16S测序

02—甲基化芯片的一般分析流程

亚硫酸盐是甲基化探测的：金标准“，不管是芯片或者甲基化测序，都要先对DNA样品进行亚硫酸盐处理。
一苔米·2023-12-29 00:32

2021-09-03

Cell|37万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq
图灵基因·2023-12-28 23:50

突然全市做核酸

看了看新闻，广东珠海有七例阳性，多地调整为中风险地区，而且珠海病例基因测序初判为奥密克戎。这也就是我们周边的城市有病例了，并存在变异的可能，所以我们得加强防范。
Kuzma·2023-12-28 21:58

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

然而，为了识别开放的染色质，我们可以简单地使用在测序中正确配对的所有读数（<2000bp）。
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

Day7- 测序原理

一代测序https://www.bilibili.com/video/BV1ws411d7U9?
beebee要努力·2023-12-28 16:06

【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具

基因组测序、蛋白质组学等分子图谱技术已经改变了生物医学研究，但这些技术大多需要组织分离，导致组织形态和空间信息的丢失。
六博说·2023-12-28 14:50

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection）是单细胞RNA测序数据分析的重要步骤之一
生信小鹏·2023-12-28 09:13

NGS010 测序数据质控

Totaldata/reads：总数据量/总reads数目Q30：碱基测序质量值，Q=-10logP，P为碱基测序错误率，其中Q30代表碱基测序错误率为0.1%，也即该碱基测序1000次，出错的可能性为
caoqiansheng·2023-12-28 02:24

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到，即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染，这里介绍的去除宿主污染的工具是bowtie2，同样的也有很多其他软件可以做到去污染，如bwa，kneaddata等软件。事实上，去除宿主污染的基本原
lantary·2023-12-27 23:49

Day7 测序基础

测序原理及分类测序.png测序对象测序对象.png测序文件格式详细参见美格生物Fastaq及FastaGenbank格式EMBL格式常用格式工具：1.Fastq文件→Fasta文件1.1Linux命令:
文婷吖_0df6·2023-12-27 20:04

新一代测序技术Sparc

asparsitybasedconsensusalgorithmforlongerroneoussequencingreads》，鉴于PeerJ期刊2016年6月8日（影响因子为2.183，投稿命中率为52.22%，在各类SCI期刊中属于比较普通的水平）第三代测序
wangchuang2017·2023-12-27 19:15

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA测序
生信宝典·2023-12-27 07:53

2021-12-28

泛基因组分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe，由加州大学（UC）SantaCruz分校基因组学研究所的科学家开发的一种新的制图算法，可以有效地将单个测序读数映射到代表数千个人类基因组的泛基因组参考
图灵基因·2023-12-27 04:32

那令人困惑的比对工具选择啊~

写在前面的废话我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。
鹿无为·2023-12-27 03:57

HLA--polysolver

Comprehensiveanalysisofcancer-associatedsomaticmutationsinclassIHLAgeneshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4747795/使用全外显子组测序
晓佥·2023-12-27 01:41

学习小组Day7笔记--如晤

测序知识.png参考资料：1）测序的世界：测序原理、数据初步分析2）illumina测序公司的原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY密码：密码：bxsry43）生信小白第
如晤_ea28·2023-12-26 23:48

单细胞转录组数据挖掘推荐

数据挖掘推荐单细胞转录组测序（Single-cellRNASequencing）通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究动植物单个细胞的行为
周运来就是我·2023-12-26 14:25

Pilon | 基因组纠错

前言三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。
生信百宝箱·2023-12-26 09:11

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

如果是bcl原始测序数据，需用mkfastq转换为fastq格式(根据index将reads分配至不同的样本)。
Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

测序中的常用名词（转载）

转自欧易生物微信号：利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位，尤其是在高通量测序越来越便宜的今天，但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。
M78_a·2023-12-26 02:36

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

爱基百客专注于提供领先的表观组学服务，目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量测序等方向积累了大量的项目经验。
爱基百客·2023-12-25 15:34

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范
爱基百客·2023-12-25 15:34

细菌微生物多样性研究—16S V34 vs V4测序结果大揭秘—土壤篇

基于16SrRNA(16SribosomalRNA)基因的高通量测序技术克服了自然环境中大部分微生物不可培养的困难，且存在测序通量大，测序准确度高、测序价格低的优势，已经成为微生物群落多样性研究的重要基石
诺禾致源·2023-12-25 12:58

【论文解读】ICLR2023 TimesNet: TEMPORAL 2D-VARIATION MODELING FOR GENERAL TIME SERIES ANALYSIS

一、摘要之前的方法都是尝试直接用1维时间序列进行预测序列、分类等任务。
Scc_hy·2023-12-25 10:39

2022-04-28

尽管单细胞测序技术现在已经被广泛使用，但在组合方案中以单细胞分辨率检测表观遗传标记和转录的技术直到现在还没有。荷兰Hubrecht发
图灵基因·2023-12-25 01:00

