WES

生信|通过manifest文件批量构建软链接

命令：tail-n+2/public/home/liuxs/biodata/gdc/wes/gdc_manifest.2018-10-17.txt|\head-n5|\awk'BEGIN{OFS="\t
王诗翔·2024-02-24 20:24

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

修改bam文件的染色体信息

背景在运行wes的数据流程的时候，生成marked.bam文件之后的染色体是12这样的，但是下载的gatk的人的基因组的fa文件的染色体是chr1chr2这样的信息，所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错
jiarf·2024-02-05 09:11

肿瘤分析数据挖掘及信息解读

癌症基因组研究趋势：小样本WES——大样本mul
生物信息与育种·2024-01-24 04:27

结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测（RNA）

69种工具检测SV对比https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4ehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/87408242?utm_campaign=rss&utm_medium=rss&utm_source=rss&utm_content=title最终决定使用wham和Manta组合，其实最优组合应该是wham，inGAP-SV组合或者inGA
wo_monic·2024-01-18 16:31

【Tool】Jet Brains家族破解方法

htmlhttps://www.jianshu.com/p/f404994e2843JetBrainsLicense破解文件：链接:https://pan.baidu.com/s/1EX3MsjY_BGE87U6wes_g1Q
卡图卢斯·2024-01-18 08:05

WES学习2：外显子测序分析——小男孩的硬骨化病基因突变

书接上回，看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。
颗粒神经园·2024-01-06 16:36

关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。OmiscCore比先前FDA批准的MSK-IMPACT测序区域大了20倍。扩大目的是用来准确计算TMB，肿瘤体细胞突变还是在肿瘤相关的468个基因里找。’reportsomaticalterationsin468genesandsequencingof1
ciciv123·2024-01-04 16:34

HLA--polysolver

Comprehensiveanalysisofcancer-associatedsomaticmutationsinclassIHLAgeneshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4747795/使用全外显子组测序（WES
晓佥·2023-12-27 01:41

肿瘤突变负荷TMB

image.pngTMB通常由WGS或WES数据（120X-150X）中计算得到，也有一些临床研
11的雾·2023-12-21 05:35

全外显子组数据分析笔记（二）：数据质控

18CL100072545_L01_44/drwxr-xr-x4huangsiyuangrp3220Oct1114:56CL100072545_L02_44/huangsiyuan21:21:01~/learn_wes
TOP生物信息·2023-12-02 06:36

《利用Python进行数据分析·第3版》学习笔记1·准备环境

在新版“Python数分”中，Wes亲自讲解了最新的1.4版的Pandas。这次，很高兴能受邀翻译第3版《利用Python进行数据分析》，圆梦了。这5年中，数据分析又发生了很大的变化。
SeanCheney·2023-11-22 10:31

ChatGPT和文心一言分别推荐的CNV分析工具

CNVmax在线工具是一款用于CNV（拷贝数变异）分析的在线工具，其核心功能包括：CNV检测：使用WES或WGS数据，对样本中的CNV进行检测和注释。
潘高·2023-11-16 11:19

打造高效运营底座，极智嘉一体化软件系统彰显科技威能

极智嘉的一体化系统内包含了仓储执行系统WES、机器人管理系统RMS和智能运营平台IOP三驾马车，该系统具有高度模块化
覃秦芩·2023-11-07 16:21

08循环拓展

#格式化操作符%d%f%s%%print("%s,早上好"%"wes")chinese=100math=98print("你的语文成绩是%d分，你的数学成绩是%d分"%(chinese,math))pai
菜鸡的升级之路·2023-11-05 16:08

2018-09-22 WES文献阅读3

wes文献抄读3Title：Whole-exomesequencingrevealstheoriginandevolutionofhepato-cholangiocarcinomarefractorymetastaticbreastcancerJournal
凤凰_0949·2023-10-29 10:58

shell脚本控制流

/bin/bash-forWESTOSin`seq1210`##表示从1到10，步长为2-do-echo$WESTOS-done-格式2：-forWESTOSin123-do-echo$WES
Studying！！！·2023-10-28 07:23

/router‘ in ‘E:wes\src‘

/router’in‘E:wes\src’方法一：这个错误提示是说找不到名为’vue-router’的模块，可能是因为没有安装或者安装不正确。
IT大哥哥·2023-10-25 08:16

全外显子组测序技术WES简介及结题报告解读

一、外显子组测序技术简介外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后，再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。与全基因组测序相比，外显子组测序不仅费用较低，而且测序覆盖度更深，数据准确性更高。二、外显子组测序流程imageimageimage三、分析流程imageimage1.数据过滤与评估过滤接头。对含接头的
Seurat_·2023-10-15 03:25

全外显子组测序——壹.简介

外显子组测序（WholeExomeSequencing,WES）是利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列，然后通过高通量测序，主要识别和研究与疾病、种群进化相关的的编码区及调控区域（UntranslatedRegions
oddxix·2023-10-03 17:14

