16S测序

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001·2023-12-19 12:29

日更第十五天－新的一年flag

今天完成了质粒构建的第一部分，要送测序，加油亲爱的！蛋白跑出来特别好看的条带，新的一年新气象！
Lucky_笑·2023-12-19 11:36

从比对到MA-plot

这次的流程是从ncbi的数据库上下载了别人发表的二代测序数据，先用subreads进行了比对，之后用subreads里面自带的featurecount进行了表达量统计。
小男神马克·2023-12-19 09:18

2021年第20周检视（5.24-5.30）

5月第4周要事：1.大姐基因测序找大夫（下周）孩子睡前仪式保证。周一发火。周四天津未完成。2.医美手术室参观安排（下周）花小妍日常。周二约见合作伙伴（完成）3.学习正面管教、无分别的爱，禅修、运动。
慧婕的成长笔记·2023-12-18 22:06

2021-04-10单细胞测序了解1

与高通量测序的区别？一般而言，高通量测序需要从大量细胞中获取足够的DNA样品，因此，测序结果是这些细胞的“平均值”，“整体”的表现。
八段锦1134·2023-12-18 16:17

生信数据挖掘 单细胞测序

单细胞RNAseq揭示存在EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤异质性和免疫细胞群今天解读的这篇9+的文章也是刊登在《Oncogene》杂志上，该期刊是生化与分子生物学”子行业的优秀级杂志，居于一线期刊。其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长
概普生信·2023-12-18 10:06

Ion Torrent系列产品性能统计

以下统计为个人根据网络可搜集到的资源进行的【测序仪、芯片、芯片通量、测序时间、测序长度】整理，时间通量可能会有出入，欢迎大家留言改进。image.png
九月_1012·2023-12-18 06:05

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我们以稻瘟菌测序数据SRR081556作为例子演示转录组组装的过程。
学术程稻属·2023-12-18 03:56

使用binmapr进行定位

原文网址：http://www.jintiankansha.me/t/xiyYdz1Rmfbinmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。
93830eddc2a4·2023-12-18 01:50

绘制大型细胞图谱，推动人体机制功能研究

单细胞测序技术的出现为深入“阅读”细胞带来了前所未有的机会。2009年，北京大学生科院汤富酬教授在博士后期间即发表了世界上第一篇单细胞mRNA测序的文章，实现了“从0到1”的跨越。
生物医学小站·2023-12-18 00:36

生信漫谈送你超级好用的多序列拼接软件

作为科研人员（生物专业从业者，医学生，临床医生等），接触的各种测序非常多，那么怎么快速的分析你测序的结果呢，测了正向，测了反向序列，是不是测通了，只有拼接在一起才知道，科研真是费脑https://mp.weixin.qq.com
生信漫谈·2023-12-17 22:27

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

通过联合建模多个切片并将其与单细胞RNA测序数据整合，S
DrugAI·2023-12-17 19:06

基因-疾病数据库/工具大集合

科学技术的发展极大地改变了基因组领域，尤其是在基因图谱、数据库、疾病图谱、CRISPR/Cas9、大数据和下一代测序等方面。
尐尐呅·2023-12-17 15:26

临检中心公布报告：华大基因顺利通过这项室间质量评价预研活动

11月中旬，国家卫生健康委临床检验中心(以下简称“临检中心")公布了2023年“全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告”，华大基因下属子公司天津华大医学检验所顺利通过此次室间质评
ZAKER科技动态·2023-12-17 11:26

DAY7-谢小发（测序）

框架测序组学测序过程及其原理Sanger测序基本原理反应体系种需要有引物、DNA聚合酶、4种dNTP、一定比例的ddNTP，由于ddNTP没有羧基，因而被结合后不能在后面再接dNTP测序原理第二代DNA
谢小发·2023-12-16 20:46

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。
小果运维·2023-12-16 18:28

数据上传 | GEO数据上传操作指南

科研工作者在发表paper的时候，如果文章中涉及高通量测序数据分析，就需要提前向NCBI上传数据获得登录号。然而，如何向NCBI提交这些序列？提交什么序列？总是提交失败怎么办？
诺禾致源·2023-12-16 18:21

