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Linux
16S测序
2021-03-22
03、
测序
数据批量比对到参考基因组建立索引:cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a
·
2024-02-12 15:46
2022-07-28
CancerDiscov|8万个单细胞
测序
揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=38.272
图灵基因
·
2024-02-12 13:17
我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎
贺建奎,原南方科技大学副教授,毕业于美国斯坦福大学,拥有多学科交叉的背景,并在基因
测序
仪研究,CRISPR基因编辑,生物信息学等多个领域取得研究突破。
闲月农
·
2024-02-12 06:31
2022-01-27
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是
测序
得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子
·
2024-02-12 01:29
2023-04-06
将二代
测序
短reads比对到参考基因组上,并进行排序和去重复的等处理,用于后续的变异检测。
小谷头
·
2024-02-11 21:58
高通量
测序
的前世今生
“高通量
测序
”这词我想大部分人都不会感到陌生,因为现如今它算得上是一个比较热门的领域,但是您又知道多少关于高通量的知识呢?接下来小编来聊聊它的前世以及今生,带您走进高通量
测序
的世界。
南博屹生物医学
·
2024-02-11 21:53
使用GC含量归一化对深度
测序
数据的拷贝数变化进行无对照calling
简要我们提出了一种利用深度
测序
数据进行无对照拷贝数
亦是旅人呐
·
2024-02-11 10:16
链特异性
测序
及在IGV中的可视结果
1.介绍与链特异性
测序
相对的是传统的非链特异性文库。通过链特异性
测序
,我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性
测序
的方法是dUTP方法。
LeoinUSA
·
2024-02-11 09:26
2021-10-01
从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:楠烟不可言IF=38.33推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS)样本的进行了全基因组
测序
图灵基因
·
2024-02-11 07:28
基因组组装----SOAPdenovo2
1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下:(1)
测序
得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。
bcl_hx
·
2024-02-10 22:11
NGS 中 DNA damage 的鉴别
而低丰度的突变会受到PCR错误、
测序
错误、DNA损伤的影响,带来很多
茄子_0937
·
2024-02-10 08:10
IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂
随着新一代
测序
技术的不断推广,每年都产生
生信宝库
·
2024-02-10 08:36
一篇医学微生物组
16S
测序
文章必备的六张图 | 微生物专题
上期介绍了《一篇医学微生物组
16S
测序
文章必备的五个内容|微生物专题》,接下来我们逐一介绍这些必备内容需要用哪些图片来直观呈现,以及这些图片的含义。
Seurat_Satija
·
2024-02-10 06:00
单细胞转录组
测序
---多样本整合分析完整代码
最近做了天然胸腺单细胞
测序
结果的分析,我在GEO数据库中下载了10个样本(GSE182135),完整的的代码如下,做一个记录,还在摸索阶段,如果有不对的地方也请大佬们指正。
生信小白花
·
2024-02-10 03:19
三代转录组系列:使用Cogent重建基因组编码区
尽管目前已
测序
的物种已经很多了,但是对于一些动辄几个G的复杂基因组,还没有某个课题组有那么大的经费去
测序
,所以仍旧缺少高质量的完整基因组,那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。
xuzhougeng
·
2024-02-09 23:06
Seurat - 聚类教程 (1)
在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了
测序
。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。
冷冻工厂
·
2024-02-09 09:38
程序人生
一二三代
测序
技术总结
1、第一代
测序
技术概述:用的是1975年由Sanger和Coulson开创的链终止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert发明的化学法(链降解)。
sunlight_yy
·
2024-02-09 07:00
RPKM,FPKM,and TPM
,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:
测序
仪深度
Seurat_
·
2024-02-09 03:17
单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南
通过IlluminaNextSeq500
测序
的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgeno
木舟笔记
·
2024-02-09 01:56
Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响
借助
16S
扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术,我们一起来探究在太空环境下,微生物所发生的变化。航天飞行期间,小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
ee00dc6faab7
·
2024-02-08 05:16
嗜酸乳杆菌NCFM
20世纪70年代,北卡罗来纳州立大学从人体粪便中最先分离出LactobacillusacidophilusNCFM,它是唯一一株进行了基因
测序
和注释的嗜酸乳杆菌。
营养科普
·
2024-02-07 21:10
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题,因为转录结构不连续,读取长度相对较短且
测序
技术的通量不断提高
sunlight_yy
·
2024-02-07 14:29
Q30与Phred值
转录组
测序
数据中,经常会出现Q30或Phred值,它们究竟是什么含义?Q30表示一个碱基的质量值,也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30,错误率为0.1%,正确率为99.99%。
新欣enjoy
·
2024-02-07 10:57
Seurat 单细胞转录组
测序
数据分析教程(三)——python(scanpy)
Seurat单细胞转录组
测序
数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
·
2024-02-07 03:31
python
数据分析
bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate
第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来,结束我们的
测序
原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。
RachaelRiggs
·
2024-02-07 00:53
谷歌终究还是没忍住,把特朗普扯得淡给辟谣了。
拒绝使用世卫组织的
测序
试剂盒,坚持自主创新;迟迟不下放检测权利,所有检测都需要FDA批准通过。
d724eb5603f7
·
2024-02-06 22:04
2021-11-02
CancerCell|单细胞
测序
检测揭示CAR-T脱靶效应(2)原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:风不止步IF=31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:研究利用单细胞分析报告了CAR
图灵基因
·
2024-02-06 20:51
给我们点赞
恭喜上海基因检测中心成立,主要针对人体基因
测序
,染色体遗传筛查,生命密码解析,我们的理念是揭开神秘生命密码,通过科学健康的方式让你健康活到140岁,需要了解定制的朋友可以详细了解我们!图片发自App
茗莘
·
2024-02-06 13:12
下载微生物
16S
rDNA序列并用MEGA-X构建进化树
整理:王采荷一、下载同一种属不同species下的微生物16SrDNA使用NCBI网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/选择nucleotide,搜索框输入"Reckettsia16S"图一网页下拉可以看到不同species的16SribosomalRNAgene,把这些都选上图二将选中的这些序列都导出来,命名为Rickettsia16S,由于导出后是txt文件,将后缀改
Dayueban
·
2024-02-06 11:28
六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章:氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制
近些年,转录组
测序
凭借其周期短,价格低,普适性高等优势,备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7
·
2024-02-06 02:30
14岁的男孩说想学生信,应该给予哪些指导?
