Monai

pytorch一致数据增强—异用增强

前作[1]介绍了一种用pytorch模仿MONAI实现多幅图（如：image与label）同用randomseed保证一致变换的写法，核心是MultiCompose类和to_multi包装函数。
HackerTom·2024-01-15 07:17

pytorch一致数据增强

MONAI有个ArrayDataset实现了这功能，思
HackerTom·2023-12-14 19:30

UNETR：用于三维医学图像分割的Transformer

论文链接：https://arxiv.org/abs/2103.10504代码链接：https://monai.io/research/unetr机构：VanderbiltUniversity,NVIDIA
Scabbards_·2023-11-24 16:49

使用MONAI轻松加载医学公开数据集，包括医学分割十项全能挑战数据集和MedMNIST分类数据集

在深度学习中，使用公开数据集具有以下优点：提供了一个标准化的基准来比较不同算法或模型的性能，因为这些公共数据集被广泛使用，许多研究人员都使用它们来评估他们的方法。可以节省大量的时间和金钱，因为这些数据集已经被标注，从而避免了手动标注数据所需的努力和成本。允许研究人员在自己的算法或模型上进行测试，而无需担心数据的版权问题。跑开源代码时，可以使用公开数据快速测试。测试通后再使用的自己的数据。为了快速开
Tina姐·2023-11-22 06:00

使用MONAI框架进行生成式模型开发

这时候，必须要大赞一下MONAI平台啦。提供了各种相关的模型和demo。MONAI提供了一种通用的方式实现了这些模型，表
Tina姐·2023-11-14 09:04

部署深度学习APP的经历（docker，streamlit cloud，nuitka）

部署深度学习APP的经历最近，接到一个部署深度学习APP的需求，这个APP使用torch、monai和pydicom等库构建了一个识别CT图像中皮下脂肪、内脏脂肪和骨骼肌，输入是CT图像，输出是识别的图像和相关数据
预测模型的开发与应用研究·2023-08-17 15:07

MONAI的测试与使用（一）

MONAI的测试与使用（一）一.Transform的分类二普通变换和字典变换的联系与区别三加载与显示图像一.Transform的分类具体API函数请参考文档：https://docs.monai.io/
落花逐流水·2023-08-14 15:18

swin unetr的3D语义分割

基于monai库。其实我不是很喜欢这种，可扩展性太差了，除非说你想快速在自己的数据集上出结果。
吴天德少侠·2023-08-11 18:54

【分享NVIDIA GTC 23大会干货】加速生成式AI在生物学和医疗领域的应用

【分享NVIDIAGTC23大会干货】加速生成式AI在生物学和医疗领域的应用1.NVIDIA医疗领域AI计算平台——NVIDIACLARA2.NVIDIACLARA医学影像子平台——MONAI3.NVIDIACLARA
L1_Zhang·2023-04-09 19:22

医学图像深度学习框架汇总（持续更新

PytorchMONAI：MONAI-HomeTorchIO：https://github.com/fepegar/torchioMedicalZooPytorch：https://github.com
起司其四·2023-02-03 23:34

使用MONAI深度学习框架进行3D图像空间变换

MONAI是一个基于PyTorch的开源框架，用于深度学习在医学图像领域的研究。提供了许多便捷的可移植的API接口，以创建和评估深度学习模型。
不入流儿·2023-02-03 23:01

如何使用MONAI构建多分类dataset--直接从文件夹加载数据

如图所示，做多类别分类，每个文件夹代表一个类别，所有图像均为NIFTI格式，如何加载进MONAI进行训练？
Tina姐·2023-02-03 23:00

1.monai——Dataset加载数据

monai使用一、Dataset数据加载MONAI提供了非常多的Dataset,包括Dataset⭐️,IterableDataset,PersistentDataset,CacheDataset⭐️,
Jorko的浪漫宇宙·2023-02-03 23:29

【深度学习 医学影响处理学习记录 #1】MONAI简介与相关资源汇总

MONAI简介与相关内容汇总MONAI简介接触MONAI相关探索MONAI简介MONAI（MedicalOpenNetworkforAI）是医疗影像领域的基于PyTorch的开源框架，由NVIDA和伦敦王国学院共同开发
xiaobai_dafei·2023-02-03 23:28

基于pytorch-lightning+monai的深度学习模型参数初始化

importosimportrandomimportnumpyasnpimporttorchimportmonaiimportpytorch_lightningasplfrommonai.utilsimportset_determinismfromtimm.models.layersimporttrunc_normal_random.seed(42)np.random.seed(42)torch.
老油条666·2023-02-03 23:56

