E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
热图
R语言ComplexHeatmap绘制复杂
热图
heatmap
目录一载入R包数据1.1载入ComplexHeatmap包,数据1.2绘制最简单的
热图
二常见“表型”注释2.1读入注释文件2.2添加注释,且设置颜色2.2.1颜色设置2.2.2添加注释三添加“块”注释3.1k-means
·
2022-06-25 11:26
ComplexHeatmap绘制单个
热图
目录前言一载入数据,R包1.1载入ComplexHeatmap包1.2载入数据1.3绘制最简单的
热图
二
热图
修饰2.1颜色1)连续型变量2)分类型变量2.2标题1)设置行,列和图例的标题2)设置标题的位置
·
2022-06-25 11:54
R包ggtreeExtra绘制进化树
目录引言绘图示例1、下载安装ggtreeExtra包2、加载依赖包3、设置工作目录4、数据来源5、获取数据6、绘制树状图7、获取数据集绘制图a、绘制点图层b、绘制
热图
层c、绘制
热图
层d、绘制柱状图层引言
·
2022-06-24 12:13
R语言绘制corrplot相关
热图
分析美化示例及详细图解
目录介绍1.加载包2.加载数据3.绘图4.个性化设置聚类方法5.个性化添加矩阵6.颜色设置介绍Rcorrplot包提供了一个在相关矩阵上的可视化探索工具,该工具支持自动变量重新排序,以帮助检测变量之间的隐藏模式。corrplot非常易于使用,并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等方面提供了丰富的绘图选项。它还提供p值和置信区间,以帮助用户确定相关性的统计显著性。corrplot()有大约
·
2022-06-24 12:42
RNA-seq入门实战(八):GSVA——基因集变异分析
本节概览:1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取:手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化:
热图
、火山图、发散条形图/柱形偏差图1.GSVA简单介绍官方文档
嘿嘿嘿嘿哈
·
2022-06-21 21:58
深度学习与神经科学相遇
这种动态
热图
表示跨个体的这种图
李善宰
·
2022-06-17 07:38
神经网络
深度学习
拓扑
Matlab论文插图绘制模板第34期—箱线图(boxplot)
在之前的文章中,分享了Matlab折线图的绘制模板:柱状图的绘制模板:散点图的绘制模板:
热图
的绘制模板:这些都是在实验分析中比较常用的数据图。
阿昆的科研日常
·
2022-06-13 07:22
Matlab插图
matlab
开发语言
可视化
论文插图
芯片数据limma差异,
热图
,火山图
options(stringsAsFactors=F)#################差异分析----library(readxl)data%filter(P.Value2)##################
热图
一只小脑斧
·
2022-06-09 17:45
[深度学习] imgaug库使用笔记
其包含许多增强技术,支持图像分类,目标检测,语义分割,
热图
、关键点检测等一系列任务的图像增强。本文主要介绍imgaug基本使用,以及应用关键点和边界框增强。
落痕的寒假
·
2022-05-20 15:46
图像处理
深度学习
Python
1024程序员节
matlab pcolor怎么画多层的图,求助listDensityPlot,跟matlab的pcolor函数画出来的不一样...
该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼模拟一个光传播过程,代码如下,请问我用matlab算的
热图
跟MMA算的为啥不一样啊MMA特别难看,见附图Clear["Global`*"]SetDirectory
爱做饭的英语老师
·
2022-05-14 07:17
matlab
pcolor怎么画多层的图
R语言|ggtreeExtra包绘制进化树
R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画
热图
了,ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。
作图帮
·
2022-05-12 07:37
r语言
开发语言
提取heatmap作图中的cluster行名或者列名
此post旨在提取heatmap作图中的cluster行名或者列名其实,对heatmap
热图
提取cluster就是对hclust的结果提取cluster,tree_col和tree_row属性首先,我们要构建一个
面面的徐爷
·
2022-05-08 16:05
详解Python进行数据相关性分析的三种方式
相关性计算Pandas相关性计算线性相关实现线性回归:SciPy实现等级相关排名:SciPy实现等级相关性:NumPy和SciPy实现等级相关性:Pandas实现相关性的可视化带有回归线的XY图相关矩阵的
热图
·
2022-04-15 14:50
特征图可视化为类激活图(CAM)--简化版
这类图,通常被称为类激活图(CAM,ClassActivationMap),或者注意力图、
热图
。其实,绘制这种图片并不难,通过opencv
景唯acr
·
2022-04-08 08:45
pytorch
特征图可视化
热图
Python交互图表可视化 bokeh(一) -- 绘图空间基本操作
就可以直接出分析的图表了,最基本的出图方式,是面向数据分析过程中出图的工具;Seaborn相比matplotlib封装了一些对数据的组合和识别的功能;用Seaborn出一些针对seaborn的图表是很快的,比如说分布图、
热图
Jepson2017
·
2022-04-06 07:50
Python数据可视化
一文读懂R语言corrplot相关
热图
分析及美化!!!(附图详解,建议收藏)
gzh原文点我,欢迎同时关注介绍Rcorrplot包提供了一个在相关矩阵上的可视化探索工具,该工具支持自动变量重新排序,以帮助检测变量之间的隐藏模式。corrplot非常易于使用,并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等方面提供了丰富的绘图选项。它还提供p值和置信区间,以帮助用户确定相关性的统计显著性。corrplot()有大约50个参数,但最常见的参数只有几个。在大多数场景中,我们可以得
生信小书生
·
2022-04-05 11:41
spearman相关性分析_环境因子与主要物种丰度的相关性
热图
!!
