- Mitochondria
浩瀚之宇
SRASearchterm:(mitochondria)AND"Homosapiens"[orgn:__txid9606]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=(mitochondria)+AND+%22Homo+sapiens%22%5Borgn%3A__txid9606%5DGEODataSetshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- refgenie:参考基因组下载商店
小贝学生信
http://refgenie.databio.org/HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息(fasta、gtf...)以及常用fastq比对工具的(star、hisat2..
- Trimmomatic 数据过滤
生信编程日常
Trimmomatic是一个很常用的Illumina平台数据过滤工具。支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对fastq进行修剪。用法:Trimmomatic=~/biotools/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jaradapter=~/biotools/Trimmomatic-0.36/adapte
- cellranger count使用
谢京合
1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件,那么就直接上cellrangercount。氮素,如果你是I1/R1/R2的数据,那就麻烦还要跑个cellrangermkfastq。因为我自己拿到的是R1/R2的fastq文件(如图),所以抱歉啦就直接从cellrangercount开始讲起啦。嘻嘻嘻~~~image.png这里有个问题(划重点):图中所示,我的名字是CC5-1_S1XXXX。但
- 【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件!
卡布达b1
前言:众所周知,NCBI对我朝的局域网不甚友好,对于国内的生信玩家来说,想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题,慢到你怀疑人生有木有!因此,我在这里摸索了一个目前看来最高效的方法,那就是。。。ascp+ENA数据库!详解:1.首先安装ascp这个神器就不多介绍了,没有安装的同学先把ascp安装到自己的服务器上吧,推荐安装教程www.bioinfo-scrounger.com
- Reviewing a fastq_mergepairs report to check for problems 信息搬运
代号北极能
信息来源https://www.drive5.com/usearch/manual/merge_report.htmlBelowisanexamplereportproducedbythe-reportoptionoffastq_mergepairs.Thisinformationisalsoshownontheterminal(standarderroroutputstream).Theopti
- 高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2
lantary
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
- 生信地基系列--常规分析流程
可能性之兽
还在到底搜索一些R的分析流程吗?biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型,包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff、bed和wig文件等。包支持常见的和高级的序列操作操作,例如修剪、转换和对齐。领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、RNA-seq和其他方法。
- 2022-01-27
学习生信的小兔子
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号;第3行以“+”开始,可以储存一些附加信息,但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息,与第2行的碱基序列是一一对应的,其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换
- readme.md
深大曹达华
ManualofAutoIMonitor-2.0IntroductionIMonitor-analyzethesequencedataofimmunerepertoiresequencedbyNGS.Ifpaired-endreads(FASTQ)asinput,itwillbemergedtosinglesequenceaccordingtooverlapregion.FASTAsequence
- 2022-09-16-10X-single cell 上游分析流程
小小_4dbf
step1_从网站上下载.sra文件:#asper下载id=”批量链接“catid|whilereadid;do(ascp-v-QT-l400m-P33001-k1-iasper安装路径/etc/asperaweb_id_dsa.openssh$id./);done#wget下载(时快时慢)cd/存放文件/路径wget"下载链接“#sratoolkit下载(id以SRR等开头)catid|whil
- scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法
科研菜鸟
文献名:Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”(10x基因组学,v.1.2.0)将原始测序数据转换为fastq格式。scATAC-seqrea
- 脚本
tianzhanlan
#利用awk命令将fastq文件转换成fasta文件awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'file.fastq>file.fasta
- NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记
盲人骑瞎马5555
生物信息学
SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括454,Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在rawreads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类:studies--研究课题experiments--实验设计runs--测序结果
- LINUX的练习题
七七师姐
LINUX的练习题:最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习http://www.bio-info-trainee.com/3575.h
- Prefetch
YX_Andrew
我们下载一个SRA数据,SRR1972917,直接输入SRAID即可。prefetchSRR19729171、prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目录里。ll~/ncbi/public/2、默认下载的是sra格式数据,可以使用fastq-dump将sra转换为fastq了。fastq-dump--gzip--split-3SRR1972917.sra3、其实,也可以直接使用fast
- bioinfo100-第22题-都有了SAM文件,为什么还需要BAM文件?
