RNA_seq笔记

知识点

• 相关性分析，在表达差异分析之前，评断样本的重复性
• 分组：
  +转录组测序： mRNA，samllRNA,Non_coding RNA
• chip_seq 蛋白
• 参考基因组：文章里的出处

RNA_seq 流程
https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67

下载数据
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/all/?term=GSE63310
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?WebEnv=NCID_1_33633522_130.14.18.97_5555_1553481906_4058496066_0MetA0_S_HStore&query_key=1
prefetch下载数据加速软件:aspera 安装：https://www.jianshu.com/p/112412b8883c

RNA_seq 流程介绍
https://www.jianshu.com/p/426e2efd70fe

软件介绍

• conda 推文

https://mp.weixin.qq.com/s/vhSpEoIkYP5Hky0lnyGVvQ

• sra-tools

http://ncbi.github.io/sra-tools/

• fastqc
• trim-galore

reference

• https://www.jianshu.com/p/7a3de6b8e503
• https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/blob/master/Docs/Trim_Galore_User_Guide.md

• star
• hisat2

bwa、hisat等五款软件建立索引 https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1
有效比对RNA测序数据

id="SRR1039510"
hisat2 -p 2 -x /teach/database/index/hisat/hg38/genome \
-1 /trainee/vip23/analysis/raw_data/${id}_1.fastq.gz \
-2 /trainee/vip23/analysis/raw_data/${id}_2.fastq.gz \
| samtools sort -@ 2 -o ${id}.sort.bam -  # 接收前面管道的缓存

• bowtie2
• subread
  count 经常用来进行差异表达分析
• htseq
• cutadapt
• multiqc
• samtools

下载数据

• fa 要和 注释文件在同一网址，同一目录

问题：

测序时是互补的两条都测 ？
pE测序
reads在染色体上的密度分布
chip_seq reads分布在基因上游？
rMATS RNA_seq 可变剪辑分析软件
B站上的数据挖掘

R 安装包的问题

查找包在哪个镜像上：包 名字 在google上搜索

后续学习

一周之内复习，把代码再捋一遍

摸索自学