circRNA测序及机制全面讨论

        纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。针对circRNA测序，我们讨论了如何通过circRNA测序找到合适的circRNA分子，也探讨了3种经典的circRNA机制思路，及一种新型的circRNA机制，在此汇总，方便研究circRNA的老师查阅。

第一讲：可信度高circRNA应该是什么样的

主要讨论：

1）做circRNA测序为什么用rRNA去除的方式，而不是RnaseR 去线性。

2）RNAseq鉴定circRNA可靠性比较差，可以通过多软件取交集减少错误。 

3）差异比较好的circRNA是什么样的，p值不是最重要的。

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可信度高circRNA应该是什么样的

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第二讲：circRNA ceRNA机制研究思路

主要讨论：

1）ceRNA机制中circRNA分子如何选择；

2）ceRNA机制作用的两个条件，细胞定位，Ago2结合； 

3）如何锁定下游的miRNA和靶基因；

4）验证结合位点的几种方法；

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ceRNA机制探讨

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第三讲：circRNA结合蛋白机制总结

主要讨论：

1）circRNA挑选标准，需参考来源基因的功能；

2）circRNA找结合蛋白方法，并预测验证； 

3）circScan软件预测circRNA与蛋白的结合位点；

4）circ结合蛋白结合DNA/RNA/蛋白等各种分子设想；

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circRNA新机制-circRNA结合DNA思路解析

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第四讲：circRNA翻译多肽/蛋白机制思路

主要讨论：

1）预测circRNA翻译多肽的几种方法；

2）如何验证circRNA通过编码蛋白发挥功能； 

3）如何检测circRNA翻译的多肽；

4）如何关联通路和机制；

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circRNA新机制-circRNA结合DNA思路解析

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第五讲：circRNA与来源基因DNA互补结合思路

主要讨论：

1）circRNA结合DNA阻碍转录过程思路；

2）是否能通过生信方法预测circRNA结合DNA作用的靶基因； 

3）怎么捕获circRNA结合的DNA，预测circRNA二级结构；

4）如何做后续机制探讨；

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circRNA新机制-circRNA结合DNA思路解析

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