2018-04-26 CT/VTK

医学图像三维可视化工具入门篇(VolPack, VTK, VolView, MITK)

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医疗信息化及医学影像处理常用名词

ITK没有实现可视化的功能，在VTK中可以实现可视化，所以医学影像系统中，在用ITK进行分割的基础上，结合VTK对图像进行可视化处理。

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从DICOM开始入门医学图像处理-1-开发工具

常用的开发工具有VTK,ITK,DCMTK这三个SDK: 

VTK是一个三维可视化工具包,他有一些方法支持医学影像处理,值得一提的是,VTK并不是一个专门为DICOM或者医学影像而生的SDK,所以VTK对于DICOM的支持主要在显示图像和三维可视化方面,对于DICOM档案中的其他信息,VTK并不能完全获取和掌握,但是VTK有自己的优势,由于它是专门用来做三维数据可视化的SDK,他对于Qt和MFC,Winform等可视化编程手段都提供了接口,并且提供了很多UI控件 
ITK则是一个专门为医学图像处理而生的SDK,其中整合了很多医学图像处理常用的算法实现,而且ITK提供了把内部数据转换为VTK兼容的数据的接口 
DCMTK是一个专门针对DICOM协议开发的SDK,他几乎实现了所有的DICOM特性,DICOM档案中存储的所有信息几乎都可以通过DCMTK读取出来,但是DCMTK对于可视化方面的支持很有限,而且在他得到官方网站上提供得到release版本中没有64位的版本.

根据这些特点,如果你要做一个和PACS和DICOM有关系的程序,我推荐的方案是这样的: 
VTK做为表现层,负责显示图片,利用ITK做影像处理,然后把处理好的数据转换发给VTK,而DICOM中的其他信息的读取由DCMTK实现,界面上最直接的选择是使用Qt,当然WPF和Winform也是可以的.

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医学图像处理软件及工具包

2016年07月21日 14:00:46

ITK-SNAP
VTK
ITK
vv
MITK

除了这几个，我再推荐几个。 如开源的3D Slicer, ParaView。它们的底层都是基于VTK的。商业化的如Mimics, Amira。MITK分为两个版本，德国的和中科院版的，两个都可以下载到源码。此外，还有很多可以免费下载的Dicom Viewer软件也可以借鉴，如只支持IOS的Osirix，Windows有很多，Philips Dicom Viewer, Sante, RadiAnt等等。

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医学图像处理开源软件
医学图像处理开源软件包-英文版
2015年09月27日 05:29:42

通用:

VTK
        VTK （the visualization toolkit）是一款免费开源的用于三维计算机图形学、图像处理以及可视化的软件包。包含了C++类库并且提供对Tcl/Tk, Java 和Python等解释性语言的支持.
ITK
        ITK是一个开源、跨平台的，提供了大量的图像处理功能的软件工具。可用于多维图像的分割与配准。
FSL
        FSL是一个用于分析fMRI，MRI和DTI大脑成像数据的综合软件库。
SPM
        SPM（statistical parametric mapping) 指的是建立和评估统计处理方法，用于对功能影像数据的假设检验。SPM软件包已用于分析大脑图像序列。这些序列可以是来自不同群体的数据，或者是同一个个体的不同时间序列的数据。目前可用于分析fMRI, PET, SPECT,EEG和MEG。
GIMIAS
        GIMIAS是一个面向工作流的图像处理环境，用于解决高级图像计算以及个体化的模拟问题。可通过添加解决特定问题的插件而进行扩展。此外，GIMIAS提供开源框架，可有效开发研究和临床软件原型，也可用于商业软件开发。提供的功能包括手动和自动分割，可视化，网格编辑和电子机械及流体力学模拟等。
3D Slicer
        3D Slicer是一个免费、开源软件包，用于可视化及图像分析。可在多个平台上使用，包括Windows, Linux 和Mac Os X。
MIA
        MIA是一个用C++写的通用图像处理工具，主要针对2D和3D灰阶医学图像分析。使用插件结构，可以很容易添加新的功能。使用测试驱动（test-driven)开发，以保证实现的稳定性，并且提供命令行工具。
分割：
NiftySeg
        NiftySeg实现了基于期望值最大化的对Nifti图像的分割。另外也实现了许多标记融合（label fusion）算法，如MV，STAPLE，SBA等。
配准：
NiftyReg
        NiftyReg实现了对nifti图像的刚体、仿射和非线性配准方法。支持GPU（使用CUDA）的实现。是一个基于命令行的工具包。
elastix
        elastix是基于ITK的开源软件。包含了处理医学图像配准的常用算法。elastix的模块化设计允许用户快速地针对一个特定的应用配置、测试和比较不同的配置方法。用命令行接口可以通过脚本自动处理大量的数据。
ANTS
        ANTS为研究者提供了高级的工具用于大脑图像配准映射。ANTS的许多配准恐惧都是微分同胚的（diffeomorphic）,但也可以使用elastic 和 Bspline等形变变换。 ANTS中的模块包括多种相似度测量，标记点引导，使用标记图像引导配准映射，对微分同胚映射的贪心法及时空最优化实现。
可视化
ITK-Snap
        ITK-SNAP可用于对三维图像的交互式分割方法，其实现是基于活动轮廓模型的，也支持手动分割。提供了可视化功能。
MITK
        MITK（medical imaging interaction tookkit）是用于开发交互式图像处理软件的开源系统。MITK结合了VTK和ITK，此外它结合了一些与开发交互式图像处理相关的特性，这些是ITK与VTK所未包含的。
重建：
NiftyRec
        NiftyRec提供了断层图像重建的代码，基于c，也支持python, matlab接口。对于计算量大的函数，其提供了基于CUDA的GPU加速方法。
模拟：
NiftySim
        NifySim是一个高性能非线性有限元求解工具。一个重要特性是允许GPU计算。
弥散MRI:
Camino
        Camino是一个面向对象的软件工具包，用于弥散MRI数据的分析和重建、纤维束重建等。
DTI-TK
        DTI-TK是一个实现空间归一化和建立图谱（atlas）的工具，支持对DTI图像的操作，特别注重数据的张量属性。实现了目前最先进的配准算法，通过每个像素的纤维束方向匹配完成后对白质纤维的对齐。

我平时工作中主要用ITK和VTK，也用3D Slicer和MITK预览一些医学影像的处理算法，ParaView也是一款不错的三维可视化软件，底层是基于VTK开发的。其他的那些开源软件都没有接触过。楼主都接触过了吗？