单细胞转录组-开端-2019-05-20

单细胞转录组-开端

前言

最近一个多月主要学习Linux的基本操作和单细胞转录相关的文献，特别是综述、最新的技术和分析文件，基本上了解了单细胞转录组的分析流程。最为关键的步骤是：单细胞分离和捕获，作为单细胞测序的第一步，通分离捕获获得单个的细胞及细胞的数量会影响下游建库和分析。
单细胞分离：
显微操纵（精密控制）（micromanipulation）

荧光激活的流式分选：flow sorting using fluorescence-activated cell sorting (FACS)

激光捕获显微切割（Laser Capture Microdissection，LCM）

微流体技术（microfluidic device）

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还有微孔技术（microwell）和微滴（droplet）等
微孔技术（microwell）
基于微孔的捕获技术可以使用细胞移液器或激光捕获分离细胞，并将他们放置于微液流孔中。优势是：可以与荧光触发细胞分离技术(FACS)结合，实现基于表面标记的细胞选择。对于想要分离特定细胞群的研究很有效；另外一个优势就是，可以对细胞进行拍照，帮助确定孔中是否存在损伤的或者重复的细胞。当然，它的缺点是通量低，对每个细胞进行操作需要很大的工作量。
微滴（droplet）
微滴技术 是将单个细胞包裹在µl级别的液滴中，液滴被搭载到建库所用的酶上，每个微滴包含一个独特的条码(barcode)，由那个被包装好的细胞产生的所有reads都被贴上了该条码，也是为了之后对于不同细胞reads的分辨。一般微滴技术的通量最大，查资料得知一秒能包装7万个以上的液滴，并且建库费用合适--0.05美元/细胞。但是高额测序费用又成了他的短板，鉴定出的一般只有一千多个差异转录本，覆盖度还是比较低的。

一、网络教程

比较火的一个网络教程Analysis of single cell RNA-seq data,关于他们的学习笔记各类博客、公众号、上已经很多了已经很多了。作为入门的开端，这个教程还是很有参考价值的，毕竟它是比较系统的介绍了单细胞RNA-seq的发展历程和技术革新、各大方法的优缺点、分析流程的优化，总之适合入门小白。

二、全网第一的单细胞转录组实战演练

还有一个就是生信技能树，Jimmy大神的全网第一的单细胞转录组实战演练单细胞转录组实战演练，主要是Jimmy根据自己近几年单细胞学习经验和心得，发布的单细胞转录组，课程收费499，我是优惠的时候预购的。现在第二单元也已经公开免费获取了。

还有单细胞天地知识星球单细胞天地历史推文集锦