叶绿体

寒假生活日志第三天

想象我的身体里有叶绿体图片发自App今天天气特别好，我拍了一张我家门前的树的照片，我也不清楚这个树是什么品种，夏天的时候会结红艳艳的不能吃的小果子，冬天的时候也不会变“秃头”。

一万三了吧唧·2024-02-15 09:17

亚细胞定位

1、什么是亚细胞细胞可以分成多个细胞器或者细胞区域，如细胞膜、细胞质、细胞核、线粒体、高尔基体、叶绿体、内质网等，这些细胞器被称为“亚细胞”。

看远方的星·2024-02-06 14:31

利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看

使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图【注释部分】1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种（目标序列）同源的物种的叶绿体基因组序列（参考序列）

恭弥家的凤梨君·2024-02-05 15:15

细胞器基因组（叶绿体、线粒体）组装神器GetOrganelle介绍

GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在GenomeBiology，十分简单易用，对没有计算机基础的使用者十分友好。1、安装软件可以直接使用conda进行安装condacreate-nchloroplast#创建一个虚拟环境condainstall-nchloroplastgetorganelle#将getorganelle安装在虚

惊鸿影·2024-02-03 12:12

FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-02-02 11:45

r语言进行go富集分析_GO富集分析可视化：R语言GOplot包——准备自己的数据

GO注释和富集分析GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程本文使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，

weixin_39868663·2024-01-26 04:39

mcmctree分化时间

利用核酸序列估算分歧时间前期准备使用phylosuite对叶绿体基因提取，比对，串联和建树期间发现的问题：部分物种注释缺失SpeciesaccDatpAatpBatpEatpFatpHatpIcemAchlBchlLchlNclpPilvHmatKndhKpetApetBpetDpetGpsbApsbA_copy2psbDpsbEpsbFpsbIpsbJpsbKpsbLpsbMpsbNpsbTps

徒唤奈何_c5f0·2024-01-24 21:49

细菌基因组基本概念(一)

细胞、细胞器(如线粒体和叶绿体)，以及所有主要的代谢途径(Metabolicpathways)都是从早期原核(Prokaryotic)细胞进化而来的。"

生信宝典·2024-01-24 07:19

养花的最少必要知识

光合作用是指绿色植物通过叶绿体，利用光能，把二氧化碳和水转化成储存着能量的有机物，并且释放出氧的过程。所以，你的植物必须能晒到太阳，只是光照

暮色苍茫328·2024-01-20 23:14

计算叶绿体基因组LSC/IR/SSC的GC含量

https://www.bilibili.com/video/BV1sA411x7xmhttps://www.bilibili.com/video/BV1GV411Y7ihimage.png输入文件就是叶绿体基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 23:48

便宜好养的彩叶草，开完花就挂，可我还是喜欢养

在大自然，大部分植物都是翠绿色的，一旦植物的叶子里缺乏叶绿素，叶面上就会出现一些其他颜色的斑纹，这种些彩色的叶子的植物在自然界就很难生存，它们就是依靠叶绿体里的叶绿素进行光合作用的，而彩叶植物都是缺乏叶绿素的

养花交流·2024-01-11 03:19

文献笔记七十二：Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具

文章题目Chloroplot:AnOnlineProgramfortheversatileplottingoforganellegenomes期刊frontiersinGenetics25September2020UniversityofHelsinki这个工具是一个shiny应用链接是https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/应该是和IRscope同一拨人开

小明的数据分析笔记本·2024-01-04 20:36

叶绿体基因组组装

getorganelle组装叶绿体基因组安装condainstall-cbiocondagetorganelle安装叶绿体基因组databasesget_organelle_config.py--addembplant_ptNCBI

就叫啵啵吧·2024-01-01 16:17

植物王国的觉醒者—蕨类

因为有着独特的叶绿体，所以植物可以自足，但是他们的结构部分却并不像现在的植物如此，每个部分都具有功能专一化。所以苔藓以及藻类在我看来是植物王国重量级过渡者，真正的脱胎换骨还在后面。

River本大魁·2023-12-31 18:50

点成分享丨换个视角认识“核酸”——核酸提取方法及原理

核酸有脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）两大类，DNA主要集中在细胞核、线粒体和叶绿体中，而RNA则主要分布在细胞质中

点成生物科技·2023-12-30 19:44

【植物的演化之旅】雨桐（五稿）

而它改变世界的秘密武器——就是叶绿体。叶绿体，是植物细胞中能进行光合作用的重要器官，借助叶绿

橄榄树桐·2023-12-22 07:55

Nature Plants:植物线粒体基因编辑，产生不育株系

基因编辑技术革新了遗传学领域，使研究人员能够对各种动植物核、动物线粒体、植物叶绿体等的DNA进行有针对性的改变。然而，直到最近，这份清单上还缺少植物线粒体DNA。

