觉的阿源·2023-09-20 02:11

R语言发送邮件丨blastula包使用教程

生信分析实际操作过程中，可能会偶尔会遇到耗时比较久的计算，比如基因组上游分析GATK标准流程往往耗时几天时间。

生信分析笔记·2023-09-12 08:06

一个完整的WGS变异检测snakemake流程详解

写在前边的话在此要感谢碱基矿工，第一次做全外显子测序的变异检测时便是参考了他写的教程，当时的GATK还是3.8版本，而现在已经是4.1了。

BioGou·2023-09-08 04:38

WDL

WDL（一个workflowdescriptionlanguage）+Cromwell（anexecutionenginethatcanrunWDLscripts）是目前可以更好使用GATK的一套工具。

小七玩数据·2023-09-03 21:17

WGS-variant calling pipeline (变异的探索流程)

GATK升级4.0版了，作为一个callvariant的非常常用的软件，之前我一直是在使用3.8的版本，这次也正好整理下，将GATK基本分析流程过渡到4.0版本，看看具体有什么异同。

lakeseafly·2023-09-03 06:40

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

GATK4×WGS今天分享一篇笔记，主要内容是WGS重测序下机数据fq.gz文件到变异位点信息vcf文件的操作过程，包括序列质控过滤、基因组比对、检测变异、合并VCF等步骤。

生信分析笔记·2023-09-01 10:35

植物重测序---变异位点分析(GATK篇)

基因组变异的类型有很多，譬如：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）、单核苷酸位点变异（singlenucleotidevariant,SNV）、插入/缺失（Insertion/Deletion.InDel）、基因组拷贝数变异（copynumbervariation,CNV）、基因组结构变异（structurevariation,SV）、融合基因（Fus

LiuYueRR·2023-08-24 12:52

GATK ApplyBQSRSpark 过程中因No space left on device终止

/gatk--java-options"-Xmx128G"ApplyBQSRSpark--spark-masterlocal[20]-R../..

骑行去看海·2023-08-08 17:49

GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止

/gatk--java-options"-Xmx16G"BaseRecalibratorSpark-R../../alignment/hg38/hg38.fa-I../..

骑行去看海·2023-08-08 17:19

植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）

植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。

LiuYueRR·2023-08-07 00:24

昌平厄齐尔·2023-08-01 23:56

GATK-变异流程2

上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。

家和建材广场·2023-07-31 19:47

snpEff注释结果解读

目录1.帮助文档1.1常用参数2.命令的用法：3.结果文件解读4.SNP下游的分析利用snpEff软件对snp.vcf（利用gatk软件calling-snp）进行注释，运行下述命令：##构建好物种的数据库

生信学习小达人·2023-07-24 22:06

通过Docker安装GATK分析工具包

分享者：栾生GATK是GenomeAnalysisToolKit的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snpcalling软件之一。

虾里巴人·2023-07-23 09:10

利用gatk进行calling-snp

calling-snp流程整理1.对每个样品进行SNPCalling得到gvcf文件##filterfastqfilebyfastp使用fastp对原始数据进行过滤$fastp-i./data/$1_1.fq.gz-I./data/$1_2.fq.gz-o$1_1_clean.fa.gz-O$1_2_clean.fa.gz-q5-u50-n10参数-q5-u50：read中含有的低质量（QSRR1

生信学习小达人·2023-07-15 04:41

【GATK加速】如何用天河2号超级计算机跑基因数据分析，详细使用步骤

本文以广州超算为例，广州超算天河2A为目前全球最大的X86超算中心，X86架构为为目前科学计算和工程计算通用架构，但是随着ARM的崛起，可能会在未来天河3和天河4上有所反应。我们来看下广州超算的生信软件配备：如此众多软件，可以通过Module的功能将这些工具的环境加载到自己账户下，进行提交计算。我们以一款商用NGS组装和比对工具Sentieon来演示整个过程：1、拿到超算发的VPN账户，使用Hil

毅硕科技·2023-07-14 13:23

【GATK加速】替换BWA/GATK/Mutect2，Sentieon软件肿瘤体细胞突变检测分析指南-系列1（WES or WGS）

前言本文介绍了两种体细胞变异检测pipeline：TNscope：使用Sentieon特有的算法，拥有更快的计算速度和更高的计算精度，对临床基因诊断样本尤其适用；TNhaplotyper2：匹配Mutect2（现在匹配到4.1.9）结果的同时，计算速度提升10倍以上。关于TNscope和TNhaplotyper2的完整脚本，可访问：https://github.com/Sentieon/senti

