Blast

《大话移动通信》p345-365

在这一理论的指导下，BLAST（BellL技术应运而生，接下来具体分析了BLAST技术的和MIMO技术。
hefengjiao32·2020-03-01 13:56

Bigbang～BLAST

一声巨响，NCBI为生命科学带来了BLAST背景知识发展进程：上世纪80年代中后期，核酸、蛋白质序列与结构的数据库中积累了大量的数据。
刘小泽·2020-02-28 08:25

11月7日 本地blast (二）

参考http://blog.csdn.net/flyfrommath/article/details/52945586http://blog.shenwei.me/local-blast-installation
小郑的学习笔记·2020-02-27 01:47

De novo 基因组GO 注释小窗口

关于GO注释的心得体会目前对于GO功能注释的思路有以下常见的三种：1、BLAST+InterProScan=>OmicsBox可以先通过使用blastp进行nr注释，那么问题就来了，nr数据库截至2018
詹梦涛·2020-02-24 13:44

序列比较中ClustalW和BLAST的区别

序列比对是生物信息学研究中一种常见且经典的手段。经过多年的发展，序列比对也诞生了很多种方法，这篇文章选择讨论的是两种比较常见的序列比对方法，选择哪种比对方法也是科研中容易踩坑的一个点。BLASTBLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)算法是1990年由Altschul等人提出的两序列局部比对算法，采用了一种短片段匹配算法和一种有效的统计模型来找出目的序列和数据库之间
LeoinUSA·2020-02-19 15:38

【CocosCreator入门】Animation动画的制作和使用（上）

1.我这里新建一个节点，命名为blast(爆炸)2.选中这个节点，然后选择下面的动画编辑器选项卡3.点击添加Anima
真诚的狗子·2020-02-19 12:45

用Python设计PCR引物: Primer3-py 初识

Primer-BLAST、PrimerPremier都是比较经典的软件，除此之外还有很多新的在线设计软件，也很方便。
Icystone·2020-02-18 11:24

biostar handbook(八)|高通量数据分析初步：序列比对

解决这个问题不能直接使用传统的比对工具，比如说BLAST，因为它们的任务是找到最多的联配，而短序列比对工具则是要快速从众多潜在可选联配中找到最优的位置。也就
徐洲更hoptop·2020-02-17 12:40

Blast，Blast+，Diamond比较

1.Blast（1）格式化数据库formatdb-idb.seq-pT-oT-llogfile主要参数：-i输入需要格式化的源数据库名称-p文件类型，是核苷酸序列数据库（F-nucleotide）/蛋白质序列数据库
bioin·2020-02-16 01:21

离线blast构建及运行——基于R

因工作需要，需要构建一个本地的blast库，同时需要自动的提取ab1测序文件的序列进行blast。这里就记录一下具体的代码。
xhog·2020-02-13 18:48

windows下安装hmmer软件进行结构域模式扫描

虽然他也可以当做Blast的替代工具（…并不能提高效率，但能提高敏感度），但我认为，其最大的优点在于他可以基于序列模式进行检索。
生信札记·2020-02-13 11:25

2018-02-06-blast 与 diamond 的区别

一、NCBIblast+1.安装配置BLAST+程序在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序
Dayueban·2020-02-10 20:53

超简单python脚本实现从resfinder+blast下机数据到csv抗性基因矩阵

今天还是在做张阿姨的项目，还是那100多个菌，她说要blast一下抗性基因，那就比咯，最出名与权威的的细菌抗性基因库自然肯定是resfinder了。
瓶瓶瓶平平·2020-02-10 09:48

在Windows系统中搭建本地Blast序列比对环境

局部序列比对即我们常用的NCBI上的Blast工具。在生物信息数据分析中，也经常要进行Blast比对，从而进行序列注释。
孤雪傲寒·2020-02-08 19:24

干货 | PCR引物设计，3款在线软件就能搞定！

No.1：NCBI的Primer-Blast推荐指数：五颗星理由：这个工具整合了目前流行的Primer3软件，且加上NCBI的Blast进行引物特异性的验证；可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。
华联科生物·2020-02-08 18:51

盲人摸象与BLAST 算法

“看到BLAST算法，我一下子想起了盲人摸象这个小故事，只不过这一次，要讲一个新故事了，权且叫它‘新盲人摸象’吧。”国王有一天突然想和当初玩摸象的盲人再玩个新游戏，就把一个自己最喜爱的盲人叫了过来。
法布尔的小阁楼·2020-02-07 18:42

Jelly Blast.