前言随着高通量
测序
技术的发展,越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典
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2024-02-05 06:57
2023-04-07
重
测序
分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代
测序
数据变异检测的软件,后续推广到动植物研究中,是目前最广泛使用的变异检测软件。
小谷头
·
2024-02-05 00:49
2022-08-25
NatMethods|细胞级表达图谱匹配
测序
和病理图像,发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:骄阳似我IF:47.99推荐度:⭐
图灵基因
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2024-02-04 23:21
小麦基因组
测序
研究进展
3/15本期作者:大胖丫最近几年,麦类作物基因组学发展迅速,物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究,同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志,题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.
Neal_Bio
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2024-02-04 20:11
Jellyfish进行Kmer评估基因组大小
我们对一个新物种进行基因组denovo
测序
时,一般需要先对该物种进行基因组survey,估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息,这些结果会直接影响我们后续
测序
的数据量及估计组装难度。
吕强强学生信
·
2024-02-04 18:45
GWAS:网页版的基因型填充(genotype imputation)
当然,如果你拿到的是全
测序
的数据,请忽略这一步。下面直奔主题,怎么在网页版进行基因型填充。
橙子牛奶糖
·
2024-02-04 10:33
一个中国并发癌症家系的全外显子组
测序
研究
PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一,并且由于其发病率和死亡率不断上升,对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤;然而,并发病例很少见,而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭,并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了
亦是旅人呐
·
2024-02-04 03:25
高通量
测序
介绍
高通量
测序
技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”
测序
技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析
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2024-02-03 23:19
scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装
2020/5/25,下定决心用R语言了,Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞
测序
领域主要还是R的天下。(发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow!
切瓜少年
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2024-02-03 20:37
2014突破性科学技术:超隐私智能手机
杂志每年5月份必出的精品专栏,每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术,比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺(3D打印)、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因
测序
雅然风懿
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2024-02-03 16:52
收藏
智能手机
安全
200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引
hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程-subread生信软件|bowtie2(
测序
序列与参考序列比对
dicklim
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2024-02-03 15:13
NLP_统计语言模型的发展历程
其中,词向量表示的学习为语言模型提供了更高质量的输入信息(词向量表示)1948年,著名的N-Gram模型诞生,思路是基于前N-1个项目来预
测序
列中的第N个项目,所谓的“项目”,就是词或者短语。
you_are_my_sunshine*
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2024-02-03 10:58
NLP
自然语言处理
语言模型
人工智能
第31周-乳腺癌病人的转移瘤多点采样
测序
看异质性
乳腺癌病人的转移瘤多点采样
测序
看异质性于2017年发表在NatureCommunications杂志,标题是:Phylogeneticanalysisofmetastaticprogressioninbreastcancerusingsomaticmutationsandcopynumberaberrations
小梦游仙境
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2024-02-03 06:29
单细胞scRNA-seq
测序
基础知识笔记
单细胞scRNA-seq
测序
基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于
是土豆大叔啊!
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2024-02-03 05:38
AI4Science
笔记
数据分析
单细胞scATAC-seq
测序
基础知识笔记
单细胞scATAC-seq
测序
基础知识笔记单细胞ATAC
测序
前言scATAC-seq数据怎么得出的?
是土豆大叔啊!
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2024-02-03 05:36
AI4Science
笔记
生物信息
数据分析
scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法
Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”(10x基因组学,v.1.2.0)将原始
测序
数据转换为
科研菜鸟
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2024-02-03 05:20
学习小组Day7——宣Xuanan
因为课题就是做转录组
测序
的,所以基础知识有一些了解,接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析:使用fastqc进行质量分析,这是一款Java软件,支持多线程。
宣Xuanan
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2024-02-03 05:04
一、二、三、四代
测序
技术原理详解
测序
技术是基因组学的核心技术,上期的推送【LAI:基因组组装质量评估新标准】简单介绍了
测序
技术的发展进程。其实,
测序
技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念:“生命是序列的”和“生命是数据的”。
生信空间
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2024-02-02 22:24
测序
数据文件中MD5是个啥 ?不要无视我的存在!
测序
公司在释放原始数据的目录下都会有一个MD5文件,对于不太了解MD5的老师,可能会直接忽略这个文件。实际上这个文件还是很有必要的。那MD5到底是干嘛的呢?
组学大讲堂
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2024-02-02 17:03
生信学习笔记:使用SNP data做基因渗入分析 (1)
该教程的总结随机
测序
生信技术的进步,研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest,该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。
lakeseafly
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2024-02-02 16:51
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