Biopython

Biopython提取和分离复合体PDB文件中所有链的结构信息

从蛋白质复合体的PDB文件中提取每个链的结构信息，并保存成单独的pdb文件。示例代码fromBioimportPDBdefextract_chain_sequences(pdb_file,output_dir):"""从PDB文件中提取所有链的序列，并保存为独立的PDB文件。:parampdb_file:蛋白质复合体PDB文件路径:paramoutput_dir:输出目录，用于保存各链的PDB文件

qq_27390023·2024-09-14 17:53

Biopython从pdb文件中提取蛋白质链的信息

使用Biopython的PDB模块可以方便地解析PDB文件并提取你需要的信息。

qq_27390023·2024-09-10 17:08

pythonnet-C#调用python脚本-含matplotlib+biopython

本地环境：win10，.NETCore6，Python3.9.13，pythonnet3.0.3测试的包：biopython1.82，matplotlib3.5.2参考：GitHub-pythonnet

陆沙·2024-09-01 11:11

计算叶绿体基因组LSC/IR/SSC的GC含量

我这里使用python和biopython，关于python和Biopython的安装可以参考我的B站视频https://www.bilibili.com/video/BV1sA411x7xmhttps

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 23:48

用Python做生信分析--环境配置

文章目录pandas模块安装方法查看pandas是否安装好，以及版本的查看numpy模块安装方法查看numpy是否安装好，以及版本的查看biopython模块安装方法查看biopython是否安装好，以及版本的查看

Xxxx. .Xxxx·2023-12-31 20:36

Python-44 用Biopython计算DNA/RNA的GC含量和分子量 2020-08-25

具体实现与解释如下：fromBio.SeqUtilsimportGCdna=("GCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTTATGGGTCGTTGGAAGGGTGGTCGTGCT")dna1=("GACC")CONTENT=GC(dna)#计算GC含量print("GCcontentis")print(CONTENT)fromBio.SeqUtilsimportmole

RashidinAbdu·2023-12-28 20:18

利用Biopython来进行序列比对

Biopython为序列比对提供了广泛的支持。我们今天从最简单的两条序列比对开始，

生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

Genebank文件.gbk转fasta格式文件

这里用到python中Biopython包完成。步骤：1.安装Biopython包，在anacondaprompt中使用pipinstallbiopython或在Spyder中使用!

队长的生物实验室·2023-11-22 23:52

Biopython的安装（使用pip）

2020-02-191、pip安装biopythonpython#查看确认python已安装pipinstallbiopython#1）使用pip安装biopython；#2）然后返回顺便给我安装了biopython

暮色下的烟波澜·2023-11-21 05:39

clermontyping安装使用

executables/LATEST/ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gztarzxvpfncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz1.2Biopython

Odd_guy·2023-11-15 22:15

PubMed数据采集及存储到MySQL数据库的Python实现

我们将使用Python的Biopython库来实现PubMed数据的获取，pandas库用于处理数据并创建DataFrame，以及

代码飞翔·2023-11-11 13:22

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

以下是安装和使用MetaPhlAn4的步骤：安装MetaPhlAn4：裸机环境，手动安装（1.安装依赖项：MetaPhlAn4需要Python3.7以上的版本（建议使用Anaconda环境），同时还需要安装Biopython

小果运维·2023-10-29 11:03

biopython在pip以后import报错

3.7.4用pipinstallbiopython成功后，发现importBio一直报错，最后经过一番折腾，在https://stackoverflow.com/questions/49848517/biopython-no-module-named-bio

Devin561·2023-09-19 23:21

报错 | Bio.Alphabet has been removed from Biopython

YoucansolvethisbydowngradingBiopythonto1.77：condainstallbiopython==1.77

biogeeker·2023-09-04 07:59

BioPython ① | 统计蛋白序列中20种氨基酸的的个数和频率

统计蛋白序列中20种氨基酸的的个数和频率题目MNAPERQPQPDGGDAPGHEPGGSPQDELDFSILFDYEYLNPNEEEPNAHKVASPPSGPAYPDDVLDYGLKPYSPLASLSGEPPGRFGEPDRVGPQKFLSAAKPAGASGLSPRIEITPSHELIQAVGPLRMRDAGLLVEQPPLAGVAASPRFTLPVPGFEGYREPLCLSPASSGSSASF

