明初，太祖洪武皇帝在规范城隍神爵位等级及其祭祀制度的同时，下诏对历代以来封奉祭祀的圣主帝王、忠臣良将、大贤大儒等进行重新登记审查，进一步甄别后，颁布了新的入选名单，并对祭祀典章进行了规范，令中央有关部门及地方按时祭祀。
洪武四年四月，首先废除天下府州县祭祀三皇制度。又诏令，历代帝王但在中原安养人民者，春秋两季都要祭祀。地处偏远者，虽然有功于百姓与虽在中原而昏愚者一概不予祭祀，也不禁止百姓伐薪樵采。
洪武七年，令礼部颁布祭岳镇海渎仪式规范，九年遣官视察历代帝王陵寢。礼官查考全国帝王陵园，功德昭著者共三十六处，具体如下：
伏羲、神农、黄帝、少昊、颛顼、唐尧、虞舜、夏禹、商汤、中宗、高宗、周文王、武王、成王、康王、汉高祖、文帝、景帝、武帝、宣帝、光武、明帝、章帝、後魏文帝、隋高祖、唐高祖、太宗、宪宗、宣宗、周世宗、宋太祖、太宗、真宗、仁宗、孝宗、理宗。
各制衮冕服，函香币。并遣秘书监丞陶谊等往修祀事，每陵以白金二十五两作为祭祀的费用。
陵寝有被盗发破坏的，要重新修复；庙宇破旧者也要重修；无庙者均设坛以祭。并明令当地官府百步內禁至百姓樵采，并设陵戶二人看守，有司督近陵之民，以時封培，每三年降香致祭一次，三十六陵全部享用太牢。太祖撰写祝文，祝三皇之陵：
朕生后世，为民草野之间。当有元失驭，天下纷纭，乃乘群雄大乱之秋，集众用武，荷皇天后土眷佑，遂平暴乱以有天下，主宰黎庶，今已四年矣。君生上古，继天立极，作生民主，神功圣德，垂法至今。
朕典百神之祀，考君陵墓在此，然相去年岁极远，朕观经典所载，虽切慕于心，然禀性之愚时有，古今民俗亦异。仰惟神圣，万世所法，特遣官奠祀修陵，圣灵不昧，尚其鉴纳焉。
祝众帝王之陵曰：
曩者有元失驭，天下纷纭，朕由此集众平乱，统一天下，今已四年矣。稽诸古典，同尧舜继天立极、列圣相传为烝民主者，陵各有在，虽去古千百余载，时君修祀之。
朕典百神之祀，故遣官赍牲礼奠祭修陵，君灵不昧，尚惟歆享。
据《大明会典》，兹列各府州县祭祀对象如下：
伏羲氏、河南陈州祭；娲皇氏、山西赵城县祭；神农氏、湖广酃县祭；轩辕氏、陕西延安府祭；少昊氏、山东曲阜县祭；高阳氏、高辛氏、直隶滑县祭；尧帝、山东东平州祭；舜帝、湖广宁远县祭。夏禹王、浙江会稽县祭；商汤王、山西荣河县祭；商中宗、治理内黄县祭；商高宗、河南陈州祭；周文王、周武王、周成王、周康王、汉高祖、俱陕西西安府祭；汉文帝、陕西咸宁县祭；汉景帝、陕西西安府祭；汉武帝、陕西兴平县祭；汉宣帝、陕西长安县祭；汉光武、河南孟津县祭；后魏文帝、陕西富平县祭。隋高祖、陕西扶风县祭（有司自祭、不在三十六陵內）；唐高祖、陕西三原县祭；唐太宗、陕西礼泉县祭；唐宪宗、陕西蒲城县祭；唐宣宗陕西泾阳县祭；周世宗、河南郑州祭；宋太祖、宋太宗、宋真宗、宋仁宗、俱河南巩县祭；宋孝宗、宋理宗、俱浙江会稽县祭；元世祖、順天府祭。
历代帝王及配祀先贤制度：
洪武元年，先以太牢祭三皇。二年又遣官致祭。以勾芒、祝融、風后、力牧配。到洪武六年，建帝王庙于京师，以祀三皇、五帝、三王及汉唐宋创业之君，每岁春秋致祭。
太祖认为，周文王一生服务于殷商政权，唐高祖的天下，也是李世民的功劳，遂不再单独为他们设祭祀主位，只在其陵庙祭祀，但增加了隋文帝杨坚之位。
洪武七年春，庙成，塑帝王衮冕坐像。但伏羲、神农二王不加衮冕。秋天，太祖亲临庙宇致祭。庙宇同堂异室，总共五室十七帝，以不同层次安排。
