服务器Rstudio-server的搭建

Rstudio-server的搭建

Rstudio-server可以通过Rstudio网页端来远程连接Linux服务器并操作R来处理数据。

RStudio Server enables you to provide a browser based interface to a version of R running on a remote Linux server, bringing the power and productivity of the RStudio IDE to server-based deployments of R.

这段时间由于疫情，在家办公，时间能够自己安排；索性想将托管在学校的服务器上搭建rstudio-server，让本来就是linux命令行界面能以图形化界面的方式---Rstudio展开；经过一段时间的折腾----主要是联系学校各种老师（唯唯诺诺）以及处理各种报错，rstudio-server总算能在“服务器IP：8787”上打开并正常运行。现主要记录几点，算是这段时间的处理笔记；

• 首先，要明白我们的实际需求：
  studio-server的使用是采用服务端IP+服务端口进行正常访问（在成功安装rstudio-server的前提下），因此我们要保证在客户端上能够正常访问到该IP（8787端口在rstudio-server start后会自动开启）。

• 其次，需要明白实际处理的难点:
  要明白一般高校为了保护学校内数据的安全，都基本采用内网的方式；因而在这个前提下，学校一般会购买专业的“网络安全产品”充当校内网络传输的“中间介质”并对内进行统一的运维，比如绿盟的堡垒机；因此这里也需要明白“服务端---堡垒机---客户端”三者之间的联系。
  通俗一点来说就是，在没有堡垒机的情况下，客户端通过输入服务器的IP（相当于服务器的身份证号码）+端口（相当于访问服务器某项服务的一个窗口）的方式就能正常访问并运维服务器。而出与安全的考虑，学校购买的堡垒机在两者之间就会扮演一个“安全中间人”的角色，即服务端发送的IP经过堡垒机之后会发生改变并发送到客户端上，这样就避免了一些恶意用户通过服务器的IP对服务器进行恶意访问攻击；如下图所示：
  

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解决办法：

这样也就不难理解：为什么在学校服务器上成功安装rstudio-server后却无法在客户端正常访问，因为服务器端的IP+8787端口无法通过堡垒机（假设堡垒机对你的服务器只开启了SSH运维设备）。
既然我们的目的是让客户端通过一个web页面（IP+端口）取访Linux服务器，但这个页面在经过堡垒机的时候被"墙"掉了，那么问题也变得比较好解决了，在堡垒机上开启这台服务器的web代理，即介于客户端和Linux服务器之间充当的一台web代理服务器，有了它之后，客户端不是直接到Linux服务器去访问（在学校有堡垒机的情况下本身不太现实），而是向代理web服务器发送请求，信号会先送到代理web服务器上，并由web代理服务器取回Linux服务器运行的结果并返回到客户端上。而在堡垒机上开启你这台服务器web代理需要学校堡垒机的超级用户，因此，这最大的难点就是跟学校老师沟通，讲清你的需求，一般情况下老师会同意的。

柳暗花明又一“坑”

在成功开启web代理并如愿在Borrower上访问到Rstudio界面之后，却发现有一些包比如Seurat安装及其困难；其次无法实时可视化，图片无法报存为PNG格式等；MD~

（成功访问）

（plot(cars)报错，TMD）

解决办法：

• 1：首先是安装Seruat包困难的问题;
  由于rstudio-server默认会指定public下（也就是公共目录下）R的版本，而public下的R根据我多次踩坑经验，安装R包时很容易面临着gcc编译器等乱七八糟的问题，这我猜测可能时由于Linux系统版本下自带的gcc编译与R需要的编译版本不匹配造成的，因此解决办法是Conda安装R，Conda安装R包，并在/etc/rstudio/rserver.conf指定该conda安装的R版本，默认情况下，使用conda安装R及packages的好处是会自动解决很多依赖、相关库的问题。当然如果你愿意去慢慢修改Linux系统版本下gcc编译器，也没问题，只是风险比较大!
• 2：其次是报RStudioGD()错误的问题;
  这个问题是由于Linux下相关库缺失造成绘图设备不可用，网上找了很多帖子，比较靠谱的有这个：Linux安装软件报错：version ZLIB_1.2.9 not found | showteeth's blog
  
  （成功绘图，R包加载成功！！）

至此，折腾了好几天的rstudio总算弄完，之前仅仅是因为个人PC跑不动单细胞的大数据，而萌生是否能在强悍的服务器上使用Rstudio的想法，但未想过后面真是一步一个坑，首先要明白怎么弄，然后就是不断地沟通、不断地排错。对于非计算机类科班出身的人来说，大有 “我就是为了这瓶醋而特地包了份饺子” 的感觉，但确实也学到了不少~。

参考：
Download RStudio Server - RStudio
惊艳 | RStuido server选择不同的R版本（conda中的不同R版本） - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)