Blast 第4页

使用Henikoff框架对序列进行权重的原理和计算方法

2018.7.28星期六晴biolearn通过blast、hhblits或者其他方式构建的多序列比对（MSA）都存在大量的冗余，这些冗余的序列导致多序列比对的多样性较少并相较于其他序列来说提供较少的信息

biolearn·2023-01-26 03:51

Blast结果处理

1.说明该脚本旨在处理由本地版blast序列比对后结果，具体如下所述：blast输出格式如下所示(-outfmt="7qaccsaccscoreevaluepidentqcovsppos")：#BLASTP2.7.1

蓄起大胡子·2023-01-13 13:54

用正则表达式处理Blast结果

0.说明：该脚本和之前Blast结果处理的目的是一样的，只不过这次是用python的正则表达式来定义一个名为parse_blast()的函数来进行处理，感觉比之前那个更简单一些。

蓄起大胡子·2023-01-13 13:54

生物信息学Bioinformatics学习笔记（一）

生物信息学的研究内容生物信息学的应用领域第二章模式生物和生物信息学数据库资源第一节模式生物测序第二节三大核酸数据库第三节蛋白质数据库第三章生物信息学数据库查询第一节生物信息数据库的储存第二节GenBank中序列的获取第三节数据库文献的检索第四章序列分析第一节序列比对的内容SequenceAlignment第二节BLAST

cling5899·2022-12-19 13:18

通过matlab对比不同调制方式下的球形译码误码率仿真,包括BPSK,QPSK,8PSK,4QAM以及16QAM

目录1.算法描述2.仿真效果预览3.MATLAB核心程序4.完整MATLAB1.算法描述在BLAST检测中，目前采用的ZF(迫零)算法,MMSE(最小均方误差)算法,OSIC(排序连续干扰抵消)或ML(

我爱C编程·2022-12-06 02:04

本地BLAST的使用方法及基本操作步骤

文章目录BLAST+程序下载与安装基因组数据下载制作数据库BLAST叮！

你大佬来啦·2022-11-24 09:06

【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（一）

ProteinWave【技术】Sanger测序了一个蛋白质序列【算法】Needleman-Wunschalgorithm【数据库】PDB（ProteinDataBank，蛋白质3D结构数据库）【算法】BLAST

陈有朴·2022-11-20 03:42

blast与blast+使用（参数、输出文件格式）

一、BLAST+（NCBI发布于2009年）下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1、建库makeblastdb-indb.fasta-dbtypeprot-outdbname

纵春水东流·2022-09-28 16:33

OrthoFinder2：直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建

OrthoFinder2算法解读1）基因树的构建，寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，blast，mmseq2基因树的推断：DendroBLAST，其他的参考config.json2

陈有朴·2022-09-20 14:20

BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [nt] in search path解决办法

Blast网页版做生物信息的应该都用过，输入你想比对的序列或者fasta文件提交网页就能出来结果。但如果你想用blast的命令行模式，用法会跟网页版非常不一样。

生信讲师-老高·2022-09-08 04:42

BLAST（2.12.0+）使用记录

官方说明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/#appendices.Options_for_the_commandline_a一、Blast简介1

谁冒充我小叮当·2022-08-17 21:03

生物数据库介绍——NCBI

NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMedCentral、PubReader、Gene、theNCBITaxonomyBrowser、BLAST、Pimer-Bla

weixin_30871701·2022-08-14 00:05

如何确定基因拷贝数

而在生物信息邻域，如果该物种已经有比较完整的基因组，那么我们可以对目标的基因做一个全基因组的blast，匹配到几个区段，那么就有几个拷贝。但是，如果该物

小潤澤·2022-08-11 16:53

Windows本地化运行NCBI blast+

一、软件安装：下载软件包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/安装选择指定的路径，如本人的C:\software\NCBI

谢俊飞·2022-08-08 21:20

python 服务器批处理得到PSSM矩阵的问题

下载并编译用于比对的大型蛋白质数据库3.获取PSSM矩阵1）单条蛋白质序列的处理方法2）批处理获取的方法参考文献：1.在linux上安装psiblast最好新建一个python环境，因为我发现conda安装blast

·2022-07-21 14:23

物种内共线性分析——思路以及踩坑总结（二）

物种内共线性分析(MCScanX+BLAST+TBtools)数据要求：做物种内共线性分析的话主要需要的是全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。

