粪便DNA提取试剂的选择

       随着肠道菌群宏基因组研究的兴起，研究者通过提取肠道全部微生物基因组DNA，构建宏基因组文库，对菌群多样性和功能活性、种群结构、协作关系、与肠道间关系、进化关系进行研究，可以进一步揭示人体与肠道菌群的相互关系、作用规律和与疾病的关系。宏基因组研究囊括了所有细菌、真菌的全部基因组DNA，通过克隆、测序、异源表达，筛选目的基因及其产物。

       其中很重要的一步就是粪便DNA提取，一般试剂盒都是采用离心柱法进行基因组DNA提取。那么，如何选择离心柱法粪便DNA提取试剂盒？

       一、较高的DNA提取得率。离心柱法粪便DNA提取得率的高低主要取决于三个因素：离心柱对核酸的吸附能力、洗脱液的洗脱能力、裂解液的裂解消化能力。吸附性能好、裂解消化能力强、洗脱能力好，DNA提取得率就高；反之，DNA提取得率就低。一般采用紫外分光光度法进行DNA提取得率的测定，但结果只能作为得率的参考标准，最好还是要进行PCR或荧光定量检测。

       粪便样本量与DNA提取得率成正比，提高DNA得率可通过增加样本量来实现。一般取180-220mg粪便样本（最好不超过220mg，可以根据不同试剂盒说明操作）进行DNA提取，如结果不理想可考虑增加样本量。如果增加样本量还不能获得理想结果，应及时考虑更换试剂盒。

       目前国内常用的粪便DNA提取试剂有国外品牌Q，国产品牌Biog和T等。我们实验室的经验是，Q公司试剂盒粪便DNA提取得率，一般180-220mg粪便样本在10-50ug，样本个体差异以及保存条件不同使得率有所不同。Biog与Q的DNA提取得率相近，200mg粪便样本在5-50ug之间；T公司DNA得率稍低，180-220mg粪便样本在5-30ug，但基本都能满足下游PCR实验的要求。

      二、DNA提取纯度高。一般主要通过OD260/OD280比值来估计核酸纯度，该比值的正常范围应在1.6--1.8之间。如果该比值小于1.6，通常说明有蛋白质或酚、多糖等的污染；如果该比值大于1.9，则表明有RNA污染。

       不同品牌的粪便DNA试剂盒提取的DNA纯度略有差别，国产试剂盒Biog和T的DNA提取纯度差不多，都可直接应用于基因检测、PCR、qPCR、分子杂交、基因测序等。Q的纯度略高，一般在1.7-1.9，除了以上应用，还可用于对纯度要求略高的实验等。

        三、客户实验需求以及产品价格。客户选购产品一般可以结合各自实验室的经费情况以及实验需求。对于绝大多数实验如PCR、qPCR、基因检测、分子杂交等，Biog、T等国产试剂盒都能满足质量要求，而且价格相对国外品牌便宜（国产试剂盒的价格一般只有国外品牌价格的30%），性价比高。对于经费有限的课题研究或样本量较大的临床检测项目，建议选用国产试剂盒。对提取DNA的纯度要求相对较高的研究如文库构建等，可考虑Q等国外知名品牌。

       综上，在DNA提取得率上，国内试剂盒与国外品牌差别不大；在DNA提取纯度上，与国外知名品牌相比，国产试剂盒略有不足，但不影响下游PCR扩增以及分子杂交类实验；在价格方面，国产试剂盒具有比较明显的优势。如果经费有限或下游做PCR、qPCR、分子杂交、测序等实验，可考虑性价比较高的Biog、T等国产品牌；如果经费充足，DNA纯度要求较高，则可考虑Q等国外知名品牌。