Dream of Grass·2023-08-30 02:51

为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？

ncbi_blast.pngNCBIWWW基本用法首先，我们来看一下提供了基于API在线比对的Biopython模块。

BioIT爱好者·2023-08-28 12:09

gff格式转gggenes的输入格式

其实这种问题应该用biopython解决才是正解，但本人才疏学浅，就暂时这样快速瞎搞一下。

江有枫xx·2023-08-25 07:27

Biopython序列比对

从InterPro网站（https://www.ebi.ac.uk/interpro/download/Pfam/）下载多序列比对文件Pfam-A.seed.gz（含多个多序列比对）wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.seed.gz解压，取第一个多多序列比对文件catPfam-A.seed|wh

qq_27390023·2023-08-13 11:14

Anaconda命令大全

2管理运行环境(1)创建新运行环境condacreate--namesnowflakesbiopython创建名为snowflakes的新运行环境，其中包含包biopython(2)激

ZHOUZAIHUI·2023-07-16 08:08

关于msms、biopython_residuedepth.py学习

问题：使用biopython中Residuedepth的时候，出现报错：显示未安装msms1、介绍（1）MSMS是一种生物信息学工具，全称为MolecularSurfaceandMolecularVolumefromMS

一条咸鱼在网游·2023-04-17 12:17

Biopython之序列输入

Biopython1.序列输入主要功能是Bio.SeqIO.parse()获取filehandle（或文件名）和格式名称，并返回SeqRecord迭代器。

多啦A梦的时光机_648d·2023-04-07 17:52

Biopython学习笔记（四）访问NCBI Entrez数据库

当然你也可以使用Biopython的Bio.Entrez模块来访问Entrez。Bio.Entrez利用EUtils，包含８个工具，具体请见https://www.ncbi.nlm.

生信start_site·2023-04-04 10:26

Biopython学习笔记（三）Blast

这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，并作进一步分析。

生信start_site·2023-04-01 06:00

python操作gff格式注释文件的简单小例子

这里借助biopython模块参考链接是https://biopython.org/wiki/GFF_Parsing这里BCBio模块里GFF()函数解析的内容和Bio模块里SeqIO()函数解析的内容很像

小明的数据分析笔记本·2023-03-17 10:27

安装ribotree-利用蒙特卡洛搜索树的RNA设计工具

目录1安装依赖1.1安装arnie1.2安装DegScore1.3安装RiboGraphViz1.4安装biopython1.5安装Eternafold1.6安装linearfold和linearpartition2

June vinvin·2023-03-16 12:59

2021-01-15 基因组注释文件gff3转 gtf格式

gffreadcondainstall-cbiocondagffread安装好之后，一条命令搞定gffreadHC.gff3-T-oHC.gtf反过来也可以gffreadHC.gtf-oHC.gff3如果没有linux系统，那么可以采用biopython

小郑的学习笔记·2023-03-15 01:44

python sys.path.extend,如何设置Cygwin上的PYTHONPATH？

itsaysthatifBiopythondoesn'tworkI'msupposedtodothis:exportPYTHONPATH=$PYTHONPATH':/directory/where/you/put/Biopython'ItrieddoingthatinCygwinfromthe

玲珑阁玉韦·2023-01-06 21:40

Biopython教程

Biopython教程参考：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html蛋白质文件获取Entrez方法fromBioimportEntrezEntrez.email

发呆的比目鱼·2022-12-31 08:26

DNA-蛋白翻译过程的Python实现

看了一些别人的翻译工具，我也想尽量把代码写的完整一点，在这个过程中首次接触并使用了BioPython，目前看起来还是很好用的。代码#!

EmmettPeng·2022-12-14 01:15

biopython 【1】简单介绍【常用板块、安装】

【学习】https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/111714256Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体

一条咸鱼在网游·2022-11-11 07:10

EDTA-重复序列注释

//github.com/oushujun/EDTA安装condacreate-nEDTAcondaactivateEDTApython2-mpipinstall--usernumpy==1.14.3biopython

斩毛毛·2022-09-02 13:21

根据ID从FASTA文件中批量提取序列(Python,seqtk,seqkit),参考“冷月”, "Nickier"," 苏牧传媒"

根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情，有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条，我自己写写了一个，太慢了；后来发现Biopython官方文档里面“Cookbook–Coolthingstodowithit

1c43f522e1c3·2022-02-21 19:18

2018-12-25 R markdown 学习记录

现在开始涉及了R，之前用的都是python，发现如果画图和做统计，还是R方便一点，当然最近使用了biopython,biopython也很好啊，可能两个我都是不是很熟练。