写在前面本文章旨在给出一个简便易用的环境因子与主要物种丰度的相关性分析及结果展示方式,适用于环境因子和主要物种相对较少的情况。如果样本数目过多、微生物群落十分复杂,建议使用网络分析评估特定环境因子与不同物种之间的关系,网络分析涉及的内容较多,过一阵应该会专门开个专题来说一说。我在本文所进行的分析关注的只有物种与环境因子的关系,而对于物种与物种、环境因子和环境因子之间的关系并不关注,因此使用的是不对
weixin_39949584
·
2022-03-07 15:18
spearman相关性分析
一对矩阵的相关性
典型相关分析(cca)原理
相关性r2的意义
Q&A |
热图
的单元格颜色和数值标签可以不一一对应吗?
Q&A|
热图
的单元格颜色和数字标签可以不一一对应吗?有同学私信了一个问题:
热图
的单元格颜色与色阶条对应,单元格标签能不能用另一套数据呢?当然可以了。今天就来简单的回答一下。
木舟笔记
·
2022-02-23 07:17
excel
webgl
可视化
javascript
js
这一年
这一年儿子去放牧远方每一缕炊烟,都是为自己点燃这一年如一泓清泉,不思忖江河汹涌只顾惜内心安宁图片发自App这一年给自己起一个带花的名字捡拾遗落的花瓣,拼凑一纸芳香这一年在流放的经年里落魄归来,用半载余生温
热图
片发自
秋朵儿
·
2022-02-19 22:45
天地间有你才有了气息
天地间有了你的气息,你存在能让万物发
热图
片发自App图片发自App图片发自App图片发自App
木加易
·
2022-02-19 00:32
R语言两组变量特征相关关系
热图
绘制画法
目录准备数据简单
热图
只对列进行聚类将相关系数显示在图上在图上加上显著性标记准备数据两组变量的数据可以像下面这样处理,分别保存在两个csv文件中。
·
2022-02-18 13:05
R语言可视化及作图12--venn图、火山图和
热图
R语言绘图系列:R语言可视化及作图1--基础绘图(par函数,散点图,盒形图,条形图,直方图)R语言可视化及作图2--低级绘图函数R语言可视化及作图3--图形颜色选取R语言可视化及作图4--qplot和ggplot2美学函数R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图R语言可视化及作图7--ggplot2之标
Hayley笔记
·
2022-02-17 10:51
土情话很尬,但也很“甜”
图片发自App图片发自App这波
热图
一出世,一下子吸引住了大家的注意力,这种造势的土情话看似很土很尬,但是却一点都不让人反感,反而很酥心❤,间接带动了影片的票房哈。正如诺贝尔经济学家获得者
胖钟
·
2022-02-15 19:39
R语言代码-Nature主刊中相关系系数
热图
绘制
需求描述计算多个基因和免疫浸润的相关性,画出类似于文章中这种
热图
,用颜色展示相关系数,用**标出显著的。
统计大师
·
2022-02-13 11:04
醒着醉
你别出现在我醉酒的夜里我怕我狼狈的把你挽回林深时见鹿老树陪古屋我遇见你,去没能让你留步听到流泪的歌,也许上帝让你孤单,让你自卑,让你不开心,也是让你在这样的音乐里沉沦,就像梵高沉沦在他的向日葵里,热烈,饥渴,萎靡,狂
热图
片发自
84def11fc334
·
2022-02-11 05:46
什么是 Grafana 以及何时应该使用它?