GE WES5120 5120-1106 端子模块

以下是该端子模块的一些主要功能：电源分配：WES51205120-1106端子模块通常用于电源分配，将电源供应从一个源分配到多个目标设备或电路。
m15579209656·2023-09-20 01:54

GE WES5120 5120-1506 自动化控制模块

这种类型的自动化控制模块在多个应用领域都有广泛的用途，包括但不限于以下几个领域：制造业：WES51205120-1506模块可用于监控和控制制造过程，包括生产线、机械加工、装配工作站等。
m15579209656·2023-09-20 01:54

GE WES5162-9101电源模块

以下是该电源模块的一些主要特点：电源输出：WES5162-9101电源模块的主要功能是提供电源输出，通常以直流电压或交流电压的形式，以满足连接设备的电力需求。
m15579209656·2023-09-20 01:54

GE WES5123-1200 伺服驱动模块

以下是该产品模块的一些主要特点：高性能伺服控制：WES5123-1200模块通常具有高性能伺服控制功能，能够精确控制伺服电机的位置、速度和加速度。
m15579209656·2023-09-20 01:20

GE WES13-3控制主板模块

以下是可能包括在该模块中的一些产品功能：控制处理器：WES13-3控制主板模块通常配备控制处理器，用于执行控制逻辑和算法，以满足系统的要求。
m15579209656·2023-09-19 02:22

Day3-记GWAS流程中的Tassel软件大坑

刚到实验室，导师得知我之前在公司有分析人类WES数据的经验，于是放心地把GWAS流程交给我。    很惭愧我对GWAS并不熟练，两天过去还是没有跑出一个完整的流程。
腐草为嘤·2023-09-18 07:49

【JS30-Wes Bos】30天原生JS挑战——总结

作者：©iaineisalsoyan简介：Atypicalfrond-enddeveloper.非典型前端开发者。完整指南在GitHub，喜欢请Star哦♪(^∇^*)Havefunwiththewebsite!♪(^∇^*)项目简介30DayChallenge是WesBos设计的一个30天原生JS编程挑战。项目免费提供了30个视频教程、30个挑战的起始文档和30个挑战解决方案源代码。目的是在不借
高孜晗·2023-09-08 12:37

2021-10-10给学徒的WES数据分析流程

首先安装软件先安装conda，使用清华的conda，说明书：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/然后下载安装miniconda，位置：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，更改镜像配置下载安装软件之前先搜索是否存在https://bioconda.githu
__一蓑烟雨__·2023-09-04 13:04

.net6中, 用数据属性事件触发 用httpclient向服务器提交Mes工单

MES开发中,客户往往会要求工单开始时记录工艺数据,工单结束时将这些工艺数据回传到更上一级的WES系统中.因为MES系统和PLC是多线程读取,所以加锁,事件触发是常用手段.usingMyWebApiTest.PLC
罗迪尼亚的熔岩·2023-08-27 09:20

WES2Neoantigen Pipeline

Part1TrimmomaticTrimmomatic发表的文章至今已被引用了2810次，是一个广受欢迎的Illumina平台数据过滤工具。Trimmomatic支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除Illumina平台的Fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对Fastq进行修剪。软件有两种过滤模式，分别对应SE和PE测序数据，同时支持gzip和bzip2压缩文件。另外也支持phred-33和
_linun_·2023-08-25 07:34

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（双链DNA）→用相应的酶切加上A，加上Y行接头（adaptor）主要应用：差异表达mRNA，可变剪切，融合基因，SNP，建库RNA降解评价，RNA的RIN（RNAintegritynumber）>8
悦时光_·2023-08-11 14:36

json模块

下面是一个例子：obj="""{"name":"Wes","places_lived":["UnitedStates","Spain","Germany"],"pet":null,"siblings
samoyer·2023-07-28 23:59

Wes Bos Learn node.js 笔记

form上传图片使用了两个lib，一个xx读取req中的图片，存入内容，一个xx把内存中的图片存到硬盘。isLoggedInmiddleware在需要用户是登录后才能操作的页面，比如“评论”，在get这个页面的route处理前加上这个middleware。
saronic·2023-07-28 08:54

【红旗飘飘】老爷机专用Windows Embedd Standard（WES）7 X86 V1.0

WindowsEmbeddStandard（WES）7X86版本号6.1.7601.24312简介：WES7（WindowsEmbeddedStandard7）是微软在2010年5月13日发布的基于X86
红旗飘飘588·2023-07-27 13:05

CNVnator安装使用说明

最近在做WES数据分析，后期需要检测样本CNV的结果，于是看到cnvnator这个软件，导致我未来的一周在坑中度过，翻看别人写的博文，不懂（什么啊一个都走不通）--不断尝试--放弃--老板再催--继续搜索
好记性也要烂笔头·2023-07-27 03:30

【GATK加速】替换BWA/GATK/Mutect2，Sentieon软件 肿瘤体细胞突变检测分析指南-系列1（WES or WGS）

前言本文介绍了两种体细胞变异检测pipeline：TNscope：使用Sentieon特有的算法，拥有更快的计算速度和更高的计算精度，对临床基因诊断样本尤其适用；TNhaplotyper2：匹配Mutect2（现在匹配到4.1.9）结果的同时，计算速度提升10倍以上。关于TNscope和TNhaplotyper2的完整脚本，可访问：https://github.com/Sentieon/senti
毅硕科技·2023-07-14 13:52