生信技术·2022-05-28 01:23

利用r语言实现DNA双序列全局比对（Needleman-wunsch算法)

序列比对实验报告一．实验内容1.利用序列比对线上工具做序列比较2.Blast线上工具使用3.使用r语言实现Needleman-Wunsch算法二．实验目的1.掌握序列比对线上工具使用2.掌握双序列比对算法

七禾叶瓣·2022-05-09 00:23

Day7_测序知识

测序过程和原理测序原理：一代测序（Sanger测序）：（1）目前一代测序在验证序列（就是平时送公司测序返回来自己blast的那些）以及验证基因组组装完整性方面都是金标准。

萱_1014·2022-05-03 16:18

基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast

基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast基因组的序列提取，详情请看我之前的教程https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4下面讲如何在windows系统上用

啊辉的科研·2022-03-02 10:09

听说你还在用viroBlast搭建本地Blast网站？快换成美美哒SequenceServer！

写在前面刚开始整数据库的时候，用过viroBlast搭建Blast服务，详见用viroblast搭建本地blast网站-(jianshu.com)最近之前的数据库课题准备收收尾整出去，完善相关功能的时候

老饕_Ljw·2022-02-23 21:55

基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)

方法一：基于hmm模型的鉴定方法1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-36/fasta/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.gff3.gzArabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.a

pomela·2022-02-13 13:16

【现学现卖】序列比对之bit-score VS E-value

BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一个由NCBI开发的基础局部比对搜索工具。将查询序列与数据库中的序列进行比对，结果中显示有各种值。

乔伊nikkie·2022-02-11 17:34

本地化BLAST+进行目标序列比对

这样的查找可以通过本地化的BLAST+来实现。关于BLAST:BLAST软件能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询query)与一个数据库进行比较，并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。

Akoya·2022-02-10 03:38

blast+安装（2018-05-24）

下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1.下载wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/

简单点lili·2022-02-09 13:24

SV变异检测软件（2）-CREST的安装及简单使用

https://github.com/youngmook/CREST在运行CREST之前需要先安装以下几个软件及模块1.BLATBlat，全称TheBLAST-LikeAlignmentTool，可以称为"类BLAST

xianmao123·2022-02-07 13:28

文献笔记六十六：可视化展示blast结果的网页工具Kablammo

web-basedBLASTresultsvisualizer期刊及发表单位Bioinformatics2014UniversityofCalgary,Canada工具对应的链接http://kablammo.wasmuthlab.org/基本的功能是上传blast

小明的数据分析笔记本·2022-02-07 02:41

TBtools使用讲演课程-录屏-

而抽取信息却常常是最繁杂的，其中涉及大量简单的重复操作，包括序列提取，本地Blast，韦恩图分析....等等。于是，我写了TBtools这个小工具，尽可能逐一地替代这些操作。

生信药丸·2022-02-06 20:49

史上最全的BLAST本地化教程（四）DIAMOND: 超快蛋白序列比对软件

由于Nr数据库非常大，导致使用BLAST会消耗巨大的计算资源和时间。使用DIAMOND则能快500-20000倍，而获得和BLAST比较一致的结果。

生信分析秘籍·2022-02-06 10:43

基因家族鉴定流程（二）用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白

本文章将介绍①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用③用四种软件的实践操作，python/R绘制韦恩图，取交集序列

精神秃头生信小伙儿·2022-02-03 14:36

使用R语言包circlize可视化展示blast双序列比对结果

今天这篇文章记录用circlize这个包画圈图展示blast双序列比对结果的代码植物线粒体基因组类的文章通常会分析细胞器基因组间基因转移情况，基本的分析方法就是blast比对。

小明的数据分析笔记本·2022-02-03 04:03

eggnog-mapper功能注释

资料来源应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程1.eggnog-mapper介绍通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO，或者是InterProScan

搬砖养猪者·2021-09-14 08:31

大暮维人高规格画集开箱

限定大暮维人两本画集Sky&与&Blast两本装帧Blast比较一般如果只收一本推荐画集Sky。

只剩下自己_a7be·2021-08-30 21:11

基因家族鉴定 hmmer+blast (含hmmer安装)