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

DNA层面的测序问题已经不能完全满足临床的需要，当下，美国一些医院在临床已经开展DNA测序+RNA测序联合分析，更好的为临床服务。
伍鸿荣·2023-12-25 01:59

大队列免疫治疗测序数据的巧妙切入

IntratumoralplasmacellspredictoutcomestoPD-L1blockadeinnon-smallcelllungcancer，22年2月发表在CancerCell的一篇方法不难但是构思的很巧妙的文章。接受PD-L1单抗治疗的患者中，B细胞转录特征与较长的OS有关作者首先利用两个平行的临床数据集（每个数据集都包含免疫治疗和化疗的病人），分别在免疫治疗、化疗病人里面，将
Carrington·2023-12-24 19:20

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。
生信石头·2023-12-24 17:22

本周最新文献速递2020-08-09

1094Koreanpersonalgenomeswithclinicalinformation不想看英文题目：韩国基因组计划：拥有临床信息的1094个韩国个人基因组杂志和影响因子：SciAdv(IF:13.116)样本量：1094个个人基因组（测序深度为
橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。
素材积累·2023-12-24 07:11

python实现模拟退火算法解决旅行商（TSP）问题

这个问题在实际应用中非常常见，比如物流、电路板制作、DNA测序等领域都可以看到TSP的身影。TSP的难点在于随着城市数量的增加，搜索所有可能的路径将变得非常耗时，因为路径的数量是城市数量的阶乘。因
筱筱西雨·2023-12-24 07:07

芯片数据&测序数据

1.检测原理在测序未普及前，芯片是最常使用的大规模筛查工具，如人基因表达谱芯片，一次实验就可以对人类已知的2~3万个基因进行筛查，找出关键差异基因。
小白兔和小毛驴·2023-12-24 04:34

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。
小果运维·2023-12-24 02:01

2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件

FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种（FASTA+Q），因为其包含了对序列中每个碱基的QualifyMeasurement。
王子威PtaYoth·2023-12-24 01:49

2022-04-13

NatBioEng|光标记与单细胞测序快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后，一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散
图灵基因·2023-12-23 21:49

汇总 | 转录本表达矩阵 到 基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。
生信石头·2023-12-23 09:13

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台·2023-12-23 03:13

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。
百迈客生物·2023-12-23 03:06

【隐马尔可夫模型】隐马尔可夫模型的观测序列概率计算算法及例题详解

【隐马尔可夫模型】用前向算法计算观测序列概率P（O｜λ）【隐马尔可夫模型】用后向算法计算观测序列概率P（O｜λ）隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状志的序列
F_D_Z·2023-12-22 18:39

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

来源：https://www.jianshu.com/p/da75f0753178高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载下载数据库优先选择快速下载fq格式的数据，EBI数据库下载。从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可
__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

Transformer引领AI领域：从模型到平台，全方位探索与实践

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。
清图·2023-12-22 02:32

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态
生信云笔记·2023-12-21 13:08

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

///01发现结肠癌转移复发的关键细胞群--EMP1+HRC细胞原发结直肠癌根治性切除术后的患者在几年后复发转移，转移的CRC病理分期不一，其中会有40%的III期CRC患者，寻找预防CRC复发的疗法仍然迫在眉睫。为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、
生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

通过对多个切片进行联合建模，将其与单细胞RNA测序数据进行整合，STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域，并
tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI
图灵基因·2023-12-21 06:47

2022的七大热点技术： 靶向基因治疗、空间多组学……

主要是因为测序技术产生的读数准确但较短。它们的长度不足以明确地绘制出高度重复的基因组序列，包括覆盖染色体末端的端粒和在细胞分裂过程中协调新复制的DNA分配的着丝粒。
英格恩·2023-12-20 19:27

DNA 凝胶电泳注意事项

用于DNA测序反应的测序胶不在这儿讨论。每位实验室成员有不同的制胶方法。样品准备6X上样缓冲液：30%(V/V)甘油，0.25%(W/V)溴酚蓝，0.25%(W/V)二甲苯腈蓝，蒸馏水配制。
实验小助手·2023-12-20 17:12

WISECONDOR NGS 检测CNV 介绍

低测序深度WGS数据无对照样本，检测新生儿染色体异常工具背景产前检测，传统使用绒毛膜绒毛或羊水取样，进行核型分析。但是取样会造成约1%的流产概率。
茄子_0937·2023-12-20 09:35

线粒体相关基因的数据库

最近想看线粒体代谢相关基因在自己测序数据中是否有差异，找了好久，没找到一个合适的基因列表，早上真的是太太幸运啦！！！我搜了下mitochondrialmetabolismdatabase然后就出来啦。
Aji·2023-12-20 01:44

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析
范旭_d6fc·2023-12-19 21:07
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