BWT

BWT比对算法

简介BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各150bp左右。
小潤澤·2024-02-01 10:11

一台电脑多git账号的使用

xxx.com"（输入对应的邮箱账号）=》Enterfileinwhichtosavethekey(C:\Users\62479/.ssh/id_rsa):C:\Users\62479/.ssh/id_rsa_bwt
别来无恙_xdz·2024-02-01 05:09

谈谈对BWT算法的理解

BWT算法的作用，是使字符
无话_·2024-01-29 07:08

NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍

Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM法对内存的消耗很小，被很多工具采用。但是当序列差异度高（mapping率低）、存在大量gaps时表现会降低很多,尤其gaps会显著增加检索空间。
茄子_0937·2023-12-22 18:49

后缀树算法

后缀树算法后缀树算法在现代的比对工具中也是非常常见的一类比对算法，常用的STAR软件利用的就是后缀树算法，而bowtie，BWA等比对软件用的是BWT算法，这就是为什么STAR的比对速度要比其他二代软件快
小潤澤·2023-12-20 21:15

BWT算法

1、BWT(Burrows–Wheeler_transform)算法介绍bwa是目前最流行的二代测序比对工具，其中就用到了BWT算法。
基因组分析·2023-12-15 04:38

分享68个节日PPT，总有一款适合您

分享68个节日PPT，总有一款适合您68个节日PPT下载链接：https://pan.baidu.com/s/1c1-K7Gjw8bWT-cbToIZQTA?
MarisTang·2023-12-05 13:52

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。
韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

一、BWA1、介绍简介：用于建立index；基于BWT算法，将reads比对到参考基因组；最新版本bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。
weixin_43664814·2023-10-12 04:11

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

mappedreads，形成新的fastq文件参考序列构建索引bwaindexref.fasta运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程

https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109202042一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT
麦冬花儿·2023-08-26 22:39

序列比对BWA（Docker篇）

首先通过BWT(Burrows-WheelerTransformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。
组学大讲堂·2023-08-07 23:54

R语言群组变量选择、组惩罚group lasso套索模型预测分析新生儿出生体重风险因素数据和交叉验证、可视化

结果是连续测量（bwt，以公斤为单位的出
·2023-06-14 23:35

BWT算法在生物信息学中的应用(一)-算法的基本原理

BWT算法可以将原文本转换成相似文本，并且可以用其他技术进行压缩。具体分为如下几个步骤：编码：1.循环移位2.排序3.输出最后一列，作为变换后的序列。
luanzheng_365·2023-04-04 22:52

序列比对原理

第一部分介绍简单的2条序列比对(多重序列比对不考虑)，了解动态规划策略如何寻找全局比对的解；第二部分介绍二代测序的BWT+FM-index策略如何实现降低资源消耗下的大规模数据比对。
BeeBee生信·2023-04-03 02:07

比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1

image.png1简介这是美国马里兰大学计算机研究所、生物信息学和计算生物学中心于2009年发表在《GenomeBiology》杂志的一篇经典文章，至此以后依赖于BWT索引的比对算法成为主流。
生信小书童·2023-03-30 12:24

GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）

一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\
追梦生信人·2023-03-11 11:44

多组学分析

生信100天打卡系列文章目录生信100天打卡系列[1/100]多组学分析基础知识一、生物学基础1.突变2.重组3.单倍型4.突变与单倍型的关系5.总结[1/100]BWT算法（BWA，Bowtie，Bowtie2
grazieST·2022-12-21 17:42

基于miu小波变换的人体步态数据检测和识别算法matlab仿真

在本课题中，我们选择了BWT61CL无线蓝牙版带电池陀螺仪姿态传感器作为本文的数据采集设备。该设备的主要参数指标如下表所示：表
fpga和matlab·2022-09-22 07:11

2020.10.21【转载】丨GWAS全基因组关联分析流程

本人将在学习过后重新配图一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwam
穆易青·2022-07-19 22:15

GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）

一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\
追梦生信人·2022-07-19 22:12

拓端tecdat|R语言多变量（多元）多项式曲线回归线性模型分析母亲吸烟对新生婴儿体重影响可视化

这可以通过使用多元回归模型来完成，例如，通过考虑权重Y_i可以建模为str(babis)数据集的描述如下：bwt是因变量，新生儿
拓端研究室·2022-04-07 07:57

COMP9319 2018s2 Assignment 2: BWT

COMP93192018s2Assignment2:BWTThisassignmentcontainstwotasks:BWTencodeandbackwardsearch.RequirementsBWTencodeYourfirsttaskinthisassignmentistocreateaspecialBWTencoderthatwillencodeafilewithdelimiter-se
·2021-10-16 11:34

hisat2比对软件将reads比对到参考基因组

转载：https://biozx.top/hisat2.htmlHISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用。
我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:56

R可视化手册-描述数据分布-箱线图

基本箱线图.png偏态图形分析.pnglibrary(MASS)ggplot(birthwt,aes(x=factor(race),y=bwt))+geom_boxplot()birthwtlowagelwtracesmokeptlhtuiftvbwt019182200010252303315530000325510201051100012557
数据分析狮·2021-05-04 10:04

学习笔记 - BufferedWriter将字符串通过字符缓冲流写入文件

publicstaticvoidmain(String[]args){//TODOAuto-generatedmethodstubBufferedWriterTestbwt=newBufferedWriterTest();bwt.bufferedWriter
gfdonx·2020-09-16 22:19

bowtie里的FM-index简介

言归正传，FM-index，包括三部分，①BWT（T），②checkpointdata，③
stormlovetao·2020-09-12 04:56

利用虚拟机快速搭建大数据学习平台

一.环境准备win7、vmware、centos镜像、crt远程登录软件1.1下载安装Vmware链接：https://pan.baidu.com/s/1_bwt383Y57n-OCrVJ59L8A提取码
坚持，再坚持一下·2020-09-12 03:59

LZMA压缩库使用记录

LZMA改良与优化后的LZ77算法LZMA2改良的LZMA算法PPMD基于DmitryShkarin的PPMdH算法BCJ32位x86可执行文件转换程序BCJ232位x86可执行文件转换程序BZip2标准BWT
Rorschach321·2020-08-22 18:04

GATK使用方法详解（原始数据的处理）

最后生成文件：hg19.fa.amb、hg19.fa.ann、hg19.fa.bwt、hg1
whiffen_cann·2020-08-20 02:16

python-bwt算法的编码和解码

关于bwt算法的原理可以看看这个博客，讲得很好https://blog.csdn.net/blackjack_/article/details/73801003本文是利用python写的bwt算法的编码和解码
sixu_9days·2020-08-19 20:08

BWT算法

BWT算法来自mengbi_erBWT算法可以将原文本转换成相似文本，并且可以用其他技术进行压缩。编码方式（1）将文本串后加一个文本中不会出现的字符‘#’。
BlackJack_·2020-08-07 11:25

BWA程序调试记录

e0-r10xx.faxx.fq/dev/null2Index生成库文件在Programarguments中输入indexxx.fa，运行后生成5个文件pac：2位编码后的文件ann、amb：临时文件bwt
weixin_34247032·2020-07-10 08:30

BWA-MEM算法记录

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>BWA-MEM算法整体流程如下：1读入bwt、options、reads；2利用mem_chain生成chain；3利用mem_chain_flt过滤掉部分
weixin_34075551·2020-07-10 08:25

bwa比对软件的使用以及其结果文件（sam）格式说明

一、bwa比对软件的使用1、对参考基因组构建索引bwaindex-abwtswhg19.fa#-a参数：is[默认]orbwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWTsearchwhiletheCIGARstringbySmith-Watermanalignment
weixin_30828379·2020-07-10 07:50

BWA使用说明

建立Index根据referencegenomedata建立IndexFilebwaindex-abwtswreference.fa构建索引时需要注意的问题：bwa构建索引有三种算法，三种算法都是基于BWT
-麦_子-·2020-07-10 05:47

BWA-MEM算法结构分析

一、BWA-MEM函数框架软件位置：https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/1读入bwt、options、reads；2利用mem_chain生成chain；3
小c轩令·2020-07-09 23:35

