R语言入门系列

代码+视频，手把手教你R语言使用scitb包绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差图

什么是倾向性评分匹配？倾向评分匹配（PropensityScoreMatching，简称PSM）是一种统计学方法，用于处理观察研究（ObservationalStudy）的数据，在SCI文章中应用非常广泛。在观察研究中，由于种种原因，数据偏差（bias）和混杂变量（confoundingvariable）较多，倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响，以便对实验组和对照组进行更合理的
天桥下的卖艺者·2024-01-03 10:03

R语言最佳学习路线和常用数据挖掘包

对于初学R语言的人，最常见的方式是：遇到不会的地方，就跑到论坛上吼一嗓子，然后欣然or悲伤的离去，一直到遇到下一个问题再回来。当然，这不是最好的学习方式，最好的方式是——看书。
丨程序之道丨·2024-01-03 09:48

R语言——数据操作（四）

目录一、数据转换二、取子集三、数据框的翻转四、对数据框进行计算五、apply的用法六、数据的中心化与标准化七、参考一、数据转换读取文件adata4<-t(data)rev()：反向修改数据框中的值transform(data,colname)colname命名新的名字，则会生成新的一列数据框排序sort是对向量进行排序，返回排序后的结果order也可以对向量进行排序，返回的是对应值所在的位置，而不
Billie使劲学·2024-01-03 06:51

R语言【base】——do.call()：根据名称或函数以及要传递给它的参数列表构造并执行函数调用

Packagebaseversion4.2.0Parametersdo.call(what,args,quote=FALSE,envir=parent.frame())参数【what】：命名要调用的函数的函数或非空字符串。参数【args】：函数调用的参数列表。参数【args】的names属性为参数提供名称。参数【quote】：指示是否引用参数的逻辑值。参数【envir】：用于评估调用的环境。如果调
ALittleHigh·2024-01-03 06:17

R语言——reshape2包、tidyr包、dplyr包（五）

目录一、数据转换之reshape2包：melt与dcast函数二、数据转换之tidyr包：gather与spread函数，separate与unite函数三、据转换之dplyr包四、参考一、数据转换之reshape2包：melt与dcast函数merge函数使用merge函数x7)#过滤函数。函数前面加上“包名::”是为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突dplyr::distinct(
Billie使劲学·2024-01-03 06:46

聚类分析6—指示物种（数量生态学：R语言的应用 第四章）

数量生态学：R语言的应用第四章聚类分析6—指示物种今天我们来学习第四章聚类分析中指示物种的内容，本部分内容主要有两个部分：IndVal:指示物种值相关类型的指数1.概念首先我们来大致了解一下：在应用生态学中
fafu生信小蘑菇·2024-01-02 23:00

AIGC入门系列1：感性的认识扩散模型

1、序言大家好，欢迎来到AI手工星的频道，我是专注AI领域的手工星。AIGC已经成为AI又一个非常爆火的领域，并且与之前的AI模型不同，AIGC更适合普通人使用，我们不仅可以与chatgpt对话，也能通过绘画模型生成想要的图片。很多朋友都想去深入的了解和掌握AIGC的原理，但是AIGC需要一定的学习成本，其入门门槛较高。因此手工星制作了这一系列的入门教程，希望能够帮助到有需要的朋友。大家注意哦，由
AI手工星·2024-01-02 20:01

生信人的20个R语言习题-高级

安装一些R包：数据包：ALL,CLL,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域，尤其需要掌握bioconductor系列包。if(!require(ALL))BiocManager::install("ALL")if(!require(CLL))BiocM
DrKu·2024-01-02 17:56

R语言【rgdal】——在 2023 年软件包停用/存档之前，rgdal 中累计弃用的函数和方法：readOGR()

Packagergdalversion1.6-7ParametersreadOGR(dsn,layer,verbose=TRUE,p4s=NULL,stringsAsFactors=as.logical(NA),drop_unsupported_fields=FALSE,pointDropZ=FALSE,dropNULLGeometries=TRUE,useC=TRUE,disambiguateF
ALittleHigh·2024-01-02 14:30

R语言【CoordinateCleaner】——cc_iucn()：移除或标记所提供自然范围之外的记录（基于每个物种）

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_iucn(x,range,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",buffer=0,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【range】
ALittleHigh·2024-01-02 14:29

R语言【CoordinateCleaner】——cc_dupl()：根据物种名称和坐标以及用户定义的附加列删除或标记重复的记录

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_dupl(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",additions=NULL,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字
ALittleHigh·2024-01-02 14:29

