如何用R语言中ggplot包在同一张图上画两组折线图，或者散点图

原始数据：以position为横坐标，对一组和二组分别做折线

代码如下

library('ggplot2')

getwd()
workdir="C:/Users/lyqro/Desktop"
file="C:/Users/lyqro/Desktop/final_data.csv"
setwd(workdir)

dat=read.table(file,sep=",",check.names=F,header=T)
head(dat,10)

关键：两个折线图叠加
p_line=ggplot(dat)+
  geom_line(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="red")+
  geom_line(aes(x=dat[,1],y=dat[,3]),color="blue")
p_line

散点图同上：两个点图叠加即可
p_point=ggplot(dat)+
  geom_point(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="red")+
  geom_point(aes(x=dat[,1],y=dat[,3]),color="blue")
p_point

折线图+散点图（结合），也同理

p_point=ggplot(dat)+
  geom_line(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="red")+
  geom_point(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="blue")
p_point

若要用显示不同分组，可先将“宽型数据”转化为“长型数据”，然后利用颜色对变量进行分组绘图

#1.宽型数据转化为长型数据
library(reshape2) 
dat1=melt(dat, id.vars = c("Position"))
dat1

#以一二组为不同颜色组——进而绘制不同组折线图，关键代码：color=dat1[,2])
p_line=ggplot(dat1)+
  geom_line(aes(x=dat1[,1],y=dat1[,3],color=dat1[,2]),size=1.2)+
  scale_color_manual(values = c("blue","red"))+ 
  #坐标间距调整
  scale_x_continuous(breaks = seq(0, max(dat[,1])+5000, 5000))+
  scale_y_continuous(breaks = seq(-1, 1, 0.1))+
  #标注坐标名称、legend图例名称 
  labs(x="Gene position",y="Similarity",color="Group")+
 #改图片其他参数
  theme(
        legend.title = element_text(size = 15,face = "bold"),
        legend.text = element_text(size = 15, face = "bold"),
        legend.position = 'right',
        legend.key.size=unit(0.5,'cm'),       
        #axis.ticks.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
        axis.text.y=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
        axis.title.x = element_text(size = 15,face = "bold", vjust = -0.5, hjust = 0.5),
        axis.title.y = element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 1.2, hjust = 0.5),      
        panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"), 
        # panel.grid.minor = element_line(color="lightgrey",size=0.1),
        # panel.grid.major = element_line(color="lightgrey",size=0.1),
        plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "white"))  ##colour = "black"是挡住横坐标字体的原因
p_line

结果图

注：此代码可为Simplot重组进化软件中导出的csv数据文件绘制矢量图。