仪表板可以包含各种可视化组件,例如图表、
热图
和直方图。在本文中,我
mikes zhang
·
2022-02-10 19:31
docker
docker
热图
添加指定的基因标记
代码重现:小杜的生信筆記数据声明:该数据仅是演示数据,无任何意义高分文章图例绘图导入相关的包ComplexHeatmap在线帮助文档:https://jokergoo.github.io/Co...#从Bioconductor安装稳定版;if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#
·
2022-02-10 17:26
生物信息学r语言热图
pheatmap作
热图
data类似于heatmap.2输入数据>annotation_col=data.frame(cell_type=factor(c("B36h","B36h","B36h","EpiLC","EpiLC","EpiLC","B12h","B12h","B12h","B24h","B24h","B24h")))>rownames(annotation_col)=paste(factor(c("B36
njmujjc
·
2022-02-10 09:04
DAY8 生信技能树-数据挖掘第三期学习笔记
if(F){...},则{}里的脚本被跳过,if(T){...},则{}里的脚本被执行,凡是带有{}的代码,均可以被折叠GEO来了图表介绍1.
热图
:输入数据是数值型矩阵/数据框颜色的深浅表示数值的大小scale
Ruizheng
·
2022-02-06 15:38
深不见底,渐行渐远渐无书
要习惯任何人的渐行渐远也要看淡任何人的忽冷忽
热图
片发自App20多岁的年纪,总是慢慢的伤感,慢慢的成长,每一次的痛,都是扎扎实实、真真切切的。过去最大的用处,就是让你不在回到过去。
猫小姐是一朵野生百合
·
2022-02-05 13:31
R package:circlize环状
热图
参考文献:https://www.shenxt.info/post/r-circlize-study-2/环状基因表达
热图
.png1.读取基因表达数据这是我的基因表达量数据Fig1.PNGmyfiles
佳名
·
2022-02-05 07:29
scale函数对矩阵归一化是按行归一化,还是按列归一化?
提出这个问题是在Rpackage:circlize环状
热图
需要对某个矩阵进行归一化处理,虽然在pheatmap包,有一个归一化参数scale,有"row","column"和"none"。
佳名
·
2022-02-03 10:56
R语言ggplot2画
热图
添加分组信息的颜色条
image.png之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现,下面的B图是折线图加柱形图,相对比较容易实现,上面的A图稍微有点复杂,我想到的办法是拼图,图A可以看成三个
热图
,然后加一个堆积柱形图,最后将四个图组合到一起
小明的数据分析笔记本
·
2022-02-03 10:33
最简单的回归模型-线性回归及其变体_chapter6
1.1预测变量(特征)的共线性问题共线性问题的诊断:相关性
热图
、PCA(有多少个占据主要方差的主成分,即意味着有多少组共线性的变量)、方差膨胀因子(VIF)共线性问题的处理:《
ADO_AI
·
2022-02-03 01:45
grafana + prometheus搭建服务器监控系统(一)---安装、配置
它主要有以下六大特点:展示方式:快速灵活的客户端图表,面板插件有许多不同方式的可视化指标和日志,官方库中具有丰富的仪表盘插件,比如
热图
、折线图、图表等多种展示方式;数据源:Graphite,InfluxDB
王树人
·
2022-01-20 15:59
如何给
热图
加两个树 | R
pheatmap出的图可以有上和左两个hclust聚类图,但那是根据矩阵数据聚类的,若是换成了进化树怎么办?左边一个进化树很容易,ggtree的gheatmap一句话就加上了,但还要再加一个对应的呢?使用aplot包拼图实现先读入需要的数据#sessionInfo()#Rversion4.1.1(2021-08-10)#Platform:x86_64-w64-mingw32/x64(64-bit)
kkkkkkang
·
2021-12-13 21:39
ComplexHeatmap绘制
热图
| 添加指定的基因
昨天分享了
热图
中添加指定的基因,非常优秀的一篇教程,值得我们好好的学习。今天使用使用其码重新了,该教程。真的是非常棒!!
