miRNA数据库篇——TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程，是研究转录调控必不可少的一环。miRNA可以与mRNA结合，发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。

对于生物体内的调控关系，研究的比较多的是TF-mRNA, miRNA-mRNA之间的调控。TF其实也是可以调控miRNA的转录过程的，而TransmiR就是一个从文献中整理得到的转录因子和miRNA之间调控关系的数据库，网址如下

http://www.cuilab.cn/transmir

在该数据库中，将支持Tf-miRNA的证据分成了以下3类

1. level1

2. level2

3. literature

各个层次证据的数据量统计如下

该数据库覆盖了多个物种中的TF-miRNA信息，各物种对应的数据量如下所示

通过官网的Search功能，可以根据miRNA或者TF进行检索，示意如下

点击对应的TF和miRNA, 可以查看详细信息，miRNA示意如下

该数据库与HMDD是同一个团队开发的，所以在该数据中集成了miRNA相关的疾病信息。

通过Network功能，可以查看TF-miRNA调控关系的网络图，如下所示

官网还提供了predict功能，用于预测指定的TF和miRNA之间的调控关系，示意如下

根据TF对应的motif信息，查找潜在结合位点附近的miRNA。

该数据库的信息是可以免费下载的，通过该数据库，可以方便的研究TF-miRNA的调控关系。