PaperRSS·2023-12-14 19:30

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

使用conda安装minimap2，并在NCBI上下载一些与你目标物种相近物种的叶绿体和线粒体基因组。

惊鸿影·2023-12-04 21:57

2021-04-10

叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq上篇介绍了一个线粒体在线注释网站，MITOS，今天呢白鱼小编继续给大家推荐另一个在线注释网站，GeSeq。该网站即可用于注释线粒体，也可用于叶绿体。

2_d0a9·2023-12-04 11:16

高中生物知识31个顺口溜+35个重要概念！速记，学霸必备！

2.细胞的结构中有关细胞膜的记忆线叶双(线粒体、叶绿体有双层膜)无心糖(没有膜结构的是中心体和核糖体)3.原核生物、真核生物

学姐要回家·2023-11-27 01:01

如何NCBI上传Genbank数据

与前面是相同的步骤，此处就不再重复了，登录完成后同样点击首页的submit进入即可，进入后往下翻页，看到Genbank提交数据，选择对应的选项即可，根据提交的数据不同，进行选择即可，后续的步骤都是类似的，此处以提交叶绿体基因组为示例

生信阿拉丁·2023-11-26 18:44

高中生物知识31个顺口溜+35个重要概念！速记，学霸必备

2.细胞的结构中有关细胞膜的记忆线叶双(线粒体、叶绿体有双层膜)无心糖(没有膜结构的是中心体和核糖体)3.原核生物、真核生物中易混的单细胞生物区分记忆a.原核生物：一(衣原体)支(支原体)细(细菌)蓝(

豪爵吸金ing·2023-11-24 09:06

【教学反思】之光合作用吸收二氧化碳释放氧气

学生在之前植物细胞结构，已初步了解光合作用是在叶绿体中进行，而今天这课通过四个实验帮助学生进一步掌握光合作用的原料几产物。

郑虔·2023-11-06 03:09

生物情话

【LCZ1601~罗芳萍】初次相见你柔情似水我的那颗心啊立刻PCR出无数爱的片断你的眼神像线粒体一样蕴藏着ATP的能量你的嘴唇像叶绿体一样吸着光吐气芬芳你的鼻子像高尔基体一样顺面、反面、小巧、好看你就是那半乳糖呀扯走了我启动子前的阻遏蛋白爱你的基因将要表达一万年多想成为一条互补链和你旋转成一条美妙双螺旋多想成为一个抗体你就是我生命中唯一的抗原可你的心呀却像

米兰_9076·2023-11-02 12:53

叶绿体基因组四分体结构鉴定

B站视频序列获取组装过程.pnggetorganelle和Spades等组装软件，得到的fastg或者gfa文件解环得到fasta文件序列调整共线性分析.png由于IR区域的存在，因此叶绿体基因组具有四分体结构

就叫啵啵吧·2023-10-22 17:42

文章必备| 叶绿体基因组高级分析内容汇总

叶绿体普遍存在于植物体中，叶绿体基因组是一个典型的双链环状DNA分子，一个植物当中含有多个叶绿体，一个叶绿体中含有12个cpDNA分子。

SHANGHAILINGEN·2023-10-19 18:21

文献笔记三十四：两款新的叶绿体基因组注释工具

accurate,andflexiblebatchannotationofplastomes2019年PlantMethods4.269大类分区生物2区完成单位：中科院昆明植物所对应的微信推送中科院昆明植物所在叶绿体基因组注释软件开发取得重要进展第二篇

小明的数据分析笔记本·2023-10-08 01:20

分子标记（包括基因测序）

2细胞器基因组是单亲遗传的：植物动物都具有的线粒体基因组是母体遗传的（maternalinheritance），植物具有的叶绿体基因组在被子植物中是母体遗传的，在裸子植物中是父体遗传（paternalinheritance

xiaoxianyu·2023-09-29 08:44

线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）

之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。

xiaoxianyu·2023-09-24 22:37

理科生？理科生！

当初选理科纯粹是因为觉得自己学文会疯，结果发现学了理之后，我更疯了...线粒体基质，叶绿体基质，细胞质基质，就我弱智。文科生左手是光阴，右手是年华；理科生左手是安培力，右手是磁感线。

玖問·2023-09-18 21:02

植物

既然它们都叫植物，那它们肯定有共同点，比如说结构或功能，而植物都是有颜色，这是因为它们的细胞中有一种叫叶绿体的东西，叶绿体的功能是光合作用，它可以把光转化为自己所需要的营养，来让自己生长，这是植物相似的结构

苏魔·2023-09-10 03:47

基因类型

转录+翻译功能】；第二类只有转录没有翻译功能【tRNA+rRNA】；第三类不转录基因，调控基因表达【启动子、操纵子】-基因组：单倍体细胞中包含编码序列和非编码序列的全部DNA【核基因组+线粒体基因组+叶绿体基因组

