Blast

本地Blast配置

https://qinqianshan.com/ngs/mapping/localized-blast/http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/https
赵会成·2019-05-19 10:53

WGD (Whole Genome duplication)

wgd-simplecommandlinetoolsfortheanalysisofancientwholegenomeduplications运行环境Python3.5&Python3.6onLinuxUbuntu依赖软件Forwgdblast:BLAST
生信小白2018·2019-05-17 17:44

shell

#本地blast命令formatdb-t"name"-isequence.fasta-pF-oTblastall-iquery.fasta-ddatabaseprefix-oblast.out-pblastn-e1e
小熊熊爱睡觉·2019-05-15 20:01

linux服务器上的blast比对（my version：ncbi-blast-2.8.1+）

一：安装blast1.下载blast:$wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-
多啦A梦的时光机_648d·2019-04-12 11:10

psiblast生成pssm矩阵及psiblast参数详解

PSI-BLAST:敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对：一般用来生成pssm打分矩阵其常用命令有USAGEpsiblast[-h][-help][-import_search_strategyfilename
Bruce chen·2019-03-28 22:20

windows平台本地化blast2.8.0（构建NR本地数据库，批量生成pssm打分矩阵）

本文的主要内容分为1、下载blast+程序2、下载nr数据库，也可选择下载nt数据库或其他数据库，操作一样。
Bruce chen·2019-03-28 22:33

转录组数据库的基本使用（一）-GO数据库

很多测序公司通常使用以下数据库：GOhttp://www.geneontology.orgKEGGhttp://www.genome.jp/kegg/NRftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast
Agarose·2019-02-18 17:18

如何让BLAST返回最优的一个搜索结果，看看你没有有进坑

BLAST作为最常用的一个序列比对工具，对于大多数用户而言，都是用于找找一个基因在其他物种的同源基因，或者看看一条引物在基因组上是否有多处匹配，大多不会限制输出的匹配数目。但是对于一些分析流程，你
xuzhougeng·2019-02-18 10:52

vs2015编译zlib静态库步骤

下来即可www.zlib.net截至目前最新版本1.2.1.1本如下图我选择从官网下载下载完以后解压得到源代码目录结构大致如下amiga├─contrib│├─ada│├─amd64│├─asm686│├─blast
轻风々·2018-12-17 10:00

MCScanX

MCScanX使用方法：首先需要得到物种的蛋白序列以及基因组注释文件：fasta与gff然后通过本地blast建库：$makeblastdb-inat_final.pep.fasta-dbtypeprot-parse_seqids-outat
天骏·2018-11-16 21:47

使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析

blast大家一定熟悉吧,最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。
Neal_Bio·2018-10-11 09:16

windows平台进行本地blast

windows平台进行基本三部曲安装，点击此按钮下载寻找exe下载安装即可建库makeblastdb.exe-inunigene.fasta-dbtypeprot-outunigene.db注意：若建立的是氨基酸数据库，则-dbtype相应的改为nucl图片.png比对blastn.exe-querymsh.fasta-outblast.out.xls-dbunigene.db-evalue1e-
沙漏_odinidoer·2018-07-30 15:12

线性表维护(67)

structst_node{stringk;structst_node*next;};typedefstructst_nodeptype;typedefptype*node;noderoot,last,p,back,blast
Datura_Metel·2018-05-16 20:18

线性表维护(67)

structst_node{stringk;structst_node*next;};typedefstructst_nodeptype;typedefptype*node;noderoot,last,p,back,blast
Datura_Metel·2018-05-16 20:18

BLAST使用

一、介绍全称BasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部比对算法的搜索工具"Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject
Doris_xixi·2018-04-23 17:29

【CocosCreator入门】Animation动画的制作和使用（下）

1.创建一个节点，并命名为bomb：为了演示这次的内容，我们把上次的blast先隐藏掉2.为bomb节点添加上Animation组件：
可爱的土黄色的狗子·2018-01-17 10:30

友谊天长地久

这里可以用blast来表示开心，做某事很开心，也可以用这个词，比如：Readingthebookwasarealblast.生活就是这样，美好的日子会
葛小婷·2017-12-26 00:21

序列比对与blast

4、BLAST(BasicLocalAlignmentSearc
pearlp·2017-12-21 11:55

如何搭建一个网页版的BLAST服务器

如何搭建一个网页版的BLAST服务器胖丫今天跟我说：“师兄，再来给我调调网络呗？公共BLAST服务器太慢了，半天刷新不出来！”
msw521sg·2017-12-20 18:00

Python爆破二级域名

说明可以多线程批量爆破二级域名帮助信息sub_domain_blast_help.png代码#!
cws·2017-12-04 04:42

向左向右终是殊途同归，再看两个“NANA”

大崎娜娜生长在一个北方的小镇，在家乡曾和情人莲，朋友泰、伸夫一起组建了乐队“BLAST”。后莲因其自身发
在二次元里对话时间·2017-10-29 13:18

测序与平台

学员分享-Chip-seq实战分析流程从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程浅谈Blast&Blat
王诗翔·2017-10-23 18:08

关于P-value，及显著与多重检验校正

例如，通常说的Pvalue（Evalue是blast中一种特殊的pvalue）小于1%，就是说我们做出了一个判断，但这个判断
sober01·2017-10-14 16:29

学习BLAS库 -- BLAS库简介

BLASTechnical(BLAST)Forum负责规范BLAS函数接口,并在网站[1]公布一个由Fortran语言编写的BLAS库。
cocoonyang·2017-03-18 01:16

