故事在一个雨夜展开，阿和因为被人欺负，于是找朋友菜头帮忙打架，可没想到菜头出手太猛，一出手就把对方的手砍了下来。审判桌前，阿和的母亲琴姐和律师在尽力争取宽大处理，而父亲阿文却说：“我希望你们把他送进去，好好管教。”之后，阿和未婚先孕的15岁小女友找上门，一直引以为傲的大儿子阿豪突然跳楼，迎向这个家的究竟是毁灭还是重生？
这是一个台北的普通家庭，父亲阿和是驾校教练，母亲琴姐是酒店的美容师，哥哥阿豪品学兼优，为了进医科大学即使考了高分也要复读，弟弟阿豪则是个斗殴混社会的叛逆少年。
1、“只有一个儿子”
《阳光普照》的英文名是《A Sun》，谐音“a son”，意为“一个儿子”，再明显不过的谐音了。
经常有一些学员会问阿文“有几个小孩啊”，他总是回答“一个”，因为小儿子阿和是他难以启齿的“污点”，他不愿承认。当哥哥正在复读准备考医学院的时候，弟弟正因为伙同他人砍人进了少管所，阿文的这种回答也似乎得到了某种理解。只是没想到，之后，阿文真的只剩了一个儿子——一直引以为傲的大儿子阿豪突然跳楼自杀了，
教练父亲的人生格言是“把握时间，找准方向”，这也是驾校的校训，爱子心切的父亲还每年把印有这句话的笔记本送给阿豪，这是对儿子沉甸甸的期望。在阿文眼中，能光耀门楣的只有阿豪，至于阿文，“等他哪天被人砍死在街头”。
可讽刺的是，阿文从未“把握时间，找准方向”，他不理解阿豪为何会突然选择跳楼，他甚至都不知道他送出的笔记本，阿豪从未用过，只是完好的叠在一起。当阿和出狱回家，他选择了逃避，住到了驾校，他不知道该如何与阿和相处。最后，阿文选择了一种极端的方式，展现出了他对阿和的父爱——撞死了阿和新生活中的不稳定因素——菜头。
在影片将结尾时，阳光下，绿地上，面对妻子“你帮他了吗”“把握时间。找准方向你有没有做到”的质问，阿和袒露心声，平静地向琴姐坦白为了阿和，他杀害了菜头，杀人行凶之后的麻木与迟到隐忍的父爱，背负了巨大秘密的两人，不禁让人心生恍惚：这个家真的能回到正轨吗？
2、“什么都不知道”的母亲
当阿豪面临审判时，她哀求阿文给儿子说好话争取宽大处理；当阿和未婚先孕的小女朋友小玉找上门来时，她接纳了小玉，她尽力地在维持这个家。可是，她似乎从不理解她的丈夫和两个儿子。
阳光普照的山顶上， 阿文说道：“后来，我有整整两个礼拜没去上班，你很少管我几点回来，很少问我去哪里。”让人不禁怅然。
阿豪去世后，晓真说“阿豪就再也没有来上课了”，琴姐一脸惊愕，“为什么会这样？我还是看到他，每天一大早地就出门，然后很晚回家。我以为他去上课。”
电影结尾，阿和熟练地破解了别人自行车上的密码锁，“借”别人的车载着她兜风，琴姐这才知道，原来阿和很小的时候就学会了开锁。而对于这种行为，琴姐也选择了默许，并未阻止。
善良坚韧的琴姐，从没有想过放弃任何一个孩子，可她似乎从未真正了解过两个孩子，她想不通阿豪问什么会自杀，阿和为什么会突然“变成了另一个人”。琴姐对于丈夫与儿子情感上的陌生，大概也是造成家人离心的原因之一吧。
3、“我没有水缸，没有暗处”
在教室里休息的时候，阿豪有一瞬间觉得偌大的教室，只有自己孤身一人，他感觉到的是无边的孤独，不被理解的孤独。
