生信学习笔记第二节

一、人类基因
相似度达到99.9%,仅一两个碱基对不同就会导致性状不同
二、基本的生化工具
1.剪切dna:1.限制酶-碰到特定碱基序列就会将dna剪开
2.猎枪法-类似搅拌机,将dna随机切为小片段
2.克隆dna:1.(前)利用病毒-将需要的dna插入到带抗生素基因的病毒中(通过限制酶),然后培养病毒,最后杀死不带病毒的培养菌,将所需dna提取出来
2.(现)PCR-用热水,将dna双链打开,利用引物复制dna,降温稳定 一个循环。
3.DNA测序:1.跑胶:将dna放到带电的溶胶中,dna带负电会跑到正极,而溶胶会阻止dna移动,因此DNA越重跑的越慢,最后会根据dna碱基长度依次分布,若将DNA尾部碱基用带不同颜色荧光的碱基替代,则可根据dna分布及尾部荧光颜色来确定dna的碱基顺序。(500-700bp)
2.查询dna中是否有特定碱基片段:将待测dna按所查长度打散,生成dna阵列,每一个格子就是一个定长片段(若长度为6,则共有4的6次方个格子),用带荧光dna片段去适配每一个点,则每一个带荧光(匹配成功)的点为一个子序列,将所有子序列根据算法算出可构成的最短原序列(欧拉路径)。(8-30bp)缺点:1.不精确 2.若子序列过长,阵列的开销很大 3.可能有重复的短序列在不同位置,算法无法判断
二代技术:3.454:(400-600Mb/10h)
4.illumina:6.5Gb/day

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