小杜的生信筆記
·
2021-12-07 00:21
热图
5:ggplot2画
热图
及个性化修饰
热图
系列快接近尾声了,这节我们讲下ggplot做的
热图
。实际上,之前heatmap已经足够了,但是ggplot2画图可以进行一些特殊的个性化修饰,一些比较特殊的
热图
也是通过ggplot做的。
KS科研分享与服务
·
2021-12-02 12:15
R-
热图
-pheatmap
pheatmap是绘制
热图
的经典R包。其中一些细节参数设置,之前每次遇到都是网上搜索。这次系统整理下常用用法,为以后绘图提供方便。
小贝学生信
·
2021-11-23 22:02
python解释模型库Shap实现机器学习模型输出可视化
目录安装所需的库导入所需库创建模型创建可视化1、BarPlot2、队列图3、
热图
4、瀑布图5、力图6、决策图解释一个机器学习模型是一个困难的任务,因为我们不知道这个模型在那个黑匣子里是如何工作的。
·
2021-11-22 17:50
今天的天气真热
今天的天气真
热图
文/仲渝今天的天气真热,才早上八点钟,就打开了冷空调。原以为是周六的日子,乘车的人就会多了起来。
仲渝
·
2021-11-22 09:26
ComplexHeatmap复杂
热图
绘制学习——5.图例
图例默认情况下,
热图
和简单注释会自动生成图例,生成的图例放在
热图
的右侧。复杂注释没有图例,但可以手动构建和添加它们。所有图例都是由构造函数Legend()内部构造的。
denghb001
·
2021-10-26 11:53
ComplexHeatmap复杂
热图
绘制学习——3.
热图
注释(二)
3.14文字标注文本可以用anno_text()注释。图形参数由gp控制。ha=rowAnnotation(foo=anno_text(month.name,gp=gpar(fontsize=1:12+4)))image位置由location和just控制。旋转由rot控制。ha=rowAnnotation(foo=anno_text(month.name,location=1,rot=30,ju
denghb001
·
2021-10-25 14:28
R语言作图--pheatmap(
热图
)
1.
热图
及分组library(pheatmap)#加载库test=read.table('abc.txt',header=T,sep=',')#导入数据row.names(test)=test[,1]#
小飞虎
·
2021-10-21 00:37
ggplot2绘制聚类
热图
加载需要的R包:library(reshape2)library(ggplot2)library(ggtree)#需要在bioconductor下载读入数据:gene%data.frame(x=c(1:6),y=rep(1,6))%>%ggplot()+geom_tile(aes(x,y,fill=.))+scale_fill_discrete(label=c("control","treat")
钿璎纍纍佩珊珊
·
2021-09-18 23:51
【R语言】
热图
绘制-heatmap函数+默认配色方案
前面给大家介绍过1.超详细的
热图
绘制教程(5000余字),真正的保姆级教程2.R语言绘制基因表达
热图
(简易版)3.一个R函数搞定风险评估散点图,
热图
4.R绘制甲基化和表达谱联合分析
热图
有小伙伴留言问,绘制
热图
的数据从哪里来
生信交流平台
·
2021-08-08 11:50
R packages|ggcorrplot : 相关矩阵的可视化(
热图
)
ggcorrplot的主要特征ggcorrplot具有重新排序相关矩阵以及在
热图
上显示显著性水平的功能。此外,它还包括用于
Zukunft_Lab
·
2021-08-02 15:12
全埋点技术-热力图
2热力图技术之一heatmap.js一种比较成熟的
热图
技术heatmap.js,通过不同的颜色来标记不同位置(页面上的坐标点)
与AI零距离
·
2021-07-20 11:06
ggplot2优雅的绘制
热图
之前写过了不少绘制
热图
的文档,但是总感觉有不少细节没有交代清楚,今天统一再详细描述一次,希望各位观众老爷以后绘制
热图
再也没有困惑加载R包library(tidyverse)library(ggtree)
R语言数据分析指南
·
2021-07-18 12:35
文献中的
热图
代码实现(
热图
标记感兴趣的基因,基础知识)
hello,大家好,今天我们来实现一下下面的这张
热图
图片.png我们最关注的就是图的右边只标记感兴趣的基因,如何实现呢???准备作图文件接下来,让我们来实现一下上面的
热图
。
单细胞空间交响乐
·
2021-07-13 09:20
上一页
9
10
11
12
13
14
15
16
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他