Barcodes

单细胞测序生信分析1-Seurat

satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html）在我看来最难的部分其实是第一步的数据准备阶段，如果GEO数据库可以下载到标准的10X数据（包含三个文件（barcodes.tsv

18b79e7933ad·2024-02-13 08:46

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv

小潤澤·2024-02-12 00:57

Seurat 对象的构建和信息提取

barcodes.tsv用于储存细胞信息genes.tsv用于储存基因信息matrix.mtx表达矩阵需要注意的

小汪Waud·2024-01-22 13:22

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

这三个文件分别是：Barcodes.tsv，通常是一列多行，每一行代表一个细胞。Features.tsv，通常是两列多行，每一行代表一个基因，每行第一个是基因ID，第二个是对应的基因名称。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

openmv模板匹配实例学习--k210

openmv模板匹配实例学习–k21019年电赛的条形码，二维码的识别使用k210的自带的find_qrcodes()和find_barcodes()函数（之前的文章检测三码并保存其照片中有使用），最近使用了模板匹配的方法

宁77吖·2023-11-13 07:09

[100天算法】-距离相等的条形码（day 59）

题目描述在一个仓库里，有一排条形码，其中第i个条形码为 barcodes[i]。请你重新排列这些条形码，使其中两个相邻的条形码不能相等。你可以返回任何满足该要求的答案，此题保证存在答案。

xiaoshun007～·2023-11-06 10:29

Sign Your Documents with HIBC LIC QR Codes

SignYourDocumentswithHIBCLICQRCodesGroupDocs.Signaturefor.NETisanelectronicsignaturelibrarythatprovidestheabilitytoaddstamps,barcodes

SEO-狼术·2023-11-03 06:01

单细胞测序--Seurat标准流程

单细胞测序--Seurat（上）--创建对象和数据预处理参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件：1）barcodes.tsv：样本中所有的细胞的条码

Seurat_Satija·2023-10-29 01:16

Power apps：做个简单的扫码应用

比如跳转窗口之类的三、添加一个文本标签，实现在扫码后标签显示条形码（二维码）的信息四、也可以在label的文本设置做一个if语句，从而可以实现扫不同的码显示不同的文本f(First(BarcodeReader1.Barcodes

D_east·2023-09-04 17:34

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件

JeremyL·2023-08-27 01:03

Seurat包合并多个单细胞样本

1、rawdata改名、分组创建Seurat对象，每个样本都需要barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz三个

小贝学生信·2023-08-12 17:02

【有一才有二】scRNA-Seq数据分析第一步：数据载入方式的汇总

一般情况下，我们下载得到的每个样本会有三个标准数据：barcodes.tsv,features.tsv,matrix.mtx，情况一：三个标准文件位于样本名称下setwd("F:/MyOneDriveCloud

研平方·2023-08-01 14:47

Python - Opencv + pyzbar实时摄像头识别二维码

VideoCapture(0)#打开摄像头whileTrue:#循环读取摄像头帧ret,frame=cap.read()#在循环中，将每一帧作为图像输入，使用pyzbar的decode()函数识别二维码barcodes

临江饮马·2023-07-27 09:08

LeetCode解法汇总1054. 距离相等的条形码

记录-CSDN博客GitHub同步刷题项目：https://github.com/September26/java-algorithms原题链接：力扣描述：在一个仓库里，有一排条形码，其中第i个条形码为barcodes

失落夏天·2023-06-11 10:57

Seurat包之导入单细胞数据方式汇总

现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz（2）表达矩阵（3）h5（4）h5ad格式一：barcodes.tsv.gz

小贝学生信·2023-04-17 20:42

JS实现不重复的条形码

在一个仓库里，有一排条形码，其中第i个条形码为barcodes[i]。请你重新排列这些条形码，使其中任意两个相邻的条形码不能相等。你可以返回任何满足该要求的答案，此题保证存在答案。

suoh's Blog·2023-04-07 12:11

python在excel中插入二维码

调用generate_barcodes方法可以将sku列表生成二维码到指定目录：importbarcodefrombarcode.writerimportImageWriterdefgenerat

张家老院子·2023-04-04 09:32

序列化与反序列化2019-05-29

Listbarcodes=newList();barcodes.Add("1");barcodes.Add("2");barcodes.Add("3");barcodes.Add("4");barcodes.Add

夜空中的星H·2023-03-23 03:27

学习小组54期 7th day-测序--忍冬

也有做转录组的，所里做测序的人也很多，算是对测序有基本了解测序过程和原理测序的世界1.1一代测序Sanger'sSanger测序模式图1.2二代测序NSG其核心即：边合成边测序NGS模式图1.2.1接头barcodes

