单细胞聚类第4页

基于用户评分Kmeans聚类的协同过滤推荐算法实现（附源代码）

基于用户评分Kmeans聚类的协同过滤推荐算法实现一：基于用户评分Kmeans聚类的协同过滤推荐算法实现步骤1、构建用户-电影评分矩阵：publicObjectreadFile(StringfileName

linge511873822·2024-02-12 18:48

Kmeans聚类算法实现（输出聚类过程，分布图展示）

Kmeans聚类算法实现（输出聚类过程，分布图展示）Kmeans聚类算法是聚类算法中最基础最常用的聚类算法，算法很简单，主要是将距离最近的点聚到一起，不断遍历点与簇中心的距离，并不断修正簇中心的位置与簇中的点集合

linge511873822·2024-02-12 18:48

机器学习原理到Python代码实现之K-Means

K-Means聚类算法该文章作为机器学习的第四篇文章，主要介绍的是K-Means聚类算法，这是我们介绍的第一个无监督算法，在这里我们将对什么是无监督，为什么要有无监督等也会有一些介绍，算法不难，大家且看且思考

神仙盼盼·2024-02-12 18:15

2022-09-20

NatComm|肝母细胞瘤单细胞分析预测化疗敏感性原创图灵基因图灵基因2022-09-2010:39发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制肝母细胞瘤是儿童最常见的肝癌形式。

图灵基因·2024-02-12 16:51

2022-07-28

CancerDiscov|8万个单细胞测序揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272

图灵基因·2024-02-12 13:17

10X空间转录组的文献思路简单分析

这一篇我们简单回顾10X空间转录组的分析思路和过程，上一篇说到，ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑，所以难度上，比单细胞需要更高，对人的

单细胞空间交响乐·2024-02-12 12:59

《统计学简易速速上手小册》第6章：多变量数据分析（2024 最新版）

文章目录6.1主成分分析（PCA）6.1.1基础知识6.1.2主要案例：客户细分6.1.3拓展案例1：面部识别6.1.4拓展案例2：基因数据分析6.2聚类分析6.2.1基础知识6.2.2主要案例：市场细分

江帅帅·2024-02-12 11:56

Python三维体素化网格和点云计算

3D网格和表面重建，创建多个细节层次Python使用4种工具体素化网格，创建点云数据可视化Python计算RGB-D图像的点云，点云地面检测算法，过滤点云以便下采样和去除异常值，scikit-learn聚类点云数据

亚图跨际·2024-02-12 09:25

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞

猫姐Lily·2024-02-12 06:26

聚类分析-R语言

1，原始数据，是矩阵，有行头和列名：data2，amap包的聚类分析：library(amap)clu<-hclusterpar(matx)plot(clu,sub="",hang=-1,xlab=NA

育种数据分析之放飞自我·2024-02-12 00:39

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv

小潤澤·2024-02-12 00:57

r语言有限正态混合模型EM算法的分层聚类、分类和密度估计及可视化|附代码数据

简介本文介绍了基于有限正态混合模型在r软件中的实现，用于基于模型的聚类、分类和密度估计。提供了通过EM算法对具有各种协方差结构的正态混合模型进行参数估计的函数，以及根据这些模型进行模拟的函数。

·2024-02-11 18:10

UCSC Cell Browser：可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具

随着单细胞技术应用的增长，对探索这些大型、复杂数据集工具的需求也越来越大。自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。

尐尐呅·2024-02-11 17:03

种出个地球观后感

这让我很惊讶，我原以为现在的一切起因都是因为细菌的诞生，它们不断的进化，从单细胞生物进化成复杂的生物，而植物只是一个意外。但当我看完后我才发现植物才是第一个登上陆地的王者。

张静怡9460·2024-02-11 14:36

单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

天涯清水·2024-02-11 14:47

第二天寻找了三篇深度学习综述(深度学习，目标检测，图像分割)

包括但不限于全卷积像素标记网络（FCN），编码器-解码器体系结构，多尺度以及基于金字塔的方法，递归网络，视觉注意模型和对抗环境中的生成模型；从最早的方法（阈值化，K均值聚类，分水岭）到后来（随机场，细数方法一类的

kim_ed33·2024-02-11 09:16

跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例

涉及到的知识点包括且不限于：小提琴图，添加均值标记，拼图ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图，分组统计