Cell | 单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群(转载)

Cell|单细胞测序描绘骨髓间质完整的细胞类群原创：章台柳BioArt今天撰文|章台柳责编|兮间质存在于每个器官，对器官的发育、稳态维持及修复都非常重要，但对其定义一直都不清晰。
天涯清水·2023-12-16 15:45

学习小组Day7笔记--LBB

今天的学习内容是怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类测序的原理之前就了解过，当作是复习再详细补充一下思维导图测序.png
LBB·2023-12-16 07:28

2022-05-14 multiqc时 解决ImportError: cannot import name 'OrderedDict' from 'typing_extensions'报错

image.png今天在做转录组测序数据multiqc时，出现这个错误，反复用condainstallmultiqc问题还是得不到解决。
小孟在充电·2023-12-16 05:44

诺禾单细胞测序助力杨树茎干组织的单细胞转录组图谱绘制

13.583）上发表了题为“Transcriptionallandscapeofhighlylignifiedpoplarstemsatsingle-cellresolution”的研究论文，该研究利用单细胞测序技术构建了杨树茎干组织的单细胞转录组图谱
诺禾致源·2023-12-16 05:53

PCA分析？Emm，快速上手与出图！

在高通量测序数据出现之前，在生物学上，其最常用的场景是：假定我们要对某种花的不同品种进行分类，于是进行指标测定，如花瓣长度，花瓣宽度，植株高度，叶片厚度，根部长度等。
生信石头·2023-12-16 03:07

肿瘤单细胞的背景介绍

传统的分析方法难以全面系统的分析肿瘤的生态体系，而单细胞测序技术作为一种强而有力的手段，能为我们精确到各种亚类细胞层面剖析肿瘤。
黄佳佳_·2023-12-15 09:03

浅谈纳米孔测序技术

1背景介绍Nanorpore即纳米孔测序技术，又称第四代测序技术，是OxfordNanoporeTechnologies公司研发的新一代的测序技术。目前测序长度可以达到150kb。
bioyangyang·2023-12-15 07:50

BWT算法

1、BWT(Burrows–Wheeler_transform)算法介绍bwa是目前最流行的二代测序比对工具，其中就用到了BWT算法。
基因组分析·2023-12-15 04:38

生信算法1 - DNA测序算法实践之序列操作

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.定义DNA序列seq='ACGT'#从序列指定索引的碱基seq[1]#'C'#序列长度len(seq)#42.序列拼接#序列拼接-字符串seq1='AACC'seq2='GGTT'print(seq1+seq2)#AACCGGTT#序列拼接-列表seqs=['A','C','G','T']print(''.join(seqs)
生信与遗传解读·2023-12-14 18:03

生信算法2 - DNA测序算法实践之序列统计

生信序列基本操作算法建议在Jupyter实践，python版本3.91.读取fastq序列#fastq序列获取!wgethttp://d28rh4a8wq0iu5.cloudfront.net/ads1/data/SRR835775_1.first1000.fastqdefreadFastq(filename):#序列列表sequences=[]#质量值列表qualities=[]withopen
生信与遗传解读·2023-12-14 18:03

使用shell进行id转换

找到样本之间的对应关系第一列为测序编号，第二列为样本分组，第三列为样本名先测试下：##读取前三列的变量信息cattihuan|whilereadcxgroupnamedoecho$group-$cx-$
花生学生信·2023-12-14 15:01

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!
大桃子技术·2023-12-06 21:11

高通量测序学习

为了督促自己学习，在此立下flag，更新高通量测序相关产品知识。学习记录随手截个图，之后会连续更~
假装_学霸·2023-12-05 17:37

SETD2基因和自闭症

家长这次提供的基因检测数据一同既往，是非常简单的：约20000个基因的外显子测序孩子的SETD2基因含一个错义突变Ser381Ala孩
椰菜君·2023-12-05 15:21