小郑的学习笔记·2022-02-11 05:22

在ProtParam 批量预测蛋白序列理化性质参数

此外直接用Bioperl写脚本也可以，Biopython不确定是否可以。

EZ·2022-02-03 09:51

利用python自NCBI下载fasta和genbank文件

有时想打开NCBI网页下载文件时会一直在那里转圈圈，本来很简单的一件事有时却要浪费好长时间；恰好最近在学习Bioinformaticswithpythoncookbook这本书里的内容，其中一小部分提到利用Biopython

小明的数据分析笔记本·2021-06-22 13:07

蛋白质内部氨基酸之间的相互作用①（python、R语言）

使用典型的pdb文件，可以使用类似于Biopython文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：计算直接来自pdb数据库的数据首先要现在pdb数据库中将4TWU.pdb文件下载下来。

柳叶刀与小鼠标·2021-06-21 07:13

批量下载GenBank基因序列数据（指定物种、指定基因）

工具：Biopython#fromBioimportEntrez#加载包#fromBioimportSeqIO#加载包个人联系邮箱：Entrez.email="[email protected]"#youremailEntrez.api_key

雨林课堂·2021-05-28 11:07

2018-12-26 Biopython 介绍

最近想自己整理出一套离线的，方便序列处理的脚本，后来网上查了查，biopython可以实现，刚好我python有点基础，就直接学习一下，方便我后续学习。

小郑的学习笔记·2021-04-19 19:11

Biopython学习笔记（一）

那么这有一个软件叫Biopython（官网https://biopython.org/），这个软件可以帮助我们实现这一目的。

生信start_site·2021-04-18 15:58

Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27

gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件，在实际分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff转换gff格式的需求image.png方法请参考先安装Biopython

SnorkelingFan·2021-04-15 01:33

Biopython （一）安装与介绍

被朋友安利一个专门用于处理生物信息学的工具箱“Biopython”，别人用python开发的小工具直接拿来用用也是很省时省力的，好吧，学生信就从“调包侠”开始做起吧！

徐诗芬·2021-04-13 02:07

利用Biopython 快速根据pmid 来下载参考文献信息

之前用的常规爬虫思路（importrequests，frombs4importBeautifulSoup）来下载文章题目，作者，来源等信息时，偶尔会出现各种问题，有那个调试的时间，就自己根据biopython

爱笑的小牙·2020-08-25 17:01

利用Python获取最新的sci论文摘要信息并群发邮箱

快乐小夏·2020-08-25 01:02

Biopython学习笔记（二）序列的分析

在学习Python:最开始的开始（入门教程+软件安装）文章里我提到过一本针对python小白入门的书，看完那本书再看Biopython这一章的内容会非常容易理解。

生信start_site·2020-08-09 04:02

ncbi和ensembl上的序列下载

使用语言：python3从ncbi上下载序列的话，python有一个对应的包，好像是ncbi官方支持的，就叫biopython，省去了去ncbi里找API。

Vic_Hall·2020-07-29 16:36

序列对象

生物信息学中的主要对象毫无疑问就是生物序列,在本章中,我们将介绍Biopython中的技巧来处理序列--Seq对象。

XIUXIU179·2020-07-15 19:46

pip安装biopython

pip安装biopython的步骤如下：1、法1：点运行，输入cmd进入终端，输入d:，cd,Anaconda2\Scripts(biopython的安装路径）；法2：在文件中找到Anaconda2目录下的

Oliver-nana·2020-07-12 19:57

python包-biopython安装 ModuleNotFoundError

python包-biopython安装https://biopython.org/wiki/Download安装pipinstallbiopython使用>>>fromBio.SubsMatimportMatrixInfoTraceback

想有钱_hua·2020-07-12 11:37

Rosalind工具库：使用Biopython处理生物数据

DNA互补链ComplementingaStrandofDNA根据Waston和Crick的双螺旋学说，DNA是存在两条链，并且根据A-T,C-G反向互补。由于DNA存在两条链，因此在分析基因组DNA序列时，我们需要要对这两条链分别处理。处理这个任务的工具有很多种，比如说EMBOSS/revseq.问题：给定FASTA格式的DNA序列，判断在这些序列中，有多少条序列的反向互补链和原来的链是相同的。

weixin_34223655·2020-07-12 09:06

Biopython 模块处理Seq序列方法

Biopython模块1.序列赋值Bio.Alphabet.IUPAC提供蛋白质、DNA和RNA的基本定义，并提供扩展和定制基本定义的功能。

weixin_30940783·2020-07-12 07:18

推荐频道