忍冬_a284·2023-03-21 12:36

扩增子分析

bin:$PATHsourceactivateqiime1质控拼接join_paired_ends.py-f1_1.fq.gz-r2_2.fq.gz-mfastq-join-ojoinextract_barcodes.py-fjoin_paired

nitrostarch·2023-03-16 21:23

R/单细胞测序/Seurat的作用及概述（不含代码）

转载请注明出处1.单细胞测序分析的整体流程是怎样的以10xgenomics为例10xgenomics单细胞转录组分析流程单细胞转录组分析流程barcodes.tsv.gz:包含barcodes信息features.tsv.gz

大李_1ba1·2023-01-29 00:53

基于python的二维码识别

frompyzbarimportpyzbarimportcv2importnumpyasnpdefimage_detect(img):#QRdetecter=cv2.QRCodeDetector()barcodes

图灵追慕者·2022-12-20 09:15

python和R写出表达矩阵为稀疏矩阵matrix.mtx.gz的方法

pandasfromscipy.ioimportmmreadimportpandasaspdimportnumpyasnp读取10X单细胞矩阵文件：matrix.mtx.gz（coo_matrix格式的sparse矩阵）、barcodes.tsv.gz

Nh_code·2022-12-10 19:33

单细胞测序数据分析-seurat使用（自学整理版）

一、数据准备10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv、genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv和genes.tsv

FF在努力·2022-11-28 20:44

单细胞测序的入门操作

（一）数据读入在GEO数据库中下载数据，分别有三种文件1.barcodes条形码，这是drop-seq进行细胞标记，每一个细胞都有自己的barcode2.features里面包含了基因的特征，ensembleid

yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

单细胞测序学习笔记（一）——细胞聚类和鉴定

SingleCellGeneExpressionDatasetbyCellRanger3.0.2的数据1.保持好习惯，先清空一下环境rm(list=ls())2.读取下载的数据，文件夹中包括三个文件：1.barcodes.tsv2

咸316·2022-11-21 14:43

OpenMV扫码识别

扫描识别视频讲解；二维码识别例程讲解；二维码生成网站目录条形码识别详解固定代码部分set_windowing（）函数讲解自定义函数详解死循环详解sensor.snapshot()函数详解image.find_barcodes

风正豪·2022-11-19 05:27

单细胞上游分析

从原始数据——得到文件夹filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，是下游Seurat、Scater

FionaMoon·2022-05-09 22:41

python实现扫描二维码图片，返回相关信息

目录一、模块准备二、代码解析三、代码展示一、模块准备这里需要用到PIL和pyzbar模块二、代码解析img=Image.open(image)Image.open(image)用来读取图片barcodes

knighthood2001·2022-05-07 13:33

R语言 | R语言分析琐碎

首先，文件夹下应该存在三个文件，分别命名为：barcodes.tsv.gzmatrix.mtx.gzfeatures.tsv.gz然后使用Seurat包中的，Read10X方法读取。

今天也是个妖精头子呀·2022-03-12 12:50

2022-01-12 Seurat官网单个样本标准流程

-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz三个文件是“barcodes.tsv

徐添添·2022-01-24 13:28

python中扫描条形码和二维码的实现代码

2，随便在网上找好两张截图3，frompyzbarimportpyzbarimportmatplotlib.pyplotaspltimportcv2#条形码定位及识别defdecode(image,barcodes

·2021-10-08 16:22

python单细胞测序分析教程-0 | 数据结构及操作

目录根据barcodes的名称获取数据的meta信息，或批量修改var或obs对象查看是否有重名的基因，或查看基因是否存在将Anndata导出为csv删除特定基因获取矩阵数据没有经过尺度归一化的rawadata

切瓜少年·2020-11-16 21:31

UPC

BarcodesTalk：https://hans.barcodestalk.cn.com/bar-code-numbersGS1：http://www.gs1.org/barcodes/ean-upc

鹏城云海·2020-08-21 22:05

1054. 距离相等的条形码

转载请声明地址四元君**1054.距离相等的条形码**题目难度Medium在一个仓库里，有一排条形码，其中第i个条形码为barcodes[i]。请你重新排列这些条形码，使其中两个相邻的条形码不能相等。