毅硕科技·2023-07-14 13:52

GATK4.1 call SNP

GATK4.0和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。

陈光辉_山东花生·2023-06-18 17:02

2021-11-24 查看网页的更新日期

命令：curl-Ihttps://bioinformaticsworkbook.org/dataAnalysis/VariantCalling/gatk-dnaseq-best-practices-workflow.html

悟空99·2023-06-12 09:08

GATK bundle 数据下载

GATK在官网中提供了resourcebundle，里面包含了所需要的很多数据。

树懒吃糖_·2023-06-09 09:31

2022-05-13 碱基质量重校正时遇到的gatk-bundle下载vcf文件问题

一、问题在按照GATK流程做碱基质量重校正时，需要用到gatk-bundle中下载的一些已知位点vcf文件，如：resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38

O_467a·2023-06-07 01:51

2020-05-11Strand bias 链偏好

Strandbias链偏好背景GATK.png造成链偏好的原因：1.Localrealignment目的就是将比对到indel附近的reads进行局部重新比对，将比对的错误率降到最低。

Soliva·2023-04-17 23:29

Conpair---配对样本检查一致性及样本污染情况

https://github.com/nygenome/conpair依赖：python、numpy、scipy、GATK3numpy、scipy安装：sudopipinstallnumpysudopipinstallscipyGATK4

_nnnoOooM·2023-04-15 03:50

Mutect2+scRNAseq+cancer cell

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling

小贝学生信·2023-04-12 11:06

GATK-HaplotypeCaller 变异检测详解

1.GATK-HaplotypeCaller简介基因组变异检测是基因组学领域一个非常重要的问题，是遗传性疾病溯源，物种进化等分析的前提。

心如止水-WTF·2023-04-11 21:07

GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)

GATK4流程学习之背景知识与前期准备-GATK4流程学习之DNA-Seqvariantcalling(Germline：SNP+INDEL)-GATK4流程学习之RNA-Seqvariantcalling

小贝学生信·2023-04-07 14:26

GATK的初次了解

终于讲完了Journalclub，可以踏实下来继续学习生信知识啦~这篇学习笔记主要是对GATK有一个初步了解，就是要先知道它是干嘛的。GATK这个软件的功能太多太多了。。。

生信start_site·2023-04-05 15:20

Broad Institute视频笔记Run Haplotypecaller（WDL+Cromwell）

这篇笔记就来练习一下运行GATK的haplotypeCaller，使用GATK团队的示例数据来练习：官方教程：这里视频教程：这里首先打开下载好的hello_gatk.wdl文件看一下脚本：workflowHello_GATK

生信start_site·2023-04-04 03:38

Broad Institute视频笔记Hello World WDL Tutorial

视频地址：这里，这是BroadInstitute团队GATK系列视频的最后一讲，主要是给学生演示如何使用WDL运行任务。

生信start_site·2023-04-03 12:50

3. SNP Calling

以GATK流程为例，简单来说，SNPCalling主要包括以下几步：1.给参考基因组建立索引：samtoolsfaidx、bwaindex,gatkCreateSequenceDictionary2.比对到参考基因组

杨亮_SAAS·2023-03-31 15:38

临床生信实操（centos7）1

/fastqc/home/wei/Documents/gatk/FastQC/fastqc点击File→open→Documents→align注意要点：1）数据量数据量=reads数目*reads的长度

Hocchan_7·2023-03-26 02:29

项目经历叙述流程

GATK软件pairhmm算法FPGA加速（alteraarria10芯片xilinxKintexultrascaleku115芯片）硬件负责人2017.9-2018.9GATK是MIT博德研究所研发的基因数据挖掘的软件套件

6d372579d253·2023-03-25 23:27

为什么不能通过 GATK 的 PL 直接计算基因型剂量（Genotype dosage）

GATK的PL比较特殊，它是不能直接用于基因型剂量（Genotypedosage）的计算的。这次我们就来谈一谈这个问题。

黄树嘉·2023-03-21 00:47

GATK4插件Mutect2参数解析

作者按最近在准备着换一个职业赛道，所以在做之前所有项目的回溯，遇到了最最基础的SNV+Indel的流程，给别人重新讲了一遍Mutect2的过滤规则和参数选择，发现这个，含金量比我之前写的SV和CNV高多了。贴出来给我考试攒人品啦。Mutect2是基于somatic极大似然模型，通过寻找activeregion，迭代寻找可能突变的一款认可度很高的软件。值得注意的是目前的Mutect2单独call变异

佳期如梦你也是·2023-03-18 18:25

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