在复读的课堂上，老师讲司马光的《训检示康》，阿豪问“老师，你相信吗？”司马光作为教科书里绝对正面的榜样，阿豪却有所怀疑。
阿豪曾对晓真讲过一个与众不同的“司马光砸缸”的故事，在找出所有小朋友之后，司马光坚持还有一个没被找到，当司马光砸破水缸时，终于见到了那个没被找到的小朋友——“躲在水缸里的自己”。这个奇怪的故事配合着阿豪跳楼前发出的短信，似乎变得好理解了很多，也更能想到阿豪跳楼的真实原因。
“这个世界，最公平的是太阳。无论纬度高低，每个地方一整年中，白天与黑暗的时间都各占一半。前几天我们去了动物园，那天太阳很大，晒得所有动物都受不了，它们都设法找一个阴影躲起来。我有一种说不出的感觉，我也好希望跟这些动物一样，有一些阴影可以躲起来。但是我环顾四周，不只是这些动物有阴影可以躲，包括你，我弟，甚至是司马光，都可以找到一个有阴影的角落。可是我没有，没有水缸，没有暗处，只有阳光，24小时从不间断，明亮温暖，阳光普照。”
在弟弟阿和眼中，哥哥“功课好、长得好、什么都好”，在母亲琴姐眼中，阿豪体贴懂事，会主动陪弟媳去产检。父亲更是把他作为“唯一的儿子”，对他寄予厚望。“他对人很好，有时候会觉得，他好像把所有的好都给别人，忘了留一点给自己”。阿豪像太阳一样，照亮这个家，可自己内心的苦闷烦恼却无人可以诉说，从不为人知。
当别人觉得被太阳晒得受不了的时候，可以找一个阴影躲起来。可太阳自己受不了的时候呢，谁能为太阳提供阴影？无处可躲的阿豪始终在阳光下也很痛苦。
4、阿和&菜头
审判桌前，相比于阿和这一边，有律师、有父母，菜头这一边却是孤零零的一个人。琴姐想为阿和争取“一个机会”，菜头只能扛下所有罪责。镜头下的菜头有愤怒，有不甘。出于义气，他一刀砍下了黑轮的手，可是面对法官的质询，阿和不承认唆使菜头，不知道菜头拿了开山刀，他似乎只是偷了摩托车，想和菜头去吓吓人的而已。
如果说，阿和自小生活在哥哥阿豪“什么都好”的阴影下，菜头则是生活在“无人看管”的阴影下，他唯一的亲人是年迈的奶奶。在某种程度上，这两人都是“边缘化”的人物，有着类似的特点。他们从少年抚育院出来后，不同的家庭状况也将他们推向了不同的道路。
彼时，阿豪跳楼，阿和真的成为了“唯一的儿子”，他自己也成了父亲，他的生活有了更多的“光”。而菜头的奶奶被送入养老院，他出来后连个住的地方都没了，他的“阴影”更大了。
当菜头看到阿和的“美好生活”，内心的愤懑可想而知。更重要的是，菜头比他更早出来，从未去看过他。而当他出现在阿和身边，阿文也主动找上菜头，愿意给菜头一笔钱，希望他能离阿和远一点。这更加刺激了菜头，原来，他和阿和从来都不一样，阿和还有家人。
有个细节值得注意，阿和曾说菜头再车里吸烟会让他被老板骂，所以当阿和去送货时，菜头下车抽烟，而这也给了阿文一个帮助儿子彻底解决后顾之忧的机会。一场大雨下，所有的痕迹都被冲刷得干干净净，就仿佛世界上从未有过菜头这样一个人似的，没有人会在乎。
当听到菜头的死讯，阿和如释重负地在灿烂的阳光下奔跑，他庆幸于自己的解脱，他终于“真正的自由”了。
电影叫《阳光普照》，可是电影中，似乎从未“阳光普照”，暴露在阳光底下的，都是千疮百孔的心。看完电影，对于生活，似乎也只能说一句“把握时间，找准方向”。