R语言：pheatmap R包做聚类分析热图

1.原始数据表1：

表1 原始数据

gene	A	B	C	D	E
gene1	0.034	0.351	0.064	0.367	0.063
gene2	0.037	0.11	0.056	0.127	0.05
gene3	0.011	0.113	0.013	0.106	0.025
gene4	0.021	0.073	0.016	0.078	0.012
gene5	0.009	0.086	0.019	0.056	0.016
gene6	0.344	0.053	0.327	0.351	0.35
gene7	0.193	0.054	0.119	0.11	0.101
gene8	0.117	0.018	0.128	0.113	0.135
gene9	0.126	0.017	0.081	0.073	0.057
gene10	0.046	0.018	0.07	0.086	0.083

2.读取数据所在文件（如图1），采用file.choose()函数。

filepath<-file.choose()
filepath

图1 读取数据所在文件代码

3.显示数据，将数据展现成矩阵形式（图2），显示结果如图3.

df<-read.csv(filepath,header=T,row.names=1)
head(df)

图2 将文件中的数据以矩阵形式代码

              

 图3 显示结果

（注意：如果显示结果出现NA这些数列，就需要将其删除才能正确出图）

4.调动pheatmap函数，进行制图，代码如图4。

library(pheatmap)
df1<-as.matrix(df)
pheatmap(df1)
pheatmap(df1,scale="row",border="white",legend=T,legend_breaks=c(-1.5,0,1.5),main="heatmap", cellwidth = 40,cellheight = 28,angle_col = 0,fontsize_row = 10,fontsize_col = 10,fontface_col="italic",treeheight_col = 50,treeheight_row = 50,cluster_cols=F,clustering_method = "average",cluster_rows = T,color=colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(50))

图4 pheatmap 制作热图

5.运行结果如图5所示：

 图5 结果图

 

知识点1：

知识点2：