Pubmed

还有中文PubMed网站你知道吗？

之前小编也介绍过很多找文献的神器（除了Pubmed，你可能还需要这些文献数据库），可以回顾一下。工欲善其事必先利其器，但要记住这些只是工具！工具！工具！重要的还是要找到适合自己的方法！
南博屹生物医学·2021-06-08 20:39

除了Pubmed，还有哪些实用的文献搜索网站

不想写、写代码了。今天来和大家分享一下我常用的一些文献搜索网站，希望能够帮助到各位。可能你会觉得文献搜索网站没什么好分享，不就是搜索一下，不，我觉得还是有必要好好分享一下的。因为不同的搜索网站实际上提供了很多有趣的功能，也各有特色，不信你可以接着看下去。因为我是做宏基因组方向的，所以我今天要推荐的一些网站或者使用的例子都是与宏基因组相关的。当然，由于平时看的文献都是英文的，所以这里不介绍我们常用的
jlyq617·2021-06-06 20:14

101条UX原则 - #25 把菜单划分成子项，这样用户就不用记住太长的列表

（《神奇的数字七加减二：我们处理信息的能力有限》，GeorgeA.Miller（1956）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/13310704））。这项
Tomi_Wong·2021-06-05 04:01

如何制作文献列表

工具：文献检索工具：PubMed文献管理工具：Mendeley检索文献进入PubMed网页，如下图所示，点击Advanced，pubmed1.png进入如下界面，根据自己的检索需求，更改fields，同时可以通过右边的
小蜜蜂Stats·2021-05-25 22:55

PubMed的基本检索：实例一

PubMed的网址是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed抗生素的过度使用带来了一些列的医疗问题，但是具体产生了什么威胁我不是很清楚，那我可以通过查阅相关文献来解答自己的疑惑
宜无声·2021-05-19 21:21

文献查询网站：PubMed

PubMed是一个非常好的查阅文献的免费网站，我想医学或者生物方面的学生对这个网站一定不会陌生。
宜无声·2021-05-19 00:16

“人造眼”临床试验报告

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27676329文章出处：KlinMonblAugenheilkd.2016Sep27DOI：10.1055/s-0042
先进医疗信息·2021-04-22 11:27

2020-05-29 学习R语言批量爬取NCBI基因注释数据

本来在学习利用selenium模块爬取pubmed数据，奈何解析网页这步有点卡住了，我得去补习点CSSselector和Xpath表达式等，无法复现下面2位作者的代码（主要是请求超时问题没法解决，python
程凉皮儿·2021-04-18 19:46

有趣的python实践案例（四）--- pandas库匹配一周cp

们出python基础啦（四）—while循环语句有趣的python实践案例（一）—获取WiFi密码+动态二维码有趣的python实践案例（二）—turtle库绘画案例有趣的python实践案例（三）—PubMed
佩瑞·2021-04-18 14:02

有趣的python实践案例（三）---PubMed搜索小工具二创

们出python基础啦（四）—while循环语句有趣的python实践案例（一）—获取WiFi密码+动态二维码有趣的python实践案例（二）—turtle库绘画案例有趣的python实践案例（三）—PubMed
佩瑞·2021-04-18 14:02

Python爬虫练习（二）爬取NCBI pubmed搜索结果doi号并进行文献下载（requests+xpath+正则）

用pubmed的高级搜索不知道为什么，比如用关键字1关键字2搜索，总是会有缺少一个关键字的情况，就算用AND连接也是这样，给文献的搜索造成了很大的麻烦，所以就用爬虫提取关键字都出现的结果的doi号然后调用
精神秃头生信小伙儿·2021-01-25 22:40

Python爬虫练习（一）：爬取NCBI pubmed搜索结果doi号并进行文献下载（requests+正则解析）

今天就是介绍一下怎么用requests简单爬取pubmed的文献搜索结果并进行批量下载全部搜索结果（当然前提是给出了doi号），已经将关键代码进行了注释，只需要运行代码，然后输入你的搜索关键词，用空格隔开
精神秃头生信小伙儿·2021-01-25 22:36

python爬取pubmed的文献_爬虫获取pubmed中文献的标题和摘要

为了满足快速浏览pubmed中相关文献标题和摘要的需求，写了个简单的爬虫(目前只实现了单个关键词以及多个关键词的and检索)，用于批量获取感兴趣文献的标题和摘要。
weixin_39801202·2020-12-18 14:24

Python 利用Entrez库筛选下载PubMed文献摘要的示例

任务：快速高效从PubMed上下载满足条件的文献PMID、标题（TI）、摘要（AB）。PubMed官网https://pubmed.ncbi.nlm.
·2020-11-24 18:04

Zotero基本知识

优点1.一键抓取主流数据库（WebofScience、Pubmed、ScienceDirect等）和搜索引擎（GoogleScholar、百度学术、ResearchGate等）的文献。
shayito·2020-11-04 16:33