YX_Andrew·2023-09-10 02:28

高三生物知识点记忆

叶绿体是绿色植物叶肉细胞中进行光合作用的细胞器。内质网与蛋白质、脂类和糖类的合成有关，也是蛋白质等的运输通道。核糖体

易老师_2dcc·2023-09-01 16:43

跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来试着使用NOVOplasty这个软件来组装生菜的叶绿体基因组论文的方法部分写道

小明的数据分析笔记本·2023-08-25 07:55

使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料，提取总DNA测序，构建二代测序文库，然后利用现成的软件组装叶绿体基因组

小明的数据分析笔记本·2023-08-16 17:36

叶绿体基因组组装软件NOVOPlasty使用简介

NOVOPlasty是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。下载链接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty其基本使用方法是perlNOVOPlasty3.7.2.pl-cconfig.txtconfig.txt文件是需要我们自己准备的，软件包里提供了这个文件，我们需要对应着改里面的内容，文件的内容如下：Project:--------

小明的数据分析笔记本·2023-08-04 02:41

Day 27 海洋中的螳螂捕蝉，黄雀在后

鳍藻-红色中缢虫-隐藻三级食物链在苍茫的海上，上演着这样一段凄美的爱情故事：隐妹妹：鳍哥哥，我有一打祖传的叶绿体想给你~（害羞脸）鳍哥哥：可是我只爱红小虫，我只想要它的叶绿体！

猪猪头看世界·2023-07-31 04:49

动物演化史

在初始的地球上，最古老的古菌和细菌首次出现在了地球上，有些细菌变成了植物，有些细菌变成了动物，一个有叶绿体，另一个没有叶绿体，这样区分。

R贾虹莹·2023-07-27 05:36

叶绿体基因组基因、外显子、内含子、基因间隔区提取

Bioinformatic_Scripts/extract_sequences_from_gb_files一、用途从注释好的gb格式（GenBankFlatFile）的叶绿体基因组文件中批量提取基因（包括内含子

小不点打羽毛球·2023-06-11 15:10

叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并

1叶绿体的组装1.1GetOrganelle的安装此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle：condacreate-ngetorganellepython=3.7

张振zz·2023-06-10 00:41

凌恩生物明星产品：让你读懂细胞器基因组！

叶绿体和线粒体是真核细胞中不可或缺的重要细胞器，是第二套遗传信息系统，与核染色体不同，它是存在于细胞质中，具有母系遗传特征的独立的遗传元件。

SHANGHAILINGEN·2023-04-17 05:36

务本小课堂（第七期）

细胞质：细胞质中的叶绿体可以进行光合作

佳人怡然2010·2023-04-02 17:53

正确认识蓝藻才能防控蓝藻

蓝藻无叶绿体，但具有类囊体，类囊体中含有光合色素，包括叶绿素a、β-胡萝卜素、类胡萝卜素、藻胆素。以藻蓝素占优势的色素使细胞呈现特殊的蓝色，故而得名为“蓝细菌”。

利洋水产药店薛有煌·2023-04-02 12:40

叶绿体基因组注释软件PGA-Plastid Genome Annotator

叶绿体是绿色植物细胞中进行光合作用的细胞器，是世界上成本最低、创造物质财富最多的生物工厂。

小不点打羽毛球·2023-03-29 13:49

mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来

Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation1、简要说明mVISTA是常用的叶绿体基因组比对图的绘制程序，但是输入文件需要满足

小不点打羽毛球·2023-03-29 08:57

二代数据组装叶绿体基因组

下机后，首先通过fastq对其进行过滤，改软件操作较为简单，仅仅使用-q20进行过滤，得到cleanreads、2叶绿体参考基因组因为叶绿体基因组非常的保守，因此，我选择同科植物的叶绿体基因组。

斩毛毛·2023-03-27 13:22

一分钟学习少儿编程系列-光合作用

植物细胞含有称为叶绿体的微小结构，其中含有叶绿素。在阳光和叶绿素存在下，二氧化碳和水转化为葡萄糖和氧气。氧气通过气孔离开植物，葡萄糖为植物提供营养。产生的额外葡

阿达老师·2023-03-26 09:26

Genome-scale transcriptome analysis of the desert poplar, Populus euphratica

说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部

简单点lili·2023-03-25 04:55

海蛞蝓能光合作用，人为啥不行

其实是吃海藻的过程中，可以吸收其中的叶绿体，叶绿体可以在其细胞中保存一段时间。由此开一个脑洞，人的细胞里，为啥没有叶绿体？人类（动物）和植物共同的祖先可能存在同一起跑线。

83844babf581·2023-03-20 17:01

凌恩生物明星产品：一文读懂细胞器基因组！