Marble Ball Blast

Anaddictivemarbleblastgame!Howtoplay:-Shoottomatchcoloredmarblesingroupof3ormore;-Moremarbles,higherscore;-CreateCombostocauseachainreactionandearnmoreopportunitiestogetawardingitems.Highlightedfeatur
XiYingFang·2017-03-07 21:25

生物信息学入门级的常用软件

十年前的生物信息做一个CLUSTALW序列比对，用PHYLIP算一个进化树，上NCBI做一个BLAST，最常用的东西：1，你需要会用Linux，会使用bash2，高于入门级的统计学知识，以及一门统计
11010tianyi·2017-03-05 09:10

QT 图形视图框架之角色移动

继续学习图形视图框架~唔，因为要做游戏，游戏对象很多都需要持续的播放，所以把之前做的Blast类抽出动画来。。。
qq_17813937·2016-05-06 00:00

VMware Horizon工具箱2.1已发布支持Horizon7

前不久，也就是2016年3月底，VMware发布了最新的桌面虚拟化产品Horizon7，该版本引入了全新的Blast桌面连接协议，改进了带宽占用，提高了性能，同时引入了革命性的“即时克隆”桌面池，使得虚拟机的创建和定制化在秒级完成
桌面虚拟化·2016-04-06 14:46

VMware Horizon工具箱2.1已发布支持Horizon7

前不久，也就是2016年3月底，VMware发布了最新的桌面虚拟化产品Horizon7，该版本引入了全新的Blast桌面连接协议，改进了带宽占用，提高了性能，同时引入了革命性的“即时克隆”桌面池，使得虚拟机的创建和定制化在秒级完成
桌面虚拟化·2016-04-06 14:46

blast

blast是生物信息分析中比较常用的软件.sequenceserver最近想搭建一个局部的web界面的blast,搜到了sequenceserver.软件有一些bug,但是它会让你熟悉blast的整个流程
gada·2016-03-06 15:16

流水 20160225

麻麻粑粑去了宋城，明天才到乌镇～我不去了昨天买的枕头今天又忘记带回来，幸好亚丽师姐帮忙带回来今天是熊瑛师姐生日，教我用blast验证引物序列，好棒宋老师问为什么剪短头发，我说利索早饭是亚丽师姐帮忙刷的，
我是胡萝卜·2016-02-25 23:51

BLAST套件

Blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较；Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系；Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用；Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用
Sam_Yang·2016-01-25 11:00

BLAST套件

Blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较；Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系；Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用；Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用
Sam_Yang·2016-01-25 11:00

Atom 特效插件activate-power-mode安装

网址：http://kushagragour.in/code-blast-codemirror/demo/index.html，中毒不浅吧！
_F0rest_·2015-12-25 11:00

FASTA序列格式详细说明

fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。
923534069·2015-12-14 15:29

FASTA序列格式详细说明

fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。
923534069·2015-12-14 15:29

FASTA序列格式详细说明

fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。
923534069·2015-12-14 15:29

blast命令解释

原文链接：http://blog.csdn.net/bangemantou/article/details/7726585 Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool
·2015-11-13 09:33

新东方四级核心词汇表

除掉；处置；解决；处理(of) 4.blast n. 爆炸；气流 vi. 炸，炸掉 5.consume v. 消耗，耗尽 6.split v.
·2015-11-13 02:20

Blast使用方法攻略

identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score Blast
·2015-11-12 22:36

AB-BLAST 与 WU-BLAST的不同点

Apart from bug fixes, the most outward differences in usage and appearance of AB-BLAST and WU-BLAST include
·2015-11-12 22:35

iptables:icmp-host-prohibited

nbsp;                前几日想用blast2go
·2015-11-12 14:46

【G-BLASTN 1.0正式发布】

【G-BLASTN 1.0正式发布】G-BLASTN使用GPU来加速NCBI-BLAST里的BLASTN模块，单块GTX780比四核CPU平均快6倍。
·2015-11-12 13:38

Vim 缓冲区与窗口 操作

2(:buffer 2)　　　　 切换缓冲区:bnext/bn (Ctrl 6)　　下一缓冲区:bprevious/bp　　　　上衣缓冲区:bfirst/bf　　　　　　  第一个缓冲区:blast
·2015-11-11 10:30

收藏网站

1.　http://songtaste.com/　　 SongTaste 用音乐倾听彼此   2.　http://www.visual-blast.com/ open source web
·2015-11-11 09:58

UVALive 4426 Blast the Enemy! --求多边形重心

题意：求一个不规则简单多边形的重心。 解法：多边形的重心就是所有三角形的重心对面积的加权平均数. 关于求多边形重心的文章： 求多边形重心 用叉积搞一搞就行了。 代码： #include <iostream> #include <cstdio> #include <cstring> #include <cstdlib>
·2015-11-11 05:52

Blast使用详解

Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。
·2015-11-11 05:02

poj3855Blast the Enemy!（多边形重心）

链接 1 #include <iostream> 2 #include<cstdio> 3 #include<cstring> 4 #include<algorithm> 5 #include<stdlib.h> 6 #include<vector> 7 #include<cmath&
·2015-11-10 22:09

研究生阶段丢失的文件

硕士研究工作 　　逻辑验证，CEGAR，自己相关文档，和代码 　　Blast， SLAM，D 　　以及自己讲过的相关文档和PPT 　　学长们讲的PPT相关文
·2015-11-10 22:25

本地blast详解

formatdb简单介绍: formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast
·2015-11-02 19:06
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