16S测序

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

2022-07-28

CancerDiscov|8万个单细胞测序揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272
图灵基因·2024-02-12 13:17

我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎

贺建奎，原南方科技大学副教授，毕业于美国斯坦福大学，拥有多学科交叉的背景，并在基因测序仪研究，CRISPR基因编辑，生物信息学等多个领域取得研究突破。
闲月农·2024-02-12 06:31

2022-01-27

参考：生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息，一般用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子·2024-02-12 01:29

2023-04-06

将二代测序短reads比对到参考基因组上，并进行排序和去重复的等处理，用于后续的变异检测。
小谷头·2024-02-11 21:58

高通量测序的前世今生

“高通量测序”这词我想大部分人都不会感到陌生，因为现如今它算得上是一个比较热门的领域，但是您又知道多少关于高通量的知识呢？接下来小编来聊聊它的前世以及今生，带您走进高通量测序的世界。
南博屹生物医学·2024-02-11 21:53

使用GC含量归一化对深度测序数据的拷贝数变化进行无对照calling

简要我们提出了一种利用深度测序数据进行无对照拷贝数
亦是旅人呐·2024-02-11 10:16

链特异性测序及在IGV中的可视结果

1.介绍与链特异性测序相对的是传统的非链特异性文库。通过链特异性测序，我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。
LeoinUSA·2024-02-11 09:26

2021-10-01

从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS)样本的进行了全基因组测序
图灵基因·2024-02-11 07:28

基因组组装----SOAPdenovo2

1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下：(1)测序得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。
bcl_hx·2024-02-10 22:11

NGS 中 DNA damage 的鉴别

而低丰度的突变会受到PCR错误、测序错误、DNA损伤的影响，带来很多
茄子_0937·2024-02-10 08:10

IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂

随着新一代测序技术的不断推广，每年都产生
生信宝库·2024-02-10 08:36

一篇医学微生物组16S测序文章必备的六张图 | 微生物专题

上期介绍了《一篇医学微生物组16S测序文章必备的五个内容|微生物专题》，接下来我们逐一介绍这些必备内容需要用哪些图片来直观呈现，以及这些图片的含义。
Seurat_Satija·2024-02-10 06:00

单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码

最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。
生信小白花·2024-02-10 03:19

三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。
xuzhougeng·2024-02-09 23:06

Seurat - 聚类教程 (1)

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。可以在此处[2]找到原始数据。我们首先读取数据。
冷冻工厂·2024-02-09 09:38

一二三代测序技术总结

1、第一代测序技术概述：用的是1975年由Sanger和Coulson开创的链终止法或者是1976-1977年由Maxam和Gilbert发明的化学法（链降解）。
sunlight_yy·2024-02-09 07:00

RPKM,FPKM,and TPM

,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度
Seurat_·2024-02-09 03:17

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

通过IlluminaNextSeq500测序的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgeno
木舟笔记·2024-02-09 01:56

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

嗜酸乳杆菌NCFM

20世纪70年代，北卡罗来纳州立大学从人体粪便中最先分离出LactobacillusacidophilusNCFM，它是唯一一株进行了基因测序和注释的嗜酸乳杆菌。
营养科普·2024-02-07 21:10

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq数据的准确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题，因为转录结构不连续，读取长度相对较短且测序技术的通量不断提高
sunlight_yy·2024-02-07 14:29

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。
新欣enjoy·2024-02-07 10:57

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2024-02-07 03:31

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。
RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

谷歌终究还是没忍住，把特朗普扯得淡给辟谣了。

拒绝使用世卫组织的测序试剂盒，坚持自主创新；迟迟不下放检测权利，所有检测都需要FDA批准通过。
d724eb5603f7·2024-02-06 22:04

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR
图灵基因·2024-02-06 20:51

给我们点赞

恭喜上海基因检测中心成立，主要针对人体基因测序，染色体遗传筛查，生命密码解析，我们的理念是揭开神秘生命密码，通过科学健康的方式让你健康活到140岁，需要了解定制的朋友可以详细了解我们！图片发自App
茗莘·2024-02-06 13:12

下载微生物16S rDNA序列并用MEGA-X构建进化树

整理：王采荷一、下载同一种属不同species下的微生物16SrDNA使用NCBI网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/选择nucleotide，搜索框输入"Reckettsia16S"图一网页下拉可以看到不同species的16SribosomalRNAgene，把这些都选上图二将选中的这些序列都导出来，命名为Rickettsia16S，由于导出后是txt文件，将后缀改
Dayueban·2024-02-06 11:28

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

前言随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典·2024-02-05 06:57

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。
小谷头·2024-02-05 00:49

2022-08-25

NatMethods|细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐
图灵基因·2024-02-04 23:21

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志，题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.
Neal_Bio·2024-02-04 20:11

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。
吕强强学生信·2024-02-04 18:45

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。
橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

一个中国并发癌症家系的全外显子组测序研究

PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一，并且由于其发病率和死亡率不断上升，对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤；然而，并发病例很少见，而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭，并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了
亦是旅人呐·2024-02-04 03:25

高通量测序介绍

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析·2024-02-03 23:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！
切瓜少年·2024-02-03 20:37

2014突破性科学技术：超隐私智能手机

杂志每年5月份必出的精品专栏，每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术，比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺（3D打印）、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因测序
雅然风懿·2024-02-03 16:52

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程-subread生信软件|bowtie2（测序序列与参考序列比对
dicklim·2024-02-03 15:13

NLP_统计语言模型的发展历程

其中，词向量表示的学习为语言模型提供了更高质量的输入信息（词向量表示）1948年，著名的N-Gram模型诞生，思路是基于前N-1个项目来预测序列中的第N个项目，所谓的“项目”，就是词或者短语。
you_are_my_sunshine*·2024-02-03 10:58

第31周-乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性

乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性于2017年发表在NatureCommunications杂志，标题是：Phylogeneticanalysisofmetastaticprogressioninbreastcancerusingsomaticmutationsandcopynumberaberrations
小梦游仙境·2024-02-03 06:29

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为
科研菜鸟·2024-02-03 05:20

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。
宣Xuanan·2024-02-03 05:04

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。
生信空间·2024-02-02 22:24

测序数据文件中MD5是个啥 ？不要无视我的存在！

测序公司在释放原始数据的目录下都会有一个MD5文件，对于不太了解MD5的老师，可能会直接忽略这个文件。实际上这个文件还是很有必要的。那MD5到底是干嘛的呢？
组学大讲堂·2024-02-02 17:03

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)

该教程的总结随机测序生信技术的进步，研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest，该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。
lakeseafly·2024-02-02 16:51
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