BWA/BWT 比对软件

名称bwa–Burrows-WheelerAlignmentTool内容摘要描述命令行与选项SAM比对格式短序列比对注意事项比对精确性估计插入大小分布内存需求速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要bwaindexref.fabwamemref.fareads.fq>aln-se.sambwamemref.faread1.fqread2.fq>aln-pe.sambwaalnref.f
acoikw2620·2020-07-09 13:09

BWA MEM比对人类参考基因组详解

BWA是一款基于BWT的快速比对工具，其由三个算法组成。这三个算法分别是：BWAbacktrack,BWASWandBWAMEM。其中，BWAMEM是最新的，其更快更准确，更适合用于人重数据分析。
BlueWing2000·2020-07-09 09:10

四旋翼无人机DIY历程

陀螺仪用的是BWT601，不过精度还是够的，自带卡尔曼滤波，加上滑动滤波
生活不易到处是坑·2020-07-08 00:28

bwa比对软件的使用以及其结果文件（sam）格式说明

一、bwa比对软件的使用1、对参考基因组构建索引bwaindex-abwtswhg19.fa#-a参数：is[默认]orbwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWTsearchwhiletheCIGARstringbySmith-Watermanalignment
weixin_30794499·2020-06-28 00:57

BWA_Bowtie1/2 比对算法【BWT】

参考：0.bowtiejimmy介绍1.BWT算法2.BWAmem算法3.BBQ（生信基础问题16）-BWA算法原理及软件实用4.20171026-基于BWT算法的比对软件原理解析（BWA&Bowtie
caokai001·2020-06-27 20:11

BMP压缩算法

在全文检索中通常要对索引进行压缩存储，在压缩之前如果对文本进行一定的可逆变换能够使之更易压缩，BWT就是这样一种变换.通过一个例子来介绍BWT,假设一段待转换的文本为:ababc,则BWT的过程如下:在
共勉·2020-06-26 22:55

Hisat2的使用说明

一、比对原理原文：HISAT:afastsplicedalignerwithlowmemoryrequirements.摘要1、Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具2、它使用了基于BWT和Ferragina-manzini
一只烟酒僧·2020-04-19 11:14

全屋净水成净水行业消费升级新理念

极媒体走访了现场的企业，如德国品牌BWT、汉斯希尔、奈固、水丽；美国品牌
精品家电圈·2020-04-04 09:33

微信小程序

1：开发工具资料1.1：开发工具v0.7下载地址https://pan.baidu.com/s/1pLxqFzH（密码:bwt9）1.2:https://pan.baidu.com/s/1pLTKIqJ
Jcs_jun·2020-02-26 11:57

序列比对BWA(Burrows-Wheeler Aligner)

首先通过BWT(Burrows-WheelerTransformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。
模拟书匠X·2020-02-15 10:48

企业淘宝店母婴类目店铺运营方案

数据收集：人1.客户群体地域分部：2.消费者消费能力层级的分布：3.关键词和浏览量的分布情况：奶粉，BWT,花生酱图文，短视频产品详情以主图的形式呈现在主图上，客户能够快速了解产品的资讯。
凤凰涅槃918·2019-12-01 03:57

倍世bwt欧洲原装进口滤水壶测评

知道倍世BWT进口滤水壶是最近在小红书上看到很多亲在推荐这款过滤水壶在净化水质方面尤其突出。就想着要不给我妈定个试试看吧。于是就小尝试了一把。
亿码网出品·2019-03-25 17:02

TensorFlow-深度学习-07-基于逻辑回归预测二元分类

现在我这里有一份数据集，数据量很少，只有不到200行，里面有0和1的标签，很适合做二分类，数据集如下：LOW,AGE,LWT,RACE,SMOKE,PTL,HT,UI,BWT1,28,113,1,1,1,0,1,7091,29,130,0,0,0,0,1,10211,34,187,1,1,0,1,0,11351,25,105,1,0,1,1,0,13301,25,85,1,0,0,0,1,1474
风极_陨·2019-03-20 21:39
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