Anaddictivematch-3puzzlegame.Inthisgameyoutapon3similarcolorjellytomakethemsplashtocompleteallthelevels.Withspecialsweetjellyitemsandsurprisedyouwillbejollywhenplayingthegame.Getyourjellyreadyforanewc
wangzhaodong·2020-02-07 01:18

阴云密布

攻击Blast：对于第ii个基本技能，如果它是攻击，设能量值xx，那么伤害为(x+1)\cdotA_i(x+1)⋅Ai。然后能量值清0。充能Charge：对于第ii个基本技能，如果它是充能，那么
咸鱼叁号xy·2020-02-06 20:00

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、 引物设计、BLAST 序列比对等

NCBI的使用：Partone如何查找基因序列、mRNA、PromoterParttwo如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Partthree运用STS查找已经公布的引物序列Partfour如何运用BLAST
weixinsuoxian·2020-02-06 09:50

生信软件：Blast（本地）

转载自：https://www.jianshu.com/p/a912ad4a8dee有部分改动Blast，全称BasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部比对算法的搜索工具"
东风008·2020-01-10 20:51

best reciprocal hit

做两个物种的ortholog找两个物种的进化关系，如果距离远的话就把e值放大一些（根据文献）BLAST所谓BLAST既是：basiclocalalignmentsearchtool局部序列比对基本检索工具
Redshape·2020-01-04 20:56

这或许是我写的最全的BLAST教程

Basiclocalalignmentsearchtool(BLAST)包括：blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可。
徐洲更hoptop·2020-01-04 08:15

MegaBlast—更快得定位目标序列

注：不会介绍基本的blast用法，只是介绍如何开启MegaBlast。什么是MegaBlastMegaBlast
银色麦穗·2020-01-01 21:29

Marble Shooter Blast

Anaddictivemarbleshootergame!Challengethedarknesswithyourswiftorbmatchingskills,mightymagicalenchantmentsandearthshakingpowerups.Matchtheorbsbeforetheyfallintotheabyssandfindyourwaythroughmysteriousla
MTHAPP·2019-12-30 23:31

生物信息常用数据库

NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation：美国国立生物技术信息中心，包含PubMed、GenBank、RefSeq、GEO这些数据库；搜索引擎：Entrez；比对工具：BLAST
红丸张·2019-12-30 18:34

奈奈和娜娜

再看看BLAST这边，泰的光头太减分了，就算不光颜值也比较路人。就像弹幕里刷的“看着像僧侣
柳夜刀·2019-12-28 16:45

Blast

Blast，全称BasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。
晓佥·2019-12-28 04:36

使用clusterProfiler包对非模式生物进行GO和KEGG的富集分析

我们可以通过Blast2GO、KAAS或InterProScan等软件获得相应物种的GO和KEGG的注释结果，通过enricher函数以及TERM2GENE
Davey1220·2019-12-25 16:30

分享12款令人瞠目结舌的WebVR演示和实验效果

在这篇资源分享帖中，我们将介绍很多基于浏览器的VR演示和游戏，帮助你更好的了解目前webVR实现的那些让你吓掉大牙的特效，当然，如果要看到完美的演示效果，请确认你的浏览器兼容性哈~~A-Blast一个超棒的竞技类游戏
小小孩儿的碎碎念·2019-12-17 12:09

11月10日 本地blast （四）

本地blast用法最好的办法就是看NCBI官网的介绍：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/摘录一些如下：哈哈，我找到了昨天没有弄好的PATH,ncbirc
小郑的学习笔记·2019-12-16 13:22

使用 Gear VR 在《 Gun Blast 》中横扫一切恐怖分子

支持三星移动头显GearVR的第一人称射击游戏数量相当丰富。CCPGame的《Gunjack》，ClimaxStudios的《BanditSix》和《BanditSix:Salvo》等等，现在，又有一款新的游戏要被加入这个名单中，那就是从模拟游戏改编来的《GunBlast》。这是一个非常简单的射击游戏，玩家在敌人营地前面的固定位置控制一门大炮，主要任务就是尽快杀完从建筑物或者帐篷中涌出来的敌军。敌
ty晌午之月·2019-12-14 00:17