第一层：
中一室祀三皇：太昊伏羲氏、炎帝神农氏、黃帝轩辕氏；
东一室祀五帝：帝金天氏、帝高阳氏、帝高辛氏、帝陶唐氏、帝有虞氏；
西一室祀三王：夏禹王、商汤王、周武王；
第二层：
东一室祀汉高祖刘邦、光武帝刘秀、隋文帝杨坚。
西一室祀唐太宗李世民、宋太祖赵匡胤、元世祖忽必烈。
二十一年春，又诏命礼部遴选历代名臣终始全节者共三十七人，将前代所封侯伯公爵悉数革除，均以先贤、先儒称。共列为四坛，从祀帝王庙两廊。
东抚第一坛：
风后、皋陶、龙、伯益、傅说、召公奭、召穆公虎、张良、曹参
东抚第二坛：
周勃、冯异、房玄龄、李靖、李晟、潘羙、岳飞、木华黎、博犲忽、伯颜
西抚第一坛：
力牧、夔、伯夷、伊尹、周公旦、太公望、方叔、萧何、陈平
西抚第二坛：
邓禹、诸葛亮、杜如晦、郭子仪、曹彬、韩世忠、张浚、博尔术、赤老温
四配：
复圣颜子、宗圣鲁子、述圣思子、亚圣孟子；
十哲：
闵子、冉子、端木子、仲子、卜子、冉子、宰子、言子、顓孙子；
东抚先贤：
澹台灭明、原宪、南宫适、商瞿、漆雕开、司马耕、有若、巫马施、颜辛、曹卹、公孙龙、秦商、颜高、壤驷赤、石作蜀、公夏首、后处、奚容蒧、颜祖句井彊、秦祖县成、公祖、句茲、燕伋、乐欬、狄黑、孔忠、公西蒧、颜之朴、施之常、秦非、申棖、颜浍。
先儒：
谷梁赤、高堂生、毛苌、后芬、杜子春、韩愈、程顥、邵雍、司马光、胡安国 杨时、张栻、陸九渊、许衡、颜何、荀况、刘向、王肃、杜预、郑众、卢植、服虔、曾點、孔鲤、郑玄、范宁、吴澄、颜无繇、申党。
西抚先贤：宓不济、公冶长、公晰哀、高柴、樊须、公西赤、梁鳣、冉孺、伯虔、冉季、漆雕徒父、漆雕哆、盙泽 、任不齐、公良孺、公肩定、邬单、罕父、黑旅、左人郢、郑国、原亢、廉洁、叔仲会、公西舆如、邽巽、陈亢、琴张、步叔乘。
先儒：左丘明、公羊高、伏胜、孔安国 、董仲舒、王通、周敦颐 、欧阳修、张载、程颐、胡瑗、朱熹、吕祖谦、蔡沈、真德秀、薛瑄、王守仁、陈献章、胡居仁 、公伯寮、秦冉、戴圣、贾逵、马融、何休、王弼、蘧伯玉、林放。
，尊奉先贤时，太祖保留了孔子的封爵，仍沿袭历代所封“大成至圣文宣王”封号。
洪武二年二月，各地所报历代名臣，事迹显著。太祖诏：
凡守臣题请，礼官议覆，事载实录，年月可稽，即命当地令按时致祭，不可更废。
符合以上条件者如：应天祀陈乔、杨邦乂、姚兴、王鉷，成都祀李冰、文翁、张咏，均州祀黄霸，密县祀卓茂，松江祀陆逊、陆抗、陆凯，龙州祀李龙迁，建宁祀谢夷甫，彭泽祀狄仁杰，九江祀李黼，安庆祀余阙、韩建之、李宗可。
大明立国，忠臣良将折损不少。太祖均命地方立祠祭祀。主要有：鄱阳湖忠臣祠，祭祀丁普郎等三十五人；南昌忠臣祠：祀赵德胜等十四人；还有太平忠臣庙祀花云、王鼎、许瑗；金华忠臣祠祀胡大海等。
后来，各地都开始祭祀当地有影响的历史名人。如通州祀常遇春，山海关祀徐达，苏州祀夏原吉、周忱，淮安祀陈瑄，海州卫祀卫青、徐安生，甘州祀毛忠，榆林祀余子俊，杭州祀于谦，萧山祀魏骥，汀州祀王得仁，广州祀杨信民、毛吉，云南祀沐英、沐晟，贵州祀顾成，庐陵祀刘球、李时勉，广信祀邓颙，宝庆祀贺兴隆，上杭祀伍骥、丁泉，庆远祀叶祯，云南祀王祎、吴云，青田祀刘基，平阳祀薛瑄，杭州祀邹济、徐善述，金华祀章懋。遂成惯例，一直延续。
其他郡县山川龙神忠烈之士，祈祷有应而祀者，一律由地方祭祀。