RachaelRiggs
Hello大家好!前面的若干问题,我们一直在围绕着SAM文件的记录格式做了详细地讨论,我相信大家通过我们的问题,跟随我们学习的思路已经掌握了SAM文件作为标准的比对格式的合理性以及相关特点。1.背景介绍和数据下载SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息,还记录了reads的原始信息,内容很是全面。这样很好,但也存在很多问题:比如我的原始FASTQ文件是100G,那么我的SAM文件一定
- 2020-08-17 数据下载 记录
Zheng_xy
不管实验室产不产生数据,我们总有机会下载已发表的数据来分析,记录一下不同数据库下载数据的方式。随便看一套数据吧(1)NCBI-GEODataSets:选择想要的数据进入SRARunSelector勾选需要的SRA数据(SRRXXX)---Selected---AccessionList---生成txt文件对于这样一个txt文件怎么下载里面的数据呢?nohupprefetch--option-fil
- C++中srand()和rand()的关系
codeman-math
c++知识图谱
关于srand()和rand()函数,很多同学容易分不清楚,既然rand()可以生成随机数,那么要srand()函数做什么。虽然我们一般会用到rand()用于生成随机数,但是这个函数生成的不是真正的随机数。srand()用于设置供rand()使用的随机数种子(可以理解为基于这个数字,也就是刚才说的种子可以生成一批随机数)第一次调用rand()之前如果没有调用srand(),那么系统会自动调用sra
- DU6:记录下载sra数据的几种方法
纳灰灰
一、从NCBI获取SRA编号获取SRA编号SraAccList.txt二、用不同方法进行下载1、aspera下载#安装wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gztar-zxvfaspera-connect-3.7.4.147727-l
- fastq 转化 fasta
赵会成
awk'NR%4==2{print">E"NR/4+0.5"\n"$0}'example.fq>example.fa
- 推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
小明的数据分析笔记本
找论文的时候偶然发现的这本参考书,个人感觉内容还挺丰富的,在这里推荐给大家书名是《PlantBioinformaticsMethodsandProtocols》thirdedition我看了下是2022年出的是最新的一版,全书总共28章第一章UsingGenBankandSRA介绍了genbank和sra数据库的一些内容第二章ScriptingAnalysesofGenomesinEnsemblP
- Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
WDPLA
生物信息学组装linux
当进行元基因组学研究时,研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始测序数据(例如Illumina测序的FASTQ文件)中获得的短序列片段,通常包含原始样本中的DNA或RNA信息。用途:Reads是元基因组学分析的起点,通过对其进行质量控制和初步分析,可以获得有关微生物群落的信息,包括物种组成、功能注释等。但由于其短小的长度,Read
- linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
WDPLA
Linux生物信息学linux运维服务器
#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。以下是两种方法:方法一.使用rename命令:#renamerename's/\.fastq$/.fq/'*.fastq这个命令将把当前目录下所有以.fastq结尾的文件的后缀修改为.fq。方法二.使用mv
- 生物信息基础:pysam读写基因组文件
简说基因-专业生信合作伙伴
python开发语言
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。本文以Fasta/Fastq文件的读写为例,介绍Pysam的用法,详细教程请查看官网。Installpipinstallpysam或者condainstallpysamFastafiles对于Fasta文件,可以实现随机
- 2021-04-21 使用Trimmomatic过滤Fastq文件
xiaoguolaile
参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/99929230下载软件并解压##下载Trimmomaticwget-chttp://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip##解压unzipTrimmomatic-0.39.zip##进入目录cdTrimmomatic-0
- 单细胞实战(2):cellranger使用
周小钊
将SRA转为fastq数据下载好之后,我们得到的是SRR文件,需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件,这个需要去查一
- 高通量测序数据质控神器Trimmomatic
kongxx
简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等,为消除其对后续分析准确性产生的影响,在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器,可以对测序数据进行过滤。Trimmomatic支持多线程,处理数据速度快,主要用来去除Illumina平台的Fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对Fastq进行修剪。软
- 解决安装软件中出现的问题
热苏打_1823
vdb-config--interactive下载数据需解压时安装fastq-dump,结果报错,linux提示需先运行vdb-configinteractiveimage.png运行提示命令后即可成功安装$vdb-configinteractive出现配置界面image.png按提示选择即可配置成功在安装sratoolkits软件时遇到同样的问题cdb-config:commandnotfoun
- 15.4折半查找(二分查找):仅仅适用于顺序表
一杯清酒.
