ClustalW

多序列比对

最经典和广为熟知的多序列比对软件是clustalw。
曲凉不见·2023-12-29 10:49

ClustalW----多序列比对分析(一)

1.序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较：将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于找出与此序列相似的已知序列。完成这一步只需要两两序列比对的算法。例如:BLAST、FASTA。序列同源性分析:将待研究序列与一组与之同源，但来自不同物种的序列进行多序列比较，以确定该序列与其他序列间的同源性大小。完成这一步需要多序列比对算法。例如:Clustal。2.序列同源性分析(多序列比对)的意义
bcl_hx·2023-12-25 03:44

比较基因组学常用分析软件和分析方法

36608036/article/details/109466468比较基因组学常用分析软件和分析方法（1）同源基因的查找OrthoMCLorOrthofinder；（2）多序列比对Muscle/MAFFT/ClustalW
刘相培在努力学习中·2023-12-05 09:18

做出漂亮的序列比对alignment图——ENDscript/ESPript

Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列，本例对lactoferrin[Bostaurus]和lactoferrin[Homosapiens]的蛋白质序列作比对，并得到序列比对图；2.打开ClustalW
记录生活和美好·2023-11-25 03:30

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）

学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于
穆易青·2023-11-14 01:43

多序列比对并建树－ClustalW

1.安装包#ClustalWwgethttp://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gzcdclustalw-2.1.
东风008·2023-09-30 15:05

如何计算kaks值和4dtv值

前期准备不同物种的蛋白和cds序列：os.pep,os.cds,sb.pep,sb.cds依赖程序：blast+,clustalw2,ParaAT,KaKs_Calculator注：所依赖程序需提前安装好
Davey1220·2023-09-23 10:49

【生信】HMMER：hmmbuild自建hmm文件

hmmsearch--cut_tc--domtbloutoutput.txtTPC.hmmprotein.faa拿这30个结构域多序列比对，获得ALN格式文件这里我使用的是clustalw在线工具clustalwhmmbuild
虫虫工工队·2023-07-31 18:59

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_03 第三章 多序列比对与系统发生树构建

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/6一、多序列比对简介1.1简介1.2多序列比对方法1.2.1启发式：渐进法1.2.2软件ClustalW/X1.2.3
rookie_coder_996·2023-07-26 07:49

【陪你学·生信】十、编辑对多序列比对结果

这个推送中用于举例操作的比对结果可以在网站下载：http://www.tcoffee.org/dummy_aln.htmlFig.1ClustalW/ALN格式的数据一、MSA的数据格式1.MSA结果的主要格式一般多序列比对工具输出的数据格式为
乔伊nikkie·2023-03-27 20:56

将序列比对的结果保存为漂亮的图片

将序列比对的结果保存为漂亮的图片多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，ClustalW
天明豆豆·2023-03-11 01:49

2019-03-01 序列下载及合并，多序列比对，进化树

Clustalw比对后结果需要编辑第一列第一列，可以留下物种名，登录号（因为要比对序列同源性，最好把显示-的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵）OR对齐完之后，选择两端不齐的部
七比比·2023-03-09 23:13

2020-07-28 clustalw

clustalclustalw使用#安装condainstall-cbiocondaclustalw#使用交互式clustalw#启动程序，按照指令选择输出和参数clustalwformat输出格式1：
YPCHEN1992·2023-01-29 08:16

IQtree：使用 SNP 数据（vcf file）构建玉米群体的 无根 系统发育树

IQtree是一款用于构建系统发育树的软件，支持Phylip、Fasta、Nexus、Clustalw等多序列比对后的数据格式。
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:53

MUSCLE、IQtree 软件及使用简介

MUSCLEMUSCLE是一款可以用于快速多序列比对的软件，相比ClustalW而言在不损失精度的情况下速度提升了数倍。MUSCLE下载使用apt下载sudoaptinstallmusc
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:23

进化树加多序列比对结果可视化 | ggtree

首先利用mega进行多序列（clustalw）比对然后用最大似然法建树树文件另存为*.nwkclustalw结果另存为fas结尾的fasta格式文件利用ggtree进行可视化library(ggtree
kkkkkkang·2022-10-13 14:26

基因家族MEGA建树及iTOL基础美化【详解注释文件】

使用MEGAX构建系统发育树先进行多序列比对，muscle,clustalW,可参考文献选择一种区别见：http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-314266.html再进行建树
山竹山竹px·2021-06-19 00:12

用ClustalW进行多序列比对，IQ-tree构建进化树

一、ClustalW进行多序列比对ClustalW是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反映序列之间两两关系。然后根据距离矩阵计算产生的系统进化树，对关系密切的序列进行加权。
Devin561·2020-11-27 19:12

关于简并引物设计的心得体会

第一、去NCBI下载不同物种的同一蛋白质的氨基酸序列，保存为FASTA格式；第二、利用clustalW软件进行多序列比对，也可以用blockmaker进行，找到block第三、利用找到的block进行简并引物设计
Emory_Lu·2020-08-24 07:51

几个多序列比对软件：Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较

几个多序列比对软件：Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较转自：https://www.plob.org/article/4104.htmlClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件
g863402758·2020-07-11 06:28

序列对齐软件mafft

大家应该都用过MUSCLE或者clustalw，还有一个好用的软件叫mafft，速度快第一步，下载：先在官网下载rmp文件，我们的服务器64位版本的For64bitx86mafft-7.245-gcc_fc6
quan575·2020-03-21 09:10

序列比较中ClustalW和BLAST的区别

序列比对是生物信息学研究中一种常见且经典的手段。经过多年的发展，序列比对也诞生了很多种方法，这篇文章选择讨论的是两种比较常见的序列比对方法，选择哪种比对方法也是科研中容易踩坑的一个点。BLASTBLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)算法是1990年由Altschul等人提出的两序列局部比对算法，采用了一种短片段匹配算法和一种有效的统计模型来找出目的序列和数据库之间
LeoinUSA·2020-02-19 15:38

AlleleID：用于细菌鉴定等的测定设计

ClustalW多序列比对在其核心，AlleleID可以被用于设计物种鉴定/跨物种探头的微阵列或实时PCR包括SYBRGreen，TaqManMGB，TaqMan探头，分子信标和实时PCR引物。
哲想软件·2019-10-06 00:00

生信软件下载网站

1.序列比对软件局部比对软件(MUSCLE,MUMMER,Clustalw)#下载musclewgethttp://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31
线断木偶人·2018-08-22 11:55

生物信息学入门级的常用软件

十年前的生物信息做一个CLUSTALW序列比对，用PHYLIP算一个进化树，上NCBI做一个BLAST，最常用的东西：1，你需要会用Linux，会使用bash2，高于入门级的统计学知识，以及一门统计
11010tianyi·2017-03-05 09:10

clustalw算法

CLUSTALW:improvingthesensitivityofprogressivemultiplesequencealignmentthroughsequenceweighting,positionspecificgappenaltiesandweightmatrixchoice.JulieD.Thompson
bigNoseLiu·2010-09-08 15:00

clustalw算法

CLUSTALW:improvingthesensitivityofprogressivemultiplesequencealignmentthroughsequenceweighting,positionspecificgappenaltiesandweightmatrixchoice.JulieD.Thompson
bigNoseLiu·2010-09-08 15:00
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