Linux入门2 基因课的学习小结2

接着上次课程继续总结基因课上关于Linux的入门。

1. 课程链接：生物信息入门之 Linux

2. 本次内容

• 数据上传、下载；权限管理、用户管理、目录结构；软件安装、文件处理命令。

3. 数据上传和下载

数据的上传和下载

3.1 上传和下载数据

常用的上传与下载见上图，接下来会一一介绍用法。

3.2 FileZilla图形界面FTP工具

FileZilla的两种形式

• sftp：与自己服务器间传输数据
  该种传输一般是基于SSH协议，只需要使用登录服务器的账户，输入ip地址，用户名和密码即可与服务器建立联系，通过拖拽即可进行数据的上传于下载。
• ftp：下载别人服务器上的数据
  复制数据的ftp地址，很多公开数据不需要用户名和密码，可直接进行下载，例如一些常用的基因组数据。

3.3 使用FTP命令上传下载数据

FTP上传与下载数据

使用FTP命令可以直接在分析服务器上进行数据的上传和下载。

3.3.1上传数据

• 连接命令：sftp用户名@服务器ip地址 -p 端口号（输入密码进行连接）
• pwd：查看远程服务器所在目录
• lpwd：查看本地服务器所在目录
• ls：查看远程服务器所在目录文件
• lls：查看本地服务器所在目录文件
• lcd Download：进入本地服务器下载目录
• get + 文件名：利用get命令下载文件
• lls：查看本地服务器所在目录文件（已成功下载）
• exit：退出

3.3.2 下载数据

• 本地新建一个文件，vim test1.txt，准备上传至远程服务器
• 连接命令：sftp用户名@服务器ip地址 -p 端口号（输入密码进行连接）
• lls：查看本地服务器所在目录文件
• pwd：查看远程服务器所在目录
• put + 文件名：利用put命令上传文件
• ls：查看远程服务器所在目录文件（上传成功）

3.4 wget从网页下载数据

wget网页下载数据

• 基本命令：wget + 下载地址（支持http和ftp协议）
• 支持断点续传：wget -c +下载地址；
• 批量下载：将要下载的地址放入一个文档，-i选项：wget -i +下载地址文件。

3.5 scp跨服务器拷贝

scp跨服务器拷贝

• 拷贝命令：scp 用户名@IP：源文件路径 目标文件夹
• 实例：scp lilei@ip地址：/home/lilei/test.txt ./

4. 用户和权限管理

用户与权限

4.1 理解用户和权限

• 多人共用服务器的安全与高效：共享软件和数据库等，同时又有私密空间。
• 用户管理决定了有多少人共用这台服务器，他们之间如何分组；
• 权限管理决定了哪些人可以使用。

4.2 用户管理（需要管理员权限）

用户管理

• 切换账号：su 用户名（root系统管理员具有最高权限）
• 添加用户分组：groupadd 组名
• 删除用户分组：groupdel 组名
• 添加用户： useradd -m -g 主要分组 -s /bin/bash 用户名 [-g（指定用户所属的主要分组，1个）；-G（指定用户所属的次要分组，可几个）；-m（是否创建用户目录）；-s /bin/bash（指定用户使用的shell）]
• 删除用户： userdel 用户名
• 修改用户： usermod -g 主要分组 -s /bin/bash -m /home/用户名 用户名
• 查看用户信息：id用户名
• 设置修改密码：passwd 用户名

4.3 权限管理（一般默认）

权限管理

• 用户分类：u（属主）；g（同组）；o（其他人）；
• 权限分类：r（可读）；w（可写）；x（可执行）;
• chmod修改权限：+（增加权限）；-（去除权限）；=（赋予权限）。
• 修改文件权限：chmod o-r 文件名（可修改第一位为u/g/o；第二位为+/-/=;第三位为r/w/x）
• x（可执行权限）主要针对可执行文件，如blastp。