orthofinder

OrthoFinder安装及使用

本文译自：https://davidemms.github.io/orthofinder_tutorials/running-an-example-orthofinder-analysis.html1.
橙子_orange·2024-02-09 02:48

OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程

介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。
lixingze·2024-01-22 01:57

生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因

从OrthoFinder2.4.0版本开始，同源群的划分给予有根树的层次，这种划分方法比依靠相似度要更加准确。此外，如果在推断的过程中添加了外群物种，分群的精度有望进一步提升[1]。OrthoFind
学术程稻属·2024-01-15 20:05

纯python统计基于orthofinder得到的系统发育树的关注点位置的树型结构

主要分为几步：使用orthofinder进行直系同源基因的寻找和单基因树的构建。
离子回旋·2023-12-27 15:17

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。这些问题，转录组常常无法告诉我们，而基因组可以。接下来推出两份教程，来自课题组成员的投稿。我个人感觉还不错。与大伙一起学习。同源基因分析介绍开展
生信石头·2023-12-24 17:22

同源基因鉴定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree

写在前面写这个贴子纯粹为了记录一下自己的双面打工人的生活，然后再总结一下自己的工作方法还有哪些地方存在问题，希望下次再遇到这些小问题的时候可以更快速地应对。同源关系如何定义|Howtodefineortholog？可以参考这篇文章中的记录：https://www.jianshu.com/p/82d4cf6c3eda简单来说，就是speciationevents得到的是一对或者一组基因，称为orth
陈有朴·2023-12-18 07:09

生信基因功能分析工具：Kinfin使用教程

上周推出的Orthofinder受到广大粉丝的热烈欢迎，于是我决定再给大家介绍一个我经常使用的基因功能分析的工具Kinfin，这款工具可以用于整理orthofinder结果（相当于其下游分析），同样这款工具也是没有任何中文教程
lakeseafly·2023-11-19 23:13

2022-05-31

利用单拷贝基因构树利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树-ZhzBlog(zhouxiaozhao.cn)后续的蛋白基因的蛋白合并可能需要其它方法解决：要把蛋白名称改成物种名|基因名，之后合并比对的蛋白序列
MrLong_0220·2023-10-24 17:07

基因家族扩增与收缩分析

orthoMCL进行同源基因识别，然后选择直系同源基因进行物种树构建，最后使用CAFE对聚类结果进行基因家族的扩张和收缩分析直系同源基因鉴定直系同源基因鉴定网上一般给出了两个软件，一个是orthoMCL，一个是orthofinder
shimw·2023-10-02 13:09

利用不同类型数据构建系统发育树

Singlenucleotidepolymorphism）利用SNP数据构建Phylogenetictree，（2）转录组数据（3）单拷贝直系同源基因（single-copyorthologousgenes）利用orthofinder
生信学习小达人·2023-09-26 21:05

基因家族分析三把刀：hmmsearch＆blast&orthofinder

我只是个搬运工，侵权请私信，速删方法一：blast数据准备：下载NCBI中相关蛋白序列，将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列，eg：genome1.fa，genome2.fa。。。数据分析：#用makeblastdb建立blast数据库makeblastdb-inref.nbs.plant.fa-dbtypeprot-outblastdb#用blastp进行序列搜索，得
一直想要成为大牛的科研狗·2023-09-01 07:42

【比较基因组】基因家族扩张与收缩---CAFE篇

====环境和测试数据准备=====需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。
jjjscuedu·2023-08-30 10:51

总结一下自己构建物种进化树的过程

我是使用OrthoFinder构建的物种进化树，前期的参数解读及设置，详情请看我师兄的：https://www.jianshu.com/p/16e0bbb2ba19我的话，加入一点个人需求在里面，希望对你有所帮助
巩翔宇Ibrahimovic·2023-08-05 20:06