考研CC++数据结构算法数据结构
#include#include#includetypedefintElemType;typedefstruct{ElemType*ele;intlength;}Table;voidinitTable(Table&table,intlength){table.ele=(ElemType*)malloc(sizeof(ElemType)*length);table.length=length;sra
- Spring中@Value注解,需要注意的地方
无量
springbean@Valuexml
Spring 3以后,支持@Value注解的方式获取properties文件中的配置值,简化了读取配置文件的复杂操作
1、在applicationContext.xml文件(或引用文件中)中配置properties文件
<bean id="appProperty"
class="org.springframework.beans.fac
- mongoDB 分片
开窍的石头
mongodb
mongoDB的分片。要mongos查询数据时候 先查询configsvr看数据在那台shard上,configsvr上边放的是metar信息,指的是那条数据在那个片上。由此可以看出mongo在做分片的时候咱们至少要有一个configsvr,和两个以上的shard(片)信息。
第一步启动两台以上的mongo服务
&nb
- OVER(PARTITION BY)函数用法
0624chenhong
oracle
这篇写得很好,引自
http://www.cnblogs.com/lanzi/archive/2010/10/26/1861338.html
OVER(PARTITION BY)函数用法
2010年10月26日
OVER(PARTITION BY)函数介绍
开窗函数 &nb
- Android开发中,ADB server didn't ACK 解决方法
一炮送你回车库
Android开发
首先通知:凡是安装360、豌豆荚、腾讯管家的全部卸载,然后再尝试。
一直没搞明白这个问题咋出现的,但今天看到一个方法,搞定了!原来是豌豆荚占用了 5037 端口导致。
参见原文章:一个豌豆荚引发的血案——关于ADB server didn't ACK的问题
简单来讲,首先将Windows任务进程中的豌豆荚干掉,如果还是不行,再继续按下列步骤排查。
&nb
- canvas中的像素绘制问题
换个号韩国红果果
JavaScriptcanvas
pixl的绘制,1.如果绘制点正处于相邻像素交叉线,绘制x像素的线宽,则从交叉线分别向前向后绘制x/2个像素,如果x/2是整数,则刚好填满x个像素,如果是小数,则先把整数格填满,再去绘制剩下的小数部分,绘制时,是将小数部分的颜色用来除以一个像素的宽度,颜色会变淡。所以要用整数坐标来画的话(即绘制点正处于相邻像素交叉线时),线宽必须是2的整数倍。否则会出现不饱满的像素。
2.如果绘制点为一个像素的
- 编码乱码问题
灵静志远
javajvmjsp编码
1、JVM中单个字符占用的字节长度跟编码方式有关,而默认编码方式又跟平台是一一对应的或说平台决定了默认字符编码方式;2、对于单个字符:ISO-8859-1单字节编码,GBK双字节编码,UTF-8三字节编码;因此中文平台(中文平台默认字符集编码GBK)下一个中文字符占2个字节,而英文平台(英文平台默认字符集编码Cp1252(类似于ISO-8859-1))。
3、getBytes()、getByte
- java 求几个月后的日期
darkranger
calendargetinstance
Date plandate = planDate.toDate();
SimpleDateFormat df = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd");
Calendar cal = Calendar.getInstance();
cal.setTime(plandate);
// 取得三个月后时间
cal.add(Calendar.M
- 数据库设计的三大范式(通俗易懂)
aijuans
数据库复习
关系数据库中的关系必须满足一定的要求。满足不同程度要求的为不同范式。数据库的设计范式是数据库设计所需要满足的规范。只有理解数据库的设计范式,才能设计出高效率、优雅的数据库,否则可能会设计出错误的数据库.
