fasta

refgenie：参考基因组下载商店

HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息(fasta

小贝学生信·2024-09-09 10:14

前端各种文本文件预览文本编辑excel预览编辑 pdf预览word预览 excel下载pdf下载word下载

excel下载pdf下载word下载各种文本文件预览（pdf,xlsx,docx,cpp,java,sql,py,vue,html,js,json,css,xml,rust,md,txt,log,fa,fasta

夜空孤狼啸·2024-09-03 05:01

一文看懂Python中如何使用FastAPI、PostgreSQL构建API应用

Flask-RESTful、DjangoRestFramework和FastA

codeory·2024-08-26 12:29

利用以比对好的氨基酸序列比对对应的核苷酸序列

1、将所有样品的CDS序列合并到一个文件cat*orfs.cds>all.cds2、使用seqkit在合集的文件中提取ID号相同的核苷酸序列seqkitcommonall.cdsOG0011069.fasta-ocommon.fasta

惊鸿影·2024-02-20 07:24

2018-06-09 第二阶段，使用diamond跑程序

forfungiindirs:#forroot1,dirs1,files1inos.walk(myroot+'/'+fungi):#n=0#foronefileinfiles1:#ifonefile.endswith(".fasta

keaidelele·2024-02-19 20:25

生信地基系列--常规分析流程

biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型，包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff

可能性之兽·2024-02-14 18:17

pacbio三代扩增子测序序列比对

新手小白求问一个fasta文件里面包含很多序列有什么办法能够把TTA开头的提取出来，ATGG开头的提取出来，如图一。

小鹿不吃香菜·2024-02-13 18:58

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex

Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

探索 Python Web 后端技术的发展之路

FastA

Python_入门教程·2024-02-12 10:29

2023-04-06

part1软件和数据准备软件：bwasamtoolspicard文件准备：参考基因组：genome.fasta测序数据文件:S1_1.fq.gz和S1_2.fq.gzpart2构建基因组index重测序很多软件不能直接读取基因组

小谷头·2024-02-11 21:58

理解生物信息学FASTA格式

在生物信息学中，FASTA格式是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。

陈佶1·2024-02-07 09:36

利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看

参考序列需要是gb格式，但是目标序列是fasta格式的就行了。NCBI上随意选择一个物种进行搜索找到叶绿体的全基因组，点击进去如图所示进

恭弥家的凤梨君·2024-02-05 15:15

2023-04-07

•软件：GATK•文件准备：基因组文件：genome.fasta比对结果文件：S1.sort.markdup.bam•参考脚本：第一步：创建tmp目录创建临时文件目录$mkdi

小谷头·2024-02-05 00:49

文件格式——FASTA

FASTA文件的格式在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

oddxix·2024-02-04 03:57

脚本

#利用awk命令将fastq文件转换成fasta文件awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'file.fastq>

tianzhanlan·2024-02-02 12:43

FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的fasta

小明的数据分析笔记本·2024-02-02 11:45

LINUX的练习题

fasta和fastq格式文件的shell小练习http://www.bio-info-trainee.com/3575.h

七七师姐·2024-01-31 00:14

如何使用SnapGene将DNA序列转换为氨基酸序列

操作如下：1.需要准备一条目的基因序列（fasta格式），通过SnapGene软件打开。

队长的生物实验室·2024-01-27 19:01

R语言ggtree：将进化树中的序列id改成物种名称

通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？

小明的数据分析笔记本·2024-01-24 07:33

fastq 转化 fasta

awk'NR%4==2{print">E"NR/4+0.5"\n"$0}'example.fq>example.fa

赵会成·2024-01-22 19:37

Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)

#在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。其中，常用的工具之一是awk命令，它可以用于处理文本文件并提取符合条件的行。以下是在Linux系统中使用awk命令来提取长度大于1000的序列的示例命令：awk'/^>/{if(seqlen>1000){if(seqname!=""){prin

WDPLA·2024-01-22 15:17

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

samtools老司机的翻车之旅

首先，给大家看看这个平淡无奇的干净数据里的内容数据内容公司一波操作之后，把原本的FASTQ文件转成了FASTA文件。接下来我就需要进行比对，用的bowtie,只不过额

xuzhougeng·2024-01-19 03:36

如何提取特定id的fasta序列

seqtksubseqall.contigs.faaim_hit_contig.txt>all_hit.contig.fa

田小田_8afd·2024-01-18 21:34

批量改变文件的后缀

如将文件.fna改成.fasta,编辑内容就为："ren*.fna*.fasta".image.png另外查看文件后缀的方法：打开文件资源管理器，点击选项卡查看，然后选择显示文件后缀即可（win10）

ridiculous的香菜·2024-01-18 12:22

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

：将NR数据库diamond比对结果做物种注释_diamond物种注释-CSDN博客NR下载nohupwget-t0-c-bhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

计算叶绿体基因组LSC/IR/SSC的GC含量

www.bilibili.com/video/BV1sA411x7xmhttps://www.bilibili.com/video/BV1GV411Y7ihimage.png输入文件就是叶绿体基因组的fasta

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 23:48

修改BAM文件中的染色体名字

在处理ChIP-seq数据的时候，遇到这样一个问题：前期我的FASTA和GTF文件中染色体的名字是1，2，3......22这样的，但后期某些分析过程要求染色体名称必须以chr开头，比如用来找enhancer