教程 | [下篇] 规模化物种同源基因分析 - orthofinder

写在前面两个月前，我推送了一个师妹的投稿，介绍了orthofinder软件的应用场景和具体安装，属于上篇。有上便有下，评论区和后台看到不少朋友在催更下篇。
生信石头·2023-07-24 12:28

使用UpsetR对orthofinder结果可视化

使用conda安装，使用过程中报错查阅得知是diamond的版本不兼容导致将diamond降级后问题解决condainstall-cbiocondadiamond=0.9.14.115(降级到0.9)首先找到Results_XX/Orthogroups/Orthogroups.GeneCount.tsv这个文件，它记录着每个orthogroup在各个物种的基因数，由于UpsetR只接受有或无（0或
王梓维·2023-07-18 09:37

基因家族聚类之OrthoFinder

OrthoFinderissimpletouseandallyouneedtorunitisasetofproteinsequencefiles(oneperspecies)inFASTAformat.最新版的是version2，Emms,D.M.andKelly,S.(2018)OrthoFinder2
刘小泽·2023-03-15 17:20

直系同源基因分析（orthofinder方法）

直系同源基因分析（orthofinder方法）直系同源基因判定的方法有两种orthomcl这个方法已经是应用很广泛的一个方法了，但是存在问题：solve：原理：OrthoFinder2可以推断出正交组，
xxzshaw·2023-02-06 10:20

CAFE输出结果整理2——提取特定Orthogroups里某个物种的基因名

比较基因组分析很多时候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups来进行分析，然后得到一系列OG的ID，对于不同的物种，我们还需要在orthogroup里找到对应的基因名，来进行后续的富集分析等
徐诗芬·2022-10-19 18:49

单拷贝直系同源基因构建物种进化树

最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师请教之后发现不是，这也就解释了为什么我的结果不够准确
郝永超M1racle·2022-09-21 21:57

OrthoFinder2：直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建

OrthoFinder2算法解读1）基因树的构建，寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，blast，mmseq2基因树的推断：DendroBLAST，其他的参考config.json2
陈有朴·2022-09-20 14:20

【更新】七月上旬更新日志

近期博客更新在https://abysw.github.io简要内容总结如下：orthofinder打开文件数上限【问题】打开文件数上限过少【报错】ERROR:Thesystemlimitsonthenumberoffilesaprocesscanopenistoo
Yuan-SW-F(abysw)·2022-07-19 13:00

OrthoFinder比较基因组确定基因家族

简介OrthoFinder是用于比较基因组学的快速，准确和全面的平台。它查找直系群和直系同源物，推断所有直系群的根源基因树，并识别这些基因树中的所有基因重复事件。
小白菜学生信·2022-02-18 23:18

物种进化树构建

使用单拷贝基因画物种进化树所需软件：#OrthoFinder寻找同源基因condainstallorthofinder#EasySpeciesTreegitclonehttps://github.com
生信小白2018·2022-02-04 23:46

Paml分析过程中根据Othogroups信息和物种树生成对应的基因树

首先得到genelist很简单，用grep提取，以下两个文件都在orthofinder结果文件里：grep-fOrthogroups_SingleCopyOrthologues.txtOrthogroups.tsv
徐诗芬·2022-01-11 16:05

codml site models

相应家族CDS序列提取和对齐OrthoFinder已经对不同物种的氨基酸序列进行Orthologs和Paralogs的分类，利用Orthogroups/Orthogroups.txt对目标家族和相应基因的
吴十三和小可爱的札记·2021-10-02 21:27

利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树

1.orthofinder介绍OrthoFinder是一种快速、准确和全面的比较基因组学分析工具。它可以找到直系和正群，为所有的正群推断基因树，并为所分析的物种推断一个有根的物种树。
周小钊·2021-04-18 02:48