HRD检测与LGR

另一种方法则是通过全外显子组测序（WES）来计算HRD水平，评估基因不稳定性。用于确定HRD评分的3个因素分别为：基因组杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡(TAI)和大片段迁移(LST)。
生信小书童·2023-05-18 17:27

RNA-seq中的常见问题汇总

//www.huangshujia.me/2018/05/26/2018-05-26-How-Does-Sequencing-Duplicates-happen.html1.RNA-Seq是否可以替代WES
一只烟酒僧·2023-04-20 13:17

NS记录设置方法

原文链接：https://www.wes
wwwwestcn·2023-04-18 09:29

计算WGS/WES/panel捕获效率/覆盖度的方法有哪些

WGS,WES,ortargetedsequencing数据分析的时候，经常需要计算全基因组整体的平均测序深度或者target区域的覆盖度，从而考察试剂盒的捕获效率。
六六_ryx·2023-04-16 00:47

maftools : WES外显子测序数据分析总结、分析、可视化-汇总分析

maftools_2clp02June,2020maftools:总结、分析、可视化MAF文件maftools:总结、分析、可视化MAF文件1简介随着肿瘤基因组学的发展，突变注释格式(MAF)正被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变异。癌症基因组图谱项目已经对30多种不同的癌症进行了排序，每种癌症的样本量超过200。由体细胞变体组成的结果数据以突变注释格式存储。只要数据为MAF格式，此R包将尝试以高
Seurat_Satija·2023-04-07 15:55

关于WES的简介

刘小泽写于19.1.4今天随便写了些关于外显子的介绍，飞来珠海见了一群小伙伴，十分开心WES（WholeExomeSequencing）全外显子测序是对基因组中所有外显子进行测序分析的方法。
刘小泽·2023-04-06 01:58

单细胞108篇文献解读之4---Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates str...

天闲星入云龙公孙胜下面是联川生物钱创的分享image.png发表时间：2020年5月期刊：GenomeMedicine(IF:10.675)单位：韩国成均馆大学技术手段：10xChromium单细胞、WES
Seurat_Satija·2023-04-01 08:30

Docker初体验之MySQL+FastApi部署网页

首先不用多说，dockerdesktop可以在官网上轻松的下载，但是前提就是安装windows的wes2虚拟机，本文默认大家已经配置好所有的环境。
ZYM66·2023-04-01 06:27

全外显子测序（WES）分析流程

首先创建一个项目目录wes和存放每个步骤生成文件的子目录raw,clean,align,genome,hg19_VCFmkdir{raw,clean,align,genome,hg19_VCF}此流程包含两个
多啦A梦詹·2023-03-22 19:36

2018-09-24 wes文献阅读4

Title：胃癌患者调节DNA重组修复的PALB2，BRCA1和RAD51C基因的种系突变Journal:GastroenterologyIF:20.773Articlehistory:accepted2017April摘要：10%胃癌有家族遗传倾向，目前只发现CDH1与胃癌风险相关，为了鉴别与胃癌风险相关的基因，我们收集28个患者，遗传性弥漫性胃癌但不伴有CDH1突变，进行全外显子测序分析。结论
凤凰_0949·2023-03-17 00:58

TcellExTRECT 利用全外显子测序（WES）评估肿瘤免疫浸润程度

TcellExTRECT应用场景肿瘤组织的免疫微环境影响肿瘤进化，可以预测肿瘤对于免疫疗法的反应性以及治疗预后。免疫检查点抑制剂治疗已经成功的应用到肿瘤免疫治疗中。但大多数肿瘤患者对于免疫检查点抑制剂反应性较弱。免疫检查点抑制剂的效应主要由T细胞识别肿瘤相关抗原介导。伦敦大学近期在Nature上发表题为UsingDNAsequencingdatatoquantifyTcellfractionand
bioyangyang·2023-03-13 16:53

三 docker 容器基本命令

1、查看当前运行容器dockerps2、启动、查看容器标准输出dockerrun-vcomputer_dir/:docker_dir/wes/bedtools:2.29.1bedtoolsintersect-adocker_dir
XuningFan·2023-02-06 21:38

镜头参与叙事

Wes的表演显然很出色。不过同样不能错过的是导演的表现。再重温一遍这场戏。两人靠着墙聊天，忽然Jane看到了什么。主观镜头
洋溢的西瓜·2023-02-05 01:29

The Immune Landscape of Cancer 方法汇总

TCRMiTCRv1.0.3，由Bolotin等人开发，它允许对TCR和免疫球蛋白序列进行高度可定制的分析Opitype专门针对HLAI型基因进行分型的软件，可以提供精确的4位分型结果polysolver使用相对低覆盖率的WES
JUpter_·2023-01-30 06:51
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