MONAI-如何加载图像

使用默认图像阅读器加载Nifti图像MONAI根据支持的后缀并按以下顺序自动选择阅读器：调用此加载程序时，用户在运行时指定的读取器。注册读者从最新到列表中的第一个。
@左左@右右·2023-02-03 23:53

深度学习三维图像数据增强——Monai实现

深度学习三维图像数据增强——Monai实现一、前言二、数据类型三、Compose四、OneOf五、常见转换类型5.1裁减和填充5.2强度增强5.3空间增强六、注意（记录坑）6.1RandRotate90
江心秋月_白·2023-02-03 23:53

MONAI深度学习

安装MONAI推荐安装方式：gitclonehttps://github.com/Project-MONAI/MONAI.gitcdMON
小吕同学吖·2023-02-03 13:50

使用 Monai 和 PyTorch 预处理 3D Volumes以进行肿瘤分割

1.介绍针对在使用传统图像处理工具时可能遇到的困难，深度学习已成为医疗保健领域的主要解决方案。因为医学图像比标准图像更难处理（高对比度、人体的广泛变化……）深度学习用于分类、对象检测，尤其是分割任务。在分割方面，深度学习用于分割人体器官，如肝脏、肺和……或分割来自身体不同部位的肿瘤。医学图像有很多不同的类型，例如MRI（主要用于脑肿瘤分割）、CT扫描、PET扫描等。本文将重点介绍CT扫描，但同样的
求则得之，舍则失之·2023-01-19 06:23

【无标题】

一些心得：一般用pip安装库更好，用conda会很慢，经常卡在solvingenvironment上面monai需要附加安装nibabel等库，否则无法读取图片conda加上清华源代码condaconfig
weixin_43528746·2023-01-17 09:35

MONAI版本更新到 0.9 啦，看看有什么新功能

MONAI更新到0.9版本了，你用的是多少呢？我们来看看这次有什么重要更新。
Tina姐·2023-01-01 17:55

MONAI Label -- 使用 AI 加速你的分割标注

它与MONAI适配。大白话讲：要使用MONAILabel进行医学数据标注，你需要有2个东西。一是一台带GPU，可以跑深度学习模型的服务器（linux或者windo
Tina姐·2023-01-01 17:55

一款专门为医学图像定制的框架（MONAI），太好用了！

就是这个框架~~~~~思考一下几个问题在pytorch中如何加载nii.gz格式的三维数据，dataset应该怎么写？在pytorch中，如何对医学数据做一些常用transform？比如CT图像中，你只想要-40到160之间的CT值，并把这之间的值归一化到[0,1].在刚开始一个项目时，是不是想要快速搭建好一个baseline，并且希望dataset和dataloder可以一句话搞定，不管是二维还
Tina姐·2023-01-01 17:24

MONAI教程＜1＞-安装

MONAI的安装非常简单，常用的有两种方法：直接pipinstallmonai从GitHub上安装monai是通常配合其他库一起使用的，比如pytorch,nibabel,skimage,pillow等等
Tina姐·2023-01-01 17:24

MONAI中，一定要学会的三种Dataset使用方法

在正式学习MONAI功能函数前，以下的网址必须要收藏。
Tina姐·2023-01-01 17:24

基于 Amazon SageMaker 利用 MONAI 处理医疗影像数据实践

介绍神经网络已被证明可有效解决复杂的计算机视觉任务，例如对象检测、图像相似性和分类。随着低成本GPU的发展，构建和部署神经网络的计算成本已大幅降低。然而，大多数技术旨在处理视觉媒体中常见的像素分辨率。例如，典型的分辨率大小对于YOLOv3是544和416像素，对于SSD是300和512像素，对于VGG是224像素。在由卫星或数字病理图像等千兆像素图像（10^9+像素）组成的数据集上训练分类器在计算
亚马逊云开发者·2023-01-01 17:54

Pytorch & MONAI — 手撸各种loss

1.BCEloss1.1简介全称：BinaryCrossEntropyLoss，二值交叉熵损失。顾名思义，只用于二值的情况，即label为0和1的情况公式：其中，yi表示label，取值为0或1。yi^表示prediction，取值为[0,1].公式中没有写求N个样本的平均，因为可以根据自己需求来，是求平均还是求和1.2pytorch中调用方法torch.nn.BCELoss(weight=Non
Tina姐·2023-01-01 17:54