论文读不懂不怪你英语差，滥用“黑话”的作者确实越来越多了

一项研究分析了PubMed收录的1800万篇论文，发现生命科学和医学论文中缩略语的使用频率六十多年来不断增长，而其中大部分缩略语并未成为主流。
果壳网·2020-09-28 00:00

Python自动化xpath实现自动抢票抢货

而且，熟悉了这套路，别说pubmed，任何你能在浏览器实现的操作，都基本能通过selenium自动化进行。
·2020-09-19 11:10

如何寻找综述性文章

文献类型”，点击“分析”，勾选Review前面的复选框，点击“查看记录”即可获取所需要的高品质综述；（2）生物医学类综述文章可利用NCBI进行检索：进入NCBI网站，在“Search”下拉菜单中，点击进入“Pubmed
xjnine·2020-09-12 08:18

GEO挖掘实战一、初步探索数据

GSVA-GEO挖掘实战四、TNBC相关探索-示例代码链接：https://pan.baidu.com/s/1r3QlBXrtGON4wMLbOn27KQ提取码：ajxa0、阅读文献主要复现文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
小贝学生信·2020-09-09 17:21

【已解决】通过PMID或PMCID下载sc-Seq基因数据集

PMID和PMCID的区别在于编号的系统不一样，PMID是PubMed为每一篇文献给予的特定编号，而PMCID是PMC为每一篇文献给予的特定编号。
guomutian911·2020-08-25 17:01

Gilmour 2000 不建议用高次多项式拟合空间模型

Recoveryofinformationandspatialanalysisinfieldexperiments.Biometrics[Internet].2000;56:944–6.Availablefrom:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
董八七·2020-08-23 09:51

GeenMedical：文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿，一站服务

文献查询刚上线时，其主打的功能是访问速度比PubMed更快，数据库比PubMed更全，提供了更多的筛选功能，更容易获取全文。另外还有关于杂志分区、影响因子、录用难度、投稿经
生信宝典·2020-08-20 12:55

Jobs

2038#16Chinesemedicine:https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%99%88%E7%AB%BAhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
zhoujj2013·2020-08-19 05:31

PubMed--医学和生命科学免费数据库

一、PubMed介绍1、PubMed是一种免费资源，支持搜索和检索生物医学和生命科学文献；PubMed数据库包含超过3000万份生物医学文献的引文和摘要。
hdpai2018·2020-08-17 00:13

近期论文中的数据集整理0409

1.1生物方面：http://bio.nlplab.org/这里的词向量是使用word2vec工具在PubMed和PMC上文本生成的。
Msro·2020-08-09 00:04

python 下载pubmed数据

db=pubmed&mindate=1800/01/01&maxdate=2016/12/31&usehistory=y&retmode=json"search_r=requests.post(search_u
huangwuming002·2020-08-08 16:00

热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究

不论是谷歌学术还是Pubmed的页面上都开辟了新冠肺炎链接，一键就能直接获取关于该病毒的最新研究进展。但是和细菌一样，病毒与疾病或死亡之间并不能直接画上等号。实际上
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:44

如何在NCBI实现大批量数据的一一对应

比方说：accessionnumber、gi、geneid、symbol、go、unigene、pubmed、taxid等等。
blacklee123·2020-08-05 00:45

解析 pumbed的xml

meta分析中需要调研大量文献,pubmed数据库是主要来源,但是pubmed导出的文本文件,可读性非常差,并且考虑到需要对文献进行筛选和标记,xlsx是个很好的选择.下面代码是把xml转化为xlsx#
ZHEFXC·2020-08-04 22:25

Pubmed格式字段说明

http://www.med66.com/html/ziliao/yixue/19/a4ee9289ed2806758bb2f5a175487c72.htm字段标识符字段名解释1ABAbstract文摘2ADAddress，Affiliation第一作者工作单位、地址3AIDArticleIdentifier文章标识符4ALLAllfields所有字段5AU，AUTHAuthor作者名6CICop
weixin_34220179·2020-08-04 20:20

PubMed

PubMed是一个提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要，并且免费搜寻的数据库。它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。
weixin_33676492·2020-08-04 20:32

从PubMed的HTML页面提取标题和摘要文本

Alex.Zhangimporturllib.requestimportrepmids=['18235848','18235847','18235849']count=0forpmidinpmids:count+=1url='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
weixin_30411819·2020-08-04 19:30

在线pubmed

ESearch（文本搜索）eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgihttp://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?term=lung所需的参数DB数据库中进行搜索。值必须是有效的Entrez数据库名称（默认为考研）。termEntrez的文字查询。所有特殊字符必须被URL
小熊写代码·2020-08-04 19:59

python lxml包学习笔记

本文根据lxml官方文档和自己的理解列出常用的函数,本文代码为python3.4，lxml2.0lxml：http://lxml.de/支持：python2python3解析XML，以pubmed文献数据库文本解析为例导入
探索者v·2020-08-04 18:34