R语言【sp】——coordinates()：设置空间坐标以创建空间对象，或从空间对象检索空间坐标

Packagespversion1.5-0Parameterscoordinates(obj,...)coordinates(object)<-value参数【obj】：从类“Spatial”派生的对象。参数【object】：类“Data.Frame”的对象。参数【value】：空间坐标；包含数值数据的矩阵、列表或数据框，或列名、列号或引用：公式（形式为~x+y）、列号（例如c（1,2））或列名（
ALittleHigh·2024-01-02 14:59

R语言学习笔记（1~3）

R语言学习笔记（1~3）一、R语言介绍xaa[3][1]"h">a[c(1,3,5)][1]"k""h""c">a[2:6][1]"j""h""a""c""m"最后一个语句中使用的冒号用于生成一个数值序列
小白蹦蹦跳跳·2024-01-02 14:53

生信数据库12-药物敏感性基因组学项目（GDSC）

R小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性基因组学
科研私家菜·2024-01-02 13:53

Spark快速入门系列（三）深入理解RDD

这里写目录标题深入RDD案例再谈RDDRDD为什么会出现?RDD的特点什么叫做弹性分布式数据集总结:RDD的五大属性深入RDD目标深入理解RDD的内在逻辑,以及RDD的内部属性(RDD由什么组成)案例需求给定一个网站的访问记录,俗称Accesslog计算其中出现的独立IP,以及其访问的次数创建个数据文件access_log_sample.txt（数据量太大，存不到这里，先用100）行190.217
Alienware^·2024-01-02 13:23

R语言手动安装包-以ggplot2为例

呈现这样的页面TheComprehensiveRArchiveNetwork(r-project.org)https://cran.r-project.org/原网址改为（因为这里是ggplot2，所以网址末尾这样结尾；若是其他包就换个名字就可以了）CRAN-Packageggplot2(r-project.org)https://cran.r-project.org/web/packages/g
晨打水水水·2024-01-02 12:59

跟着Nature Communication学作图：R语言ggpubr包画箱线图并添加显著性P值

论文MicrobiomesintheChallengerDeepslopeandbottom-axissedimentshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29144-4#code-availability对应代码链接https://github.com/ucassee/Challenger-Deep-Microbes论文里提供了大部分图的数据和代
小明的数据分析笔记本·2024-01-02 09:26

R语言【base】——table()：使用交叉分类因子来构建每个因子水平组合的计数列联表。

Packagebaseversion4.2.0Parameterstable(...,exclude=if(useNA=="no")c(NA,NaN),useNA=c("no","ifany","always"),dnn=list.names(...),deparse.level=1)as.table(x,...)is.table(x)##S3methodforclass'table'as.dat
ALittleHigh·2024-01-02 08:59

[原创][R语言]股票分析实战[7]:时间转换 与 股票涨幅计算

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-02 08:54

R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）

R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）R语言绘制截断图教程教程视频：R语言绘制精美漂亮截断图教程|代码重复|（收藏篇）-知乎(zhihu.com)R语言绘制漂亮截断图教程|代码重复“小杜的生信筆記
小杜的生信筆記·2024-01-02 08:26

ConfigParser：R语言读取脚本配置文件

我们都知道在python中有标准库configparser读取config或ini配置文件。有了配置文件脚本少了许多判断，写起来也更加流畅，关键是维护起来好维护啊。那么在R里面肯定也是有类似功能的包啦：ConfigParser。首先介绍一下config或ini文件格式：config配置文件由两部分组成sections与items。sections用来区分不同的配置块。items是sections下
周运来就是我·2024-01-02 06:17

k8s安装mysql

前面我们学习了k8s入门系列文章，了解了k8s的一些基础概念以及怎么使用。
java-superchen·2024-01-02 06:01

R语言【base】——sep()是用于设置输出多个值之间的分隔符的函数

R语言自带的sep()函数是用于设置输出多个值之间的分隔符的函数。它可以在将结果打印或写入文件时，控制多个值之间的间隔样式。通常情况下，在R语言中打印多个值时，默认的分隔符是空格。
ALittleHigh·2024-01-01 19:14

R语言【CoordinateCleaner】——cc_gbif(): 根据通过 method 参数定义的方法，删除或标记地理空间中异常值的记录。

cc_gbif()是R语言包coordinatecleaner中的一个函数，用于清理GBIF（全球生物多样性信息设施）数据集的地理坐标。该函数可以识别潜在的坐标错误，并对其进行修正或删除。
ALittleHigh·2024-01-01 19:14