MONAI（Medical Open Network of AI）环境搭建以及官方例程

MONAI–MedicalOpenNetworkofAI简单介绍官网：https://monai.io/API文档：https://monai.readthedocs.io/en/latest/GitHub
luoshutu·2023-01-01 17:52

医学开放式人工智能网络（MONAI） 安装

医学开放式人工智能网络（MONAI）是一个免费提供、社区支持、基于Pythorch的医疗影像学深度学习框架。它为开发训练工作流程提供了领域优化的基础功能。所以先安装pytorch，安装教程请自行百度。
九手算法工程师·2023-01-01 17:52

MONAI_Label 安装试用

安装流程安装服务器MONAILabel以下安装流程是在ubuntu20.04x64平台上执行的monai版本是0.9.1monailabel版本是0.4.2安装pytorchpip3installtorchtorchvisiontorchaudio
@左左@右右·2023-01-01 17:19

MONAI Label 安装流程及使用攻略

这部分为monailabel的安装实操，分为服务端安装和客户端安装。预祝大家顺利安装。如果遇到问题，可以在交流群里探讨。在开始前，可以把以下链接打开，官方安装教程monailabelgithub服务器（Server）端安装服务器电脑条件：可以是Ubuntu和Windows操作系统，但必须要有GPU/CUDA。并能支持深度学习训练。因为会在服务器端调用训练和测试代码，没有GPU，带不动。step1:
Tina姐·2023-01-01 17:48

【论文阅读】MONAI Label：人工智能辅助的 3D 医学图像交互式标注框架

论文地址Abstract缺乏带注释的数据集是训练监督AI算法的主要挑战，因为手动注释既昂贵又耗时。为了解决这个问题，我们提出了MONAILabel，这是一个免费的开源平台，有助于开发基于AI的应用程序，旨在减少注释3D医学图像数据集所需的时间。通过MONAILabel，研究人员可以开发专注于其专业领域的注释应用程序。它允许研究人员轻松地将他们的应用程序部署为服务，临床医生可以通过他们首选的用户界面
Tina姐·2022-12-28 04:37

monai如何读取.nii/.nii.gz数据

单个读取：frommonai.transformsimportLoadImageimg_loader=LoadImage()img_array=img_loader("xxx.nii.gz")#读取到的img_array是继承了pytorchtensor的类，可以使用tensor有关的方法批量读取：frommonai.transformsimportLoadImageDdict_loader=Lo
一头小学牲·2022-12-23 07:34

MONAI(4)—一文看懂各种Transform用法（下）

上小结链接：https://mp.csdn.net/editor/html/1137421946裁剪&填充【SpatialCropd,CenterSpatialCropd,CropForegroundd,RandCropByPosNegLabeld,SpatialPadd】对于CT或者MRI图像来讲，图像是非常大的，又是一个三维图像，不可能全部输入网络中训练。要么把图像直接Resize到固定的尺寸
Tina姐·2022-12-11 08:39

深度剖析monai(一) Data和Transforms部分

目录前言简单使用其他数据增强方法自定义数据读取器自定义数据增强操作总结前言最近没什么事，研究了一下monai，它是一个优秀的基于pytorch的医学深度学习框架，包括了Tansformers(负责数据的读取和数据增强
遇到坎就得迈过去·2022-12-11 08:09

monai.tansforms.xxx 常用函数&作用

1.monai.transforms.LoadPNG(image_only=False,dtype=)作用：加载常用的2维图像，格式包括(PNG,JPG,etc.usingPIL)参数：image_only
Tina姐·2022-12-11 08:09

2.monai——transform数据处理

monai——transform变换本文对于已有数据进行monai中transform的使用，若无数据，可以下载医学全能十项的数据来用1.数据准备上文提到的加载数据，可以加载自己的，也可用monai下载方法进行下载
Jorko的浪漫宇宙·2022-12-11 08:38

MONAI Transform 分析和使用

最近在学习深度学习，了解了monai框架，随着学习的不断深入，发现Transform这个模块很重要在做医学图像处理的时候需要用到图像增强，就需要用到个Transform中的各种API进行增强变换所以在这里记录下
@左左@右右·2022-12-11 08:38