目前,主要有六种范式:第一范式、第二范式、第三范式、BC范式、第四范式和第五范式。满足最低要求的叫第一范式,简称1NF。在第一范式基础上进一步满足一些要求的为第二范式,简称2NF。其余依此类推。
- 想学工作流怎么入手
atongyeye
jbpm
工作流在工作中变得越来越重要,很多朋友想学工作流却不知如何入手。 很多朋友习惯性的这看一点,那了解一点,既不系统,也容易半途而废。好比学武功,最好的办法是有一本武功秘籍。研究明白,则犹如打通任督二脉。
系统学习工作流,很重要的一本书《JBPM工作流开发指南》。
本人苦苦学习两个月,基本上可以解决大部分流程问题。整理一下学习思路,有兴趣的朋友可以参考下。
1 首先要
- Context和SQLiteOpenHelper创建数据库
百合不是茶
androidContext创建数据库
一直以为安卓数据库的创建就是使用SQLiteOpenHelper创建,但是最近在android的一本书上看到了Context也可以创建数据库,下面我们一起分析这两种方式创建数据库的方式和区别,重点在SQLiteOpenHelper
一:SQLiteOpenHelper创建数据库:
1,SQLi
- 浅谈group by和distinct
bijian1013
oracle数据库group bydistinct
group by和distinct只了去重意义一样,但是group by应用范围更广泛些,如分组汇总或者从聚合函数里筛选数据等。
譬如:统计每id数并且只显示数大于3
select id ,count(id) from ta
- vi opertion
征客丶
macoprationvi
进入 command mode (命令行模式)
按 esc 键
再按 shift + 冒号
注:以下命令中 带 $ 【在命令行模式下进行】,不带 $ 【在非命令行模式下进行】
一、文件操作
1.1、强制退出不保存
$ q!
1.2、保存
$ w
1.3、保存并退出
$ wq
1.4、刷新或重新加载已打开的文件
$ e
二、光标移动
2.1、跳到指定行
数字
- 【Spark十四】深入Spark RDD第三部分RDD基本API
bit1129
spark
对于K/V类型的RDD,如下操作是什么含义?
val rdd = sc.parallelize(List(("A",3),("C",6),("A",1),("B",5))
rdd.reduceByKey(_+_).collect
reduceByKey在这里的操作,是把
- java类加载机制
BlueSkator
java虚拟机
java类加载机制
1.java类加载器的树状结构
引导类加载器
^
|
扩展类加载器
^
|
系统类加载器
java使用代理模式来完成类加载,java的类加载器也有类似于继承的关系,引导类是最顶层的加载器,它是所有类的根加载器,它负责加载java核心库。当一个类加载器接到装载类到虚拟机的请求时,通常会代理给父类加载器,若已经是根加载器了,就自己完成加载。
虚拟机区分一个Cla
- 动态添加文本框
BreakingBad
文本框
<script> var num=1; function AddInput() { var str=""; str+="<input 
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-单例模式
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
public class Singleton {
}
/*
* 懒汉模式。注意,getInstance如果在多线程环境中调用,需要加上synchronized,否则存在线程不安全问题
*/
class LazySingleton
- iOS应用打包发布常见问题
chenhbc
iosiOS发布iOS上传iOS打包
这个月公司安排我一个人做iOS客户端开发,由于急着用,我先发布一个版本,由于第一次发布iOS应用,期间出了不少问题,记录于此。
1、使用Application Loader 发布时报错:Communication error.please use diagnostic mode to check connectivity.you need to have outbound acc
- 工作流复杂拓扑结构处理新思路
comsci
设计模式工作算法企业应用OO
我们走的设计路线和国外的产品不太一样,不一样在哪里呢? 国外的流程的设计思路是通过事先定义一整套规则(类似XPDL)来约束和控制流程图的复杂度(我对国外的产品了解不够多,仅仅是在有限的了解程度上面提出这样的看法),从而避免在流程引擎中处理这些复杂的图的问题,而我们却没有通过事先定义这样的复杂的规则来约束和降低用户自定义流程图的灵活性,这样一来,在引擎和流程流转控制这一个层面就会遇到很
- oracle 11g新特性Flashback data archive
daizj
oracle
1. 什么是flashback data archive
Flashback data archive是oracle 11g中引入的一个新特性。Flashback archive是一个新的数据库对象,用于存储一个或多表的历史数据。Flashback archive是一个逻辑对象,概念上类似于表空间。实际上flashback archive可以看作是存储一个或多个表的所有事务变化的逻辑空间。