策略hmmsearch+blast单独使用或者组合使用hmmsearch可以做两次，第一次使用pfam中的多序列比对结果构建模型进行搜索，筛选过结构域后，使用本物种的该基因家族的多序列比对结果再次构建模型

山竹山竹px·2021-06-27 05:23

序列比对，不止BLAST

之前我们介绍了序列比对的常用工具：BLAST，但是其运行速度慢的令人捉急。当我们遇到问题，要么解决问题，要么解决导致问题产生的人。如果不是给导师打工，怎么会出现这种问题（手动狗头）。

鹿无为·2021-06-26 19:18

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。

L_bd68·2021-06-24 20:59

BLAST结果可视化

老板就是上帝上帝说要有光，于是就有了光导师说要有可视化结果，于是我努力把结果可视化~前情提示为了知道测序reads中污染物的来源，我们之前学习使用了blast，甚至为了追求速度，我们进一步学习使用了blat

鹿无为·2021-06-22 21:34

【陪你学·生信】七、在数据库中检索相似的序列

所以用未知序列blast得到的结果可以对未知序列进行推测。当两个序列非常相似时，生物学家称之为同源。然而有一点不明确，就是什么程度的相似可以称之为“非常”相似呢？

乔伊nikkie·2021-06-21 00:19

基因组文章构成

1.genomesurvey数据过滤去除测序原始数据中可能包含低质量、接头污染以及含N过高的readsNT比对通过BLAST对下机数据过滤后的有效数据进行NT比对评估，如果有较高比例的序列同时比对到非近源物种的基因组上

颤抖吧__小虫子·2021-06-20 12:03

【陪你学·生信】八、序列两两比对的理论和操作

上一章介绍的是序列的BLAST操作——【陪你

乔伊nikkie·2021-06-20 10:03

插件 | 地表最强 Hmmer Search 界面工具

写在前面从某个物种中鉴定某个家族的全部成员，一般有两种操作：基于Domain，用hmmsearch等软件基于序列相似性，用BLAST等软件事实上，我个人是推荐第二种，尤其是目前绝大多数物种的基因结构注释存在问题

生信札记·2021-06-12 06:39

将Marker与多个物种blast结果输出位CSV文件的python脚本

我们很多Markers通过本地blast比对到多个物种的基因组上，来确定marker在不同物种基因组上的位置，为了方便查看结果，因此我写了一个脚本，只需要输入Markers文件和Blast结果所在的目录

邱俊辉·2021-06-08 01:44

BLAST的简单使用教程

BLAST（Basiclocalalignmentsearchtool），即基于局部比对算法的搜索工具BLAST包括blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda

大海龟啦啦啦·2021-05-26 20:30

Ubuntu 下Blast+工具的安装与环境配置

NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比对工具，也是很多基因家族鉴定工作中不可或缺的工具之一最近NCBI推出了Blast+的软件工具包因此我们在本文中就试一试在Ubuntu中安装和配置Blast

Yeyuntian·2021-05-08 00:15

BLAST

BLAST采用了一种局部序列比对的算法分析两个序列中的相似区域，并计算统计显著性。

七白七白七七白·2021-05-07 10:05

BLAST-The learning notes of the biostar handbook(7)

BasicLocalAlignmentSearchTool(BLAST)个用来比对生物序列的一级结构(如不同蛋白质的氨基酸序列或不同基因的DNA序列)的算法。

Hypdoctor·2021-05-02 14:43

biostar第八课 Blast

NCBI的blast说明书blast并不是最好的序列匹配工具，这个软件的调教偏向于高效率寻找可能的

bingli·2021-04-28 13:57

blast database

如何下载NCBINRNT数据库？先了解BLASTDatabases1.QuickStartGetallnumberedfilesforadatabasewiththesamebasename:Eachofthesefilesrepresentsasubset(volume)ofthatdatabase,andallofthemareneededtoreconstitutethedatabase.A

pearlp·2021-04-25 01:39

blast数据库文档说明（2018-06-03）

blast数据库说明地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/documents/blastdb.html更新于2017年3月6日文档中主要描述NCBI-FTP站点下可用的

简单点lili·2021-04-23 06:38

blast安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

木子土123·2021-04-21 12:46

linux下blast（2.7.1+）的使用

Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database

elaine0622·2021-04-20 14:46

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