TOP生物信息·2024-02-11 08:57

机器学习的几种基本算法

http://thegrimmscientist.com/tutorial-decision-trees/K-均值聚类：一中非常简单

陌上尘飞123·2024-02-11 07:17

【Matlab】聚类方法_基于DBSCAN的密度聚类

【Matlab】聚类方法_基于DBSCAN的密度聚类1.基本思想2.数据集介绍3.文件结构4.详细代码及注释5.运行结果1.基本思想基于DBSCAN的密度聚类的基本思想是：对于任意一个点，如果在它的ε-

敲代码两年半的练习生·2024-02-11 06:53

159基于matlab的基于密度的噪声应用空间聚类(DBSCAN)算法对点进行聚类

基于matlab的基于密度的噪声应用空间聚类(DBSCAN)算法对点进行聚类，聚类结果效果好，DBSCAN不要求我们指定集群的数量，避免了异常值，并且在任意形状和大小的集群中工作得非常好。

顶呱呱程序·2024-02-11 06:22

【计算机视觉】计算机视觉与深度学习-10-生成网络-北邮鲁鹏老师课程笔记

计算机视觉与深度学习-10-生成网络-北邮鲁鹏老师课程笔记无监督学习聚类K-means降维线性降维主成分分析非线性降维自编码特征学习密度估计贝叶斯决策生成模型生成模型的应用生成模型分类密度估计参考密度估计分类显示的密度估计

暖焱·2024-02-11 02:14

统计-聚类：K means 和 K nearest

K值选择原理：1目前尚没有明确的方法选择最佳，所以需要多尝试2K值低，会受离群值的影响3K值高，会导致一些小样本量的样本没有话语权K-means原理：1选择K值。2如果K=3，就随机选择3个母点3计算每个点到这三个母点的距离d4找到距离d的最小值，这个点就属于哪一类5重复很多很多次，直至不再变化了，此时数据就被分成K=3类Knearest原理：1.将数据映射成PCA的格式2.随机找一个母点imag

PriscillaBai·2024-02-10 22:25

单细胞分析之细胞注释工具Garnett

本文摘自公众号【生信诊断所】原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/eV0m1H6a9gyf4FMZjqQnzA摘要Garnett是一个单细胞自动注释软件包，输入数据包括一个单细胞数据集和细胞类型定义文件

11的雾·2024-02-10 19:00

芯周刊·第15期 | 代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应

01代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答，参与免疫检查点阻断治疗，但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚，胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润

生物芯时空·2024-02-10 15:23

机器学习系列——（二十）密度聚类

引言在机器学习的无监督学习领域，聚类算法是一种关键的技术，用于发现数据集中的内在结构和模式。

飞影铠甲·2024-02-10 11:53

2022-05-31

NatBiotech|北大高歌组利用GLUE算法实现单细胞多组学数据的集成整合原创苏安图灵基因2022-05-3107:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：苏安IF：54.908推荐度：⭐

图灵基因·2024-02-10 09:25

聚类分析实验报告

聚类分析在市场细分中的目的是构建细分市场，基本思想是“物以类聚”，辨别事物在某些特征上的相似性或相异性，并按照这些特性将事物划分为几个类别，是在同一类别中的事物有较大的相似性，不同类别中的事物有较大的差异

平凡女生的创作·2024-02-10 08:39

IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂

鉴于前一段时间有小伙伴私聊Immugent说生信宝库是不是专门只写单细胞相关的推文呀，其实，这只是凑巧最近发的都是单细胞相关的。

生信宝库·2024-02-10 08:36

机器学习系列——（十九）层次聚类

引言在机器学习和数据挖掘领域，聚类算法是一种重要的无监督学习方法，它试图将数据集中的样本分组，使得同一组内的样本相似度高，不同组间的样本相似度低。

飞影铠甲·2024-02-10 07:47

单细胞数据挖掘(10a)-基于FPKM标准化的单细胞差异分析

本笔记来源于B站@生信技能树-jimmy；学习视频链接:「生信技能树」单细胞数据挖掘以下内容是我拷贝自学习资料里的markdown文件，作者信息如文件所示。本人在学习的过程中做了一些注释、删减和改动。