- 多叉树:2-3-4树
dieslrae
树
平衡树多叉树,每个节点最多有4个子节点和3个数据项,2,3,4的含义是指一个节点可能含有的子节点的个数,效率比红黑树稍差.一般不允许出现重复关键字值.2-3-4树有以下特征:
1、有一个数据项的节点总是有2个子节点(称为2-节点)
2、有两个数据项的节点总是有3个子节点(称为3-节
- C语言学习七动态分配 malloc的使用
dcj3sjt126com
clanguagemalloc
/*
2013年3月15日15:16:24
malloc 就memory(内存) allocate(分配)的缩写
本程序没有实际含义,只是理解使用
*/
# include <stdio.h>
# include <malloc.h>
int main(void)
{
int i = 5; //分配了4个字节 静态分配
int * p
- Objective-C编码规范[译]
dcj3sjt126com
代码规范
原文链接 : The official raywenderlich.com Objective-C style guide
原文作者 : raywenderlich.com Team
译文出自 : raywenderlich.com Objective-C编码规范
译者 : Sam Lau
- 0.性能优化-目录
frank1234
性能优化
从今天开始笔者陆续发表一些性能测试相关的文章,主要是对自己前段时间学习的总结,由于水平有限,性能测试领域很深,本人理解的也比较浅,欢迎各位大咖批评指正。
主要内容包括:
一、性能测试指标
吞吐量、TPS、响应时间、负载、可扩展性、PV、思考时间
http://frank1234.iteye.com/blog/2180305
二、性能测试策略
生产环境相同 基准测试 预热等
htt
- Java父类取得子类传递的泛型参数Class类型
happyqing
java泛型父类子类Class
import java.lang.reflect.ParameterizedType;
import java.lang.reflect.Type;
import org.junit.Test;
abstract class BaseDao<T> {
public void getType() {
//Class<E> clazz =
- 跟我学SpringMVC目录汇总贴、PDF下载、源码下载
jinnianshilongnian
springMVC
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网站核心商详页开发
掌握Java技术,掌握并发/异步工具使用,熟悉spring、ibatis框架;
掌握数据库技术,表设计和索引优化,分库分表/读写分离;
了解缓存技术,熟练使用如Redis/Memcached等主流技术;
了解Ngin
- the HTTP rewrite module requires the PCRE library
流浪鱼
rewrite
./configure: error: the HTTP rewrite module requires the PCRE library.
模块依赖性Nginx需要依赖下面3个包
1. gzip 模块需要 zlib 库 ( 下载: http://www.zlib.net/ )
2. rewrite 模块需要 pcre 库 ( 下载: http://www.pcre.org/ )
3. s
- 第12章 Ajax(中)
onestopweb
Ajax
index.html
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/
- Optimize query with Query Stripping in Web Intelligence
blueoxygen
BO
http://wiki.sdn.sap.com/wiki/display/BOBJ/Optimize+query+with+Query+Stripping+in+Web+Intelligence
and a very straightfoward video
http://www.sdn.sap.com/irj/scn/events?rid=/library/uuid/40ec3a0c-936
- Java开发者写SQL时常犯的10个错误
tomcat_oracle
javasql
1、不用PreparedStatements 有意思的是,在JDBC出现了许多年后的今天,这个错误依然出现在博客、论坛和邮件列表中,即便要记住和理解它是一件很简单的事。开发者不使用PreparedStatements的原因可能有如下几个: 他们对PreparedStatements不了解 他们认为使用PreparedStatements太慢了 他们认为写Prepar
- 世纪互联与结盟有感
阿尔萨斯
10月10日,世纪互联与(Foxcon)签约成立合资公司,有感。
全球电子制造业巨头(全球500强企业)与世纪互联共同看好IDC、云计算等业务在中国的增长空间,双方迅速果断出手,在资本层面上达成合作,此举体现了全球电子制造业巨头对世纪互联IDC业务的欣赏与信任,另一方面反映出世纪互联目前良好的运营状况与广阔的发展前景。
众所周知,精于电子产品制造(世界第一),对于世纪互联而言,能够与结盟