解析pubmed文献数据库中的xml文章结构-01

一、下载文章，查看文章结构相信大部分做生物医学领域的，对pubmed文献数据库都比较熟悉，今天主要是利用pubmed提供的文献检索数据库，下载对应的xml文章结构，利用python对其进行解析，导入mysql
speecher·2020-08-04 16:39

解析pubmed文献数据库的xml文章结构

第一步：下载pubmed文章以下是pubmed文献数据库的网址，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/文章结构如下：2553497820150821201612151744
weixin_36132427·2020-08-04 11:18

karyoploteR：画染色体的好帮手

的githubtutorial，比bioconductor的那个要详细的多的多karyoploteRofficialwebsite(github)bioconductorgithub帮助文档HTML版pubmed
生信杂谈·2020-07-31 14:50

序列比对算法

一．生物数据库1.文献数据库：PubMed（主要是生物医学文献）2.一级核酸数据库：NCBI，ENA，DDBJINSDC：由GenBank（美国）、ENA（欧洲）、DDBJ（日本）三大核苷酸数据库组成的联合核苷酸数据库
wanpeng029·2020-07-28 21:32

医疗 AI 已成为趋势，我们医生能做什么？

·è¨Python¤§°±¨°èè§èé°èéè°±è¨èè·é¤§è餧éèSCI·è¨PubMed°AI·èèé¨è¤±èè¤éè¨é¨¨èééé¨è¨°é°§é·èèè°±è¨é°è·±è訰
丁香园·2020-07-27 00:00

临床医生如何规划一篇数据挖掘文章？

吓得我立马打开pubmed，看看最近数据挖掘文章的发表情况：检索第一个关键词是：WGCNA，这是一种常用的数据挖掘分析方法，结果显示，用WGCNA发论文，发文量呈现指数增长，2020年刚过去一半，发文量都快追上
丁香园·2020-07-20 00:00

karyoploteR：画染色体的好帮手

投稿在其他公众号里了，这份为作死测试用的，真的不是抄袭，，，karyoploteRofficialwebsite(github)bioconductorgithub帮助文档HTML版pubmed文章简介一个用来做多物种染色体分布情况图的
zhym1992·2020-07-15 06:15

怎么样利用podcast追踪最新医学热点

目前了解某领域最新、最热门的研究，可通过pubmed上订阅感兴趣领域的RSS服务（具体方法请自行百度），然而pubmed推送到邮箱的内容，需要我们注意筛查，过程繁琐、耗时。
kakafan·2020-07-12 12:20

ncib网站爬虫源代码（上一篇博客内容）

frombs4importBeautifulSoupimportrequestsfromlxmlimporthtmlstart_url='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
带鱼工作室·2020-07-11 10:58

工作经常用的小爬虫（应用于pubmed）一直更新.......

爬去某种关键字的文章总数importrequestsfromopenpyxlimportWorkbookfromopenpyxlimportload_workbookimportreimportosdefgeturl(url):try:r=requests.get(url)r.raise_for_status()r.encoding=r.apparent_encodingreturnr.texte
像风一样Pro·2020-07-08 19:36

[python爬虫] Selenium定向爬取PubMed生物医学摘要信息

在生物医学本体Ontology构建过程中，我使用Selenium定向爬取生物医学PubMed数据库的内容。PubMed是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。
weixin_34321753·2020-07-08 17:30

下载pubmed数据

db=pubmed&mindate=1800/01/01&maxdate=2016/12/31&usehistory=y&retmode=json"5search_r=requests.post(sea
weixin_33872566·2020-07-08 16:10

几个免费的英文文献的网站

://www.ncbi.nlm.nih.gov/简介：生物、医学、药学等友情提示1：PMC搜索入口（在Search下拉列表中找到），可以找到全文的免费文献友情提示2：其它入口也有部分文献可查看全文，如PubMed
阳泉·2020-07-08 09:28

爬虫获取pubmed中文献的标题和摘要

为了满足快速浏览pubmed中相关文献标题和摘要的需求，写了个简单的爬虫（目前只实现了单个关键词以及多个关键词的and检索），用于批量获取感兴趣文献的标题和摘要。
qq_40270119·2020-07-08 00:01

获取全文的13种方法

注：由于大部分院校未能购卖国内外商业医学数据库，如PUBMED、ElseVier等，因而检索国外全文文献很复杂。这往往成为少数学校的专利。北大医学院网站上有大量文献题录，但仅供自已学生使用！
luckisok·2020-07-07 15:11

python爬取pubmed文章标题，进行词频统计、生成词云

爬取pubmed标题页面，然后统计词频，生成词云可以更直观的让我们了解到某个方向研究的热点或者趋势是什么，上效果图：需要输入的网址是在pubmed里搜索后生成的网址，可以是左侧进行各种过滤后的。
练习时长两年半的生信生·2020-07-07 14:29
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