R语言【CoordinateCleaner】——cc_outl(): 根据通过 method 参数定义的方法，删除或标记地理空间中异常值的记录。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20cc_outl(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",species="species",method="quantile",mltpl=5,tdi=1000,value="clean",sampling_thresh=0,verbose=TRUE,min_occs=7
ALittleHigh·2024-01-01 19:13

R语言【base】——stop()：停止执行当前表达式并执行错误操作。

Packagebaseversion4.2.0Parametersstop(...,call.=TRUE,domain=NULL)geterrmessage()参数【...】：零个或多个对象，这些对象可以强制转换为字符（并且粘贴在一起，没有分隔符）或单个条件对象。参数【call.】：逻辑值，指示调用是否应成为错误消息的一部分。参数【domain】：请参阅gettext。如果为NA，则不会翻译消息。
ALittleHigh·2024-01-01 19:40

奇怪的R语言apply问题及解决

今天遇到了一个百思不得解的问题，记录一下，欢迎交流讨论。为了简化问题，我把数据删除到两行，并把问题最小化了。我想用apply函数筛选一下第三列V4中的数据，用一个稍微复杂的条件，这里我简化成了是否大于0，当然，如果只是>0，太多方法可以实现了，只是复现最小错误。#原始数据如下：#pca_test#V1V2V411439947-0.00069529116035226419307-P1280.0649
zd200572·2024-01-01 19:23

使用jupyter lab愉快地编程

我使用了这个工具之后，感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然，手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。
zd200572·2024-01-01 19:23

R语言 | （一）R与Rstudio下载安装

R的介绍R是S语言的一种实现。S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析、作图的解释型语言。最初S语言的实现版本主要是S-PLUS。S-PLUS是一个商业软件，它基于S语言，并由MathSoft公司的统计科学部进一步完善。后来Auckland大学的RobertGentleman和RossIhaka及其他志愿人员开发了一个R系统。R的使用与S-PLUS有很多类似之处，两个软件有
小桔大橘·2024-01-01 17:13

R语言之数据可视化（第三章Note）

第三章R的绘图系统目录：3-1三大绘图系统简介3-2基本绘图系统之基础知识3-3基本绘图系统之实践3-4基本绘图系统之全局变量3-5Lattice绘图系统之基础知识3-6Lattice绘图系统之实践3-7ggplot2绘图系统之基础知识3-8ggplot2绘图系统之qplot3-9ggplot2绘图系统之ggplot3-10RColor3-11图形设备3-12探索性数据分析3-1三大绘图系统简介基
Ethan_pika·2024-01-01 17:54

2018-05-29 一个不错的公众号，简单的解释技术问题

看了一下之前已经写过的入门系列Spring入门这一篇就够了和Spring【依赖注入】就是这么简单。SpringIOC知识点一网打尽！
Albert陈凯·2024-01-01 17:20

[原创][R语言]股票分析实战[6]:正则表达式提取子字符串

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-01 12:11

R语言【CoordinateCleaner】——cc_urb(): 根据地理地名词典从城市区域内删除或标记记录。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_urb(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",ref=NULL,value="clean",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值=“decimall
ALittleHigh·2024-01-01 03:51

R语言【CoordinateCleaner】——cc_sea(): 移除或标记参考陆地之外的坐标。可用于将数据集限制为陆地分类群，或从公海中排除记录，具体取决于参考文献。

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_sea(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",ref=NULL,scale=110,value="clean",speedup=TRUE,verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。参数【lon】：字符串
ALittleHigh·2024-01-01 03:21

R语言【CoordinateCleaner】——cc_coun(): 删除或标记地理坐标与其他国家/地区信息之间的不匹配（通常此信息与样本一起可靠地报告）

PackageCoordinateCleanerversion2.0-20Parameterscc_coun(x,lon="decimallongitude",lat="decimallatitude",iso3="countrycode",value="clean",ref=NULL,ref_col="iso_a3",verbose=TRUE)参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种
ALittleHigh·2024-01-01 03:48

R语言学习笔记（1）数据结构

使用软件：RStudio,RGUIR的数据类型：数值型Numeric,如100，0，-4.335字符型Character,如“China”逻辑性Logical,如TRUE,FALSE复数型，如2+3i因子型，表示不同类别特殊类型：NA（缺失值），NULL（空），NaN（非数值），Inf和-Inf(正无穷和负无穷)样例代码：age2)]向量使用矩阵if(FALSE){矩阵的使用，其中vector包含
山阴少年·2024-01-01 03:00