四元君·2020-08-18 05:59

用LeetCode复习Java基本语法（题号1054）

HelloJava.题目描述：在一个仓库里，有一排条形码，其中第i个条形码为barcodes[i]。请你重新排列这些条形码，使其中两个相邻的条形码不能相等。

机智的小透明·2020-08-09 23:58

python3 + opencv +pyzbar 摄像头检测二维码并获取二维码内容

代码直接复制运行即可，需要先安装opencv和pyzbar的包#coding:utf8importcv2importpyzbar.pyzbaraspyzbardefdecodeDisplay(image):barcodes

zx66zx·2020-07-12 20:30

python3+opencv+pyzbar 实现二维码扫描功能

测试了如下代码，亲测有效：代码如下(所需安装包我都是直接通过pycharm安装的)：importcv2importpyzbar.pyzbaraspyzbardefdecodeDisplay(image):barcodes

happy_leizi·2020-07-11 07:35

Nexus6P使用小技巧

一、查看出厂日期1.手机关机2.同时按电源键和音量下键，进入Bootloader界面3.按音量键进行上下选择，选中Barcodes选项4.按电源键，进入详情页5.按电源键，返回菜单页面6.按音量键进行上下选择

续写经典·2020-07-10 04:37

NFC(Near Field Communication，近场通信)相关

NearFieldCommunication，近场通信)相关NFCForum制定NFC相关的技术标准NFC认证测试NFC基础知识NFC是从多种不同技术基础上综合发展而来RFID技术路线，即无线射频识别技术（图左边）(Barcodes

brucelyu·2020-07-04 12:49

VeriCode 和 VSCode 2D Barcodes:它们的数据容量是2D条码中最大的

VeriCode和VSCode2DBarcodesVeritec是获得专利的VeriCode和VSCode安全二维条码的发源地。VeriCode和VSCode是市场上最安全的二维条码，因为它们具有专有性质。它们的数据容量是2D条码中最大的（VSCode超过4000字节）。它们是市场上最强大的二维条码，在较小的空间内具有更多的数据容量。VeriCode和VSCode符号可以编码和标记约98%的所有材

哲想软件·2020-04-27 00:00

Monocle拟时间分析随笔

输入文件导入方法Monocle拟时间导入数据方式有两种，一种是通过导入Seurat对象，一种是导入cellranger输出的表达矩阵（三个文件barcodes.tsvgenes.tsvmatrix.mtx

尧小飞·2020-02-01 19:41

Java实现：LeetCode距离相等的条形码

题目：代码：publicclasstext5{publicstaticvoidmain(String[]args){int[]barcodes={7,7,7,8,5,7,5,5,5,8};int[]retBarcodes

Future_LL·2019-06-23 23:03

比赛

：pyzbar实现二维码扫面获取信息importpyzbar.pyzbaraspyzbarfromPILimportImageimage="test.jpg"img=Image.open(image)barcodes

Chen_RuiMin·2019-03-05 09:44

用 Python 和 OpenCV 检测图片上的条形码Detecting Barcodes in Images with Python and OpenCV

UPDATE:Theintroductiontothispostmayseenalittle“outthere”.Forsomecontext,IhadjustfinishedwatchingtheSouthParkBlackFridayepisodespriortowritingthispostsoIdefinitelyhadsomeinspirationregardingzombieshopp

GarfieldEr007·2016-05-11 17:00

Dapper 条件语句(Where) 中参数使用

publicstaticListGetECInputList(DateTimebeginDate,DateTimeendDate,string[]barcodes,string[]paraTypes)

巴别通天塔·2016-02-04 20:00

hdu 3724 Encoded Barcodes

http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=3724 简单字典树只不过数据处理有点麻烦代码： #include<iostream> #include<stdio.h> #include<string.h> #include<math.h> #include<algorithm>

·2015-11-13 13:53

C#扫描仪编程、条形码识别编程资料

www.cnblogs.com/wubh/archive/2011/11/07/2239178.html 图片条形码识别资料：http://www.codeproject.com/Articles/42852/Reading-Barcodes-from-an-Image-III

·2015-11-12 10:11

hdu - 3724 - Encoded Barcodes

题意：有N个产品，名称由小写字母组成，有M个询问，每个询问先来一个K，再输入K个条形码，每个条形码代表1个小写字母，这K个条形码连成连续的K个字母作为前缀，统计这个前缀是多少个产品名的前缀（重复的算多次），输出M个询问的统计个数和（1 <= N <= 10000, 1 <= M <= 2000, 0 < K <= 30, 产品名长度 <= 30）。题目

·2015-11-11 04:02

hdu3724Encoded Barcodes(Trie tree)

题目请戳这里题目大意：给n个字符串，给m个询问，每个询问给k个条形码。每个条形码由8个小码组成，每个小码有相应的宽度，已知一个条形码的宽度只有2种，宽的表示1，窄的表示0。并且宽的宽度是窄的宽度的2倍。由于扫描的时候有误差，每个小码的宽度为一个浮点型数据，保证每个数据的误差在5%内。所以一个条形码可以对应一个ASCC码，表示一个小写字母。k个条形码表示一个字符串s，每个询问表示给定的m个字符串

·2015-11-07 12:43

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