MONAI 专为医学AI开发的开源框架（From Nvidia）

MONAI简介:https://blogs.nvidia.com/blog/2020/04/21/monai-open-source-framework-ai-healthcare/https://monai.io
ydncw·2022-12-11 08:38

monai读取图片报错

mona使用transformer.LoadImage或者LoadImaged读取图片报错：monaiValueError:Unsupportedoption'.nii',Availableoptionsare{'itkreader','numpyreader','pilreader','nibabelreader'}.一个可能的原因是：把LoadImage()当成函数用了，如下：报错的根本原因是
老油条666·2022-12-11 08:38

医学图像工具包monai--中心裁剪

monai.transform包中有多个裁剪方法，其中包括空间裁剪SpatialCropd,中心裁剪CenterSpatialCropd,以及前景裁剪CropForegroundd。
努力努力再努力的月月·2022-12-11 08:08

关于MONAI LoadImaged(keys=[“image“, “label“]‘)读取灰度图没有通道channel这个维度

关于MONAILoadImaged(keys=[“image”,“label”]')读取灰度图没有通道channel这个维度如下图只用LoadImaged(keys=[“image”,“label”]）来读取，不用任何其他的transform，得到label和image的shape都是[2,768,768](B,H,W)加入EnsureChannelFirstd(keys=[“image”,“la
海洋大盗·2022-12-06 14:17

[理论+实操] MONAI&PyTorch 如何进行分布式训练，详细介绍DP和DDP

优秀的炼丹师再也不满足单张GPU训练了，总想要迭代的再快点，batchsize再大点。能用3Dmodel绝不用2D，完了！内存超了，咋办？急，在线等！！文章目录为什么要使用分布式训练分布式训练有哪些方法1️⃣数据并行2️⃣模型并行基于Pytorch的分布式训练方法DP(DataParallel)DDP(DistributedDataParallel)step1：初始化进程step2:在创建data
Tina姐·2022-12-04 21:08

[pytorch] monai Vit 网络 图文分析

monaiVit网络图文分析VisionTransformer(ViT)NetworkstructureComposition1.PatchEmbeddingBlockDescriptionSourcecodeTouse2.SelfattentionDescriptionMulti-headSelf-attentionSourcecodeTouse3.TransformerblockSourcec
liyihao76·2022-11-29 14:51

cuda10.0配置pytorch1.7.0+monai0.9.0

1.pytorch安装没有对应cuda10.0的命令，重装10.2嫌麻烦，尝试直接用10.2的cudatoolkit，结果可行。#CUDA10.2（10.0能用，但如果命令里面写cudatoolkit=10.0，pytorch是cpu版的，不好改过来）condainstallpytorch==1.7.0torchvision==0.8.0torchaudio==0.7.0cudatoolkit=1
xiav·2022-11-28 15:03

Unet 细胞分割

2234948标签（空格分隔）：Pytorch以细胞分割图为例（Unet和Convnext）1.model的搭建这个不多说，是独立的模块，只需要注意输出输出是什么，输入通道和输出通道；一个小技巧，使用monai
whetherfailbuttry·2022-11-24 05:23

UNETR: Transformers for 3D Medical Image Segmentation

UNETR:Transformersfor3DMedicalImageSegmentation[代码地址]：(https://monai.io/research/unetr)摘要自过去十年以来，具有收缩和扩展路径的完全卷积神经网络
Donogh Liu·2022-11-10 07:10

使用 Python 和 Monai 来扩充您的数据集以进行肿瘤或器官分割

1.介绍我们在上一篇文章中讨论了如何为肿瘤分割预处理3Dvolumes，因此在本文中，我们将讨论处理深度学习项目时的另一个重要步骤。这是数据增强步骤。2.什么是数据增强？我们都知道，为了训练神经网络，需要大量数据才能获得准确的模型以及可以处理该特定任务中大多数情况的稳健模型。然而，在任何任务中，特别是在医疗保健项目中，并不总是能够获得大量的自然数据。因为医学成像中的一个输入是具有多个切片的单个患者
求则得之，舍则失之·2022-10-28 07:30

使用 load_decathlon_datalist (MONAI)快速加载JSON数据

思考：当你有一个包含数据所有信息的JSON文件的时候，怎么加载到MONAI框架里面？如图所示，从这个json文件里可以知道数据的label信息，每个类别的真实含义。
Tina姐·2022-05-30 07:02

利用MONAI加速医学影像学的深度学习研究

利用MONAI加速医学影像学的深度学习研究AcceleratingDeepLearningResearchinMedicalImagingUsingMONAI医学开放式人工智能网络（MONAI）是一个免费提供
wujianming_110117·2020-08-01 07:51
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