生信学习笔记第二节

一、人类基因
相似度达到99.9%，仅一两个碱基对不同就会导致性状不同
二、基本的生化工具
1.剪切dna:1.限制酶-碰到特定碱基序列就会将dna剪开
2.猎枪法-类似搅拌机，将dna随机切为小片段
2.克隆dna:1.(前)利用病毒-将需要的dna插入到带抗生素基因的病毒中(通过限制酶)，然后培养病毒，最后杀死不带病毒的培养菌，将所需dna提取出来
2.(现)PCR-用热水，将dna双链打开，利用引物复制dna，降温稳定 一个循环。
3.DNA测序：1.跑胶：将dna放到带电的溶胶中，dna带负电会跑到正极，而溶胶会阻止dna移动，因此DNA越重跑的越慢，最后会根据dna碱基长度依次分布，若将DNA尾部碱基用带不同颜色荧光的碱基替代，则可根据dna分布及尾部荧光颜色来确定dna的碱基顺序。（500-700bp）
2.查询dna中是否有特定碱基片段：将待测dna按所查长度打散，生成dna阵列，每一个格子就是一个定长片段（若长度为6，则共有4的6次方个格子），用带荧光dna片段去适配每一个点，则每一个带荧光（匹配成功）的点为一个子序列，将所有子序列根据算法算出可构成的最短原序列（欧拉路径）。（8-30bp）缺点：1.不精确 2.若子序列过长，阵列的开销很大 3.可能有重复的短序列在不同位置，算法无法判断
二代技术：3.454：（400-600Mb/10h）
4.illumina：6.5Gb/day