2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树

背景orthfinder和直系同源基因介绍生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）OrthoFinder寻找同源基因并建树（2）物种进化树构建OrthoFinder
云若蓝·2021-03-23 14:22

orthofinder

conda已经安装orthofinder2，试运行了一下，目前的问题：1.跑出的结果不知道怎么用：哪些结果可以用作下一步分析？下一步分析要做什么？怎么做？2.
dubladaba·2020-11-14 15:28

orthofinder2-sinple Chinese

Tips：orthofinder提供了dendroblast或msa的方式去构建基因家族树，可以使用-M开启-Mmsa-Amuscle-Tiqtree，默认aligen用MAFFT建树用fastree使用多序列比对的方式更耗费计算资源但是树更准确如果在算完
天骏·2020-08-22 12:58

OrthoFinder寻找同源基因并建树

提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL(http://orthomcl.org/orthomcl/），OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同源基因（Orthologs）以及旁系同源基因(Paralog)的软件。但是OrthoMCL的最新版本是2013年7月公布的v2.0版本，已经很久没更新过了。根据官网的教程至少得十多步才能完成整个运行流程，包括Mysql数据库配置、
byemax·2020-07-05 14:05

转载:Orthofinder运行结果文件解读

这是一篇关于Orthofinder的文章，做基因组相关项目比较常用的软件，已获得作者授权转载@小小的人儿_MR文章链接：https://www.jianshu.com/p/bef97d10928d
小潤澤·2020-07-01 20:49

2019-08-29内容

等基因组注释重复序列注释：RepeatMasker基因结构注释：使用BRAKER训练参数模型基因结构注释：使用Maker自动化注释基因功能注释：eggnog-mapper结合自主开发流程比较基因组基因家族鉴定：orthofinder
YX_Andrew·2020-02-09 17:29

寻找同源基因工具OrthoMCL与OrthoFinder的安装与使用

比较基因组学简单介绍一下比较基因组学，Comparativegenomics是基于基因组图谱和测序技术，对已知的基因特征和基因组结构进行比较以了解基因功能、表达机制和不同物种亲缘关系的生物学研究。通过对不同亲缘关系物种的基因组序列比较，能够鉴定出编码序列、非编码序列及给定物种独有的序列。而基因组范围内的序列比对，可以了解不同物种核苷酸组成、同/共线性关系和基因顺序异同，有助于理解基因分析定位、系统
耗仔·2019-12-19 12:29

生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程

最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学习一下这款软件。
lakeseafly·2019-11-08 05:22

OrthoFinder2—同源蛋白家族聚类

因此OrthoFinder应运而生，并且更新到版本2。后者不但可以寻找同源家族，并且可以构建基因家族进化树。
了尘兰若·2019-11-03 20:42

基因家族分析 | 预测基因家族收缩与扩张（orthofinder，cafe）

以下参照hoptop的「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析这篇帖子试跑了一遍1.软件安装#用conda安装orthofindercondacreate-northofinderorthofinder
pomela·2019-11-03 09:46

「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析

而OrthoFinder则是2015年出现的软件，目前已有400多引用。该软件持续更新，安装更加友好，因此我决定使用它来做直系同源基因的相关
徐洲更hoptop·2019-11-01 18:52

「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析

环境准备安装软件:参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析安装OrthoFinder，然后再安装CAFEwgethttps://github.com/hahnlab/CAFE/releases
徐洲更hoptop·2019-11-01 09:25

OrthoFinder寻找同源基因并建树（2）

orthofinder的结果一：使用EasySpeciesTree脚本进行物种系统发育树的构建该脚本依赖Mafft,TrimAI,RAxML和ASTRAL四个软件，需
多啦A梦的时光机_648d·2019-09-23 19:25

OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）

一、OrthoFinder的安装$condainstall-yorthofinder使用之前记得查看帮助文档:$orthofinderOrthoFinderversion2.3.3Copyright(C
多啦A梦的时光机_648d·2019-09-23 19:35

基因家族分析 | 同源基因家族聚类（orthofinder）

condacreate-northofinderorthofinder=2.2.72.运行示例数据：source/data1/spider/miniconda3/bin/activatecondaactivateorthofinder#用miniconda安装的orthofinder
pomela·2019-05-05 21:11
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