北欧森林·2024-02-10 06:08

优化算法应用（四）优化聚类算法

一．目标描述聚类算法是一类无监督机器学习算法，即在使用该算法时不需要知道数据的标签，而是通过数据各个维度之间的某些特征对数据集进行划分。现在已有的聚类算法很多，划分方式也多种多样。

stronghorse·2024-02-10 04:50

单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码

最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。

生信小白花·2024-02-10 03:19

岐黄趣谈

歧伯答曰：生不是为了活着等死，生命应该有它的方向，从单细胞走向更加高等的生命形态。而不仅仅为了生存而生存。皇帝问曰：！！！！

三夫之·2024-02-10 01:34

【吴恩达机器学习】第八周—聚类降维Kmeans算法

31.jpg1.聚类(Clustering)1.1介绍之前的课程介绍的都是监督学习、而聚类属于非监督学习，在一个典型的监督学习中，我们有一个有标签的训练集，我们的目标是找到能够区分正样本和负样本的决策边界

Sunflow007·2024-02-09 20:26

【机器学习】Kmeans如何选择k值

确定K值是K-means聚类分析的一个重要步骤。不同的K值可能会产生不同的聚类结果，因此选择合适的K值非常重要。

TwcatL_tree·2024-02-09 15:29

Seurat -- SCTransform

官方教程的流程整个流程缺少QC部分以及检查细胞周期和线粒体是否对聚类有影响时候regressout。#installglmGamPoi加速sctransform的运算if(!

All_Will_Be_Fine噻·2024-02-09 09:39

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。

冷冻工厂·2024-02-09 09:38

机器学习系列——（十七）聚类

其中，聚类作为机器学习领域的一个重要分支，广泛应用于数据挖掘、模式识别、图像分析等多个领域。本文旨在深入探讨聚类技术的原理、类型及其应用，为读者提供一个全面而深入的了解。一、什么是聚类？

飞影铠甲·2024-02-09 09:08

蛀牙

下面我就给大家介绍一下细菌:细菌是一种单细胞的生物。他们通过你吃的食物和你所吸入的空气，进入你的身体。很多种细菌，当它们抵达你的嘴巴时，就被杀死了。

平凡一生123·2024-02-09 09:24

机器学习系列——（十八）K-means聚类

引言在众多机器学习技术中，K-means聚类以其简洁高效著称，成为了数据分析师和算法工程师手中的利器。无论是在市场细分、社交网络分析，还是图像处理等领域，K-means都扮演着至关重要的角色。

飞影铠甲·2024-02-09 08:04

单细胞：CEL-Seq2 数据分析（劝退篇）

参考文献：CEL-Seq2:sensitivehighly-multiplexedsingle-cellRNA-Seqgithub：GitHub-yanailab/CEL-Seq-pipeline下载：wgethttps://github.com/yanailab/CEL-Seq-pipeline/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz解压后只有这些文件CEL-Seq-pipe

11的雾·2024-02-09 04:42

单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法

这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列image-20230222064141508.png今天的目标就是:将第一列barcodeplot到umap上将第二列clonotypeidplot到UMAP上将第三列countsplot到umap上用count的大小表示clonotype的大小，且每个clonotype分别用不同的颜色。首先要有一个seuratobj,

11的雾·2024-02-09 03:20

图像搜索和分类

视觉单词通常通过特征描述子（SIFT）等结合聚类算法得到聚类质心。用视觉单词直方图来表示一个图像。图像索引根据图像特征分别建立索引，以索引的方式搜索图像。

顽皮的石头7788121·2024-02-09 03:01

什么是数据挖掘

文章目录什么是数据挖掘1.分类问题2.聚类问题3.回归问题数据挖掘相关的标准库数据挖掘模型训练分类问题聚类问题回归问题关联问题模型集成模型评估评估指标混淆矩阵与标准率指标泛化能力评估什么是数据挖掘数据挖掘就是寻找数据中隐含的知识并用于生产产业价值

菜鸟长安·2024-02-09 01:44

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-02-09 01:56

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d

青青青山·2024-02-08 23:32

Python 算法集

01目录环境需求怎样使用本地化扩展卡尔曼滤波本地化无损卡尔曼滤波本地化粒子滤波本地化直方图滤波本地化映射高斯网格映射光线投射网格映射k均值物体聚类圆形拟合物体形状识别SLAM迭代最近点匹配EKFSLAMFastSLAM1.0FastSLAM2.0

Aaronlan·2024-02-08 12:15

图像聚类

（1）利用主成分分析后选取主成分利用k-means算法进行聚类（2）提取图像的灰度直方图，利用直方图作为特征向量聚类。

顽皮的石头7788121·2024-02-08 12:34

推荐频道

单细胞聚类