使用FSL对DTI数据进行预处理

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一、topup处理

为了校正磁场引起的畸变，对DTI的B0像分别采集了A>P和P>A的反向编码的两种B0像。利用AP和PA图像进行一个topup处理，校正畸变。

1、 使用dcm2niix将AP PA图像转为nii格式
假设转换后的图像为sub01_AP.nii.gz和sub01_PA.nii.gz
其中AP只有B0像，PA包括B0和非B0像
2、使用fslmerge合并AP和PA的B0像
（1）AP和PA只有1个B0像时

fslroi sub01_AP.nii.gz AP 0 1
fslroi sub01_PA.nii.gz PA 0 1
fslmerge -t PA_AP PA.nii.gz AP.nii.gz

（2）AP和PA有多个B0像时
可以选择normlized到第一个B0像平均
可以选择choose最佳B0像进行后续处理
可以选择全都用来进行topup处理（如果数量不多）

3、创建acq_param.txt文件