生信菜菜鸟·2024-01-14 15:33

用R语言随便编一个模拟fasta序列

在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

小贝学生信·2024-01-12 22:31

转录本的统计指标N50 vs ExN50

刘小泽写于19.2.19之前得到转录本的时候，我们使用TrinityStats.plTrinity.fasta这个命令对转录本进行了统计，结果包含了ContigNx长度的统计，例如：$TRINITY_HOME

刘小泽·2024-01-12 17:07

如何将样品名添加到contig名称的开头位置

名称的前面，用"__"分隔，并删除序列的长度及其他信息，可采用如下方法：sed'/^>/s/k/SRR1035_k/'|awk-F'[]''{print$1}>SRRSRR1035.contig.fasta

田小田_8afd·2024-01-12 14:48

2018-04-10---关于FastQ和FastA（转载）

其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。

天秤座的机器狗·2024-01-12 08:27

【MOOC-生物信息学-序列比较】

一、认识序列FASTA格式第一行：“＞”+名称或其他注释第二行及以后：字符串表示序列二、序列的相似性1.序列相似的重要性相似的序列往往起源于同一个共同的祖先序列，它们很可能有相似的空间结构和生物学功能，

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:16

（日常记录）smRNA本地注释分类

准备：1、rfam数据库2、rfamclain文件3、软件infernal4、待测序列（fasta文件）一、数据库下载进入rfam官网，点击FTP，选择最新版本，下载这两个文件并解压。

重新开始_xy·2024-01-01 23:19

Python解析命令行调整fasta文件显示宽度

本文主要涉及python命令行解析，python命令行解析实例之fasta文件固定宽度显示。

灵木er·2023-12-29 00:21

Day7 测序基础

测序原理及分类测序.png测序对象测序对象.png测序文件格式详细参见美格生物Fastaq及FastaGenbank格式EMBL格式常用格式工具：1.Fastq文件→Fasta文件1.1Linux命令:

文婷吖_0df6·2023-12-27 20:04

获取染色体长度（bp）

有时候我们需要知道fasta文件的具体某条染色体的长度#!

离子回旋·2023-12-27 15:46

2020-02-11 eggnog-mapper的使用及结果

08wget（含参数技巧）下载eggNOG数据库、安装以及碰到的问题》一、使用1、数据库内容在下载好eggnog数据库之后，1）og2level.tsv.gz；；2）eggnog.db.gz；；3）OG_fasta.tar.gz

暮色下的烟波澜·2023-12-26 03:44

从fasta文件中批量提取特定序列

如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种：perl脚本：CSDN博主「little^raccoon」的原创文章perl实现根据序列ID从提取fasta文件序列原文链接：https

谢俊飞·2023-12-26 01:49

对fasta/fastq进行一些小操作

刘小泽写于18.12.27参考biostarhandbook以及WeiShen的SeqKit（处理fa/fq领域还比较出名）http://bioinf.shenwei.me/seqkit/，它可以处理压缩的或者解压的fa/fq下载测试数据wgethttp://data.biostarhandbook.com/reads/duplicated-reads.fq.gzwgetftp://ftp.ncb

刘小泽·2023-12-25 18:49

生信格式之fasta、fastq

要点一：fasta格式1、目的蛋白质序列与核酸(DNA/RNA)序列研究是生命科学的核心，前者的组成单位为20种氨基酸，后者则是核苷酸(DNA与RNA均有四种不同核苷酸)；为了便于记录与研究，科学家们分别统一了二者组成单位的字母表示方法

小贝学生信·2023-12-25 17:37

ClustalW----多序列比对分析(一)

例如:BLAST、FASTA。序列同源性分析:将待研究序列与一组与之同源，但来自不同物种的序列进行多序列比较，以确定该序列与其他序列间的同源性大小。完成这一步需要多序列比对算法。例如:Clustal。

bcl_hx·2023-12-25 03:44

2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件

FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种（FASTA+Q），因为其包含了对序列中每个碱基的QualifyMeasurement。

王子威PtaYoth·2023-12-24 01:49

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式

Peng_001·2023-12-19 12:29

生信漫谈如何利用MEGA7构建系统进化树

http://www.megasoftware.net/2、序列的准备，必须是fasta结尾的格式，其他像txt格式，软件不能识别，以下以拟南芥SPL15基因

生信漫谈·2023-12-17 22:56

wtdbg2 三代基因组组装

/data/pb.fasta.gz-foprefix～/usr/wtdbg2-master/wtpoa-cns-t1

candel·2023-12-17 07:00

转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因

/database/chloroplast_genome/gesneriaceae_chloroplast.fasta../04.trinity_longest/SRS7102777_trinity

惊鸿影·2023-12-04 21:57

Day10-提取fasta文件中指定顺序的序列

好久不见啦，办公室的工作有点繁忙鸭~今天遇到了一个挺简单的问题，但是用awk/sed/grep来解决好像有点难，就是提取fasta文件中第一条序列。

腐草为嘤·2023-12-04 18:35

全基因组CNV分析

{genome}.chrom.sizes];thenfetchChromSizes$genome>${genome}.chrom.sizesfibinsize=200000stepsize=40000fasta

bred·2023-12-04 04:36

本地blast与nr/nt库

blast/db/NT库有76个子文件构建成NT全库NR库有63个子文件构建成NR全库（ncbi网站处理好的文件，不需要建库）https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA

筱贺学生信·2023-12-03 18:59

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