这年头没有火眼金睛，不敢教R语言了

问题背景https://mp.weixin.qq.com/s/DFIwVwrgN4s-FK4WjWuO3Q在这一篇推文里，我写了怎么正确显示坐标轴顺序。不调整的话横坐标默认是这样：调整正确的是这样：然而有位学员搬砖的时候报了错。示例流程1.生成示例数据if(!require(tidyr))install.packages("tidyr")#>Loadingrequiredpackage:tidyr
小洁忘了怎么分身·2024-01-01 01:01

2019-12-20

1.利用R语言的plsr包，对全波段光谱数据进行最小二乘法install.packages("plsr")library(pls)data<-read.csv("C:/Users/ZWPC/Desktop
ZZ_87c3·2024-01-01 01:44

如何学习CPDA？

第二星期：有了统计学基础，R语言学习起来就不会太费劲。《Rinaction》是公认的R语言经典教材。跟着书上
志者不俗·2024-01-01 01:52

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

看论文Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajunceaimage.png本地pdf文件s41588-021-00922-y.pdf今天的推文试着模仿一下论文中的Figure2dimage.png好多有关群体遗传的论文里都有这个图，每一个点是群体内的多样性用pi来衡量，连线表示群体之间的分化程度用
小明的数据分析笔记本·2023-12-31 18:52

R语言有人写的一些主题美化包

scale_colour_Publication()和theme_Publication()功能需要加载的包install.packages("devtools")library(devtools)install_github("DavidGarciaCallejas/DGC")theme_publish()功能需要加载的包install.packages("envalysis")require(
热衷组培的二货潜·2023-12-31 17:30

安徽某高校《R语言与统计建模》期末上机题复习

考点1一元线性回归模板#假设我们有以下数据x<-c(1,2,3,4,5)#自变量y<-c(2,4,6,8,10)#因变量#使用lm()函数进行线性回归model<-lm(y~x)#查看回归分析的结果summary(model)例题两组数据，分别是最大积雪深度X和当年灌溉面积Y，请回答：X5.13.57.16.28.87.84.55.68.06.4Y1907128727002373326030001
我不是saint·2023-12-31 15:17

《高效R语言编程》5-高效输入输出

软件配置几个包：install.packages(c("rio","readr","data.table","feather","WDI"))关于数据I/O的高级技巧R语言自己的文件格式是.Rds，可以使用
zd200572·2023-12-31 15:44

R语言实现快速去除孟德尔随机化研究中的混杂因素（1）

#Removeconfoundingfactors#BasicanalysisforMRlibrary(TwoSampleMR)library(phenoscanner)#Exposuredata：aspirin----ukb-b-8755aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE,r2=0.001,kb=10000,acce
weixin_49320263·2023-12-31 14:10

R语言实现计算MR工具变量F-staistics(1)

#F-statistics#Basicanalysis#导入包library(TwoSampleMR)library(MRPRESSO)#导入暴露变量数据：aspirin----ukb-b-8755aaa<-extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',clump=TRUE,p1=5e-08,r2=0.001,kb=10000,access_token=NUL
weixin_49320263·2023-12-31 14:10

R语言孟德尔随机化研究工具包（1）---friendly2MR

friendly2MR是孟德尔岁随机化研究中的一个重要补充工具，可以批量探索因素间的因果关系，以及快速填补缺失eaf的数据，但是存在细微差异需要注意。remotes::install_github("xiechengyong123/friendly2MR")library(friendly2MR)library(friendly2MR)#BasedonTwosampleMR,toinvestiga
weixin_49320263·2023-12-31 13:02

[原创][R语言]股票分析实战[5]:加载股票数据

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2023-12-31 13:31

适合 C++ 新手学习的开源项目——在 GitHub 学编程

等等See，这就是本系列文章的由来，我们希望学习各类编程语言的同学们，读（Mark）完我们的入门系列，可以找到学习的方向、系统的学习某一门语言，然
ok060·2023-12-31 13:17

R语言进行相关性分析

相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象（样品或处理组）之间使用距离分析，而元素（物种或环境因子）之间进行相关性分析。两个变量之间的相关性可以用简单相关系数（例如皮尔森相关系数等）进行表示，相关系数越接近1，两个元素相关性越大，相关系数越接近0，两
Seurat_Satija·2023-12-31 09:46

2020-03-30 线性时间序列案例学习—汽油价格

www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/course/fts/ftsnotes/html/_ftsnotes/fts-ltscases-gas.html这一章用三个实例来详细讲解如何用R语言和线性时间序列模型分析实际数据
程凉皮儿·2023-12-31 09:45
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