conda已经安装orthofinder2，试运行了一下，目前的问题：
1.跑出的结果不知道怎么用：哪些结果可以用作下一步分析？下一步分析要做什么？怎么做？
2.-M raxml-ng 的命令不能用，显示“”未安装raxml“”：不知道怎么自定义多序列比对和建树参数（参数方面结合具体数据同时参考其他文献）？
3.
解决方案：
1、哪些结果可以用作下一步分析？
A：结果中各个文件的意义：https://www.jianshu.com/p/bef97d10928d
1-1、哪些文件可以用作比较基因组分析？
A：https://www.jianshu.com/p/16e0bbb2ba19
比较基因组学的相关结果文件：
Orthogroups_SpeciesOverlaps.csv： 不同物种间的同源基因的交集
SingleCopyOrthogroups.txt： 单基因拷贝组的编号
Statistics_Overall.csv：总体统计信息
Statistics_PerSpecies.csv：分物种统计信息
其中，我们可以用Orthogroups.GeneCount.tsv来作为CAFE的输入文件，分析基因家族的扩张与收缩；使用SpeciesTree_rooted.txt作为推断的物种树，并使用r8s，从中提取超度量树（ultrametric tree）即时间树
1-2、下一步分析包括什么？
A：直系同源基因聚类的可视化及结果解读、利用多序列比对结果建树、估算物种分化时间、基因家族收缩和扩张分析、AI美化图表
https://www.jianshu.com/p/a07dddc7747e
1-3、怎么做？
教程：
直系同源基因https://www.jianshu.com/p/a07dddc7747e
建树https://www.jianshu.com/p/b4a5260bc254
https://www.jianshu.com/p/9ef6d7f273b3
https://www.jianshu.com/p/52c2b99615f6
https://www.jianshu.com/p/90301eeb063a
https://www.jianshu.com/p/25e60508a08f （成功案例）
分歧时间https://www.jianshu.com/p/b12e058c6597
基因家族收缩和扩张 https://www.jianshu.com/p/d334ec7c3571（成功案例）
系统发育树的美化 itol AI
基因组共线性 https://www.jianshu.com/p/76d3590f7ecf
待补充
1-3-1、按照教程做的过程中有哪些难点？
A：r8s安装不上，安装包不完整，显示“缺少filename.o文件”；
AI美化不会；
待补充
2.-M raxml-ng 的命令不能用？
A：参照https://www.jianshu.com/p/9ef6d7f273b3
3、orthofinder结果中的比较基因组统计目录结果如何可视化？
A：结果文件有什么意义：https://www.jianshu.com/p/a21f1f907a3e
一些坑：
orthofinder2的参数https://www.jianshu.com/p/f68b3b2dfc1d
cafe运行成功案例 https://www.jianshu.com/p/25a98611f688
利用R包可视化基因树 https://www.jianshu.com/p/e180694451a3（有教程齐全的官方在线网站，不推荐用R）
主力软件总结 https://www.jianshu.com/p/ac89857c455f
宝藏up（多看看） https://www.jianshu.com/u/b52cb67b3e80
一些软件推荐，可以看看 https://www.jianshu.com/p/15dbf53640a0
TBtools 比较基因组文件准备 https://www.jianshu.com/p/6c33312df832
raxml-ng https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651160708&idx=1&sn=38e13cc0f14062b765616d3e848f0f76&chksm=8b5c87ebbc2b0efdbcd7f3f20589cde373bbd259c43261df230357149a3fc5a4f98a10c8db61&scene=21#wechat_redirect
iq-tree https://www.jianshu.com/p/df234ca0de71
如何构建生信平台（得花点时间慢慢看，太难了）https://protocolexchange.researchsquare.com/article/pex-807/v3