应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明

如何使用MUMmer比对大片段序列测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。
徐洲更hoptop·2019-12-13 23:58

TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2

基因-共线性的定义与常见算法原理物种内的共线性分析文件准备（物种比对到自身的.blast文件，物种基因信息文件.gff文件），运行MCScanX，输出collinear和tandem文件基因家族成员的来源分析
Y大宽·2019-12-06 16:28

ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table

方法一:基于BLAST基于BLAST的方法需要你提供一个染色体级别组装的近缘物种。需要提供4个文件，近缘物种的CDS和GFF文件，多倍体物种的CDS和GFF文件。最重要的是，你得保证CDS序列中的
徐洲更hoptop·2019-12-02 06:53

应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程

eggnog-mapper实现功能注释eggNOG-Mapper介绍通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO，或者是InterProScan。
徐洲更hoptop·2019-12-02 02:26

Linux3天培训总结

语言要做的作业，先附上链接，方便查找今晚继续练习linux哈，最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast
小梦游仙境·2019-11-08 10:39

分析记录|细菌基因组功能注释

功能注释需要faa蛋白序列，prodigal的pep就是蛋白序列1.BLAST数据库注释1.blast需要blast的分析项目：nr,trembl,pfam,cog,cazy,swissprot,vfdba
琼脂糖·2019-11-08 10:20

11月 6日 本地blast (一）

这几日学习比较忙，都没有做笔记，想整理的时候发现还没有整理好，就从6号开始吧先来理解几个基础概念摘自中山大学生科院生物序列的相似性是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较生物序列的同源性指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B
小郑的学习笔记·2019-11-08 01:26

windows 下的blast+安装以及使用

blast+的安装1.程序下载：访问blast本地软件包链接blast_latest下载适合自己系统的blast版本。
井底蛙蛙呱呱呱·2019-11-04 11:15

本地blast使用技巧之repeat mask

我们在使用NCBI的网页版blast进行检索时，会发现blast的速度很快。但在自己本地使用的时候，有时却会慢得出奇。
银色麦穗·2019-10-31 06:05

【高频考点】高中英语近年阅读理解高频词汇超全汇总(上）

/n.突然发生,爆裂3.disposevi.除掉；处置；解决；处理(of)4.blast
高考网·2019-10-26 00:00

Blast在windows下的使用过程

老师要做一个关于生物信息工程的网站，一个同学要负责网站的搭建，让我来研究blast。但是这个软件的教程太少了，在看的过程中走了不少弯路。写个文章记录一下，以便以后使用。同时还会根据项目的进程进行更新。
牧水·2019-10-24 19:00

Beacon Designer：为所有主要qPCR测定设计具体且有效的寡糖

通过自动解释BLAST结果和避免模板结构，设计成功的SYBRGreen,TaqMan,HRMAPrimers,MethyLightTaqMan,LNAspikedTaqMan的分子信标、Scorpions
哲想软件·2019-09-29 00:00

用viroblast搭建本地blast网站

写在前面由于我们实验室的主要研究对象是荔枝，而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息，所以使用起来不是那么方便。
老饕_Ljw·2019-09-27 21:46

使用python实现BLAST

最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gapopen和gapextend。'''''
·2019-09-23 02:10

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

根据DIAMOND介绍，它有以下特点比BLAST快500到20,000倍长序列的移框联配分析(frameshiftalignment)资源
徐洲更hoptop·2019-08-28 21:48

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

根据DIAMOND介绍，它有以下特点比BLAST快500到20,000倍长序列的移框联配分析(frameshiftalignment)资源
徐洲更hoptop·2019-08-28 21:48

本地blast试运行

Linux由于服务器上已经安装有Blast+，所以就没有安装的步骤啦！
miao_hzaupo·2019-08-28 17:24

「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系。在分析之前，你需要从PhytozomeV11下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保证文件夹里有如下内容Alyrata_384_v
xuzhougeng·2019-07-14 18:52

生物信息学

一、生物信息学研究方向：1.序列比对：BLAST算法、FASTA算法。2.蛋白质比对。
晓佥·2019-05-30 10:48
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