认识HDF5文件格式及R中.h5 文件读取

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5格式.HDF5格式HDF5文件一般以.h5或者.hdf5作为后缀名，需要专门的软件才能打开预览文件的内容。HDF5文件结构中有2pri
该叫个什么名字好呢·2023-12-05 13:38

省事地获取已公开测序数据的下载链接（.sra|.fastq.gz）

或许网速是一个原因，但我更多地开始认为或许NCBI并没有存储所有的短读段测序数据。DDBJ也是一样。相反ENA似乎存储全面，只是传
生信石头·2023-12-05 02:00

Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期

长读测序系列文章-1标题（英文）：PrecisionFDATruthChallengeV2:Callingvariantsfromshortandlongreadsindifficult-to-mapregions
chSNP·2023-12-04 20:20

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识
jjjscuedu·2023-12-04 19:44

KRAS肺癌抑瘤功能分类研究--2020-04-12

AfunctionaltaxonomyoftumorsuppressioninoncogenicKRAS-drivenlungcancercancerdiscovery29.497思路从TCGA、GENIE和TRACERx数据库中选取突变频率高的以及文献调研多个方面评估所得的48个抑癌基因→构建慢病毒载体池→tuba-seq测序测得每种
FFwizard·2023-12-04 16:49

利用Biopython来进行序列比对

序列比对一般针对的是两条或者多条序列，可以是DNA、RNA或者蛋白序列，来推测序列间的区域的相似度。
生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

酵母双杂交服务专题（四）

接下来，对这些质粒中的cDNA片段进行测序分析，并将其编码的序列与GENEBANK数据库中的序列进行对比，从而探究其与已知基因在生物学功能上的潜在关联
卡梅德生物·2023-12-04 13:05

用于种系疾病诊断的临床全基因组测序分析验证的最佳实践

Bestpracticesfortheanalyticalvalidationofclinicalwhole-genomesequencingintendedforthediagnosisofgermlinedisease摘要全基因组测序
亦是旅人呐·2023-12-04 13:55

生信技能29 - 提取VCF文件测序深度和基因型信息

提取VCF文件测序深度和基因型信息，示例如下，结果保存至excel文件中。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:19

生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

Nanopore三代测序技术可以用于研究与DNA、RNA和蛋白质相关的各种科学问题。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计

使用bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP变异位点数量统计软件安装1.conda安装condainstallbedtools-y2.源码安装wgethttps://github.com
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher

简介kingfisher是一款专门用于高通量测序数据下载的工具。支持从公共数据库（ENA、NCBI、SRA、AmazonAWS和GoogleCloud）获取序列文件及其元数据注释。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

Duplicated Reads

谈到NGS数据的duplicatedreads（暂且翻译为“重复数据”），我们通常会直观地认为：duplicatedreads是在NGS文库构建过程中，由于PCR过度扩增导致同一个模板DNA片段被反复测序多次
村长吃火锅·2023-12-03 23:15

2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题

去除PCR扩增重复序列由于构建文库的时候进行了pcr扩增，然后进行测序，这么测
AsuraPrince·2023-12-03 14:54

转录组测序3-序列基因组比对

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。
纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

Sanger测序峰图矢量图的导出

Fig1.pngA3纵向：~126nt碱基横向：~180nt碱基A4纵向：~87nt碱基横向：~126nt碱基A5纵向：~59nt碱基横向：~87nt碱基B4纵向：~108nt碱基横向：~156nt碱基B5纵向：~74nt碱基横向：~108nt碱基Executive纵向：~76nt碱基横向：~112nt碱基Statement纵向：~56nt碱基横向：~91nt碱基信纸纵向：~90nt碱基横向：~1
佳名·2023-12-03 08:48

GEO数据库下载

GEO（GENEEXPRESSIONOMNIBUS），https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建维护的，是个公开的基因数据库，包含了测序和芯片数据
翾格格·2023-12-03 00:12

2019-07-09

宏基因组：宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能
YX_Andrew·2023-12-02 22:47

病原微生物高通量测序数据分析笔记

https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html
生物信息与育种·2023-12-02 12:37
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